一、 建制整合： 郑氏主力舰队改编为“大明闽海水师”，下设前后左右中及游击等分舰队，各级军官由郑芝龙遴选保举，报兵部备案授职。朝廷派遣监军御史、粮台官等若干，负责监察、后勤及与地方协调。
二、 粮饷保障： 水师官兵饷银、粮秣、火药等，由朝廷户部及福建布政使司按定制拨发，初步定额为岁饷银八十万两，视规模扩大而增加。同时，允许水师在护航、剿匪中获得部分战利品作为补充（需按比例上缴）。
三、 指挥权限： 日常巡防、剿匪、护航贸易，由提督郑芝龙全权指挥。但涉及对外宣战、大规模跨省调动、进攻他国港口或与西洋主力舰队决战等重大军事行动，必须事先获得朝廷（兵部、皇帝）批准。
四、 贸易特权： 承认郑芝龙家族现有贸易网络，并授予其官方“勘合”贸易资格，享有税率优惠。但要求其逐步规范贸易行为，依法纳税，并协助朝廷市舶司管理东南沿海贸易秩序，打击走私。
五、 海外领地： 未来由大明水师（包括闽海水师）新开拓或收复的海外领地、岛屿（如已收复的台湾），其行政管理权归朝廷委派流官，但军事防卫可由水师负责，并可获得该地部分税收或资源开采权作为补偿。
这章程，可谓恩威并施。既给了郑芝龙梦寐以求的正式名分和稳定的后勤保障，也明确划出了红线——最高指挥权在朝廷，尤其是对外用兵和海外领土的行政权。同时，用贸易特权和未来海外利益的预期，牢牢绑定郑氏集团。
郑芝龙沉吟不语，手指轻轻敲击着桌面。他看得明白，朝廷这是要“驯化”他这支野性难驯的海上力量。好处是实实在在的，从此可以光明正大地发展，背靠大树好乘凉。但代价也是巨大的，自主权受到了极大限制，尤其是那条“重大行动需朝廷批准”，几乎捆住了他向外扩张的手脚。而且，朝廷派来的监军、粮台，无疑是在他身边埋下的钉子。
沈廷扬也不催促，慢条斯理地品着茶，仿佛在欣赏窗外的海景。他知道，郑芝龙需要时间消化，也需要和部下沟通。
良久，郑芝龙抬起头，眼中精光一闪：“沈大人，章程甚为周详，足见陛下与朝廷厚爱。只是……这重大军事行动需朝廷批准一事，海情瞬息万变，若遇敌寇来犯，或追剿海盗至外海，请示往来，恐贻误战机啊。”
沈廷扬似乎早有准备，从容答道：“将军所虑极是。陛下亦有明示，‘将在外，君命有所不受’，若遇紧急敌情，将军可临机决断，先行出击，但事后须将详情飞报朝廷备案。此条旨在避免擅启边衅，而非束缚将军御敌之手脚。至于海外……陛下之意，‘普天之下，莫非王土’，凡日月所照，皆可为大明藩属或疆域。将军若能以大明之名开拓，功莫大焉，朝廷岂会阻挠？只是这开拓，须有章法，需与朝廷整体方略相合，而非私相授受。”
他这话点明了关键：皇帝不反对扩张，甚至鼓励扩张，但必须是在朝廷的框架下，以国家的名义进行，成果归国家所有，而非你郑家的私产。
郑芝龙心中一震，他从这番话里，听出了那位年轻皇帝惊人的野心和强大的自信。这不再是过去那个畏缩内敛的明朝，而是一个渴望向海洋、向世界伸出触手的崭新帝国。
这时，郑鸿逵忍不住插嘴道：“沈大人，那台湾呢？台湾可是我们兄弟流血打下来的！如今设了台湾府，派了流官，那我们……”
沈廷扬看向他，语气依然平和：“郑将军收复台湾，功在千秋。陛下已明令，台湾府之防务，暂由闽海水师负责，台湾海峡之护航、缉私，亦由贵部主导。此外，台湾岛上，将划出特定区域，作为水师基地和军属安置之所，并允许贵部参与岛上部分特许经营，如樟脑、硫磺开采之利。朝廷绝不会让功臣流血又流泪。”
条件已经摊开，利弊清晰可见。接受，则从海盗王变身帝国海军上将，前途光明但需受约束；拒绝……郑芝龙看了一眼港外那些飘扬的“郑”字旗，又想起辽东传来的关于新式火器、京营新军的传闻，以及朝廷如今恢复的国力，心中暗暗摇头。拒绝的代价，他承受不起。
他深吸一口气，脸上露出了决断之色，举起茶杯，以茶代酒：“沈大人，芝龙并非不识抬举之人。陛下与朝廷如此厚待，芝龙感激不尽！这章程，芝龙……接了！今后，我闽海水师上下，愿为陛下前驱，为大明扫清海波，扬威四海！”
沈廷扬心中一块大石落地，也举杯相迎：“将军深明大义，陛下闻之，必感欣慰！沈某以此茶，贺将军前程似锦，祝我大明海疆永固！”
“贺将军前程似锦，祝大明海疆永固！”厅内众人齐声应和，气氛顿时热烈起来。
具体的细节条款，自然有双方的幕僚去逐条敲定。但大的框架，就在这南澳岛的海风与茶香中，定了下来。
当夜，郑芝龙设宴款待沈廷扬一行。宴席上，郑芝龙看似开怀，与沈廷扬谈笑风生，议论海外奇闻，展望未来航路。但夜深人静，他独自立于船头，望着月光下无边无际的大海，心中却是思绪万千。
“朝廷……陛下……好手段啊。”他低声自语，“给了名分，给了粮饷，却也套上了笼头。今后这海，还是我郑芝龙说了算的海吗？”他感到一种前所未有的束缚，但同时也看到了一条远比过去宽阔的道路。或许，依附于这个正在崛起的帝国，才能真正实现他纵横四海的梦想？
而此刻，在为他准备的舱室内，沈廷扬并未入睡，他正在灯下奋笔疾书，向皇帝密奏谈判结果。他写道：“……郑芝龙已初步接受章程，然其枭雄之心未泯，隐忧犹存。然陛下天威赫赫，新政日显，大势所趋，其不敢轻动也。当务之急，乃加速营造朝廷直属之新式水师，以形成制衡……南洋广阔，未来可期。”
写完密奏，他用火漆封好，交给贴身护卫，命其明日随“海隼号”即刻返京。他推开舷窗，海风带着咸腥味扑面而来。南澳岛的谈判尘埃落定，大明经略四海的大幕，才刚刚拉开。而远在京师的皇帝，手中又多了几分掌控海洋的筹码。