随着新版五年规划的尘埃落定，林谷体系的发展方向与业务重心已然明晰。然而，林凡敏锐地意识到，清晰的战略若没有与之匹配的高效组织去承载和执行，终将是镜花水月。在紧接着召开的核心层会议上，他将议题引向了更深层次的治理结构问题。
“诸位，百业规划已定，五年新策已成。然，工欲善其事，必先利其器。”林凡开门见山，目光扫过在场每一位重臣，“我们这个‘器’，即我们的组织架构与管理体系，是否已完全适应新的战略需求？我以为，尚有优化之处。”
他抛出了观察到的几个核心问题：
“其一，职能交叉与资源分散。 例如教化育人一事，内政院负责吏员与通用人才培养，济世院（医疗）需培养医护，军枢院要培训士官与专业兵种，格物院亦有学徒工培训。各自为政，标准不一，资源重复投入，难以形成合力。”
“其二，城邦管理缺位。 镇荒城与望北城，如今人口逾万，事务繁杂，却无统一之行政主官，仍依赖各院司垂直管理，导致民生琐事、城市运转协调不畅，效率低下。”
“其三，研发与生产亟待分离。 墨离的格物院，既要负责前瞻性的技术研发，又要管理庞大的工坊生产，精力分散，长此以往，恐不利于核心技术突破，亦影响生产效率和品质管控。”
这些问题切中要害，引发了众人的深思。经过一番激烈的讨论与利弊权衡，在林凡的引导下，一套全新的、职责细化且分支架构清晰的组织方案逐渐成型：
1. 军枢院（院正：铁叔，副院正：孙铮、孙焕）
核心职责： 专司对外防御、战略进攻与军事力量建设。
下辖分支机构：
作 战 司（铁叔负责）： 下辖步兵营（石头负责）、骑兵营（大康负责）、特种营（柴狗负责）（分火铳队、强弩队（韩锋负责）、作战队（柴狗负责））。
侦察通讯司（猞猁负责）： 统领斥候排，负责战场侦察、情报初步收集、军情传递。
军工工程司（郑渠负责）： 统领工兵排，负责军事工事构筑、道路桥梁抢修、爆破作业及大型军械维护。
后勤保障司（钱谷负责）： 统领后勤辎重队，负责粮草、被服、武备的储存、调配与运输。
战略训练所（孙铮负责）： 负责军事战略战术研究、操典编撰、军官及士官培训。
参谋部（孙焕负责）：负责情报的汇总整理及分析、制定作战计划、协助指挥决策、组织协调作战行动、进行战后总结等。
2. 安全总署（署正：韩庐）
核心职责： 统筹内部安全、情报、监察，确保社会秩序与政权稳定。
下辖分支机构：
内卫司： 负责城镇内部治安巡逻、要地守卫、防火、户籍管理与人口稽查。
情报司： 负责对内（防谍）对外（军情、政情、经情）情报网络建设、信息收集与分析研判。
监察司（独立性强，直接向林凡负责）： 负责对所有官吏、部门进行纪律监督、贪腐稽查、效能审计，拥有调查权与弹劾权。
3. 商舆院（院正：阿竹）
核心职责： 发展商业，管理金融，拓展贸易影响力。
下辖分支机构：
市场管理司： 负责望北城及未来其他市场管理、商事登记、物价平抑、度量衡统一。
贸易拓展司（胡商负责）： 负责官营商队管理、长途贸易路线开拓与维护、对外商业谈判。下分邻邦贸易与远方通商两处，统筹所有对外商贸活动。
金融货币司： 管理林谷银行，负责货币发行、兑换、储存，探索信贷业务，维护金融稳定。
联合镖行（半独立运营）： 提供有偿武装护卫服务，保障商路安全，并作为情报补充渠道。
4. 内政院（院正：周谨）
核心职责： 总管民政、财政、人事、教育、医疗，为体系运转提供基础保障。
下辖分支机构：
财政司： 负责国库管理、赋税征收、预决算编制、各部门经费审核与拨付。
民政司： 下设镇荒城令、望北城令，具体负责城市日常行政、民政事务、公共设施、社会福利与工程建设协调。
人事司： 统一负责所有官吏、技术人员的选拔、档案、考核、升降调派。整合成立‘讲习所’，负责通用技能与政策法规培训。
教育司： 负责建立和管理蒙学、官学等基础教育体系，推行扫盲与普及教育。
济世院（白芷主官）： 负责官立医馆管理、军中医官派遣、公共卫生防疫、药材储备与医护人才培养。
5. 工程院（院正：墨恒）
核心职责： 负责一切工坊生产、基础设施建设 及矿产开采。
下辖分支机构：
军工生产司： 管理武器、甲胄、军械等工坊。
民用生产司（公输桐负责）： 管理农具、琉璃、林纸、日用器等工坊。
建筑营造司（鲁苇负责）： 负责道路、桥梁、水利设施、城墙、官署、民居等工程的营造与维护。
物料调配司： 负责协调格物院、农殖司，保障生产所需原材料供应。
矿产勘采司（王砺负责）： 负责矿脉勘探、矿山开采、矿石初选及运输协调。此为工坊生产与工程建设之源，至关重要。
6. 农殖司（司正：阿木）
核心职责： 保障粮食与农副产品供给，管理土地水利资源。
下辖分支机构：
垦殖司： 组织开荒、耕地分配、推广农业技术与良种。