案件最终被上报至南京刑部。刑部官员也感到棘手，便将此案与议会司法委员会进行咨议。
林川得知此事后，意识到这已非简单的经济纠纷，而是世俗法权与宗教特权的一次正面碰撞。他给出了明确的指导原则：“国法面前，众生平等。宗教信仰自由当予尊重，然田产置于国土，享用地方安宁，自当承担相应赋税义务。此乃立国之基，不可动摇。”
在他的授意下，议会司法委员会与刑部、礼部（辖僧录司、道录司）组成了联合审议小组，专门处理此案。
审议过程异常艰难。僧道代表坚持“田产非私产，乃三宝物、十方财”的传统观念，认为纳税是对信仰的亵渎。而司法派官员则坚持“普天之下，莫非王土”，田产既有收益，便应纳粮。
面对僵局，一位参与审议的、较为开明的礼部官员提出了一个折衷方案：承认寺观田产的特殊性，但其产生的收益，若超出维持该寺观基本宗教活动与僧道基本生活所需的部分，是否可视为“盈余”，对此“盈余”部分课税？同时，对于真正清修、田产微薄的小寺观，可设定起征点，予以免税。
这个方案试图在坚持税法原则的前提下，体现对宗教的尊重和照顾。
然而，此议一出，遭到了更强烈的反对。慧明师太等人认为，如何界定“基本所需”与“盈余”？这本身就是对佛门清净的干涉。李守俊等人则斥责此方案“巧立名目，实则与全面课税无异”。
案件审议再次陷入僵局。
就在此时，沈万三商会下一位精通算术的掌柜，受议会委托，对南京几家大寺庙的田产收支进行了一次非官方的测算。测算结果虽不精确，却显示某些大寺田产收入颇丰，远超过其宗教活动开销，甚至用于放贷、购置更多田产。
这份非正式的测算数据虽未被正式采纳，却在议会内部流传开来，让许多议员意识到，宗教田产问题背后，可能也隐藏着巨大的经济利益，并非全然是信仰问题。
最终，在巨大的争议和反复权衡下，联合审议小组达成了一个极其谨慎的决议：原则上，寺观田产需纳入征税范围，但具体执行细则，需由礼部牵头，会同户部、议会，另行制定《寺观田产管理与税赋征收特别条例》，在条例出台前，慈云庵一案暂缓执行，各地类似情况参照此例。
这个决议，实际上是将皮球又踢了回去，并未解决根本问题。但它明确了一个方向：宗教田产不能完全置身于国法之外。同时，也为后续更细致、更妥善地处理政教关系留下了空间。
慈云庵的税赋暂时不用交了，但悬在众多寺观头顶的达摩克利斯之剑并未移除。这场“僧道之讼”，以一种未完成的状态暂时告一段落，它深刻地揭示出，制度复兴的道路上，不仅需要对抗世俗的旧势力，还需要谨慎地处理超越世俗的信仰与特权，其复杂与微妙，远超寻常。新制度的生命力，在触及这片神圣领域时，显得格外谨慎，却也格外坚定地，试图为其划下一条属于世俗国家的边界。