《新医启蒙》的编写，远比想象中艰难。
凌云要将中医的五行五脏与西洋解剖学对应，还要用白话讲解，配上插图。他白天授课，晚上画图，常常熬到深夜。阿芷主动帮忙整理草药图谱，李文轩则用他的巧手，制作了精美的针灸铜人剖视图——将铜人剖成前后两半，标注神经血管分布。
先生，这个六淫致病怎么画？ 陆明远指着书稿，中医说风、寒、暑、湿、燥、火，西洋人说细菌、病毒，两者如何结合？
凌云取出显微镜：你看，这就是细菌。风邪入体，如同乘虚而入；寒邪入体，如同遇冷繁殖。所以，六淫致病，本质是作祟。
他在书稿上画了一只张牙舞爪的，旁边写道：痈疽非疔毒，乃是脓血堵；切开排毒脓，胜饮十碗符！ 这就是后来流传甚广的治痈疽歌诀。
这天，凌云正在绘制心脏如泵血风箱图，忽听门外传来争吵声。
阿芷！你一个女子，怎么能抛头露面编书？ 是医正堂的杂役老张，快回去绣花！
绣花能救人吗？ 阿芷的声音带着倔强，我在书上写的艾蒿祛湿方子，已经治好了三个宫女的关节痛！
凌云走出去，只见阿芷涨红了脸，手里还拿着一本刚誊抄好的《新医启蒙》。老张则叉着腰，一副女子无才便是德的模样。
老张， 凌云淡淡道，阿芷的方子，是你用过的吗？
老张语塞。阿芷趁机道：先生，我想把女子经期调养方加进去，很多姐妹都不懂怎么调理。
凌云点头：加！不仅要加，还要放在显眼位置。医道不分男女，能救人的方子，就该写出来。
老张见凌云发话，只好悻悻离去。阿芷感激地看着凌云：谢谢先生。
凌云拍了拍她的肩：你我之间，不必言谢。记住，你不仅是药童阿芷，更是医正堂的弟子阿芷。你的见识，比很多男子都强。
这件事后，《新医启蒙》的编写进度加快了。凌云将弟子们的案例都加了进去：陆明远的金针渡劫针法，李文轩的柳叶刀使用心得，阿芷的百草辨识歌诀。
三个月后，第一版《新医启蒙》刊印出来。封面上，画着一位郎中手持银针，旁边题着实事求是四个大字。
书刚上市，就被抢购一空。有人用它治好了多年的老寒腿，有人用它学会了针灸止痛。甚至有太医院的弟子偷偷跑来买书，说比太医院的老方子管用多了。
杨院判得知此事，气得浑身发抖。他没想到，凌云不仅办起了医正堂，还写出了这样的。他决定，要给凌云一个教训。
杨院判的反击，来得又快又狠。
他联合钦天监，上奏皇帝：凌云创办医正堂，解剖尸体，编写妖书，逆天改命，致紫微星晦暗，恐有大祸！
朱元璋将奏折扔在地上：一派胡言！凌爱卿的医正堂，救了多少人？你们眼里只有，可有看到百姓的死活？
杨院判不死心，又散布谣言：凌云剖孕妇尸炼长生药！ 他买通几个地痞，在京城街头大喊大叫，引来了不少百姓围观。