一股压抑的愤怒和屈辱感，开始在部分官员心中蔓延。然而，令人心寒的是，朝堂之上的初始反应，竟是诡异的沉默和某种程度的“理智”。
“……那些商民，背井离乡，逐利海外，本就非安分之辈。如今招致番夷忌恨，引来杀身之祸，虽情有可悯，然亦有其自取之咎。”一位礼部官员在非正式场合如此评价。
“吕宋远在重洋之外，非我王化所及。为些许商民与西夷构衅，兴师动众，耗费国帑，非智者所为。不若遣一介之使，略加诘问，令其收敛即可。”这是某些阁部重臣私下透露的看法。
甚至有人担忧，若强硬应对，会影响与西班牙人的白银贸易，于国库不利。
这种论调，传到翰林院中，让许多年轻气盛的庶吉士感到愤懑，却又一时不知如何反驳。毕竟，传统的华夷观念和“重农抑商”的思想根深蒂固，海外华人的地位确实尴尬。
沈惊鸿是第一时间从徐光启和邓玉函神父处得知详细情况的。邓玉函带来的不仅是消息，还有西班牙殖民者出于炫耀或记录目的而写下的一些文字资料（拉丁文或西班牙文，由邓玉函口译），其中透露的预谋、残忍与傲慢，令人发指。
沈惊鸿听完，沉默了许久。他放下手中正在校勘的书稿，走到窗边，望着庭院中开始凋零的树木，背影僵硬。同僚们察觉到他的异常，却无人敢上前打扰。
几天后，在一次翰林院内部关于“四夷宾服之道”的例常讨论中，当一位老成持重的侍读学士再次重申“怀柔远人，不宜轻启边衅”的老调，并隐隐将吕宋华人的遭遇归因于“不守本分”时，沈惊鸿猛地从座位上站了起来。
他脸色铁青，平日里温润的眼眸此刻燃烧着压抑不住的怒火，声音因极致的愤怒而显得有些沙哑，却清晰地传遍了整个厅堂：
“荒谬！彻头彻尾的荒谬！”
满堂皆静，所有目光瞬间聚焦在他身上。那侍读学士更是愕然地看着他，脸色难看。
沈惊鸿无视那些惊诧、不解甚至带着责备的目光，他环视众人，一字一句，如同掷地有声的冰凌：
“我只问诸位一句：那马尼拉河边堆积如山的尸骸，那被劫掠一空的血汗财富，那在番夷屠刀下哀嚎求饶的，是不是我大明子民？！他们的籍贯，是否还在福建布政使司的册簿之上？！”
他向前一步，目光锐利如刀，直刺那位侍读学士：“背井离乡？逐利海外？他们带出去的，是我大明的瓷器、丝绸、茶叶！他们换回来的，是充盈太仓库的白银！他们扬的是我华夏的声威！他们何罪之有？！难道我大明煌煌天威，竟庇护不了在外的子民？难道我辈读圣贤书，竟能坐视数万同胞如猪狗般被屠戮而无动于衷？！”
他的声音越来越高，带着一种悲愤的力量：“番夷无道，戕我赤子，掠我财货，此乃藐视天朝之奇耻大辱！若朝廷对此默不作声，天下藩属将如何看我？四海侨民将何以自存？国格何在？颜面何存？！”
“必须严惩凶徒！”沈惊鸿几乎是吼了出来，“当立即遣使，严词诘问西班牙国王，令其交出元凶，抵偿性命，赔偿损失，抚恤遗孤！若其敢有半句推诿，便断其商路，禁其往来！我大明水师纵不能万里远征，亦当陈兵闽海，宣示天朝之威！要让那些西夷明白——凡日月所照，江河所至，凡有华人处，皆受大明庇护！伤我子民者，虽远必究！”
这番石破天惊的言论，如同在平静的湖面投下巨石，在翰林院中引起了巨大的震动。有人被他激烈的言辞吓得脸色发白，有人觉得他过于狂悖，不识大体。但更多年轻官员，尤其是那些心中同样憋着一股气的庶吉士，只觉得胸中块垒尽去，一股热血直冲头顶，看向沈惊鸿的目光充满了激动与钦佩。
沈惊鸿不再多言，他坐下，胸膛仍在剧烈起伏。他知道这番话会带来什么，但他不后悔。当夜，他闭门谢客，燃烛疾书，将满腹的悲愤与强硬的主张，化作一篇檄文般的奏疏——《为吕宋数万罹难同胞乞伸冤抑疏》。文中，他详细列举惨状，痛斥妥协论调，强烈要求朝廷采取最强硬的外交姿态，并做好有限的军事准备，以扞卫帝国尊严与海外子民的安全。
他没有通过常规渠道递交，而是直接将奏疏送到了徐光启府上，请其转呈东宫。他知道，只有寄望于同样年轻、或许尚存血性的太子，这篇奏疏才有一线可能发挥作用。
朱常洛在东宫读到这篇字里行间都充斥着怒火与担当的奏疏时，深受震撼。他反复阅读着“虽远必究”、“伤我子民者，必偿其命”等句，只觉得一股久违的热流在胸中激荡。他习惯了朝臣们的圆滑与算计，何曾见过如此直接、如此毫无保留地为子民请命、维护国格的举动？
“好！好一个沈惊鸿！”朱常洛猛地一拍桌案，眼中异彩连连，“非此血性，不足以振国威！非此担当，不足以安天下！此真国士也！”
沈惊鸿在吕宋事件中表现出的极度强硬和“护犊子”般的立场，虽然引来了不少非议，却极大地赢得了太子朱常洛的赞赏与共鸣。这份奏疏，也如同一块投入死水的石头，开始在暗流涌动的朝堂上，激起更大的波澜。