沈葆府邸的大门也轰然打开，数百名手持棍棒、火铳的家丁护院，在沈葆心腹的带领下，冲上街头，一边“维持秩序”，一边配合太平军攻击仍在顽抗的八旗驻防兵据点。
瑞昌将军闻变，惊怒交加，亲率八旗兵试图夺回城墙缺口，却在狭窄的街巷中遭到了太平军突击队和倒戈团练的迎头痛击。太平军火力凶猛，战术灵活，八旗兵虽悍勇，但在这种巷战中完全无法发挥，死伤惨重，节节败退。
巡抚罗遵殿在衙门内听得外面杀声震天，知大势已去，长叹一声“辜负皇恩”，竟真的悬梁自尽，实践了他“与城共存亡”的誓言。
战火持续了一夜。待到天明，杭州城内的主要抵抗基本被肃清。太平天国的黄旗插上了杭州城头，宣告着这座东南重镇、财富之地的易主。
韦昌辉在亲兵的簇拥下，骑马进入硝烟尚未散尽的杭州城。街道上随处可见战斗的痕迹和俘虏的清军，但更多的百姓则紧闭门户，透过门缝惊恐又好奇地打量着这支传说中的“长毛”军队。
沈葆带着一众杭州士绅商贾，早早候在主要街道旁，见到韦昌辉，连忙跪倒一片，口称“恭迎北王千岁”，极尽谦卑。
韦昌辉骑在摩托上，看着这群昨日还是大清顺民，今日已跪迎新主的富绅，心中虽有胜利的豪情，但他也知道，这些人并非真心归附，不过是审时度势的投机罢了。
“都起来吧。”
韦昌辉声音洪亮，
“尔等能识时务，助我天兵光复杭州，保全城中百姓，也算有功。我天朝说话算数，既往不咎，尔等身家产业，天兵一律保护！但需谨记，从今往后，需遵我天朝法度，若有阳奉阴违，两面三刀者，休怪本王刀下无情！”
“谨遵北王教诲！我等定当竭诚效忠天朝！”
沈葆等人连忙叩首保证。
很快，太平天国的安民告示贴满全城，宣布废除清廷苛政，减免赋税，推行《天朝田亩制度》。黑鸦小队和随军行政官员迅速接管府库，清点物资，维持秩序，并开始着手甄别清算少数民愤极大的顽固官员和旗人将领的罪行。
杭州的陷落，如同在清廷已然千疮百孔的江南统治版图上，砸下了一记重锤。财富之源被切断，残存的江南江北大营更加孤立。消息传开，整个江南为之震动，尚在清廷控制下的州县，更是人心离散，许多地方官开始暗中寻找退路。
金陵东王府内，林阳接到韦昌辉的捷报，脸上露出了满意的笑容。他走到巨大的地图前，将代表杭州的标记换成了太平天国的黄色。
“杭州已下，苏南、浙北门户洞开。传令石达开，加快向苏州、松江进军！命令陈玉成，加大对江北大营的压力，让他们彻底变成瓮中之鳖！”