扶苏的目光如同实质般扫过殿内每一位帝国学术界的顶尖人物，他的声音沉稳而有力，带着一种穿透人心的力量：“诸位爱卿，朕深知，皇家学院自设立以来，发展迅猛，成果丰硕。无论是工学院的神兵利器，化学院的奇材异料，医学院的活人之术，农学院的丰产良方，还是算学院的精妙演算，皆已深深惠及帝国子民，强盛我大秦军力，充盈我大秦国库。此乃诸位爱卿与万千学子心血之结晶，朕心甚慰。”
他话锋一转，语气变得凝重起来：“然，正如刘邦方才所言，繁荣之下，隐患已生！电学研究所之情形，或许因其新设而尤为明显，但朕敢断言，此绝非个例！各学院或多或少，皆存在重实务应用而轻理论基础之倾向！诸位皆是帝国栋梁，不妨静心想一想——”
扶苏的声音陡然提高，如同重锤敲击在每个人的心坎上：“若有朝一日，如今的顶尖英才，如杨永信、公输昂、韩广奇、诸位院长等，年华老去，精力不济，而后续之学子、博士，却因基础不牢、学识体系残缺，才学不足以承接重任！届时，我大秦如今这如火如荼的科技发展，还能继续保持吗？是否会陷入停滞，甚或是……倒退？”
“若真到了那一步，朕设立皇家学院，欲以科技强盛帝国、造福万民之初衷，岂非成了镜花水月，空中楼阁？！”他的话语在空旷的宣室殿内回荡，震得众人耳中嗡嗡作响。
“帝国之发展，从来依靠的都不是某一位天才！而是需要一代又一代，无数扎实根基、锐意进取之精英，前赴后继，共同努力，方能使我大秦永远保持高速发展，成为世间最强盛之帝国，实现先帝一统四海、万世不易之宏愿！”
扶苏的话语如同洪钟大吕，瞬间惊醒了沉醉于成果汇报中的众人！
李斯首先反应过来，额头上瞬间渗出一层细密的冷汗！他身为学院副院长，主管教学招生，却未能洞察此等关乎帝国未来命脉的隐患，反而一味沉浸在数据增长的喜悦中，这无疑是巨大的失职！
他连忙起身，撩袍跪地，声音带着惶恐：“陛下圣明！烛照万里，洞悉幽微！臣等愚钝，只顾眼前寸功，未能虑及长远，险误帝国大事！臣李斯，知罪！”
随着李斯跪下，茅焦、徐福、李醯、赵过、蒙恬、吕轻侯、张苍等人也如梦初醒，纷纷离座跪倒在地，齐声道：“陛下深谋远虑，臣等知罪！望陛下责罚！”
陈平与刘邦也紧随其后跪下。陈平是心中暗惊，对自己只关注后勤而未深入思考教学本质感到惭愧；刘邦则是心中砰砰直跳，既兴奋于自己一言竟引发如此大的反响，又有些后怕自己是否风头太盛。
看着台下跪倒一片的帝国精英，扶苏心中感慨，却并未怪罪。他缓步走下御阶，亲手将跪在前面的李斯扶起。
“诸位爱卿，快快请起。此非诸位之罪。”扶苏的声音缓和下来，带着坦诚与自责，“诸位爱卿醉心于研发创新，专注于各自领域，为帝国立下赫赫功勋，此乃大功，何罪之有？究其根源，此乃朕之过错！”
众人闻言，更是惶恐，刚站起来又欲跪下：“陛下！臣等惶恐！此皆臣等之失，岂是陛下之过！”
扶苏抬手阻止了他们，叹道：“是朕过于急功近利，过于强调研发速度与实用成果，无形中引导学院偏重于‘术’而忽视了‘道’，偏重于‘用’而轻视了‘学’。是朕忽略了学问传承之根本重要性！此确为朕思虑不周之处。”
皇帝如此坦诚地承认自己的“过失”，让在场所有人动容不已，心中那份惶恐渐渐化为由衷的敬佩与感动。自古君王讳疾忌医，掩过饰非者多矣，能如陛下这般清醒自知、公开担责者，可谓旷古罕有！
“都坐下吧。”扶苏回到御座，语气坚定，“有错不怕，错在何处，朕今日既已看清，自有定论。诸位爱卿之忠心、之才干，朕从未怀疑。然，有错便需改正！若明知错在何处，却因循守旧，畏难不前，不知变革，那才是真正的罪过，才是对帝国、对亿兆黎民的不忠！”
他目光灼灼地看向众人：“今日朕召诸位爱卿来此，并非为了问责，而是要让诸位明白皇家学院如今真正的问题所在，更是要集诸位之智慧，商讨出一套彻底改革的方案，为我大秦的万世基业，奠定最坚实的人才根基！朕先抛砖引玉，说一下朕构思的大致方向，诸位爱卿畅所欲言，仔细议一议，务必形成一套切实可行之方案，绝不能让皇家学院在此歧途上越走越远！”
众人精神一振，皆知真正的戏肉来了，纷纷凝神静听。
扶苏沉吟片刻，清晰地说道：“首先，朕认为当对皇家学院之架构进行彻底改制。现行各分院制度，虽便于管理，却也易形成壁垒，阻碍学科交叉与融合。朕意，于皇家学院之下，设立诸多‘研究所’。”
“此类研究所，多为临时机构，并非常设。其设立依据乃是具体的研发项目。例如，专研连射火枪之项目，便可成立‘秦魂研究所’；专研重炮之项目，便成立‘秦魄研究所’。研究所之人员，不再拘泥于必须来自某一固定学院，而是面向全院学子、博士，公开遴选对此项目有兴趣、有天赋之才，加入其中，专职研发。如此，便可最大程度打破学院壁垒，汇聚各方英才，让研发更高效，思路更开阔！”
“待项目研发成功，并顺利转入生产应用后，该研究所之使命便暂告一段落。可视该项目后续是否需要持续改进升级，来决定是解散该所，还是保留部分骨干转为常设机构，负责后续迭代。如此，灵活机动，资源集中。”
此言一出，台下众人眼前都是一亮！尤其是茅焦、徐福等经常需要跨领域合作的人，更是深感此策之妙！这无疑能极大缓解目前各自为战、沟通成本高的问题。
扶苏继续道：“然，研究所之设立，亦不可过于随意，需有章法。故朕意，于学院内成立‘院士研讨会’。”
“研讨会成员，由朕亲自遴选任命之‘皇家学院院士’担任。院士，乃是在其领域内取得卓越成就、德高望重之学者，是帝国学术之最高荣誉象征！”扶苏刻意强调了“院士”的地位，这让在座的院长们都不由得挺直了腰板，眼中露出向往之色。
“今后，凡有新项目欲申请成立研究所，必须提交至院士研讨会。由所有院士共同研讨其可行性、必要性、资源需求等。为确保研讨之公正、记录之详实，朕会命黑冰台案牍司派遣专员，常驻学院，监督会议过程，并详细记录每一位院士之发言与最终投票情况。”
“最终，是否批准设立该研究所，需经由全体院士不记名投票，且必须获得七成以上之赞同票，方可通过！并且，每一个获批成立的研究所，都必须至少有一位精通该领域的院士，挂名担任督导，负起学术指导与监督之责！”
这套流程，既给予了学术共同体足够的自主权，又引入了监督机制，还保证了项目的学术质量，考虑得可谓相当周全。李斯、陈平等精通政务之人，闻言都不禁暗自点头。
“当然，有些关乎国计民生、国防安全的重大项目，需朕乾纲独断。”扶苏语气一转，带着不容置疑的威严，“朕现钦定，即刻于皇家学院下设以下研究所：
一、火油动力机研究所，由公输昂担任所长！
二、秦魂连射火枪研究所，由韩广奇担任所长！
三、秦魄重炮研究所，由杨慎行担任所长！
四、热气球研究所，由工学院院长茅焦暂兼任所长！
五、电学研究所，由杨永信担任所长！
六、惊雷液研究所，由化学院院长徐福暂兼任所长！
七、火药改良研究所，由李焕担任所长！”
“除此七大朕钦定之所外，其余任何新研究所之设立，必须严格遵循朕方才所言，经由院士研讨会投票决定！绝不可再像以往那般三五名学子便可随意开展研究！”扶苏定下了调子。
众人纷纷领命，心中已在盘算哪些项目值得申请，又该如何争取院士们的支持。
“其次，”扶苏的改革蓝图才刚刚展开，“现行之各分院制度，亦需大刀阔斧进行改制！朕意，撤销现有工学院、化学院、医学院、农学院、商学院、算学院等名目，将其重新整合，划分为‘文院’与‘理院’两大分院！”
“文院院长，由中书令李斯兼任！下辖医学系、政务系、农学系、商学系、教育系等偏重人文、社科、应用之学科。”
“理院院长，由茅焦暂为代理！下辖工学系、化学系、物理系、算学系等偏重自然规律、基础原理之学科。”
“另外，军事学院地位特殊，独立于文理两院之外，仍直属皇家学院统辖，由兵部尚书、军事学院院长蒙恬全权管理，非涉及全院重大事务，可不参与学院之日常庶务。”
这番整合，思路清晰，将庞杂的学科进行了科学归类，旨在强化基础学科的地位，并促进文理之间的交流。李斯和茅焦立刻起身领命，深感责任重大。
“改制之后，首要之急，便是编撰教材！”扶苏强调道，“各系必须尽快根据新的系别划分，组织精锐力量，系统编撰本系之核心教材！教材之范本，便参考电学研究所编撰的那部《电学启蒙》，朕的要求只有四个字——‘通俗易懂’！必须由最基础、最浅显之处着手，循序渐进，由浅入深！”
“学院今后之教学，将步入正轨。学子入学后，并非直接进入某个研究所打杂，而是根据其兴趣天赋，进入各系进行系统学习！学制暂定为三年！各系需依据教材，制定出详细到每一年、每一月、甚至每一日的教学计划！务必保证，任何一位学子，只要顺利完成三年学业，便能真正‘精通’其所学系之核心内容！做到知识传承，有序不紊！”