钟林倍抽出两千骑兵和三百个经过培训和实战的医官和医师开始深入农村进行抗疫，杨碧从吉州调来数百个骑兵补充到庐陵县城。
针对庐陵县农村疫区，钟林倍实行如下的措施。
1.限制人群流动与聚集：
疫区实施“封城”、“封镇”或“封村”，禁止人员外出；非疫区人员禁止进入，必要进入者需在隔离区观察5-7天（鼠疫潜伏期通常为2-8天），无发热症状方可放行。
取消农村乡镇集市、庙会等聚集活动，避免病菌通过人群扩散。
2.切断传播途径：重点杀灭媒介（跳蚤）与清洁环境。
鼠疫90%以上通过跳蚤传播，需从“灭蚤”和“环境改造”双管齐下：
大规模灭蚤与防蚤。
环境灭蚤：在居民区、粮仓、隔离区地面、墙角撒石灰（干燥环境可抑制跳蚤繁殖），每周1-2次；用酒精擦拭家具、床铺（酒精可杀灭跳蚤卵及成虫）；对潮湿区域（如厨房、污水沟），除撒石灰外，还需疏通排水，保持干燥（跳蚤怕干燥）。
个人防蚤：指导民众将衣物、被褥勤暴晒（阳光紫外线可杀灭跳蚤），佩戴“避瘟香囊”（其内的苍术、白芷、丁香等成分有天然驱虫作用，减少跳蚤附着）；接触患者或处理死鼠后，立即用浓盐水或酒精擦拭皮肤（降低病菌侵入风险）。
老鼠是鼠疫的宿主，彻底清洁疫区，清理污物，减少老鼠栖息：组织民众清理垃圾、填平污水坑，用石灰粉刷房屋内外（杀灭残留病菌和跳蚤）；粮仓需修补缝隙（防止老鼠进入），储存粮食时可在底部铺石灰（防潮且驱鼠）；避免堆积垃圾（老鼠喜食垃圾、栖息于阴暗潮湿处）。
3.阻断“人-人传播”（针对肺鼠疫）：
要求所有接触肺鼠疫患者的人必须戴“棉布口罩”（多层棉布蘸取避瘟香囊的药液，增强防护），说话、咳嗽时转头避开他人。
患者的痰液、呕吐物需用石灰覆盖后深埋，禁止随地丢弃；医护用过的器械（如剪刀、布巾）需在酒精中浸泡30分钟以上，或用沸水煮沸消毒。
4.提升群体抵抗力：
推广“三豆饮”（黑豆、绿豆、赤小豆煮水），指导民众每日饮用（豆类富含蛋白质和维生素，可轻度提升免疫力，且口感易接受）。
保证饮食营养：督促民众食用熟食（避免生食感染其他病菌），优先供应粮食、蔬菜和鱼类（冰冻），避免饥饿导致免疫力下降；鼓励饮用干净井水（避免污水污染）。
普及“避瘟香囊”：指导家家户户将香囊悬挂于门窗、床头或佩戴在身（利用其挥发性成分驱虫、净化空气，虽不能直接杀灭鼠疫杆菌，但可减少跳蚤叮咬和飞沫吸入风险）。
5.尸体处理：鼠疫患者死后，需在24小时内焚烧或深埋（同死鼠处理方法），禁止土葬后开棺（避免病菌再次扩散），处理人员需戴厚手套、穿长袖衣物（减少接触）。