城内的战斗尚未完全平息，一个意外却棘手的局面出现了。
一股约三百余人的清军残兵，在参将马奎的带领下，狗急跳墙，竟然撞开了法租界与华界交界处的一道栅栏，溃逃入了法租界区域！他们丢弃了大部分武器，如同丧家之犬，惊慌失措地在租界的街道上乱窜，引发了租界内外国侨民的一片恐慌和尖叫。
尖锐的警笛声在租界内响起。法国巡捕和驻防的安南士兵迅速出动，试图控制局面，与溃兵发生了零星交火和推搡，场面一度十分混乱。
消息迅速传到前线指挥所。
“什么？清妖溃兵闯进了法租界？”
韦昌辉眉头紧锁。这情况变得微妙而复杂。太平天国此前与西方列强关系紧张，虽在战场上击败了英军，但并未正式与各国开战，也一直避免直接冲击租界，以免引发不可预测的外交纠纷甚至军事冲突。
“东王，怎么办？是否派兵进入租界清剿？”
一名将领请示道。
林阳沉吟片刻，摇了摇头：
“命令部队，立刻封锁租界所有与华界相接的出口！严禁任何武装人员进出，也绝不允许这股溃兵再流窜出来！但未经允许，我军一兵一卒不得踏入租界半步！”
他转向一旁的苏雨晴和负责对外联络的官员：
“立刻以太平天国苏福省最高行政官署和东殿的名义，照会法国驻沪领事，以及其他各国领事。严正声明：溃入租界之清军，乃是我太平天国必须缉拿之战犯！要求租界当局立即将其缴械扣押，并移交给我国政府处理！强调租界乃中国领土，我方有权在自己领土上追剿敌军，出于对国际惯例的尊重暂不进入，望对方认清形势，勿包庇战犯，以免影响我天国与各国之关系！”
命令迅速执行。太平军士兵在外围筑起警戒线，枪口对外，严密监视。照会也被火速送往各国领事馆。
租界内，法国领事馆内一片忙乱。领事李梅看着太平天国措辞强硬、有理有据的照会，又看着窗外那些惊慌失措、已成惊弓之鸟的清军溃兵，脸色阴晴不定。太平军在上海展现出的强大战斗力让他心惊，而对方此刻克制却强硬的态度，更让他不敢小觑。继续包庇这些毫无价值的溃兵，显然会激怒这个强大的新兴政权，可能给法租界带来不必要的麻烦。
经过紧急磋商，并与其他列强领事沟通后，李梅最终下令：法国巡捕和安南士兵采取强制措施，将闯入租界的清军残兵全部缴械，集中看管。
次日，在太平军枪口的“注视”下，垂头丧气的马奎及其麾下三百余人，被法国巡捕押送出租界，正式移交给了太平军。太平天国兵不血刃，解决了这次外交和军事上的意外事件，既维护了主权尊严，也展现了克制与务实，令租界内的各国势力对其刮目相看，不敢再轻易挑衅。
上海全城迅速被太平军控制，秩序逐渐恢复。
城头，象征着大清统治的龙旗被扯下，扔进历史的垃圾堆，取而代之的是太平天国的杏黄旗迎风招展，猎猎作响。饱受战火摧残和清廷压榨的上海百姓，起初心怀恐惧，紧闭门户，透过门缝紧张地观察着这支传说中的“长毛”军队。
然而，他们很快发现，这支军队与以往的官兵截然不同。
太平军士兵军纪严明，入城后并未出现预料中的烧杀抢掠。一队队士兵在军官带领下，巡逻大街小巷，扑灭残火，收殓尸体，安抚受惊的民众。戴着“巡察”臂章的宪兵队伍随处可见，严厉惩处任何违反军纪的行为。
更让百姓惊讶的是，太平天国的行政人员紧随军队入城，迅速接管了府库、衙门，并在各处张贴安民告示。告示以通俗易懂的白话文写成，宣布废除清廷一切苛捐杂税，严厉打击趁乱打劫的流氓地痞，鼓励商铺复业，承诺公平买卖，并开始登记人口。
一些胆大的商户试着开门营业，发现太平军士兵买卖公平，甚至对百姓秋毫无犯，悬着的心渐渐放了下来。市面上的粮价、物价，在太平天国官府的调控下，迅速趋于稳定，远比清廷统治末期和战争期间要平稳得多。
曾被清军强行征用的民房，被太平军责令归还本主；无处可归的难民，被组织起来，搭建临时棚户，分发救济粥饭。工部的技术人员开始勘察被炮火损坏的房屋和基础设施，准备进行修复。
上海，这座东方最大的港口城市，正在经历阵痛之后的新生。一种新的秩序，在战争的废墟上开始建立。许多百姓看着那些忙碌而纪律严明的太平军士兵，看着街上逐渐增多的行人，心中第一次对“太平天国”这个名号，生出了一丝真实的期盼。
……
数日后，上海县衙，如今已成为太平天国苏福省上海郡的临时治所。
亲临上海的林阳召集了罗大纲、曾晚妹、左宗棠、以及新任命的地方官员，召开上海光复后的第一次高级别会议。