神龙元年（乙巳，公元705年）
二月辛亥日，中宗率领文武百官前往上阳宫问候太后的起居；从此以后，每十天去一次。
甲寅日，恢复国号为唐。郊外祭祀、宗庙祭祀、社稷祭祀、帝王陵寝、百官设置、旗帜样式、官服颜色、文字规范，都恢复到永淳元年以前的旧制。又将神都改回东都，北都仍为并州，尊奉老君为玄元皇帝。
乙卯日，凤阁侍郎、同平章事韦承庆被贬为高要尉；正谏大夫、同平章事房融被削除官籍，流放到高州；司礼卿崔神庆流放到钦州。任命杨再思为户部尚书、同中书门下三品、西京留守。
太后迁居上阳宫时，只有太仆卿、同中书门下三品姚元之痛哭流涕。桓彦范、张柬之对他说：“今天难道是您哭泣的时候吗！恐怕您的灾祸会从此开始。”姚元之说：“我侍奉则天皇帝很久了，突然这样分别，悲痛之情难以抑制。况且我前些天跟随各位诛杀奸逆，是臣子的道义；今天送别旧君，也是臣子的道义，即使因此获罪，我也心甘情愿。”当天，姚元之被外放为亳州刺史。
甲子日，册立妃子韦氏为皇后，大赦天下。追赠皇后的父亲韦玄贞为上洛王、母亲崔氏为王妃。左拾遗贾虚己上奏疏，认为：“异姓之人不能封王，这是古今通用的制度。如今正是国家中兴的开端，天下百姓都翘首以盼陛下的新政；而陛下先封皇后的亲族为王，这不是向天下人彰显美德的做法。况且前朝追赠皇后的父亲为太原王，这个教训并不遥远，必须防范由此引发的后患。如果已经颁发了恩宠的制书，应当让皇后坚决推辞，这样更能增添她谦逊的美德。”中宗没有听从。
起初，韦后生下邵王李重润、长宁公主和安乐公主，中宗被流放房陵时，安乐公主出生在途中，中宗特别疼爱她。中宗在房陵与韦后一同被幽禁，历经艰难危险，夫妻感情十分深厚。中宗每次听到朝廷使者到来，就惶恐得想要自杀，韦后制止他说：“祸福没有定数，宁愿等待死亡，何必这么急切呢！”中宗曾经私下对韦后发誓：“将来有幸重见天日，一定任凭你随心所欲，不加任何限制。”等到韦后再次成为皇后，便开始干预朝政，就像武则天在高宗时期那样。桓彦范上奏表，认为：“《易经》说‘妇人不要擅自做主，只需负责家中饮食事务，就能保持贞洁吉祥’，《尚书》说‘母鸡在早晨打鸣，这个家庭就会衰败’，我看到陛下每次临朝听政，皇后必定隔着帷幔坐在殿上，参与听闻政事。我私下观察自古以来的帝王，没有哪个与妇人共同执政而不导致国家灭亡、自身受害的。况且以阴凌驾于阳之上，是违背天意的；以妇人欺凌丈夫，是违背人情的。希望陛下借鉴古今的教训，以国家和百姓为重，让皇后专门居住在中宫，管理后宫事务，不要到外朝干预国家政事。”
在此之前，胡僧慧范凭借虚假荒诞的法术游走于权贵之门，与张易之兄弟关系密切，韦后也很器重他。等到张易之被诛杀，慧范又声称自己参与了诛杀张易之的谋划，凭借功劳被加封为银青光禄大夫，赐予上庸县公爵位，能够自由出入皇宫，中宗还多次微服前往他的住所。桓彦范再次上奏表说慧范使用旁门左道扰乱朝政，请求诛杀他。中宗都没有听从。
起初，武则天诛杀唐朝宗室，有才能德行的人先被处死，只有吴王李恪的儿子郁林侯李千里性情偏激浮躁，没有才能，又多次进献祥瑞之物，所以唯独得以幸免。中宗即位后，将他立为成王，任命为左金吾大将军。武则天所诛杀的唐朝诸王、王妃、公主、驸马等人，都没有人安葬，他们的子孙有的流窜到岭南，有的被囚禁多年，有的逃匿在民间，成为别人的雇工。到这时，中宗下制书命令州县寻找他们的灵柩，按照礼仪改葬，追复他们的官爵，召回他们的子孙，让他们承袭官爵，没有子孙的就为他们选择后人继承。不久，宗室子孙相继前来，中宗都召见了他们，这些人痛哭流涕、叩拜舞蹈，中宗根据他们与皇室的亲疏关系，分别授予不同的爵位和官职。
诛杀张易之、张昌宗时，洛州长史薛季昶对张柬之、敬晖说：“两个奸凶虽然被除掉了，但武氏子弟就像汉朝的吕产、吕禄一样仍然存在，除草不除根，终究会再次生长。”张柬之、敬晖二人说：“大事已经平定，他们就像砧板上的肉罢了，能有什么作为！诛杀的人已经够多了，不能再增加了。”薛季昶叹息说：“我不知道会死在哪里了！”朝邑尉武强人刘幽求也对桓彦范、敬晖说：“武三思还活着，你们这些人终究会没有葬身之地；如果不早点图谋除掉他，将来后悔就来不及了。”桓彦范、敬晖没有听从。
中宗的女儿安乐公主嫁给了武三思的儿子武崇训。上官婉儿是上官仪的孙女，上官仪被杀后，她被没入后宫为奴，她聪慧善辩，擅长写文章，熟悉官府事务。武则天很宠爱她，从圣历年间以后，百官的表章奏疏大多让她参与决断；等到中宗即位，又让她专门负责起草皇帝的制命，更加信任重用她，任命她为婕妤，在宫中掌权。上官婉儿与武三思私通，所以依附武氏集团，又把武三思推荐给韦后，将他引入宫中，中宗于是与武三思商议国家政事，张柬之等人都受到武三思的牵制。中宗让韦后与武三思一起玩双陆棋，自己则坐在旁边为他们点数筹码；武三思于是与韦后私通，从此武氏集团的势力再次振兴。
张柬之等人多次劝说中宗诛杀武氏集团的人，中宗没有听从。张柬之等人说：“武则天革命称帝之时，李氏宗室几乎被诛杀殆尽；如今依靠天地神灵，陛下得以恢复帝位，而武氏集团的人却滥用官职、僭越爵位，依然安稳如故，这难道是天下人所期望的吗！希望陛下稍微削减他们的俸禄和官职，以安慰天下百姓！”中宗还是没有听从。张柬之等人有的拍着坐床叹息愤怒，有的气得弹指出血，说：“陛下过去担任英王时，被称为勇敢刚烈，我们之所以不诛杀武氏集团的人，是想让陛下亲自诛杀他们，以彰显天子的威严。如今反而这样，大势已去，我们还能怎么办呢！”
中宗多次微服前往武三思的府邸，监察御史清河人崔皎秘密上奏疏劝谏说：“国家命运刚刚恢复，则天皇帝还在上阳宫，人心仍然有依附武氏的；周朝的旧臣，仍然在朝廷任职，陛下为什么轻易外出游幸，不防备像豫且那样捕获白龙的祸患（比喻意外灾祸）！”中宗把崔皎的话泄露了出去，武三思的党羽对此恨之入骨。
丙寅日，任命太子宾客武三思为司空、同中书门下三品。
左散骑常侍谯王李重福，是中宗的庶子；他的妃子，是张易之的外甥女。韦后厌恶他，在中宗面前诬陷说：“李重润的死，是李重福造成的。”因此将李重福贬为濮州员外刺史，又改任均州刺史，常常命令州府官吏监视防守他。
丁卯日，任命右散骑常侍安定王武攸暨为司徒、定王。
辛未日，相王坚决推辞太尉及主持政事的职务，中宗同意了；又想立相王为皇太弟，相王坚决推辞，中宗才作罢。
甲戌日，任命国子祭酒始平人祝钦明为同中书门下三品，黄门侍郎、主持侍中事务的韦安石为刑部尚书，免去他主持政事的职务。
丁丑日，武三思、武攸暨坚决推辞新的官爵及政事，中宗同意了，同时加授他们开府仪同三司。
册立皇子义兴王李重俊为卫王，北海王李重茂为温王，仍然任命李重俊为洛州牧。
三月甲申日，中宗下制书：“文明元年以来家族被破亡的子孙，都恢复原来的资荫待遇，只有徐敬业、裴炎不在赦免之列。”
丁亥日，中宗下制书：“酷吏周兴、来俊臣等人，已经死去的追夺官爵，还活着的都流放到岭南荒凉恶劣的地方。”
己丑日，任命袁恕己为中书令。
用安车（古代一种舒适的车子）到嵩山征召安平王武攸绪，武攸绪到达京城后，任命为太子宾客；他坚决请求返回嵩山，中宗同意了。
中宗下制书：“枭氏、蟒氏都恢复原来的姓氏。”（武则天时期曾将李唐宗室中的反对者改姓枭、蟒）
术士郑普思、尚衣奉御叶静能都凭借虚假荒诞的法术得到中宗的信任重用，夏季四月，中宗用墨敕（皇帝亲笔书写、不经外廷审议的敕令）任命郑普思为秘书监，叶静能为国子祭酒。桓彦范、崔玄暐坚决反对，中宗说：“已经任用了他们，不能轻易更改。”桓彦范说：“陛下刚即位时，下制书说：‘政令都依照贞观年间的旧例。’贞观年间，魏征、虞世南、颜师古担任秘书监，孔颖达担任国子祭酒，难道郑普思、叶静能能与他们相比吗！”庚戌日，左拾遗李邕上奏疏，认为：“《诗经》三百篇，用一句话来概括，就是‘思想纯正’。如果有神仙能让人长生不老，那么秦始皇、汉武帝早就得到了；如果佛教能为人带来福运利益，那么梁武帝早就得到了。尧、舜之所以能成为帝王的典范，也只是注重治理人间事务罢了。尊宠这些术士，对国家有什么补益呢！”中宗都没有听从。
中宗即位当天，就派人从高要县紧急征召魏元忠；丁卯日，魏元忠到达京城，被任命为卫尉卿、同平章事。
甲戌日，任命魏元忠为兵部尚书，韦安石为吏部尚书，李怀远为右散骑常侍，唐休瓃为辅国大将军，崔玄暐代理益州长史，杨再思代理扬州长史，祝钦明为刑部尚书，都担任同中书门下三品。魏元忠等人都是因为曾是中宗在东宫时的僚属而受到褒奖。乙亥日，任命张柬之为中书令。
戊寅日，追赠已故邵王李重润为懿德太子。
五月壬午日，将武周宗庙的七位神主迁到西京崇尊庙。中宗下制书：“武氏三代的名讳，上奏政事的人都不得触犯。”
乙酉日，在东都建立唐朝的太庙、社稷。
将张柬之等人以及武攸暨、武三思、郑普思等十六人都列为立功之人，赐予铁券，除了谋反叛逆之外，每人都可以赦免十次死罪。
癸巳日，敬晖等人率领百官上奏表，认为：“五行更替兴盛，天下不能同时有两个主导者。天授年间武则天革命称帝时，李氏宗室被诛杀流放殆尽，怎么能让武氏子弟与李氏宗室一同封王！如今上天授命重新开始，而武氏子弟的封爵仍然和以前一样，并且都居住在京城，这是开天辟地以来没有过的道理。希望陛下为国家社稷着想，顺应天下百姓的心愿，降低他们的王爵，以安定朝廷内外。”中宗没有同意。
敬晖等人害怕武三思的谗言陷害，把考功员外郎崔湜当作耳目，窥探武三思的动静。崔湜看到中宗亲近武三思而猜忌敬晖等人，便把敬晖等人的谋划全部告诉了武三思，反而成为武三思的亲信；武三思引荐他为中书舍人。崔湜是崔仁师的孙子。
在此之前，殿中侍御史南皮人郑愔谄媚侍奉张易之、张昌宗，二张败亡后，郑愔被贬为宣州司士参军，又因贪污罪，逃亡到东都，私下拜见武三思。刚见到武三思时，他哭得非常伤心，不久后又大笑起来。武三思一向地位尊贵，对他的举动感到很奇怪，郑愔说：“起初见到大王时哭泣，是为大王将要被杀死、家族被灭而悲哀。后来大笑，是为大王得到我而高兴。大王虽然得到了天子的信任，但那五个人（指张柬之、敬晖、桓彦范、袁恕己、崔玄暐）都占据着将相的权力，胆略过人，废除太后就像翻手掌一样容易。大王自己觉得权势地位与太后相比谁更重？那五个人日夜咬牙切齿，想要吃大王的肉，不把大王的家族全部消灭不足以满足他们的心愿。大王不除掉这五个人，处境就像早晨的露水一样危险，却还安然自得地认为自己像泰山一样安稳，这就是我为大王感到寒心的原因。”武三思非常高兴，与他一起登上高楼，询问自我保全的计策，引荐他为中书舍人，与崔湜一起成为武三思的主要谋士。
武三思与韦后日夜在中宗面前谗陷敬晖等人，说他们“依仗功劳专擅朝政，将会对国家社稷不利。”中宗相信了他们的话。武三思等人趁机为中宗谋划：“不如封敬晖等人为王，免去他们的政事职权，表面上不失对功臣的尊宠，实际上剥夺了他们的权力。”中宗认为这个主意很好。甲午日，封侍中齐公敬晖为平阳王，谯公桓彦范为扶阳王，中书令汉阳公张柬之为汉阳王，南阳公袁恕己为南阳王，特进、同中书门下三品博陵公崔玄暐为博陵王，免去他们主持政事的职务，赏赐金帛、鞍马，让他们每月初一、十五入朝；还赐桓彦范姓韦氏，与皇后同属一个宗族户籍。不久，又任命崔玄暐代理益州长史、主持都督事务，后来又改任梁州刺史。武三思命令百官恢复武则天时期的政令，排斥不依附武氏集团的人。被五王驱逐的人都恢复了官职，朝廷大权全部落入武三思手中。
五王请求削除武氏诸王的爵位时，想找人撰写奏表，众人都不愿意。中书舍人岑羲撰写了奏表，言辞非常激烈恳切；中书舍人偃师人毕构轮到宣读奏表时，言辞神色严肃严厉。武三思得志后，将岑羲改任为秘书少监，把毕构外放为润州刺史。
易州刺史赵履温，是桓彦范的妻兄。桓彦范诛杀二张时，声称赵履温参与了谋划，将他召入朝廷任命为司农少卿，赵履温把两个婢女送给了桓彦范；等到桓彦范被免去政事职权，赵履温又把两个婢女夺了回来。
中宗赞赏宋瓃的忠诚正直，多次提拔他为黄门侍郎。武三思曾经托宋瓃办事，宋瓃严肃地拒绝说：“如今太后已经把帝位归还给儿子，大王应当以侯爵的身份回到府第，怎么还能干预朝政呢！难道没看到吕产、吕禄的下场吗？”
任命韦安石兼任代理中书令，魏元忠兼任代理侍中，又任命李湛为右散骑常侍，赵承恩为光禄卿，杨元琰为卫尉卿。
在此之前，杨元琰知道武三思逐渐掌权，请求辞官当和尚，中宗没有同意。敬晖听说后，笑着说：“如果我早知道，就劝说陛下同意他的请求，剃掉他的胡人头，难道不是很好吗！”杨元琰胡须很多，长得像胡人，所以敬晖这样戏弄他。杨元琰说：“功成名就之后，不及时引退就会有危险。这是我发自内心的请求，不是随便说说的。”敬晖知道他的意思，惊讶地感到不高兴。等到敬晖等人获罪，唯独杨元琰得以幸免。
上官婕妤劝说韦后沿袭武则天的旧例，上奏表请求天下士大夫百姓为被休弃的母亲服丧三年，又请求将百姓二十三岁定为成丁，五十九岁免除徭役，通过修改制度来获取当时的声望。中宗下制书都同意了。
癸卯日，中宗下制书：降低武氏诸王的爵位，梁王武三思改为德静王，定王武攸暨改为乐寿王，河内王武懿宗等十二人都降为公，以平息百姓的不满。
甲辰日，任命唐休瓃为左仆射，仍然担任同中书门下三品，豆卢钦望为右仆射。
六月壬子日，任命左骁卫大将军裴思说担任灵武军大总管，防备突厥。
癸亥日，命令右仆射豆卢钦望，遇到军国重大事务，中书门下两省可以共同商议处理。
在此之前，仆射是正式的宰相，后来大多兼任中书门下的职务，上午处理朝政，下午处理本省事务。到这时，豆卢钦望专门担任仆射，不敢参与政事，所以才有了这个命令。从此以后，专门被任命为仆射的人，不再是宰相了。
又任命韦安石为中书令，魏元忠为侍中，杨再思代理中书令。
丁卯日，将孝敬皇帝（李弘）的神主祔祭于太庙，庙号为义宗。
戊辰日，洛水泛滥，冲毁两千多户人家。
秋季七月辛巳日，任命太子宾客韦巨源为同中书门下三品，仍然保留西京留守的职务。
特进、汉阳王张柬之上奏表请求返回襄州养病；乙未日，任命张柬之为襄州刺史，不主管州中具体事务，发放全额俸禄。
黄河南北十七州发生大水灾。八月戊申日，朝廷因水灾征求百官直言进谏。右卫骑曹参军西河人宋务光上奏疏，认为：“水属于阴类，是臣妾的象征，恐怕后宫有干预外朝政事的人，应当杜绝这种苗头。如今阴雨连绵不止，却关闭坊门来祈祷消灾，以至于街巷里的人说坊门是宰相，意思是朝廷让坊门来调和阴阳。另外，太子是国家的根本，应当早日挑选贤能之人册立。还有，外戚势力过于强盛，像武三思等人，应当解除他们的机要职务，给予丰厚的俸禄赏赐。此外，郑普思、叶静能凭借小伎俩窃取高位，也是朝政的祸害。”奏疏呈上后，中宗没有理会。
壬戌日，追立妃子赵氏为恭皇后，孝敬皇帝的妃子裴氏为哀皇后。
九月壬午日，中宗在明堂祭祀昊天上帝、皇地只，以高宗配享。
起初，中宗在房陵时，州府官吏的约束限制非常严格；只有刺史河东人张知謇、灵昌人崔敬嗣以礼相待，供给的物资十分丰厚，中宗感激他们的恩德，将张知謇从贝州刺史提拔为左卫将军，赐予范阳公爵位。崔敬嗣已经去世，中宗找到他的儿子崔汪，崔汪嗜酒如命，不能胜任官职，于是任命他为五品散官。
改葬上洛王韦玄贞，葬礼的礼仪都依照太原王（武则天之父武士彟）的旧例。
癸巳日，太子宾客、同中书门下三品韦巨源被罢免为礼部尚书，因为他的叔父韦安石担任中书令的缘故。
任命左卫将军上邽人纪处讷兼任代理太府卿，因为纪处讷娶了武三思妻子的姐姐。
冬季十月，命令唐休瓃留守京师长安。
癸亥日，中宗前往龙门；乙丑日，在新安打猎后返回。
辛未日，任命魏元忠为中书令，杨再思为侍中。
十一月戊寅日，群臣为中宗上尊号为应天皇帝，为韦后上尊号为顺天皇后。壬午日，中宗与韦后前往太庙拜谢祖先，大赦天下；相王、太平公主增加实封户数，都达到一万户。
己丑日，中宗登上洛城南楼，观看泼寒胡戏（西域传入的一种歌舞游戏）。清源尉吕元泰上奏疏，认为“君主应当谋划时令，顺应寒温变化，何必让艺人裸身泼水，在街道上歌舞乞讨呢！”奏疏呈上后，中宗没有采纳。
壬寅日，武则天在上阳宫去世，享年八十二岁。遗制说：“去掉帝号，改称则天大圣皇后。王皇后、萧淑妃的家族以及褚遂良、韩瑗、柳奭的亲属都予以赦免。”
中宗在守丧期间，让魏元忠代理冢宰职务三天。魏元忠一向有忠诚正直的声望，朝廷内外都依赖他；武三思忌惮他，伪造武则天的遗制，安慰晓谕魏元忠，赐予他实封一百户。魏元忠捧着遗制，感动得流泪哭泣，看到的人说：“大势已去了！”
十二月丁卯日，中宗开始在同明殿接见群臣。
武则天将要与高宗合葬于乾陵，给事中严善思上奏疏，认为：“乾陵的墓室用石头做门，铁水浇灌缝隙，如今打开墓室，必须凿刻石头。神明之道，崇尚幽深玄秘，兴师动众加以施工，恐怕会多次惊扰亵渎神灵。况且合葬并非古代的制度，汉朝的各个皇帝陵墓，皇后大多没有合葬，从魏晋以后，才开始有合葬的情况。希望在乾陵旁边另外选择吉祥之地建造陵墓，如果神灵有知，幽冥之路自然会相通；如果神灵无知，合葬又有什么益处呢！”中宗没有听从。
这一年，户部上奏天下共有六百一十五万户，三千七百一十四万多人口。
神龙二年（丙午，公元706年）
春季正月戊戌日，任命吏部尚书李峤为同中书门下三品，中书侍郎于惟谦为同平章事。
闰月丙午日，中宗下制书：“太平、长安、安乐、宜城、新都、定安、金城七位公主都可以开设府署，设置属官。”