义熙元年乙巳年，也就是公元405年。
春天正月，南阳太守扶风人鲁宗之起兵袭击襄阳，桓蔚逃往江陵。己丑日，刘毅等各路军队到达马头。桓振挟持皇帝出兵屯驻在江津，派使者请求割让江、荆二州，以此奉送天子返回；刘毅等人不答应。辛卯日，鲁宗之在柞溪打败了桓振的将领温楷，进军屯驻在纪南。桓振留下桓谦、冯该镇守江陵，自己领兵和鲁宗之交战，把鲁宗之打得大败。刘毅等人在豫章口打败了冯该，桓谦放弃城池逃跑。刘毅等人进入江陵，抓住卞范之等人，把他们杀了。桓振返回，望见城中起火，知道江陵已经陷落，他的部众全部溃散，桓振逃到涢川。
乙未日，朝廷下诏，重大事务的处理全都委托给冠军将军刘毅。
戊戌日，宣布大赦，改年号为义熙，只有桓氏一族不被宽恕；因为桓冲忠于王室，特别赦免了他的孙子桓胤。任命鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军、都督益、梁、秦、凉五州诸军事，毛璩的弟弟毛瑾为梁、秦二州刺史，毛瑗为宁州刺史。刘怀肃追击冯该到石城，将其斩杀，桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷都逃奔后秦。桓怡是桓弘的弟弟。
后燕王熙讨伐高句丽。戊申日，攻打辽东。城池即将陷落时，王熙命令将士们：“不准抢先登城，等铲平城墙后，我和皇后乘车进城。”因此城中得以严密防备，最终没能攻克，只好返回。
秦王姚兴任命鸠摩罗什为国师，像对待神一样侍奉他，亲自率领群臣和僧人听鸠摩罗什讲解佛经，又命令鸠摩罗什翻译西域的佛经、论着三百多卷，大规模建造佛塔寺庙，坐禅的僧人常常有上千人。公卿以下的官员都信奉佛教，从此州郡也受到影响，信奉佛教的人十家有九家。
乞伏乾归攻打吐谷浑的大孩，把他打得大败，俘虏了一万多人后返回，大孩逃到胡园死去。视罴的世子树洛干率领剩余的部众几千家逃奔莫何川，自称车骑大将军、大单于、吐谷浑王。树洛干减轻徭役赋税，有功必赏，有罪必罚，吐谷浑重新兴盛起来，沙、漒一带的各戎族都归附了他。
西凉公李暠自称大将军、大都督、领秦、凉二州牧，宣布大赦，改年号为建初，派舍人黄始、梁兴秘密前往建康进献表章。
二月丁巳日，留守朝廷的官员准备好皇帝的车驾前往江陵迎接皇帝，刘毅、刘道规留下屯驻夏口，何无忌侍奉皇帝向东返回。
当初，毛璩听说桓振攻陷江陵，率领三万部众顺流东下，准备讨伐他，派他的弟弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗从外水出兵，参军巴西人谯纵、侯晖从涪水出兵。蜀地人不愿意远征，侯晖到了五城水口，和巴西人阳昧谋划作乱。谯纵为人温和谨慎，蜀地人都爱戴他，侯晖、阳昧一起逼迫谯纵做首领，谯纵不答应，逃到水里；被拉上来后，又被士兵逼着登上车，谯纵又趴在地上，叩头坚决推辞，侯晖把谯纵绑在车上。返回后，在涪城袭击毛瑾，杀了他，推举谯纵为梁、秦二州刺史。毛璩到了略城，听说变故，逃回成都，派参军王琼领兵讨伐谯纵，被谯纵的弟弟谯明子打败，战死的人有十分之八九。益州的营户李腾打开城门接纳谯纵的军队，杀了毛璩和他的弟弟毛瑗，诛灭了他们全家。谯纵自称成都王，任命堂弟谯洪为益州刺史，任命谯明子为巴州刺史，屯驻白帝。从此蜀地大乱，汉中空虚，氐王杨盛派他哥哥的儿子平南将军杨抚占据了汉中。
癸亥日，北魏君主拓跋珪从豺山返回，撤销尚书三十六曹。
三月，桓振从郧城袭击江陵，荆州刺史司马休之战败，逃奔襄阳，桓振自称荆州刺史。建威将军刘怀肃从云杜领兵迅速赶来，和桓振在沙桥交战；刘毅派广武将军唐兴援助他，在战场上将桓振斩杀，重新夺取江陵。
甲午日，皇帝到达建康。乙未日，百官到皇宫请罪，皇帝下诏命令他们恢复职位。
尚书殷仲文因为朝廷音乐不完备，向刘裕进言，请求整治。刘裕说：“现在没有空闲时间顾及这个，而且我生性不懂音乐。”殷仲文说：“喜欢它自然就会懂。”刘裕说：“正因为懂了就会喜欢它，所以我才不学习啊。”
庚子日，任命琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史照旧，刘毅为左将军，何无忌为右将军、督豫州、扬州五郡军事、豫州刺史，刘道规为辅国将军、督淮北诸军事、并州刺史，魏咏之为征虏将军、吴国内史。刘裕坚决辞让不接受，朝廷又加授他录尚书事，他还是不接受，多次请求返回藩镇；皇帝下诏让百官敦促劝进，皇帝还亲自到他的府第。刘裕惶恐不安，又到皇宫陈述请求，皇帝才允许他返回藩镇。任命魏咏之为荆州刺史，代替司马休之。当初，刘毅曾经担任刘敬宣的宁朔参军，当时有人用雄杰来称赞他。刘敬宣说：“非凡的人才自有气度，怎么能就说他是人中豪杰呢！这个人的性格，外表宽厚而内心猜忌，自夸而又好胜，如果一旦得志，也会因为欺凌上级而招致灾祸。”刘毅听说后很恨他。等到刘敬宣担任江州刺史，他以没有功劳为由推辞，认为自己不应该比刘毅等人先受到任用，刘裕不答应。刘毅派人对刘裕说：“刘敬宣没有参与最初的谋划。猛将和有功劳的大臣，正需要按功行赏；像刘敬宣这样的人，应该排在后面。如果您不忘过去的交情，只可以让他做员外常侍。听说已经授予他郡守的职位，实在是过于优厚了；不久又要让他担任江州刺史，更让人惊讶惋惜。”刘敬宣更加不安，自己上表请求解除职务；于是被召回担任宣城内史。
夏天四月，刘裕返回京口镇守，改授都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史。
卢循派使者前来进贡。当时朝廷刚刚平定，没有空闲去征讨他；壬申日，任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循送给刘裕益智粽，刘裕回赠他续命汤。卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞劝卢循说：“我本来不是军旅之人，在这里没什么用处；向来受到刘镇军（指刘裕）的厚待，如果能回到北方，必定会受到任用，无论公私场合，都会报答您的厚恩。”卢循认为他说得很对。刘裕给卢循写信，让他遣送吴隐之回来，卢循不答应。王诞又劝卢循说：“将军现在留下吴公，对公私都没好处。孙伯符（孙策）难道不想留下华子鱼（华歆）吗？只是因为一境之内容不下两个君主罢了。”于是卢循派吴隐之和王诞一起返回。
当初，南燕主慕容备德在秦国做官时担任张掖太守，他的哥哥慕容纳和母亲公孙氏住在张掖，慕容备德跟随秦王苻坚侵犯淮南时，留下一把金刀和母亲告别。慕容备德和燕王慕容垂在山东起兵后，张掖太守苻昌收捕了慕容纳和慕容备德的几个儿子，把他们都杀了，公孙氏因为年老得以赦免，慕容纳的妻子段氏正在怀孕，没有被处决。狱掾呼延平是慕容备德过去的下属，偷偷带着公孙氏和段氏逃到羌中。段氏生下儿子慕容超，十岁时公孙氏生病，临终前，把金刀交给慕容超说：“你如果能回到东方，应当把这把刀还给你的叔叔。”呼延平又带着慕容超母子逃奔到凉州。等到吕隆投降秦国，慕容超跟随凉州的百姓迁徙到长安。呼延平去世后，段氏为慕容超娶了呼延平的女儿为妻。
慕容超担心被秦国人收捕，就假装疯狂，沿街乞讨；秦国人都看不起他，只有东平公姚绍见了觉得他不一般，对秦王姚兴说：“慕容超身材相貌奇特不凡，恐怕不是真的疯狂，希望能稍微给他点官爵来笼络他。”姚兴召见慕容超，和他交谈，慕容超故意说些荒谬的话来回答，有时问他也不回应。姚兴对姚绍说：“谚语说‘漂亮的皮肤包裹不住丑陋的骨头’，不过是瞎说罢了。”于是把他放了。
慕容备德听说哥哥慕容纳有个遗腹子在秦国，就派济阴人吴辩去寻访。吴辩通过在长安以占卜为生的同乡宗正谦，把消息告诉了慕容超。慕容超不敢告诉母亲和妻子，偷偷和宗正谦改名换姓逃回南燕。走到梁父时，镇南长史悦寿把这事报告给兖州刺史慕容法。慕容法说：“从前汉朝有个占卜的人冒充卫太子，现在怎么知道他不是这类人呢！”对慕容超不加礼遇。慕容超因此和慕容法产生了嫌隙。
慕容备德听说慕容超到了，非常高兴，派三百名骑兵去迎接。慕容超到了广固，把金刀献给慕容备德。慕容备德痛哭不止，悲伤得不能自已。他封慕容超为北海王，任命为侍中、骠骑大将军、司隶校尉、开府，还精心挑选当时的贤才做他的僚属。慕容备德没有儿子，想把慕容超立为继承人。慕容超在宫内侍奉慕容备德极尽孝道，在宫外对士人谦逊有礼，因此朝廷内外的赞誉和期望都集中到他身上。
五月，桂阳太守章武王司马秀和益州刺史司马轨之谋反，被杀。司马秀的妻子是桓振的妹妹，所以他因自疑而谋反。桓玄的残余党羽桓亮、苻宏等人，还有十多股在郡县聚众作乱，刘毅、刘道规、檀祗等人分兵讨伐，把他们都消灭了，荆、汀、江、豫等地都平定了。朝廷下诏任命刘毅为都督淮南等五郡军事、豫州刺史，何无忌为都督江东五郡军事、会稽内史。
北青州刺史刘该反叛，勾结北魏作为援军，清河、阳平二郡太守孙全聚集部众响应他。六月，北魏豫州刺史索度真、大将斛斯兰侵犯徐州，包围彭城。刘裕派他的弟弟南彭城内史刘道怜、东海太守孟龙符领兵救援，斩杀了刘该和孙全，北魏军队战败逃走。孟龙符是孟怀玉的弟弟。
后秦陇西公姚硕德讨伐仇池，多次打败杨盛的军队；将军敛俱攻打汉中，攻克成固，把三千多家流民迁到关中。秋季七月，杨盛向后秦请求投降。后秦任命杨盛为都督益、宁二州诸军事、征南大将军、益州牧。
刘裕派使者到后秦求和，并且请求归还南乡等几个郡，秦王姚兴答应了。大臣们都认为不可以，姚兴说：“天下的善行都是一样的。刘裕从低微的地位崛起，能够讨伐诛杀桓玄，复兴晋室，对内整顿政务，对外整治边疆，我何必吝惜几个郡，不成就他的好事呢！”于是割让南乡、顺阳、新野、舞阴等十二个郡给晋朝。
八月，后燕辽西太守邵颜有罪，逃亡做了强盗；九月，中常侍郭仲讨伐并斩杀了他。
汝水干涸了，南燕主慕容备德对此很厌恶，不久就卧病在床。北海王慕容超请求祈祷，慕容备德说：“君主的寿命长短由上天决定，不是汝水能控制的。”慕容超坚持请求，慕容备德还是不答应。
戊午日，慕容备德在东阳殿召见群臣，商议立慕容超为太子。不久发生地震，百官惊恐，慕容备德自己也不安，回到宫中。当天夜里，他病情加重，不能说话。段后大声说：“现在召中书来写诏书立慕容超为太子，可以吗？”慕容备德睁开眼睛点头。于是立慕容超为皇太子，大赦天下，慕容备德不久就去世了。他们制作了十多口棺材，夜里，分别从四个城门运出，偷偷埋葬在山谷中。
己未日，慕容超登上皇帝位，大赦天下，改年号为太上。尊奉段后为皇太后。任命北地王慕容钟为都督中外诸军、录尚书事，慕容法为征南大将军、都督徐、兖、扬、南兖四州诸军事，加封慕容镇为开府仪同三司，任命尚书令封孚为太尉，鞠仲为司空，封嵩为尚书左仆射。癸亥日，把慕容备德虚葬在东阳陵，谥号为献武皇帝，庙号世宗。
慕容超把亲信公孙五楼当作心腹。慕容备德过去的大臣北地王慕容钟、段宏等人都感到不安，请求到外地任职。慕容超任命慕容钟为青州牧，段宏为徐州刺史。公孙五楼为武卫将军，领屯骑校尉，参与朝政。封孚劝谏说：“我听说亲信不能安置在外地，寄居的人不能安置在朝廷内。慕容钟是国家的宗室重臣，国家的依靠；段宏是外戚中有美德声望的人，百姓都敬仰他；他们正应该辅佐朝政，不适合到远方镇守。现在慕容钟等人出京镇守，公孙五楼在朝廷内辅佐，我私下里感到不安。”慕容超不听。慕容钟、段宏心里都不满，互相说：“黄狗的皮，恐怕最终要用来补狐裘啊。”公孙五楼听说后恨他们。
魏咏之去世，江陵令罗修谋划起兵袭击江陵，尊奉王慧龙为主。刘裕任命并州刺史刘道规为都督荆、宁等六州诸军事、荆州刺史。罗修没能发动起事，侍奉王慧龙逃奔后秦。
乞伏乾归讨伐仇池，被杨盛打败。西凉公李暠和长史张邈谋划迁都酒泉，来逼近沮渠蒙逊；任命张体顶为建康太守，镇守乐涫，任命宋繇为敦煌护军，和他的儿子敦煌太守李让镇守敦煌，于是把都城迁到酒泉。
李暠亲手写命令告诫几个儿子，认为：“从政的人应当谨慎地施行赏罚，不要凭个人的爱憎行事，亲近忠诚正直的人，疏远奸佞谄媚的人，不要让身边的人窃取权力、作威作福。对批评和赞誉，应当研究核查真假；处理诉讼案件，一定要和颜悦色地依照道理，千万不要预先怀疑别人欺诈，主观臆断，轻易地发脾气。一定要广泛咨询，不要独断专行。我治理政事五年，虽然没能让百姓休养生息，但能包容别人的过失，早上还是仇敌，晚上就可以托付心腹，大体上没有辜负新交旧友，处理事务公平，胸怀坦荡没有私心，一开始就不怀偏见，对事物的增减都有分寸。从眼前看好像做得不够，但从长远看却是足够的，或许也无愧于前人了。”
十二月，后燕王熙袭击契丹。
义熙二年（丙午，公元406年）：
春天正月甲申日，北魏主拓跋珪前往豺山宫。各州设置三个刺史，各郡设置三个太守，各县设置三个令长；刺史、令长分别到所在的州、县任职，太守虽然设置了却不管理百姓，功臣担任州刺史的都被召回京城，以爵位回家。
益州刺史司马荣期在白帝攻打谯明子，打败了他。
后燕王熙到了陉北，害怕契丹人多，想回去，苻后不答应，戊申日，于是放弃辎重，率领轻装部队袭击高句丽。
南燕主慕容超猜忌暴虐一天比一天厉害，政令出自受宠的权贵，他沉迷于游乐打猎，封孚、韩讠卓多次劝谏，他都不听。慕容超曾经在朝堂上问封孚：“我可以和前代的哪个君主相比？”封孚回答说：“桀、纣。”慕容超又惭愧又愤怒，封孚从容地走出去，脸色一点都没变。鞠仲对封孚说：“和天子说话，怎么能这样！应该回去道歉。”封孚说：“我年纪七十了，只寻求死的地方罢了！”最终也没去道歉。慕容超因为他有很高的声望，宽容了他。
桓玄叛乱时，河间王司马昙之的儿子司马国璠、司马叔璠逃奔南燕。二月甲戌日，司马国璠等人攻打弋阳。
后燕军队行军三千多里，士兵和马匹疲惫寒冷，死的人在路上接连不断，攻打高句丽的木底城，没能攻克就返回了。夕阳公慕容云被箭射伤，而且害怕后燕王熙的暴虐，于是以生病为由辞去官职。
三月庚子日，北魏主拓跋珪返回平城。夏季四月庚申日，又前往豺山宫。甲午日，返回平城。
柔然社仑侵犯北魏边境。
五月，后燕主慕容宝的儿子博陵公慕容虔、上党公慕容昭，都因受猜疑而被赐死。
六月，后秦陇西公姚硕德从上邽入朝，秦王姚兴为他大赦天下；等他回去时，姚兴送他到雍城才返回。姚兴对待晋公姚绪和姚硕德都像家人一样有礼节，车马、服饰玩物，先送给两位叔叔，自己用次一等的，国家大政，都向他们咨询后才施行。
秃发傉檀讨伐沮渠蒙逊，沮渠蒙逊环城固守。秃发傉檀到赤泉后返回，向后秦献上三千匹马、三万只羊。秦王姚兴认为他忠诚，任命秃发傉檀为都督河右诸军事、车骑大将军、凉州刺史，镇守姑臧，征召王尚回长安。凉州人申屠英等派主簿胡威到长安请求留下王尚，姚兴不答应。胡威见了姚兴，流着泪说：“我们州归附陛下的教化，到现在已经五年了，这里地域偏僻遥远，朝廷的威严和恩泽难以到达，士人百姓卧薪尝胆，共同坚守孤城；上靠陛下的圣德，下靠贤明长官的仁政，才得以保全，直到今天。陛下怎么能把我们这些人换成三千匹马、三万只羊呢？轻视百姓看重牲畜，恐怕不可以啊！如果军国需要马匹，只需烦劳尚书下一道命令，我们州三千多户人家，每户献一匹马，早上下令晚上就能办好，有什么困难呢！从前汉武帝用尽天下的财力，开拓河西，来斩断匈奴的右臂。现在陛下无故放弃五郡之地的忠良华人，来资助残暴的敌人，不仅我们州的士人百姓会陷入水深火热之中，恐怕还会成为圣朝日夜担忧的事。”姚兴后悔了，派西平人车普骑马去阻止王尚，又派使者告诉秃发傉檀。恰逢秃发傉檀已经率领三万步兵骑兵驻扎在五涧，车普先把情况告诉了他，秃发傉檀立刻逼迫王尚离开；王尚从清阳门出城，秃发傉檀从凉风门进城。
别驾宗敞送王尚回长安，秃发傉檀对宗敞说：“我得到凉州三千多户人家，感情所寄托的，只有你一个人，为什么要舍我而去呢！”宗敞说：“现在送旧主，正是对殿下忠诚的表现啊。”秃发傉檀说：“我刚治理你们州，安抚远近百姓的策略该怎么做？”宗敞说：“凉州虽然凋敝，但地势险要。殿下善待安抚百姓，收揽贤才俊杰来建立功名，有什么追求不能实现呢！”于是推荐了本州十多位文武名士，秃发傉檀赞许并接纳了他们。王尚到了长安，姚兴任命他为尚书。
秃发傉檀在宣德堂宴请群臣，抬头看着堂屋感叹说：“古人有句话：‘建造的人不住，住的人不建造’。确实是这样啊。”武威人孟祎说：“从前张文王（张骏）开始建造这座堂，到现在一百年了，经历了十二个主人，只有践行诚信、思虑顺应天道的人才能长久居住在这里。”秃发傉檀认为他说得好。
北魏主拓跋珪规划平城，想仿照邺、洛、长安，扩建宫殿。因为济阳太守莫题有精巧的构思，召见他，和他商议工程事宜。莫题长期侍奉后渐渐懈怠，拓跋珪发怒，赐他死。莫题是莫含的孙子。于是征发八部五百里内的男丁修建南宫，宫门高十多丈，挖掘沟池，扩大苑囿，规划建立外城，方圆二十里，分别设置市区，三十天完工。
秋季七月，北魏太尉宜都丁公穆崇去世。
八月，秃发傉檀任命兴城侯秃发文支镇守姑臧，自己返回乐都；虽然接受后秦的爵位任命，但他的车马服饰礼仪，都像君王一样。
甲辰日，北魏主拓跋珪前往豺山宫，接着到了石漠。九月，越过漠北；癸巳日，向南返回长川。
刘裕听说谯纵反叛，派龙骧将军毛修之领兵和司马荣期、文处茂、时延祖一起讨伐他。毛修之到宕渠，司马荣期被他的参军杨承祖杀害。杨承祖自称巴州刺史，毛修之退回白帝。
秃发傉檀向西凉请求和好，西凉公李暠答应了。沮渠蒙逊袭击酒泉，到安珍。李暠战败，据城防守，沮渠蒙逊领兵返回。
南燕公孙五楼想独揽朝政，向燕主慕容超诬陷北地王慕容钟，请求诛杀他。南燕主慕容备德去世时，慕容法没有来奔丧，慕容超派使者责备他；慕容法害怕，于是和慕容钟及段宏谋反。慕容超听说后，征召慕容钟，慕容钟称病不到。慕容超收捕他的党羽侍中慕容统等人，杀了他们。征南司马卜珍告发左仆射封嵩多次和慕容法往来，怀疑有奸谋，慕容超收捕封嵩下廷尉狱。太后害怕，哭着对慕容超说：“封嵩多次派黄门令牟常劝我说：‘皇帝不是太后亲生的，恐怕会依照永康年间的旧例（指慕容宝杀段后事）。’我一个妇人见识短浅，害怕被皇帝杀害，就把这话告诉了慕容法。慕容法谋划失误，我还有什么可说的。”慕容超于是用车裂之刑处死封嵩。西中郎将封融逃奔北魏。
慕容超派慕容镇攻打青州，慕容昱攻打徐州，右仆射济阳王慕容凝及韩范攻打兖州。慕容昱攻克莒城，段宏逃奔北魏。封融和一群盗贼袭击石塞城，杀了镇西大将军余郁，国内震动恐慌。济阳王慕容凝谋划杀韩范，袭击广固，韩范得知后，领兵攻打慕容凝，慕容凝逃奔梁父；韩范合并了他的部众，攻打梁父，攻克了它。慕容法逃奔北魏，慕容凝逃奔后秦。慕容镇攻克青州，慕容钟杀了自己的妻子儿女，挖地道逃出，和高都公慕容始都逃奔后秦。后秦任命慕容钟为始平太守，慕容凝为侍中。
南燕主慕容超喜欢变更旧制度，朝廷内外大多不高兴；又想恢复肉刑，增加烹煮、车裂的刑罚，因众人意见不合而作罢。
冬季十月，封孚去世。
尚书评议兴复晋室的功劳，上奏封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安城郡公，其余的人封赏各有差别。
梁州刺史刘稚反叛，刘毅派将领讨伐并擒获了他。
庚申日，北魏主拓跋珪返回平城。
乙亥日，任命左将军孔安国为尚书左仆射。
十一月，秃发傉檀迁都到姑臧。
乞伏乾归到后秦入朝。
十二月，任命何无忌为都督荆、江、豫三州八郡军事、江州刺史。
这一年，桓石绥和司马国璠、陈袭在胡桃山聚集部众做强盗，刘毅派司马刘怀肃讨伐打败了他们。桓石绥是桓石生的弟弟。