杨院判被下狱后，太医院大换血。凌云提拔了一批医正堂的弟子，充实到太医院的各个部门。陆明远任御药房总管，李文轩任外科主事，阿芷任药膳司主簿。
医正堂的规模也扩大了。凌云在京城外买了一块地，建了新的校舍，还开辟了药圃，种植各种草药。弟子们从最初的十二人，发展到一百多人。
这天，凌云正在新校舍给弟子们上课，忽见一个熟悉的身影站在门口——是陆明远的父亲陆文昭。
陆明远惊讶地站起来，您怎么来了？
陆文昭走到凌云面前，深深一揖：凌先生，多谢您为犬子正名。我……我来是想加入医正堂。
凌云连忙扶起他：陆大夫，您是前辈，怎么能屈尊来当弟子？
陆文昭摇头：我从前固执己见，以为新法无用。直到看到犬子用您教的针法救了人，才明白自己的错误。医道如流水，不进则退。我想跟您学新法，弥补过去的遗憾。
凌云感动不已：陆大夫，医正堂随时欢迎您。
陆文昭加入医正堂后，将自己的经验与新法结合，写出了《寒门医案集》，成为弟子们的必读书籍。
然而，平静的日子没过多久，新的危机又来了。
边境军营爆发，士兵们高烧不退，咳嗽不止，已有上百人死亡。杨院判的旧部掌管军中医官，用驱邪符安神汤治疗，毫无效果。
皇帝急召凌云：凌爱卿，边境疫情危急，你率医正堂弟子去支援！
凌云领命，带着陆明远、李文轩、阿芷，以及新研制的青蒿素，星夜兼程赶往边境。
到达军营时，只见营帐外躺着一排排奄奄一息的士兵。军医们束手无策，只能烧香拜佛。
凌先生，您可来了！ 军营统领哭着迎上来，再不想办法，这仗没法打了！
凌云立即投入救治。他发现，士兵们的症状与《瘟疫论》中记载的相似，是由蚊虫传播的疟原虫引起。
用青蒿素！ 凌云下令，每人每天服用两次，连续三天。
阿芷带着药童们熬药，李文轩用他的柳叶刀为高烧不退的士兵放血降温，陆明远则用银针刺激穴位，缓解症状。
三天后，奇迹出现了——士兵们的烧退了，咳嗽减轻了，陆续康复。
凌先生，您真是神医啊！ 军营统领激动地跪下，您救了全军将士的命！
凌云扶起他：是青蒿素救了他们，是实证救了他们。