然而，就在他们准备返京时，阿芷在整理药渣时发现了异常——军粮中掺杂着霉米！
先生， 阿芷拿着一粒霉米，脸色苍白，这霉米里有黄曲霉素，吃多了会致癌。杨院判的旧部，是想让士兵们中毒身亡！
凌云接过霉米，眼中闪过一丝寒光：看来，杨院判的余党，还没死心。
他看向边境连绵的群山，心中暗暗发誓：一定要铲除这些毒瘤，让医道的光明，照亮每一个角落。
阿芷发现的霉米，成了破案的关键。
凌云将霉米样本送到京城的格物司，请埃里克化验。埃里克用显微镜观察后，发现霉米中有一种黄色的霉菌，正是黄曲霉素。
这种毒素会导致肝癌，长期食用会致命。 埃里克对凌云道，军粮中的霉米，显然是人为掺入的。
凌云立刻上奏皇帝：陛下，边境军粮被人动了手脚，想置我军于死地。请派钦差大臣彻查！
皇帝大怒，派心腹太监前往边境调查。结果发现，军粮的采购、运输、储存环节，都有杨院判旧部的影子。为首的，正是杨院判的管家。
说！是谁指使你们的？ 钦差太监厉声喝道。
管家吓得魂飞魄散：是……是杨院判！他在狱中写信给我们，让我们在军粮中掺霉米，毒死士兵，嫁祸凌先生……
真相大白。皇帝下旨，将杨院判余党一网打尽，凌迟处死管家，赐杨院判鸩酒一杯。
边境疫情平定后，凌云率弟子返京。皇帝亲自出城迎接，赐杏林旌勇旗，表彰他们的功绩。
回到京城，凌云将边境疫情的案例写入《新医启蒙》，增加了瘴疫防治篇，详细讲解了青蒿素的用法和霉米的危害。
医正堂的名声，达到了顶峰。各地学子纷纷慕名而来，要求加入医正堂。凌云不得不扩建校舍，增加师资。
这天，凌云正在书房编写新书，忽见窗外飞来一只信鸽。他取下信鸽腿上的纸条，上面写着：西洋传教士带来新书，言及血液循环，与先生气血为轴之说相似。
凌云眼睛一亮。他知道，医道的发展永无止境，只有不断学习，才能不断进步。
他提笔在《新医启蒙》的序言中写道：医道如航海，前人指的方向是灯塔，但真正的航路，要靠自己去探索。愿我华夏医者，都能以实证为舟，以仁心为桨，驶向健康的彼岸。
窗外，十二棵银杏树的叶子已经金黄。秋风拂过，落叶纷飞，如同无数只金色的蝴蝶，在阳光下翩翩起舞。
医正堂的故事，还在继续。而中医革新的浪潮，才刚刚开始。