就在争论最激烈之时，朱元璋终于不再沉默。他没有直接表态支持哪一方，而是做出了一系列看似折中，实则深意无穷的决定：
第一，下旨正式褒奖太医院在皇长孙患病期间“尽心竭力，功不可没”，厚赏一众太医，尤其是那位最初诊断出痘疫的院判。此举，意在安抚和强化太医院的权威，弱化朱橚个人的作用。
第二，下令成立“痘疫防治局”，由皇帝亲自掌管，抽调太医院精锐、兵部、户部、工部相关官员联合组成，负责“研究、验证、完善并统筹天下痘疫防治事宜”。所有关于牛痘的法子、物资、人员，必须全部移交该局，任何地方或个人不得私藏私种，违令者严惩不贷。这等于一举将牛痘的所有权和控制权，彻底收归中央，收归皇帝本人直接掌控。
第三，鉴于江南疫情紧急，准予“痘疫防治局”即刻选派干员，携第一批经“验证有效”的牛痘疫苗，前往疫情最严重的扬州、镇江等府， “优先为驻防官兵、各级官吏及家属施行接种，以稳局势，安民心”。这个“优先”顺序，赤裸裸地体现了朱元璋的统治逻辑——先军，先官，后民。稳定统治秩序，永远是第一位的。
第四，对于首功之臣朱橚，皇帝的旨意依旧耐人寻味。旨意中称其“献方有功，心系社稷”，特赏赐金银帛缎若干，并加授其“提督编纂《普济方》、《救荒本草》事”的虚衔，责令其“专心书案，早日成书，惠泽苍生”。对于牛痘后续事宜，旨意中只字未提让其参与，仿佛他只是一个提供了初始创意的工具人，后续所有功劳，已与其无关。
这一连串的旨意，如同一套精妙的组合拳，瞬间让朝堂上的争吵平息了下来。
蓝玉等人虽然未能完全达到限制朱橚的目的，但看到皇帝将此法牢牢掌控在手，并优先军队接种，心中大为满意，认为陛下终究是信任和倚重他们的。
江南官员们虽然对“优先官兵”略有微词，但看到推广终于启动，自家利益有望保全，也大多接受了这个结果，开始盘算如何在新成立的“防治局”中安插自己人手。
而被无形中剥夺了成果和后续影响力的朱橚，则似乎被高高挂起，晾在了一边。巨大的功劳，换来的是更多的猜忌、无形的束缚和一道明确的“画地为牢”的指令。
圣意如海，深不可测。朱元璋用他高超的政治手腕，成功地将一场可能引发朝局动荡的“天功”，转化为了强化中央集权、平衡各方势力、并进一步将朱橚隔离在权力核心之外的筹码。
福兮，祸之所伏。朱橚因牛痘获得的声望，最终成了套在他身上更紧的一道枷锁。开封周王府内，接到这份旨意的朱橚，只是沉默了片刻，随即露出一丝早已预料到的、略带嘲讽的平静笑容。
他想要的，本就不是功劳。只是，父皇这碗水，端得可真平啊。
（第八十九章 完）