公元前41年春季二月，冯奉世返回京师，随后就被任命为左将军，并赐予了关内侯的爵位。
秋季七月，朝廷任命平恩侯许嘉担任大司马、车骑将军，朝中有人就是好，啥功不立，就能被封侯。
十一月份，国家在发生地震的同时还下起了瓢泼大雨，这天灾真是不断呀。为了解决因为国家财政不足以及百姓赋税减免过多引起的无法承担朝廷内外徭役的问题，朝廷决定恢复盐铁官制度，并设立博士弟子一千人。
公元前40年的春季二月，元帝又下令大赦天下。
过了几天，天空又出现了日食现象。元帝就召见此前预言日食的周堪、张猛等人，并对他们进行了一番责备，他们只能连忙叩头谢罪。骂完了之后，元帝又下诏称赞周堪的品德，还将他征召到自己临时驻跸之处，并任命他为光禄大夫，俸禄为中二千石，同时让他掌管尚书事务；张猛则被任命为太中大夫、给事中。然而，当时的中书令石显实际上是在掌控尚书事务，尚书部门的五名官员都是他的党羽。这就使得周堪就很难直接见到元帝，汇报事情还的通过石显，这就使得石显掌握了事情的决策权。后来，周堪就因为生病，说不出来话了，没多久就去世了。周堪死了之后，石显就开始诬陷张猛，最终逼得他在公车官署自杀身亡。
秋季七月，朝廷就废除了昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后、戾太子、戾后的陵园祭祀活动，只留下了几个官吏和士卒负责看守。
冬季十月，朝廷又下诏废除各郡国的祖宗庙。各陵园归属三辅（治理京畿地区的三位官员及其管辖地区）管理。此外，元帝还将渭城寿陵亭部原上选为了自己的陵墓所在地，同时下诏陵墓所在地不再设置县邑，也不迁徙郡国的百姓到此处居住。
公元前39年十二月，朝廷根据韦玄成等人的建议，直接毁掉了太上皇以及孝惠皇帝的寝庙园。
元帝非常喜爱儒术和文学辞章，又对宣帝时期的很多政策都做了改动。这样一来，给朝廷提建议的人大多能得到皇上的召见，大家都以为自己得到了皇上的赏识。元帝很宠爱傅昭仪和她的儿子济阳王刘康，宠爱程度甚至超过了皇后和太子。看到这情况，太子少傅匡衡就上奏疏说：我听说，国家治乱安危的关键就在于君王会谨慎的处理朝中事务。接受天命登基的君王，一定要开创基业，让江山世代传承；继位的君王，则应当继承和发扬先王的德行，将他们的功业发扬光大。过去周成王继位后，就开始思考如何继承文王和武王的道统，把伟大的功业归功于文王和武王，却不敢独自居功，所以上天对他是欣然庇佑，就连鬼神也护佑他。如今陛下的圣德如同上天爱护百姓一样，让人赞不绝口，但现在却出现了阴阳失调，奸邪之人祸乱朝政的事情，这或许是因为议论政事的人没有弘扬先帝的伟大功业，反而争先恐后的批评现有制度的弊端，一心想要变更。结果变更后却发现无法施行，只能再次恢复旧制度，这就导致群臣之间相互指责，官吏百姓也不知该如何是好。我私下里为国家放弃已经成熟的制度感到可惜，希望陛下能够仔细考虑治国大业，留意遵循合理的制度、弘扬先帝的功业，以此来安定群臣百姓的心。《大雅》中说：不要忘记你的祖先，修习他们的德行，这是最高尚品德的根本。《传》中说：要是能审慎的对待自己的喜好和厌恶，同时理顺自己的情性，这样王道就能完备了。修养性情的方法，就是要审视自己的长处，弥补自己的不足之处。聪明通达的人要警惕自己的行为是否过于苛察，见识少的人要警惕自己的思路是否闭塞，勇猛刚强的人要警惕自己的脾气是否过于暴躁，仁爱温良的人要警惕自己的性格是否优柔寡断，沉静安舒的人要警惕自己做事是否拖延，心胸宽广的人要警惕自己是否健忘。作为人必须要清楚自己需要警惕的地方，并用‘义’来规范自己的行为，这样才能实现中和的教化，而那些投机取巧的人就不敢结党营私来谋求晋升了。希望陛下对臣说的这些提高警惕，以弘扬圣德！
我还听说，如果家庭的伦理道德修养好了，那天下的治理自然就合乎道理了。所以《诗经》以《国风》为开始，《礼记》则以冠礼、婚礼为根本。《诗经》以《国风》为开篇，是为了探究人的情性从而明确社会秩序中的人伦关系；《礼记》以冠礼、婚礼为根本，是为了奠定良好的社会基础，防范不好的事情发生。因此圣明的君王一定要慎重的处理自己与妃嫔、皇后之间的关系，明确嫡长子的地位，这说明礼制在后宫同样重要。地位低的不能超越地位高的，新进门的不能排在旧人的前面，这是为了顺应人情、理顺阴气；尊崇嫡子、轻视庶子，嫡子在阼阶行冠礼，用醴酒庆贺，其他的儿子就不能参与，这是为了彰显嫡子的尊贵地位、消除兄弟之间的嫌疑。这不仅是表面上的礼仪形式，更应该是根植于内心的教化，所以礼仪是探究人的内心真情后在外部的体现。圣人的行动、休息、游乐，所亲近的人都有恰到好处的顺序，那么天下自然会变得秩序井然，百姓自然会顺从国家的教化。如果该亲近的人被疏远，该尊贵的人被贬低，那么那些奸佞取巧之徒就会趁机兴风作浪，扰乱国家的秩序。所以圣人会非常谨慎防范事情的开端，在不好的事情发生之前就加以禁止，不会因为个人私情就损害公共大义。《传》中说：如果能把家庭治理好，那么天下就能安定了！
想当初，汉武帝在黄河决口处建造了宣房宫。后来，黄河又在馆陶北面决口，形成了屯氏河，河水朝着东北方向流入大海，因此屯氏河的宽度和深度变得与黄河相当，所以朝廷就让它顺其自然的发展，没有去进行堵塞。这一年，黄河又在清河灵鸣犊口决口，屯氏河因此就断流了。
公元前38年，河间王刘元因为滥杀无辜被废黜了王位，最后还把他迁徙到了房陵居住。朝廷又下令废除了孝文太后寝庙的祭祀园。
就在这些事情告一段落后，元帝就带着后宫的嫔妃们前往虎圈观看斗兽表演。就在众人看的兴起时，有一只熊逃出了虎圈，然后就发现它顺着栏杆在攀爬，看样子想要冲进大殿里来，这把元帝身边的侍从、贵族以及傅婕妤等人都吓得逃跑了。只有冯婕妤毫不畏惧的挺身而出挡在了熊的面前。随后，反应过来的左右侍从才将熊给击杀了。事后，元帝就问冯婕妤：大家都被熊吓得逃跑，你为什么敢挡在熊的面前？冯婕妤回答说：猛兽抓住一个人后就会停止攻击，我担心熊会冲到陛下跟前，所以用身体挡住它。元帝听后对她是大为赞叹，对她就更加敬重了。而傅婕妤却因此感到十分羞愧，从此就与冯婕妤产生了矛盾。冯婕妤是左将军冯奉世的女儿。
公元前37年，东郡人京房跟着梁国人焦延寿学习《易经》。焦延寿常说：如果说有个人能够继承我的学问，却也因此丧命的，那这个人就是京房。京房擅长预测灾变，他把六十四卦分为六十个时段，每天对应一卦，通过观察风雨寒温的变化来占卜吉凶，而且多次应验了。而后京房就凭借着自己孝廉的身份被任命为郎官，他多次上奏疏谈论现在发生的灾异现象，结果大多都应验了，看到他这么有才，元帝对他的欣赏程度也是与日俱增，多次召见他询问相关的问题，京房回答说：古代的帝王通过考察官员的功绩来选拔贤才，所以天下大治，祥瑞之事也不断出现；到了末世，帝王就通过他人的诋毁或赞誉来选拔人才，这就导致功业荒废，灾异频繁发生，陛下应该考核百官的功绩，这样灾异就可以平息了。元帝听他这么一说，略做思考，然后就下诏让京房制定考核官员的方法，借此机会京房提出了 “考功课吏法”。元帝在收到京房的这个方法后，就让公卿朝臣与京房在温室殿讨论这个办法，大家都认为京房的方法太过繁琐，而且会让上下级互相监视，实在不可行；但是呢，元帝内心却是支持京房的。当时各州刺史在京师奏报事务，元帝就召见他们，让京房向他们解释考核官员功绩的方法，刺史们也认为不可行。最终在元帝的施压下，这个方法才得以实行。
当时，中书令石显独揽朝政大权，他的朋友五鹿充宗担任尚书令，二人把持着朝廷政务。京房在一次宴会上问元帝：周幽王、周厉王为什么会导致国家危亡？他们任用了什么样的人？” 元帝回答说：因为君主昏庸，任用了奸邪的人。”京房又问：他们是明知这些人是奸邪之人任用，还是以为他们是贤才才任用的？元帝说：以为他们是贤才所以任用。京房接着问：那为什么现在我们知道他们不是贤才呢？元帝说：因为当时国家处于混乱局面，君主面临危亡的境地，所以能看出他们不是贤才。京房说：既然这样，任用贤才国家就会安定，任用不贤之人国家就会混乱，那周幽王和周厉王为什么没有觉悟去另选贤才，反而还是任用那些不贤之人，最终导致亡国呢？元帝说：乱世的君主都认为自己的臣子是贤才；如果他们都能觉悟，那么天下怎么还会有危亡的君主！京房说：齐桓公、秦二世也曾嘲笑周幽王、周厉王，但他们却任用了竖刁、赵高，结果导致国家政治混乱，盗贼四起，为什么他们不以周幽王、周厉王为鉴而有所觉悟呢？元帝说：只有有道之人才能以史为鉴。这时京房摘下帽子叩头说：《春秋》记载了二百四十二年的灾异现象，以此来警示后世的君主。陛下自即位以来，日月失去了光辉，星辰运行反常，还发生了山崩、泉水喷涌、地震、陨石坠落、夏天降霜、冬天打雷、春天草木凋零、秋天草木茂盛、霜不能冻死野草、水旱灾害频繁发生、螟虫成灾的现象，百姓遭受了饥荒和瘟疫，民间盗贼横行，监狱里人满为患，《春秋》所记载的灾异现象如今都出现了。陛下认为现在是治世还是乱世？元帝回答说：这当然是混乱到极点的世道，还有什么可说的！京房问：如今陛下任用的是谁？元帝说：虽然现在的情况比周幽王、周厉王时要好一些，但问题不在这些人的身上呀。京房说：前世的君主也是这么想的，我担心后人看待今天，就像我们今天看待前世一样！这下元帝沉默了很久，才问：你觉得如今导致朝政混乱的人是谁？京房回答：英明的君主应该自己知道。汉元帝说：我不知道，如果知道，我为什么还要任用他们！京房说：陛下最信任的、与陛下在宫中谋划大事、决定天下士人官职升降的人，就是导致混乱的人。京房指的是石显，元帝心里也明白，但最终还是没有罢免石显。
这时司马光说道：君主如果德行不明，臣下即使想要尽忠，也没有进言的途径！看京房对汉元帝的劝谏，可以说是明白透彻、恳切真诚，但汉元帝始终没有觉悟，真是可悲！《诗经》说：不但当面教导，还要提耳告诫；不但亲手引导，还要指明方向。又说：“谆谆教诲，听者却漠不关心。” 说的就是汉元帝这样的人！
汉元帝让京房推荐弟子中精通考功、课吏之法的人，打算试用。京房推荐了中郎任良、姚平，希望让他们担任刺史，试行考功法；同时请求自己留在宫中，以便随时上奏事务，防止陛下被人蒙蔽。石显和五鹿充宗都很忌恨京房，一直想把他调离朝廷，于是就建议让他去担任郡守，结果元帝还真就任命京房去做魏郡太守，但是允许他用考功法治理郡县。
京房请求每年年底，可以乘坐驿站的车马回京奏报事务。元帝想都没想就同意了。京房也知道自己因为议论朝政遭到了很多大臣的非议，而且与石显等人有矛盾，所以不想远离皇上，于是就给元帝上密奏说：我离开朝廷后，恐怕会被权臣蒙蔽，导致身死而功业不成，因此希望年底能乘驿车回京奏事，承蒙陛下恩准。然而辛巳日，卦象中又出现了蒙气，太阳被遮蔽，这是朝中高级官员蒙蔽君主、君主心生疑虑的征兆。在己卯日到庚辰日之间，必定有人想要隔绝我的视听，不让我乘驿车回京奏事。
可是京房还没出发，元帝就下令让阳平侯王凤传达诏令，禁止京房乘坐驿站车马回京奏事。京房听到这个诏书，心里就更加恐惧了。
秋天，京房就到达了新丰，然后他就通过邮递上奏了密封的奏章，奏章里说：我之前在六月份预言《遁卦》的情况没有应验，按照占卜的说法：道人开始离去，寒水涌出为灾。到了七月，果然发生了涌水灾害。我的弟子姚平对我说：京房可以说是懂得道，但不能说是信守道。京房预言灾异，从未有不准的时候。如今涌水已经出现，道人应该会被驱逐而死，这还有什么可说的呢！我回答说：陛下极为仁慈，对我尤其厚待，就算是因为进言而死，我仍然会进言。姚平又说：京房可以说是小忠，但不能说是大忠。从前秦朝时赵高掌权，有个叫正先的人，因为非议赵高就被杀了，赵高的权势从此确立，所以正先加速了秦朝的混乱。如今我得以出任郡守，自认为可以为朝廷立功，但恐怕功业未成就要死去，希望陛下不要让我因为堵塞涌水的异象而像正先那样死去，被姚平嘲笑。
京房到达陕地后，再次上奏了一封密封的奏章，奏章里说：我之前请求让任良试行考功法，以便能留在朝中。议论的人都知道这样对我是有利的，而我无法隐瞒，所以说让弟子试行不如让老师试行。如今我担任刺史需要奏报事务，他们又说让我担任刺史，恐怕太守不会与我同心，还不如担任太守。这就是他们想要隔绝我的原因。这次陛下没有违背他们的意见，而是选择听从，这正是蒙气无法消散、太阳失去光彩的原因。如今我离开朝廷越远，太阳的颜色就越暗淡，希望陛下不要阻止我回京，轻易违背天意啊。邪说虽然能让人心里暂时安稳，但天气必定会发生变化，所以人可以被欺骗，但上天不会被欺骗，希望陛下明察。
京房离京赴任魏郡太守仅一个月，就因为卷入了一场精心策划的政治阴谋而大祸临头。淮阳宪王的舅舅张博，本就是个声名狼藉、奸诈无行之徒，他多次以帮宪王谋求入朝为借口，向宪王索要大量金钱。张博曾拜京房为师，还将女儿嫁给了京房，他却利用这层关系，在京房每次朝见完皇上后，就套取朝中的机密谈话。他不仅详细的记下了京房所说的密语，还胁迫京房为宪王起草请求入朝的奏章，把这些当作向宪王邀功的凭证。
中书令石显得知此事后，敏锐地察觉到这是个铲除异己的绝佳机会。他立即向元帝告发京房与张博通谋，给他们扣上了诽谤朝政、归恶天子、误导诸侯王的罪名。在石显的恶意构陷下，京房和张博很快就被抓进了监狱。最终，京房这位精通易学、多次准确预言灾异的贤才，与心怀不轨的张博一同被处死，他们的妻子儿女也被流放到遥远的边疆。就连与京房交好的御史大夫郑弘，也被株连，免去官职，沦为了庶人。
御史中丞陈咸因为多次公开诋毁石显，早就被石显视为了眼中钉、肉中刺。不久之后，陈咸就因为与槐里令朱云交往密切，不小心泄露了宫中的谈话内容。石显就派人暗中去调查，等到掌握证据后，立刻就把陈咸和朱云抓进了监狱。结果二人遭受了剃发为城旦的刑罚，在残酷的劳役中度过了屈辱的岁月。
此时的石显，权势可以说是达到了顶峰。他与中书仆射牢梁、少府五鹿充宗结成了紧密的党羽集团，朝中官员只要是依附他们的，就都能得到宠信和官位。他们结党营私、贪污腐败，一时间引得民怨沸腾。民间还流传着一首讽刺歌谣：“牢邪！石邪！五鹿客邪！印何累累，绶若若邪！” 歌谣中，百姓用辛辣的语言，嘲讽着这几个权臣官印成堆、绶带飘飘的嚣张模样，深刻地揭露了他们的贪婪与滔天的权势。
石显也深知自己擅权专政，树敌众多，时刻担心元帝会任用他人监视自己。为了取信于元帝，他使出了一系列阴险狡诈的手段。有一次，石显派人到各官府去征发物资，出发前，他特意奏请元帝：恐怕宫门关闭后无法出入，请陛下下令让诏吏开门。在得到了元帝的许可后，石显就故意在深夜返回，声称是奉了皇上的诏令开门入宫。果然，不久后就有人上书告发石显专权，假传诏令开宫门。元帝看到奏章后，竟笑着把奏章拿给石显看，而石显也是装出一副委屈巴巴的样子，声泪俱下地哭诉道：陛下如此厚爱小臣，对小臣委以重任，却招致群臣的嫉妒，他们千方百计想要陷害臣，这样的事情已经不止一件了，只有陛下这样的明主，才能洞察真相。小臣身份低微，实在无法以一己之力满足众人的期望，更难以承担天下人的怨恨。臣愿意辞去枢机要职，哪怕去后宫做一个扫除小役，也死而无憾，只求陛下怜悯，保全小臣的性命。石显的一番表演，元帝竟然信以为真，不仅没有怪罪石显，反而还多次慰劳勉励他，还给予了他丰厚的赏赐。石显通过这种手段，累计获得的赏赐和贿赂高达一万万之多。
此前，石显因为逼死前将军萧望之的事，遭到了众人的议论。他担心天下学士的讥讽，为了洗白自己，他就通过谏大夫贡禹表达来表达自己的善意。贡禹以明经着称，石显就与他深交结纳，还将他推荐给朝廷。贡禹在石显的运作下，一路升迁到了九卿的职位，备受朝廷的礼遇。在石显的精心操作下，舆论逐渐发生了转变，一些人开始称赞石显，认为他并没有嫉妒和陷害萧望之。石显正是通过这些狡诈多变的手段，一次次为自己解脱罪名，稳固了自己在元帝心中的地位。
对于石显这类佞臣迷惑君主的行为，荀悦发出了深刻的评论，他说：佞臣迷惑君主是非常严重的，因此孔子说：远离佞人。这不仅说的是不要任用他们，更要彻底远离并断绝与他们的联系，从根源上隔断他们对自己的影响，这才是最高级的警戒。孔子说：政者，正也。治国之道的根本，就在于端正自身。那些正直诚实的人，是正直的典范。所以，国家在任用官员时，官员的德行必须经过严格的核实，这样才能授予相应的职位；能力必须真实可靠，才能安排合适的事务；功绩必须确切无误，才能给予恰当的赏赐；罪行必须证据确凿，才能施加相应的刑罚；行为必须真实可考，才能予以尊重；言论必须真实可信，才能给予信任；物品必须真实可用，才能投入使用；事务必须真实处理，才能有效解决问题。只有当众多正直之人汇聚于朝堂之上的时候，各项事务才能在
在这样的政治环境下，西汉王朝的朝堂上暗流涌动，表面的平静下隐藏着巨大的危机。而在这一年的八月癸亥日，光禄勋匡衡被任命为御史大夫；闰月丁酉日，太皇太后上官氏去世了；冬季十一月，齐地和楚地又发生了地震，还伴随着大雨雪，就连树木都被折断了，房屋也纷纷倒塌，仿佛预示着王朝的动荡不安。
时间来到公元前36年，当朝堂被权谋的阴影笼罩时，在遥远的西域大地上，有一场改写历史的战争即将爆发。此时的匈奴郅支单于，自恃匈奴是大国，又凭借多次胜利的战绩，开始变得骄横跋扈、不可一世起来。他不仅不尊重康居王，还在愤怒之下残忍地杀死了康居王的女儿以及数百名贵族和百姓，还将他们的尸体肢解后投入都赖水中，手段之残忍简直令人发指。为了满足自己的野心，他又强迫康居的百姓修筑城池，每天驱使五百人劳作，历时两年才完工。此外，他还派使者向阖苏、大宛等国索要岁贡，这些国家迫于他的淫威，那是敢怒不敢言，只能乖乖地奉上财物。汉朝曾派遣三批使者到康居，要求归还谷吉等人的尸体，可是郅支单于不仅拒不奉诏，还对汉使肆意侮辱，甚至还通过都护向朝廷上书，傲慢地表示：我身处困境，愿意归顺强大的汉朝，又派儿子入朝侍奉。言语之间，充满了挑衅与不屑。
西域都护甘延寿与副校尉陈汤，面对郅支单于的嚣张行径，决心采取行动。陈汤为人沉着勇敢，足智多谋，一心渴望建立奇功。他与甘延寿商议道：夷狄天生畏惧强大的种族，这是他们的本性。西域原本就与匈奴关系密切，如今郅支单于威名远扬，又不断侵扰乌孙、大宛，还时常为康居出谋划策，企图降服这些国家。如果真让他得逞了，那么不出几年，西域各国都将陷入危险的境地。而且郅支单于剽悍好战，打仗又多次获胜，若是让他继续蓄积力量，必将成为西域的巨大祸患。虽然他们地处偏远，但是蛮夷却没有坚固的城池和强大的弩箭做防御。如果我们发动屯田的吏士，在联合乌孙的军队，直接进攻他们的城下，他们将无处可逃，城池也难以坚守，这样一来，千载难逢的功业便可在一朝一夕间成就了！甘延寿听后，也觉得十分有理，就打算上奏请示朝廷。但陈汤却深知朝中公卿的保守，他担忧地说：若是与公卿商议，事情必定无法得到批准，大计岂是凡人能理解。但是甘延寿一直犹豫不决，没能听从陈汤的建议。恰逢甘延寿久病在床，陈汤就果断抓住时机，假传诏令，征发西域各国的军队和车师戊己校尉的屯田吏士。甘延寿得知后大惊失色，想要阻止，但是陈汤愤怒地按剑呵斥道：如今大军已经集结，你难道想要阻挠众人成就大业吗？甘延寿无奈之下，只得听从安排。
随后二人迅速整顿军队，集结了汉兵和胡兵共计四万余人。接着，甘延寿和陈汤就上疏弹劾自己假传诏令的行为，并详细地陈述了军队的情况。当天，四万大军就分路出发，共分为六校：其中三校从南道出发越过葱岭，直取大宛；另外三校由甘延寿亲自率领，从温宿国出发，经由北道进入赤谷，在穿过乌孙国，进入康居边界，抵达阗池以西。在行军途中，康居副王抱阗率领数千骑兵侵扰赤谷城东，杀害了大昆弥一千余人，还掠夺了大量的牲畜。当他们与汉军相遇后，又多次侵扰汉军的后方。陈汤果断派胡兵出击，斩杀敌军四百六十人，夺回了被掠走的四百七十名百姓，将他们送还大昆弥，并把缴获的马、牛、羊充作军粮。此外，汉军还俘虏了抱阗的贵人伊奴毒。大军进入康居东界后，陈汤就严令军队不得侵扰百姓，以树立汉朝的威信。他又暗中召见康居的贵人屠墨，并向他宣扬汉朝的美德，与他饮酒结盟后，就把他送回去了。随后大军就继续前进，在距离单于城约六十里的地方扎营休息。之后，陈汤又俘虏了康居贵人贝色子的儿子开牟作为向导。贝色子是屠墨的舅舅，他们都对郅支单于心怀怨恨，因此陈汤能够详细的了解郅支单于的情况。第二天，大军继续前行，在距离单于城约三十里处再次扎营。