除了三路大军负责进攻，柴承乾还安排了李俊率舟师出征，顺长江下杭州。一来运送粮草，二来是控制水道。
淮河岸边，李俊的水军早已整装待发。一万水军分乘两百艘战船，船头插着“李”字大旗，船舷两侧的弩手严阵以待；袁朗率五千步兵驻守岸边，负责保护水军的陆路粮道。
“李将军，”袁朗走上前，递过一份舆图，“方腊的水师多是些渔船改造的小船，不堪一击，只是他们与浙东海盗勾结，恐会从海上袭扰咱们的粮道，你需多加防备。”
李俊拍着胸脯笑道：“袁将军放心！某的水军早已在长江口布下哨船，若有海盗来犯，定让他们有来无回！况且王寅先生已送来情报，方腊在杭州外围的水师驻地就在钱塘江口，某这就率军顺流而下，先端了他的水师驻地，再封锁杭州的水路，让方腊的粮草进不来，也退不出！”
他跳上旗舰，高声下令：“起锚！扬帆！目标钱塘江口！”战船缓缓驶离淮河，顺流而下，驶向长江。
水军还有一个任务，是控制江南的水路，切断方腊的海上补给线，同时在外围牵制杭州的兵力，为中路主力的进军创造条件。
中路军的大营内，柴承乾正看着王寅送来的最新情报，吕师囊从外面走进来，躬身道：“将军，东路军已逼近宣州，西路军已进入浙西群山，水军也已驶离淮河。方腊那边还没察觉咱们的真正意图，仍在调兵支援宣州。”
柴承乾点头，眼中闪过一丝笑意：“方腊以为咱们会主攻宣州，却不知咱们的目标是歙州。你再派斥候去歙州，告诉卢俊义与石宝，拿下歙州后，不必着急进攻，我们要慢慢蚕食，争取暗中控制江南。让李俊封锁杭州水路后，派五千水军沿富春江而上，封锁方腊的援军。呼延灼与杜壆则继续牵制方七佛，我们慢慢突破，慢慢布局，不用着急消灭方腊。”
“大人你的意思是....”吕师囊一边思考，一边说道。
“吕先生，我想你也感觉到了，朝廷安排李纲带着禁军和官员过来，就是为了在我们之前控制江南，所以我们这次江南的战略必须要步步为营，利用战争的时间让我们的人渗透进入江南。”
“大人高瞻远瞩，属下佩服！”吕师囊由衷的说道，跟随柴承乾这么多年，他已经习惯了柴承乾的行事风格。这个二十出头的主公，不仅武艺和兵法是天下无双，而且他的政治眼光和谋略布局都是登峰造极。
柴承乾走到营外，望着两路大军远去的方向，手中七星剑微微出鞘，寒光一闪。他知道，接下来的半个月，将是平定方腊的关键。只要三路大军按计划慢慢推进，不但能一举平定方腊的叛乱，还能让自己的势力在暗中控制下江南。
而此刻的清溪洞内，方腊还在做着“二分天下”的美梦，丝毫不知，一张由三路大军织成的大网，已悄然向他收拢。