这些所谓的“王师”冲入长安，立刻化身匪徒。他们踹开民宅，抢掠财物，奸淫妇女，屠杀任何敢于反抗或只是被他们认为碍事的人。府库被公开洗劫，民居被翻箱倒柜。火焰在城中升起，哭喊声、哀求声、狂笑声交织在一起。长安，刚刚脱离虎口，又瞬间坠入了地狱深渊。
长安居民绝望地发现，这些他们日夜期盼的“官军”，其残暴程度比之黄巢军有过之而无不及！所谓“长安六陷，天子九迁”，每一次动荡，最大的受害者永远是这座城和它的百姓。
就在长安陷入一片混乱，联军忙于抢掠、军纪彻底涣散之时，退守灞上的黄巢，正冷冷地注视着城中的混乱和冲天的黑烟。他的探马将城中的惨状不断报来。
黄巢的嘴角露出一丝残忍而讥讽的笑容。他知道，机会来了！
“乌合之众！果然是一群乌合之众！”黄巢对部下们说道，“彼等胜则争功，入城则劫掠，毫无纪律可言！此刻其军心已乱，阵型已散，正是我军反击的绝佳时机！”（真是乌鸦站在猪身上，看得到别人黑，看不到自己黑）
黄巢立刻集结灞上的十万主力部队，由他亲自率领，如同猛虎下山，从灞上直扑混乱不堪的长安城！
一方是蓄势待发、组织严密的复仇之师，另一方是沉浸在抢掠狂欢、毫无防备的散兵游勇，战斗的结果毫无悬念。
黄巢军轻易地攻入长安城内，与分散在各处抢劫的联军部队展开了激烈的巷战。联军猝不及防，指挥系统早已瘫痪，士兵们有的还在背着抢来的财物，有的醉醺醺地找不到长官，根本无法组织有效抵抗，程宗楚、唐弘夫两人直接在长安城中战死了。
朱玫、王处存等人正在试图收拢部队，但大势已去。眼见黄巢军攻势凶猛，己方军队溃不成军，他们为了保命，再也顾不得什么收复京师的大功，在亲兵的保护下，狼狈不堪地杀出重围，逃出了长安城。
这一战，入城的唐军（藩镇军）损失惨重，估计有五六万人被杀。尤其是郑畋倚为干城的凤翔军，在此战中精锐尽丧，元气大伤，再也无力组织对长安的大规模进攻。
黄巢成功地重新占领了长安。
然而，再次踏入长安城的黄巢，心中没有胜利的喜悦，只有无尽的愤怒和扭曲的报复欲。他将这次惊险的失而复得，归咎于长安百姓“喜迎官军”的行为，认为他们是对大齐政权的背叛。
一种极端的、残忍的念头在他心中滋生。他要报复，要用最恐怖的手段震慑所有人，让长安、让天下都知道背叛他黄巢的下场！
于是，一场令人发指的大屠杀开始了。黄巢下令，对长安城进行“洗城”。这不是军事行动，而是针对平民的、有组织的、彻底的灭绝。
大齐军的士兵们变成了屠夫，他们挨家挨户地进行搜查，无论男女老幼，无论贫富贵贱，见人就杀。街道变成了屠场，房屋变成了停尸房。哭喊声、求饶声、惨叫声持续了数日之久。血流成河，渗入泥土，汇聚成溪，整个长安城笼罩在浓重的血腥味和死亡气息之中。
史料记载，经过这场骇人听闻的“洗城”，长安城内剩余的约十万居民，几乎被屠杀殆尽！“长安城内，血流成渠，户绝烟火。”这座当时世界上最大的都市，几乎变成了一座死城。其惨烈程度，在中国古代都城史上，也是极其黑暗的一页。
黄巢用这种灭绝人性的方式，暂时巩固了他对长安的空洞统治，但也彻底暴露了他的流寇本质和必然失败的命运。他的残忍非但不能让人屈服，反而激起了更强烈的反抗意志，也为他自己和整个大齐政权，敲响了最终的丧钟。而长安，这座伟大的城市，再次以它的累累白骨，见证了权力的疯狂与战争的残酷。