京城朝堂之上，理学清流们“黜格物，崇正学”的呼声甚嚣尘上，其言辞之激烈，立意之高远，几欲将凌云及其代表的吕宋体系钉在“背离道统”的耻辱柱上。压力如同乌云，笼罩在吕宋上空，连基地内部都弥漫着一丝不安。许多来自传统士子家庭的技术官员，内心也承受着巨大的煎熬与拉扯。
就在这舆论风暴最为猛烈之际，凌云的反击，以一种出乎所有人意料的方式，到来了。
他没有选择上书自辩，也没有发动关系在朝中斡旋，而是直接在吕宋格物院的大礼堂，面对全体教员、优秀学子、以及所有中高层官员，发表了一次被后人称为 “新学宣言” 的公开演讲。演讲内容被迅速整理成文，以《格物穷理录》为名，通过灵讯网络和传统驿道，同时向大明各地散发！
在这篇雄文中，凌云并未否认儒家“道”的重要性，而是首先重新定义了“格物致知”：
“格物者，非仅格草木之理，乃格天地万物运行之常道；致知者，非仅明人伦之心性，乃致宇宙苍生共存之真知。”
他巧妙地将理学追求的“天理”，与自然科学的“物理规律”进行了勾连和统一，指出“天地有大美而不言，四时有明法而不议，万物有成理而不说。此即天理之昭昭，格物者，正是要明此不言、不议、不说之天理！” 他将科学技术探索，提升到了“体察天工，顺应天道”的高度。
紧接着，他话锋一转，直面“义利之辩”：
“圣人云：‘因民之所利而利之’。利者，非独私欲之小利，更是国富民强、仓廪实而知礼节之公利！若空谈仁义而民有饥色，野有饿殍，此仁义何在？格物所创之利，乃厚生之利，强国之利，此正所以行仁义也！”
他进一步提出，“器”与“道”并非对立：
“工欲善其事，必先利其器。器之精进，非但能成事功，更能拓人心智，启人思悟。观今之蒸汽巨舰，电光火石，岂非印证造化之无穷，天道之浩渺？此等‘器’中，便蕴含着无上之‘道’！”
最后，他掷地有声地宣告：
“故吾所谓新学，乃是以格物之精神，穷究天地万物之理；以致知之追求，谋求国计民生之福；以器道相融之理念，开创万世太平之基！此学，上合天道，下应民心，非但不是末学，实乃经世致用之正学，强国保种之实学！”
这篇《格物穷理录》，文采斐然，逻辑严密，既引经据典，又不拘泥古义，更重要的是，它构建了一套能够自圆其说、甚至能与传统理学分庭抗礼的新意识形态话语体系！它不再是笨拙的技术辩解，而是上升到了“道”的层面，为所有投身于格物事业的人，提供了强大的精神支撑和理论依据。
文章一出，天下震动！
吕宋基地内部，原本浮动的人心迅速安定，甚至更加凝聚。格物学堂的学子们将其奉为圭臬，奔走相告，士气大振。
在大明各地，尤其是在那些已受格物之学影响的年轻士子和务实官员中，引发了巨大的共鸣和深思。许多被理学空疏学风所困、渴望经世致用的读书人，仿佛看到了一条新的道路。