他们的攻击，将一场医学争议迅速上升到了“妖言惑众”、“戕害民命”的政治高度，意图一举将格物院的医学研究彻底扼杀。
议会内部，支持格物院的议员也面临着巨大的道德压力。毕竟，有孩童夭折的事实摆在眼前，舆论对格物院极为不利。
面对汹涌的指责和诉讼，王贞仪和李仲景承受着空前的压力。夭折的幼童像一块巨石压在心头，但他们基于观察和统计的信心并未完全崩溃。李仲景在病患记录中发现，严格遵循了新防护建议的少数家庭，其成员染病和重症比例确实显着低于平均水平。
林川深知，此案关乎的不仅是格物院的声誉，更是未来医学乃至整个自然科学能否基于实证得以发展的路径。他再次展现出冷静的判断和长远的布局。
他首先要求应天府衙对此案进行公开审理，并允许太医院和格物院双方各自陈述理据，邀请南京城内有声望的医者、士绅乃至《大明公报》记者旁听。将争议置于阳光之下。
其次，他请徐承烈调派军中医官，协助格物院医学院，在疫情最严重的城南区域，选取几条街巷，进行严格的“对照”试点。一条街巷完全采用太医院传统方法，另一条则强制推行格物院的防护措施并辅以其建议方剂，详细记录发病、转归、死亡等数据。
同时，他授意顾炎成等人，在《大明公报》上不仅报道诉讼本身，更开辟专栏，邀请支持改革的医者撰文，介绍显微镜下的发现，阐述“微虫说”的推理过程，以及“隔离”、“消毒”等概念在《黄帝内经》等古籍中其实亦有类似思想萌芽（如“避其毒气”），试图在传统理论框架内为新说寻找支点，减少直接的文化冲击。
公开审理上，双方引经据典，争得面红耳赤。格物院拿出的显微镜图谱和初步统计数据，在太医院看来是“奇技淫巧”和“数字游戏”；太医院引用的古典医经，在格物院看来则缺乏实证。
就在审理僵持不下时，城南试点区的初步数据开始汇总。虽然时间尚短，难以得出最终结论，但强制推行新防护措施的那几条街巷，新增病例数出现了明显下降，尤其是重症和死亡病例。而完全采用传统方法的街巷，疫情依旧蔓延。
这些初步数据，虽不足以完全证明“微虫说”的正确性，却以铁一般的事实，证明了新防护措施的有效性！
数据公布后，舆论开始出现微妙变化。一些原本持怀疑态度的市民，开始偷偷模仿那些防护措施。就连太医院内部，一些年轻医官也开始私下讨论那些数据和显微镜下的发现。
最终，应天府衙的判决极为谨慎：认定格物院医学院在此次富户救治中，虽有理论争议，但其建议的防护措施本身并未被证实有害，且其与患儿夭折无直接因果关系，故不予定罪。但同时，也申明太医院在疫病防治中的主导地位，要求格物院涉医研究需更为审慎，不得干扰正常诊疗秩序。
这个判决，双方都未完全满意，但格物院及其代表的实证医学思想，总算在狂风暴雨中勉强站稳了脚跟。那用数据和事实垒起的微小阵地，虽不坚固，却为未来医学的革新，守住了一线生机。新制度的生命力，在挑战最关乎人命的传统认知壁垒时，再次彰显了事实与证据那沉默而强大的力量。