林灵溪采纳灵犀婆婆的建议，以混沌炼神炉为容器，将灵髓玉碎片、莲台玉露、星髓砂放入炉中，点燃冥界幽火，炼制“净化丹”——此丹可增强灵髓玉碎片的净化之力，用于净化万灵树。炼制过程中，炉内突然爆发一股强烈的戾气，炉壁上的金色纹路剧烈闪烁，林灵溪察觉不对，强行压制炉火，却见一道黑色身影从炉中冲出——竟是戾魔的“分身”。
戾魔分身告知林灵溪，她收集的医鼎材料中，星髓砂早已被其注入戾气，目的就是在林灵溪炼制医鼎时，趁机夺取灵髓玉碎片和混沌炼神炉。戾魔分身的修为极强，林灵溪与灵犀婆婆联手，仍难以抵挡。危急时刻，万灵树突然爆发出强烈的绿光，将戾魔分身暂时困住——原来灵犀婆婆以自身千年修为为引，激活了万灵树的“守护之力”。
林灵溪趁机将净化丹投入万灵树根部，灵髓玉碎片与万灵树的灵脉相连，金色纹路蔓延至整棵树，树体内的戾气被快速净化。灵脉激活后，绿色的灵脉能量扩散至整个万灵谷，沉睡的生灵体内的戾气逐渐消散，纷纷苏醒。戾魔分身见计划失败，不甘离去，临走前留下狠话：“待我本体破封而出，三界将沦为戾魔的乐园，你的医鼎不过是我恢复力量的工具！”
万灵谷的生灵苏醒后，得知林灵溪炼制医鼎是为了净化三界戾气，保护众生，纷纷主动提出献出“生灵之心”（一丝本源生命力）。灵犀婆婆将所有生灵的生灵之心收集起来，以万灵树的灵脉之力凝聚成一颗“万灵本源珠”——此珠蕴含着人界生灵的纯净生命力，可替代分散的生灵之心，作为医鼎的核心材料之一。
林灵溪接过万灵本源珠时，感受到珠中蕴含的温暖能量，心中更加坚定了炼制医鼎的决心。灵犀婆婆提醒她，戾魔分身的出现意味着戾魔的本体即将突破冥界枉死渊的封印，若不尽快炼制出医鼎，三界将面临灭顶之灾。同时，她赠予林灵溪一枚“万灵护心符”——此符可在林灵溪炼制医鼎时，抵挡戾气的反噬，保护她的医道本源之力。
离开万灵谷前，林灵溪收到太白金星传来的消息：天界广寒宫的月桂树再次出现异常，此次不仅有戾气侵蚀，还出现了“空间裂缝”，疑似戾魔本体在试图打通天界与界渊的通道。林灵溪意识到，时间已经不多，她必须立即返回冥界，在枉死渊封印被破前炼制出医鼎。
林灵溪返回冥界枉死城时，局势已愈发危急——枉死渊的封印出现多处裂痕，大量戾鬼从裂痕中涌出，黑莲教与血魂宗的残余势力趁机发动进攻，枉死城的守城鬼将死伤惨重。枉死城主虽已恢复部分修为，但面对源源不断的戾鬼和邪教徒，仍难以支撑。
林灵溪立即加入战斗，以灵髓玉碎片净化戾鬼，同时以医道术法救治受伤的鬼将。战斗间隙，她召集枉死城主、冥界“十殿阎罗”、天界派来的援兵、人界万灵谷的生灵代表，组成“三界联军”，共同守护枉死渊的封印，为她炼制医鼎争取时间。
联军制定计划：由十殿阎罗带领鬼将和天兵抵挡戾鬼和邪教徒的进攻，灵犀婆婆的树精卫队负责修复封印的裂痕，林灵溪则在枉死城的“冥界祭坛”（炼制医鼎的最佳地点，蕴含纯净的冥界灵气）炼制医鼎。枉死城主亲自为林灵溪护法，防止戾魔分身或邪教徒干扰炼制过程。
林灵溪在冥界祭坛开启混沌炼神炉，将灵髓玉碎片、星髓砂（已净化戾气）、莲台玉露、万灵本源珠放入炉中，点燃冥界幽火，按照九转炼心鼎的图谱开始炼制。炼制过程极为艰难，四种材料的能量属性差异极大，需以医道本源之力强行融合，稍有不慎便会导致炉毁人亡。
炼制到第三转时，炉内突然爆发一股强烈的能量冲击——万灵本源珠中的生灵生命力与冥界幽火的阴寒能量产生排斥，灵髓玉碎片的金色纹路剧烈闪烁，试图压制排斥反应，却导致自身能量消耗过快。林灵溪被迫注入更多的医道本源之力，却因此引发“本源反噬”——她的经脉开始出现裂痕，嘴角溢出鲜血。
枉死城主见状，试图出手相助，却被林灵溪阻止——炼制医鼎需以她自身的医道本源为引，外人介入只会打乱能量融合的节奏。林灵溪咬紧牙关，回忆起在万灵谷中生灵们的期待、在天界嫦娥仙子的信任、在冥界枉死城主的支持，心中的医道信念愈发坚定，她的体内突然爆发出一股新的能量——“三界医心之力”（由三界生灵的信任与期待凝聚而成，远超普通的医道本源之力）。
就在林灵溪炼制医鼎到第七转时，枉死渊的封印突然完全碎裂——戾魔本体终于破封而出！戾魔本体的修为远超分身，刚一出现便释放出铺天盖地的界渊戾气，瞬间吞噬了大量联军士兵。黑莲教教主与血魂宗残余弟子见状，立即向戾魔臣服，成为其麾下的“戾魔使者”，对三界联军发动更猛烈的进攻。
十殿阎罗与仙界联手对抗戾魔，却被戾魔轻易击退，身受重伤。灵犀婆婆的树精卫队虽奋力修复封印，但戾魔释放的戾气不断破坏修复成果，树精卫队死伤过半。枉死城主不得不离开祭坛，加入战斗，以自身修为抵挡戾魔的攻击，为林灵溪争取最后两转的炼制时间。
戾魔察觉到冥界祭坛的医鼎能量，知道林灵溪的医鼎是自己的最大威胁，便摆脱联军的纠缠，朝着祭坛飞去。枉死城主拼死阻拦，却被戾魔一掌击中，重伤倒地。戾魔来到祭坛前，正准备破坏混沌炼神炉，林灵溪炼制的医鼎恰好完成最后一转——“九转医心鼎”终于出世！
九转医心鼎飞出混沌炼神炉，悬浮在冥界祭坛上空，鼎身刻满金色纹路，散发出柔和却强大的净化之力。林灵溪虽因本源消耗过大而虚弱，但仍强撑着起身，以自身医道本源为引，操控医鼎朝着戾魔飞去。
医鼎释放出金色的净化光束，击中戾魔后，光束扩散至整个枉死城，甚至蔓延到冥界、天界、人界的各个角落。戾魔体内的界渊戾气被快速净化，发出痛苦的嘶吼，它试图反抗，却发现自身的戾气不断被医鼎吸收、转化为纯净的能量。黑莲教教主与血魂宗弟子体内的戾气也被净化，失去了力量，被联军擒获。
净化过程持续了整整一日，当金色光束消散时，戾魔的本体已被完全净化，化为一缕纯净的灵气融入三界。枉死渊的封印自行修复，三界的界渊戾气被医鼎清除殆尽，陷入沉睡的生灵苏醒，被戾气侵蚀的亡魂恢复神智，三界终于恢复了和平。
林灵溪因本源消耗过度，在医鼎完成净化后便昏迷过去。枉死城主、嫦娥仙子、灵犀婆婆等人将她带回万灵谷休养，三界生灵为纪念她的功绩，尊称她为“三界医尊”，将九转医心鼎供奉在万灵谷的万灵树下，作为守护三界的象征。
林灵溪在万灵谷沉睡了三个月后，终于苏醒。醒来时，她发现自己的医道本源之力不仅完全恢复，还因吸收了戾魔净化后的灵气而得到突破，达到了“医道圣人”的境界（与上古医道圣人同级）。