桓玄当时虽然派兵抵抗刘裕，但逃跑的念头已经定了，暗中派领军将军殷仲文在石头城准备船只；听说桓谦等人战败，就率领几千亲信，声称要去参战，接着带着儿子桓昺、侄子桓浚逃出南掖门。遇到前相国参军胡藩，胡藩拉住马缰绳劝谏说：“现在羽林射手还有八百人，都是愿意作战的，西边来的人受了桓家几代的恩惠，不驱使他们打一仗，一旦放弃这里，想去哪里安身呢！”桓玄不回答，只是举起马鞭指着天，接着打马快跑，向西直奔石头城，和殷仲文等人坐船向南逃走。一整天没吃东西，身边的人献上粗米饭，桓玄咽不下去，桓昺抱着他的胸口安抚他，桓玄悲痛得受不了。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接他，刘裕在马上抱着王方回，和王仲德相对而哭。他追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕住在桓谦过去的军营里，派刘钟占据东府。庚申日，刘裕屯驻在石头城，设立留守朝廷的百官，在宣阳门外焚烧了桓温的神主牌位，又制作了晋朝新的神主，送入太庙。他派遣众将领追击桓玄，尚书王嘏率领百官迎接皇帝的车驾，诛杀了留在建康的桓玄宗族。刘裕派臧熹进入皇宫，收集图书、器物，封闭府库；看到有镶金的乐器，刘裕问臧熹：“你难道不想要这些吗？”臧熹神色严肃地说：“皇上被囚禁逼迫，流亡在外，将军带头发起大义，为王室操劳，我虽然没什么才能，也实在对这些乐器没兴趣。”刘裕笑着说：“我只是跟你开个玩笑罢了。”臧熹是臧焘的弟弟。
壬戌日，桓玄的司徒王谧和众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞，于是任命王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧又推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
刘裕刚到建康时，各种重大事务的处理都交给刘穆之，在仓促之间做出的安排，没有不符合大家心意的。刘裕于是把他当作心腹，行动举止都向他咨询；刘穆之也尽心竭力，毫无隐瞒。当时晋朝的政令宽松废弛，法纪不立，豪门大族放纵妄为，百姓穷困窘迫，再加上司马元显政令错乱。桓玄虽然想整顿，但法令条文繁多细密，大家都不遵从。刘穆之根据当时的情况酌情处理，随时矫正；刘裕以身作则，先用威严的禁令约束大家；朝廷内外的百官都严肃认真地履行职责，不到十天，风气就有了很大改变。
当初，诸葛长民到了豫州，错过了约定的时间，没能发动起事。刁逵抓住了诸葛长民，用囚车把他送给桓玄。到了当利时，桓玄战败，押送的人一起砸破囚车放出诸葛长民，他返回直奔历阳。刁逵放弃城池逃跑，被他的部下抓住，在石头城被斩首，他的子侄无论老少都被处死，只赦免了他的小弟给事中刁骋。刁逵过去的属吏藏起他的侄子刁雍，送到洛阳，秦王姚兴任命刁雍为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
以前，刘裕名声低微，地位低下，为人轻薄狡诈，没有品行，世家大族都不和他来往，只有王谧特别看重他，对刘裕说：“你会成为一代英雄。”刘裕曾经和刁逵赌博，没能及时交钱，刁逵把他绑在马桩上。王谧看到后，责备刁逵并释放了刘裕，还替他还清了钱。因此刘裕非常怨恨刁逵而感激王谧。
萧方等评论说：蛟龙潜伏的时候，鱼虾也会轻视它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝赦免梁鹄，怎么能因为平民时的嫌隙而造成帝王时的仇怨呢！如今王谧位居三公，刁逵却家族灭亡，酬谢恩德、报复仇怨，心胸多么狭隘啊！
尚书左仆射王愉和他的儿子荆州刺史王绥谋划袭击刘裕，事情泄露，被灭族，王绥的侄子王慧龙被僧彬藏起来，得以幸免。
北魏因为中原地区经济萧条，下诏撤销户数不满一百的县。
丁卯日，刘裕迁到东府镇守。
桓玄到了寻阳，郭昶之给他提供器具物资和兵力。辛未日，桓玄逼迫皇帝向西进发，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队追击他。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨和郭昶之镇守湓口。桓玄在路上自己撰写《起居注》，叙述讨伐刘裕的事情，自认为谋划策略没有一点失误，是各路军队违反了调度，才导致失败。他一心专注于着述，没时间和部下商议时事。《起居注》写成后，向远近各处宣扬展示。
丙戌日，刘裕声称接受了皇帝的秘密诏书，让武陵王司马遵按照皇帝旨意总领百官行事，加封侍中、大将军，于是宣布大赦，只有桓玄一族不被宽恕。
刘敬宣、高雅之联合青州的大族和鲜卑的豪强首领，谋划杀害南燕主慕容备德，推举司马休之为主。慕容备德任命刘轨为司空，非常宠信他。高雅之想邀请刘轨一起谋划，刘敬宣说：“刘公年老体衰，有安定齐地的心愿，不能告诉他。”高雅之最终还是告诉了刘轨，刘轨没有听从。谋划渐渐泄露，刘敬宣等人向南逃走，南燕人抓住刘轨，杀了他，追上高雅之，也杀了他。刘敬宣、司马休之到了淮水、泗水之间，听说桓玄战败，就前来归顺，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕主慕容备德听说桓玄战败，命令北地王慕容钟等人领兵准备夺取江南地区，恰逢慕容备德生病而停止。
夏季四月己丑日，武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都对他恭敬有礼；任免百官的文书称为制书，教化百姓的文书称为令书。任命司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅日，桓玄挟持皇帝到了江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新安排设置百官，任命卞范之为尚书仆射。他自认为战败奔逃之后，担心威严命令不能施行，于是更加严酷地加重刑罚，众人心里更加离散怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“现在因为众将领违反军纪，天象不利，所以才回到旧楚的都城；而这些小人却纷纷乱乱，妄自提出不同意见！正应当用严厉的手段纠正，不能施行宽容的政策。”荆、江各郡听说桓玄流亡，有上奏表问候起居的，桓玄都不接受，反而命令当地官员祝贺迁都新址。
当初，王谧是桓玄辅佐称帝的重要大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解开皇帝的玉玺绶带；等到桓玄战败，众人认为王谧应该被诛杀，刘裕却特意保全了他。刘毅曾经在朝会时，问王谧玉玺绶带在哪里。王谧心里不安，逃到曲阿。刘裕写信报告武陵王，迎接他回来恢复职位。
桓玄哥哥的儿子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败了他们，在练固斩杀了杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里一起镇守湓口。何无忌、刘道规到了桑落洲，庚戌日，何澹之等人带领水军迎战。何澹之平时乘坐的船装饰着羽毛仪仗和旗帜，非常显眼，何无忌说：“贼寇首领一定不在这艘船上，是想欺骗我们罢了，应该赶快攻打它。”众人说：“何澹之不在里面，攻下它也没什么好处。”何无忌说：“现在我们兵力少，敌人兵力多，作战不可能完全胜利，何澹之既然不在这艘船上，船上的战士一定薄弱，我们用精锐部队攻打，一定能攻下；攻下它，那么他们的气势就会受挫，而我们的士气会倍增，趁机逼近他们，一定能打败贼寇。”刘道规说：“好！”于是前去攻打并攻下了这艘船，接着传呼说：“已经抓住何澹之了”。何澹之的军队惊慌混乱。何无忌的部下也认为真的抓住了何澹之，乘胜进攻何澹之等人，把他们打得大败。何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派遣使者护送宗庙的神主牌位返回京城。朝廷加封刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡藩乘坐的船被官军烧毁，胡藩穿着全套铠甲跳入水中，潜水游了三十多步，才得以登上岸。当时去江陵的路已经断绝，他就回到豫章。刘裕一向听说胡藩为人忠诚正直，邀请他参与领军军事。
桓玄收罗荆州的兵力，不到三十天，就有了两万人马，楼船、器械都很精良充足。甲寅日，桓玄又率领各路军队挟持皇帝向东进军，任命苻宏领梁州刺史，作为前锋；又派散骑常侍徐放先去劝降，对刘裕等人说：“如果能撤回军队，解散武装，会给你们重新开始的机会，各自授予官职，让你们不会失去应有的名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑的堂弟悦代大那谋划杀害社仑，没成功，逃奔北魏。
后燕王熙在龙腾苑修建逍遥宫，有几百间相连的房屋，还开凿了曲光海。盛夏时节，士兵得不到休息，中暑而死的超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军，五月癸酉日，和桓玄在峥嵘洲相遇。刘毅等人的兵力不到一万人，而桓玄的士兵有几万人，大家都很害怕，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势不同，现在如果畏缩不前，必定会被对方趁机攻击，就算到了寻阳，又怎能守住呢！桓玄虽然盗用了雄豪的名声，内心其实很胆怯；加上他已经战败奔逃过，部众没有坚定的斗志。在战场上决战，勇猛的一方能取胜，不在于人多。”于是指挥部众率先前进。刘毅等人跟着他一起进军。桓玄常常在船边系上小船，以防失败时逃跑，因此部众都没有斗志。刘毅等人乘风放火，全军精锐奋勇争先，桓玄的部众大败，他烧毁辎重，连夜逃跑。郭铨到刘毅那里投降。桓玄过去的将领刘统、冯稚等人聚集四百多党羽，袭破了寻阳城。刘毅派建威将军刘怀肃讨伐平定了他们。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。
桓玄挟持皇帝乘一艘船向西逃跑，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的船上，请求出去到别的船上收集逃散的士兵，趁机背叛了桓玄，侍奉两位皇后逃往夏口，随后返回建康。
己卯日，桓玄和皇帝进入江陵。冯该劝他再向下游作战，桓玄不听，想逃到汉中投靠桓希，但人心涣散，命令无法施行。庚辰日夜里，桓玄安排好准备出发，城内已经大乱，他就和一百多个亲近心腹骑马从城西逃走。到城门时，身边的人在暗处砍他，没砍中，他的部下互相残杀，尸体横七竖八。桓玄勉强到了船上，身边的人都散开了，只有卞范之在身边。
辛巳日，荆州别驾王康产侍奉皇帝进入南郡府舍，太守王腾之率领文武官员担任侍卫。
桓玄准备去汉中，屯骑校尉毛修之是毛璩的侄子，引诱桓玄进入蜀地，桓玄听从了他。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，在任上去世。毛璩派他哥哥的孙子毛佑之和参军费恬率领几百人，送毛璠的灵柩回江陵。壬午日，在枚回洲遇上桓玄。毛佑之、费恬迎击桓玄，箭下如雨，桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人用身体遮挡桓玄，都死了。益州督护汉嘉人冯迁拔刀上前要杀桓玄，桓玄拔下头上的玉导给他，说：“你是什么人，敢杀天子！”冯迁说：“我杀的是天子的叛贼！”于是斩杀了桓玄，又杀了桓石康、桓浚、庾赜之，抓住桓昺送到江陵，在街市上斩首。皇帝在江陵恢复帝位，任命毛修之为骁骑将军。甲申日，宣布大赦，那些因畏惧逼迫而跟随叛逆的人一概不追究。戊寅日，把神主送进太庙。刘毅等人传送桓玄的首级，挂在大桁上示众。
刘毅等人打了胜仗后，认为大事已定，不急于追击，又遇上大风，船只不能前进，桓玄死了将近十天，各路军队还没到。当时桓谦藏在沮中，扬武将军桓振藏在华容浦，桓玄过去的将领王稚徽戍守巴陵，派人报告桓振说“桓歆已经攻克京城，冯稚又攻克了寻阳，刘毅等人的军队都在中途败退了”。桓振大喜，聚集党羽二百人，袭击江陵，桓谦也聚集部众响应他。闰月己丑日，又攻陷江陵，杀了王康产、王腾之。桓振在行宫见到皇帝，跃马挥戈，一直冲到台阶下，问桓昺在哪里。听说桓昺已经死了，瞪着眼睛对皇帝说：“我们家族哪里对不起国家，却被这样屠杀灭族！”琅邪王司马德文走下座位对他说：“这难道是我们兄弟的意思吗！”桓振想杀皇帝，桓谦苦苦劝阻，他才下马，表情严肃地行礼后出去。壬辰日，桓振为桓玄举办丧事，设立灵堂，谥号为武悼皇帝。
癸巳日，桓谦等人率领群臣向皇帝献上玉玺绶带，说：“主上效法尧禅让给舜，如今楚国国运不长，百姓的心又回归晋朝了。”任命琅邪王司马德文领徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦恢复为侍中、卫将军，加授江、豫二州刺史，皇帝身边的侍从，都是桓振的心腹。
桓振年轻时品行不端，桓玄不把他当侄子看待。到这时，他感叹说：“叔父过去不早点任用我，才导致这样的失败。如果叔父还在，我做前锋，平定天下不在话下。现在独自做这些事，能有什么归宿呢？”于是放纵地沉迷酒色，肆意杀人。桓谦劝桓振领兵向下游作战，自己驻守江陵，桓振一向轻视桓谦，不听他的话。
刘毅到了巴陵，诛杀了王稚徽。何无忌、刘道规在马头进攻桓谦，在龙泉进攻桓蔚，都打败了他们。桓蔚是桓秘的儿子。
何无忌想乘胜直逼江陵，刘道规说：“兵法讲究有进有退，不能冒进。桓氏几代住在西楚，部下都为他们尽力；桓振勇猛冠绝三军，难以和他争胜。暂且可以休整军队，养精蓄锐，慢慢用计策牵制他，不愁不能攻克。”何无忌不听。桓振在灵溪迎战，冯该领兵与他会合，何无忌等人大败，死了一千多人。退回寻阳，和刘毅等人上奏章请罪。刘裕因为刘毅统领各路军队，免去他的青州刺史职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄死了，从白帝进军，到了枝江，听说何无忌等人在灵溪战败，也领兵退回。不久，罗述、甄季之都病了，柳约之到桓振那里假装投降，想谋划袭击桓振，事情泄露，桓振杀了他。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂收集他剩余的部众，据守涪陵。
六月，毛璩派将领攻打汉中，斩杀桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋季七月戊申日，永安皇后何氏去世。
后燕苻昭仪生病，龙城人王荣自称能治好她。苻昭仪死后，后燕王熙把王荣绑在公车门，肢解后焚烧了他。
八月癸酉日，把穆章皇后葬在永平陵。
北魏设置六谒官，仿照古代的六卿。
九月，刁骋谋反，被处死，刁氏家族于是灭亡。刁氏一向富裕，家奴门客横行霸道，独占山林湖泽，是京口的祸患。刘裕分散他们的资产积蓄，让百姓根据自己的力量去拿，一整天都没拿完。当时州郡闹饥荒，百姓依靠这些得以救济。
乞伏乾归和杨盛在竹岭交战，被杨盛打败。
西凉公李暠立儿子李歆为世子。
北魏君主拓跋珪亲临昭阳殿，改任和补充百官，召集朝廷的文武官员，亲自选拔，根据才能授予官职。爵位分为四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。那些官阶第一到第四的，过去有功劳却没有爵位的，追封爵位；宗室中关系疏远的以及异姓袭封爵位的，降爵不等。又设置五等散官，官阶从第五到第九；文官中才能出众的、武官中能当将帅的，官阶也比照第五到第九；百官有缺额，就从这些人中选取补充。官名大多不用汉、魏的旧称，仿照上古的龙官、鸟官，称各部门的使者为凫鸭，取它们飞行迅速的意思；称侦察的候官为白鹭，取它们伸长脖子远望的意思；其他的官名也类似这样。
卢循侵犯南海，攻打番禺。广州刺史濮阳人吴隐之坚守了一百多天。冬季十月壬戌日，卢循在夜里袭击城池，攻陷了番禺，烧毁了官府房舍和百姓房屋，抓住了吴隐之。卢循自称平南将军，代理广州事务。聚集烧剩的尸骨合葬在洲上，有三万多具骷髅。又派徐道覆攻打始兴，抓住了始兴相阮腆之。
刘裕兼任青州刺史。刘敬宣在寻阳，聚集粮食，修缮船只，从未没有防备，所以何无忌等人虽然败退，依靠他得以重新振作。桓玄哥哥的儿子桓亮自称江州刺史，侵犯豫章，刘敬宣打败了他。
刘毅、何无忌、刘道规又从寻阳向西进军，到了夏口。桓振派镇东将军冯该防守东岸，扬武将军孟山图据守鲁山城，辅国将军桓仙客防守偃月垒，部众合计一万人，水陆互相支援。刘毅攻打鲁山城，刘道规攻打偃月垒，何无忌扼守中游，从辰时到午时，两座城都被攻破，活捉了孟山图、桓仙客，冯该逃到石城。
辛巳日，北魏大赦，改年号为天赐。修建西宫。十一月，北魏君主拓跋珪前往西宫，命令宗室设置宗师，八国设置大师、小师，州郡也各自设置师，用来辨别宗族乡党，推荐有才能德行的人，如同魏晋时期中正官的职责。
后燕王熙和苻后出游打猎，向北登上白鹿山，向东越过青岭，向南来到沧海才返回，士兵被虎狼咬死和冻死的有五千多人。
十二月，刘毅等人进军攻克巴陵。刘毅号令严明，所经过的地方百姓安定喜悦。刘裕又任命刘毅为兖州刺史。桓振任命桓放之为益州刺史，屯驻西陵；文处茂打败了他，桓放之逃回江陵。
高句丽侵犯后燕。
戊辰日，北魏君主拓跋珪前往豺山宫。
这一年，晋朝百姓为了躲避战乱，背着孩子逃往淮北的人在路上接连不断。