僧道之讼的余波尚未平息，一场关乎性命与认知的冲突，在南京城杏林界与市井街巷间骤然引爆。这一次，争议的焦点并非田产赋税，而是医道本身——新旧医理与治疗规范的碰撞。
事起于一场时疫。去岁冬寒，今春回暖迟缓，南京城内忽起“喉痹之症”（疑似猩红热或白喉），患者咽喉肿痛、发热、甚者周身发疹，传染迅猛，孩童尤易罹患，已致数十人殒命。
太医院依古法，判定为“瘟毒内蕴，肺胃热盛”，主张以清热解毒、宣肺利咽之方剂应对，并严令隔离患者，焚熏药草以避秽气。此法沿用百年，虽有效验，然面对此次凶猛时疫，似乎力有未逮，病患依旧不断增加，民心惶惶。
于此焦灼之际，格物院医学院在李仲景主持下（经历输血风波后，其研究更为谨慎），联合几位潜心研究病理的医师，通过改良的显微镜观察了患病孩童喉部分泌物，发现其中存在大量前所未见的“微小活物”（细菌）。他们基于此观察，结合疫病传染特性，大胆提出此症或由“微虫”经口鼻传入所致，并尝试推行一套新的防治方法：建议患者佩戴口罩（以细密棉布制成），所用餐具衣物需以沸水煮烫，病患居所注重通风，并以石灰水洒扫。同时，他们根据大量病例记录和初步的统计分析，发现某些含有特定成分（如黄连、黄芩等，其提取液在实验中显示出抑制“微虫”生长的迹象）的方剂，结合精心护理，效果似乎优于传统方剂。
此论此策一出，立刻在南京医界掀起了滔天巨浪。
以太医院院使为首的守旧派医官勃然大怒。
“荒谬！无稽之谈！”院使在太医院内当着众多太医的面，将一份格物院散发的《喉痹症防护建议》摔在地上，“疾病之生，源于阴阳失调，戾气侵体，乃气化之变！何来‘微虫’之说？此等虚妄之言，实乃魔道！那口罩、沸煮，更是无稽之谈，徒乱人心！格物院妄涉医道，以镜窥秽，已入邪途！”
他们的反对，源于根深蒂固的医学理论体系（阴阳五行、六淫七情）被颠覆的恐惧，以及权威受到挑战的愤怒。许多秉承家传师授、对《内经》《伤寒》奉若圭臬的老医师，亦对“微虫说”嗤之以鼻，认为这是离经叛道，玷污医道清名。
冲突很快从理论争执蔓延至实际救治。城中一富户幼子染病，病情危重。家人同时延请了太医院的一位太医和格物院医学院的一位年轻医师。太医诊脉后，开出清瘟解毒重剂。年轻医师则坚持要求先将患儿隔离，所有接触者佩戴口罩，并对患儿居所和用品进行沸煮消毒，再行用药。双方在病榻前争执不下，富户家人不知所措。
最终，富户选择了相信太医的权威。然而，患儿服药后病情未见好转，反而因家中仆役往来，将疫病传染给了其幼妹。不久，幼子夭折，幼妹亦病重垂危。富户悲愤交加，一纸诉状将格物院医学院告上应天府衙，指控其“妖言惑众，延误诊治，致人死命”！
此案顿时成为南京城关注的焦点。
都察院李守俊等人岂会放过此等良机。他们迅速将此事与之前的“血脉疑云”联系起来，在朝会上猛烈抨击。
“陛下！格物院屡涉生死之事，前有输血害命，今又妄言微虫，延误救治，致人夭亡！此非格物，实乃戕生！”李守俊言辞激烈，直指核心，“医道关乎性命，岂容此等未经千年验证之邪说泛滥？若任其妄为，则天下病患将尽成其试验之物，国之民命，危矣！臣请陛下严惩格物院涉医之人，重申太医院为医道正统，禁绝此类邪说流传！”