然而，这股清流，却触动了太多人的利益。
首先是御膳房，失去了供应昂贵药材的油水，上上下下怨声载道。其次是太医院，凌云的声望如日中天，让他们这些守着旧法吃饭的人感到了深深的恐惧。而最不爽的，莫过于内阁那帮视凌云为眼中钉的文官。他们无法从学术上驳倒凌云，便只能在背后使绊子。
一时间，关于凌云“妖言惑众”、“蛊惑太子”、“动摇国本”的流言蜚语，又开始在朝野间悄然流传。一场新的风暴，正在酝酿。
朱标在坚持了一个月后，发生了一件连凌云都未曾预料到的变化。
他开始做梦了。
不再是以前那种心悸气短、坠入深渊的噩梦。他梦见自己在辽阔的草原上策马奔腾，清风拂面，呼吸顺畅无比；梦见自己引弓搭箭，箭无虚发，充满了力量与自信。
他从梦中醒来，神清气爽，第一次感受到了什么叫做“一夜无梦到天明”。
他将此事告知凌云。凌云听罢，眼中精光一闪：“这是心神得安，气血充盈的迹象！心主神明，你的神明，正在从药物的蒙蔽中苏醒过来！”
他将此事也密奏给了朱元璋。帝王抚掌大笑：“好！看来这小子是真的在好转！”
朱元璋的喜悦是发自内心的。他不再仅仅是满意凌云的医术，更开始欣赏他改造事物的能力。这个年轻人，不仅能治病，更能改变人心。他私下对马皇后感叹：“有凌云在，朕的江山，后继有人了。”
保守派的顽抗变本加厉。
刘院使联合了几个御史，再次上疏，称凌云“私改御膳，紊乱宫闱规矩”，要求彻查格物阁。这一次，他们甚至暗示凌云有“结党营私”之嫌。
朱元璋将奏疏留中不发，却在一次朝会上，将一名弹劾凌云的御史，以“奏疏言语轻佻，有辱斯文”为由，罚俸半年，调往边远地区。
这是一个清晰的信号。谁要是再敢无故挑衅凌云，就是与皇帝为敌。
太医院的士气彻底崩溃。许多年轻医官开始偷偷研究凌云的《提纯要术》和《导引图》，曾经的权威，在无可辩驳的事实面前，轰然倒塌。刘院使每日闭门不出，仿佛一夜间老了十岁。