很快，主力部队就放心地进入了峡谷。士兵们也是疲惫不堪，以往严整的队列早就没有了，士兵们一个个热得撸起了袖子，不少人摘下帽子当扇子，驱赶四周飞来的蚊虫。
孙德胜也累得够呛，站在队伍中间，望着远处云雾缭绕的山峦，不断地给部下鼓劲儿：“兄弟们，再加把劲，过了这磨盘山，就是昆明！到时候，咱们就是头功！进了城陛下不吝赏赐，每人最少官升一级！”
就在此时，一声尖锐的哨响划破山谷的寂静。
“杀！”
随着李定国一声令下，悬崖两侧的伏兵瞬间杀出，滚石、擂木倾泻而下，将谷口和谷尾死死堵住。滇军士兵们手持长刀、弓箭，借着地形优势，从高处往下冲，喊杀声震天动地。滚石砸在士兵身上，骨头碎裂的声音清晰可闻；擂木横扫而过，瞬间就将几个士兵砸倒在地。
孙德胜大惊失色，连忙下令：“快散开！开火！迫击炮开火，轰击两侧悬崖！”
可山谷狭窄，士兵们根本无法散开，只能挤在中间，成了滇军的活靶子。弓箭如雨点般落下，刺穿士兵们的铠甲，不少人还没来得及举起步枪，就已倒地身亡。迫击炮手匆忙架设炮架，可没等瞄准，就被滇军的滚石砸中，火炮翻倒，一个断了腿的炮手抱着腿惨叫。
“跟我冲出去！”孙德胜拔出枪，亲自率军向谷口突围。他身先士卒，连开数枪击毙了三名冲上来的滇军士兵，可刚冲到谷口，就被一支冷箭射中左肩。剧痛传来，他咬牙坚持，扔掉已经打光子弹的左轮手枪，挥刀劈开迎面而来的一杆长矛突刺。可身边的士兵越来越少，滇军如同潮水般涌来。
一名滇军千总认出了孙德胜，高声喊道：“那是孙德胜！快，活捉孙德胜！赏黄金百两！”
滇军士兵们顿时红了眼，纷纷朝着孙德胜扑来。孙德胜挥舞着佩刀，左劈右砍，又斩杀了两名士兵，可身上又添了好几处伤口，鲜血浸透了山纹甲。
他看着身边仅剩的百余士兵，知道突围无望，怒吼一声，朝着滇军最密集的地方冲去，却被数支长矛同时刺穿了胸膛。
“司令！”亲兵们哭喊着冲上来，却也很快被滇军淹没。
这场伏击战持续了整整半日，山谷中尸横遍野，鲜血染红了溪流。孙德胜的步兵团全军覆没。据大中战后统计，此战大中勇士战死四百三十三人，重伤两百零七人（后因伤势过重死亡一百二十一人），被俘三百五十九人，仅余六百余人拼死突围而出，却也大多带伤，武器丢失殆尽。而李定国的部队也付出了伤亡两千余人的代价。
磨盘山惨败的消息传到京师，太和殿内一片死寂。李明看着急报，脸色铁青，猛地将案上的茶杯扫落在地：“贪功冒进！自取灭亡！”
百官噤若寒蝉，无人敢出声。李明深吸一口气，压下心中的怒火，沉声道：“孙德胜之死，固然是他咎由自取，但根源在于各部指挥混乱，互不统属！王铁牛的西北战区与孙德胜的西南战区，虽同属南征大军，却各自为战，没有统一调度，才给了李定国可乘之机！”
首辅钱守庸出列躬身道：“陛下所言极是。如今全国仅剩云南未平，其余各省皆已光复，各战区的使命已然完成。不如撤销各战区，仅保留西南战区，统一调度兵力，方能避免此类惨剧再次发生。”
李明颔首，目光变得坚定：“准奏。传朕旨意——”
“其一，撤销东北、西北、中原、北京警备区，各战区部队回归原驻地，配合地方官府清剿残余寇匪，维护地方治安，协助恢复生产。”
“其二，保留西南战区，任命原西北战区司令王铁牛为西南战区司令，总揽滇黔川战事，统一调度所有南下及西进兵力，原西北战区三万兵力与西南战区剩余一万七千兵力合并组建，总兵力四万七千，补充粮草军械，全力南征云南。”
“其三，原西南战区第五师师长孙德胜战死，着令原中原战区副司令陈永福接任第五师师长，即刻率部赶赴西南，归王铁牛节制。”
旨意一下，中枢调度立刻顺畅起来。王铁牛接管西南战区后，先是整合了川蜀、贵州的兵力，补充了粮草和军械，又吸取了孙德胜的教训，稳扎稳打，步步为营。他令陈永福的第五师沿滇黔一带稳步推进，扫清沿途的滇军据点，修建粮道；自己则亲率骑兵师和第一师部分兵力，从川南出发，直逼滇北，形成南北夹击之势。
云南境内，李定国的磨盘山大捷虽暂时缓解了危机，却也激化了永历朝廷的内部矛盾。朱由榔见李定国立下大功，心中燃起一丝摆脱孙可望控制的希望，暗中派人联络李定国，许以“招讨大元帅”之职；孙可望则对李定国的战功妒火中烧，不仅扣押了给李定国部队的粮草军械，还暗中安插眼线，监视其一举一动，甚至密令心腹部队向滇东移动，提防李定国回师昆明。
李定国在前线浴血奋战，既要面对大中军的强大攻势，又要提防后方孙可望的算计，疲于奔命。
大中军调整后很快就发起了稳扎稳打的进攻。
永历小朝廷很快就感受到了巨大的压力。滇北的昭通、曲靖相继失守，滇东的安顺、兴义也被陈永福的部队攻克，永历朝廷的地盘越来越小。
就在此时，一封由大中朝太上皇朱华奎署名的公开信，通过信使送到了昆明宫城。朱华奎在信中言辞恳切，以朱家血脉相连为由，劝朱由榔认清时势：“如今华夏已定，四海归心，燕云、川蜀、中原皆已光复，唯云南一隅未靖。朕与陛下同为太祖高皇帝后裔，不忍见宗室相残，百姓流离失所。若陛下能幡然醒悟，献城归降，朕愿以太上皇之尊担保，封陛下为‘晋王’，赐封地万亩，金银万两，安享天年。若执迷不悟，待大军破城，玉石俱焚，悔之晚矣。”
这封信如同一块巨石，投入了昆明宫城的死水之中。朱由榔捧着信，泪水纵横，投降便能保命，还能得个王爷之位，这是他梦寐以求的梦想；而不投降，大中军的部队已兵临城下，昆明城破只是时间问题。可是投降与否不是自己这个傀儡所能决定的！
孙可望此时对于大势看得明白，再打下去没有任何意义，趁此机会谈个好价钱投降是最好的结局。
但李定国却坚决反对投降，孙可望派去的给远在曲靖的李定国传令的使者当天就被骂了回来。李定国怒斥孙可望“卖国求荣”，力主与大中朝死战到底。孙可望怒气勃发，却畏惧李定国战神的威名，一时间也不敢轻举妄动。