武德九年（丙戌年，公元626年）
春季正月己亥日，朝廷下诏令太常少卿祖孝孙等人重新修订雅乐。
甲寅日，任命左仆射裴寂为司空，每天派遣一名员外郎在他的府邸轮流值班。
二月庚申日，任命齐王李元吉为司徒。
丙子日，朝廷开始命令各州、县祭祀土地神和谷神，又下令百姓以乡里为单位共同建立社庙。各自祭祀祈福、报答神灵，以增进乡邻之间的和睦。戊寅日，高祖祭祀土地神和谷神。
丁亥日，突厥侵犯原州，朝廷派遣折威将军杨毛迎击。
三月庚寅日，高祖前往昆明池；壬辰日，返回宫中。
癸巳日，吐谷浑、党项侵犯岷州。戊戌日，益州道行台尚书郭行方进击眉州反叛的獠人，将其击败。
壬寅日，梁师都侵犯边境，攻陷静难镇。
丙午日，高祖前往周氏陂。
辛亥日，突厥侵犯灵州。
乙卯日，高祖返回宫中。
癸丑日，南海公欧阳胤奉命出使突厥，率领随从五十人谋划突袭可汗的牙帐；事情泄露，突厥将他囚禁。
丁巳日，突厥侵犯凉州，都督长乐王李幼良击退敌军。
戊午日，郭行方在洪州、雅州进击反叛的獠人，大败敌军，俘获男女五千人。
夏季四月丁卯日，突厥侵犯朔州；庚午日，侵犯原州；癸酉日，侵犯泾州。
戊寅日，安州大都督李靖与突厥颉利可汗在灵州的硖石交战，从清晨打到下午，突厥才撤退。
太史令傅奕上奏疏请求废除佛法，说：“佛教起源于西域，言论荒诞且路途遥远；汉人翻译胡人的经书，肆意虚假编造。让不忠不孝之人削发为僧，拜见君主和父母时不行礼；让游手好闲之人改换服饰，逃避赋税徭役。佛教虚假宣扬地狱、饿鬼、畜生三途之苦，荒谬编造天道、人道、阿修罗道、畜生道、饿鬼道、地狱道六道轮回，恐吓愚昧之人，欺骗平庸之辈。还让人追悔过去的罪孽，虚妄谋求未来的福报；布施一万钱，就希望得到一万倍的回报，持斋一天，就企图获得一百天的粮食。于是让愚昧之人妄求功德，不惧法令禁令，轻易触犯法律；有人犯下谋反大逆之罪，身陷法网，才在狱中礼佛，企图免除罪责。况且生死寿夭，取决于自然规律；刑罚恩德、威严福禄，掌握在君主手中；贫富贵贱，由功业所决定；而愚蠢的僧人虚假欺诈，都说这一切由佛主宰。窃取君主的权力，擅自掌控自然的力量，这种危害朝政的行为，实在令人痛心！从伏羲、神农到汉朝，都没有佛法，却君主英明、臣子忠诚，国运长久。汉明帝开始设立胡人的神灵，西域的僧人自行传播佛法。西晋以前，国家有严格的法令，不允许中原之人擅自剃发为僧。到了苻秦、石赵时期，羌人、胡人扰乱华夏，君主昏庸、臣子奸佞，政治残暴、国运短促，梁武帝、齐襄公的下场，足以作为明镜。如今天下的僧尼，数量超过十万，他们剪裁彩帛，装饰泥像，争相搞厌胜邪术，迷惑百姓。请下令让僧尼婚配，就能形成十万多户人家，生育子女后，经过十年养育、十二年教育，就可以补充兵力。天下百姓能避免被蚕食的灾祸，知道威严福禄的归属，那么妖惑的风气自然会革除，淳朴的教化就能恢复。我见过齐朝章仇子佗的奏表说：‘僧尼徒众，耗费国家财物，寺庙佛塔奢侈，浪费金银布帛。’但因为众僧依附宰相，在朝廷上诋毁他，众尼依托妃嫔、公主，暗中诽谤他，章仇子佗最终被囚禁，在闹市处死。等到周武帝平定北齐，下令为他修建坟墓。我虽然不才，却私下仰慕他的行为。”
高祖下诏让百官商议这件事，只有太仆卿张道源称赞傅奕的话合理。萧瑀说：“佛是圣人，而傅奕诋毁他；诋毁圣人的人没有王法，应当治他的罪。”傅奕说：“人与人之间最重要的伦理，莫过于君臣、父子。佛作为嫡长子却背叛父亲，作为平民却对抗天子。萧瑀不是从空桑中出生，却遵奉这种无父之教。不孝顺父母的人就没有亲情，说的就是萧瑀！”萧瑀无法反驳，只是双手合十说：“设置地狱，正是为了惩罚这种人！”
高祖也厌恶僧人、道士随意逃避赋税徭役，不遵守戒律，都像傅奕所说的那样。另外，寺庙、道观与市井店铺相邻，混杂着屠宰、卖酒的场所。辛巳日，高祖下诏命令有关部门筛选淘汰天下的僧尼、道士、女冠，其中精进勤勉、修养有成的，迁移到大型寺庙、道观，供给他们衣食，不让他们短缺；平庸粗俗、品行恶劣的，全部勒令还俗，遣返回乡。京城保留三座寺庙、两座道观，各州各保留一座，其余的都废除。
傅奕性情谨慎周密，担任占候之职后，断绝了与他人的交往，所上奏的灾异现象，都烧掉底稿，没有人知道。
癸未日，突厥侵犯西会州。
五月戊子日，虔州胡人成郎等人杀死长史，反叛归附梁师都；都督刘昮追击并斩杀了他们。
壬辰日，党项侵犯廓州。
戊戌日，突厥侵犯秦州。
壬寅日，越州人卢南反叛，杀死刺史宁道明。
丙午日，吐谷浑、党项侵犯河州。
突厥侵犯兰州。
丙辰日，朝廷派遣平道将军柴绍率领军队进击胡人。
六月丁巳日，太白星白天出现。
秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉产生矛盾后，认为洛阳是地势险要的战略要地，担心一旦发生变故，想要出兵驻守那里以自保，于是任命行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派遣秦府车骑将军荥阳人张亮率领左右王保等一千多人前往洛阳，暗中结交山东的豪杰之士等待时机，拿出大量金银布帛，任由他们使用。李元吉告发张亮图谋不轨，朝廷将张亮交付官吏审讯；张亮始终不说话，朝廷于是释放了他，让他返回洛阳。
李建成夜里召见李世民，设宴饮酒并在酒中下毒，李世民突然心口疼痛，吐了几升血，淮安王李神通搀扶着他返回西宫。高祖前往西宫探望李世民的病情，告诫李建成说：“秦王向来不能饮酒，从今往后不要再夜里设宴饮酒了！”接着对李世民说：“首先提出反隋的大计，平定天下，都是你的功劳。我想立你为太子，你却坚决推辞；况且李建成年长，作为太子已经很久了，我不忍心剥夺他的太子之位。看你们兄弟之间似乎互不相容，住在同一个京城，必然会发生纷争，我会派你返回行台，驻守洛阳，从陕州以东的地区都归你管辖。还会让你设置天子的旌旗仪仗，就像汉朝梁孝王的旧例一样。”李世民流泪哭泣，以不愿远离父亲身边为由推辞。高祖说：“天下是一家，东都和西都距离很近。我想念你时就会前去看望你，不必悲伤。”李世民即将出发时，李建成、李元吉一起谋划说：“秦王如果到了洛阳，拥有土地和军队，就再也无法控制他了；不如把他留在长安，他不过是个普通人，要除掉他就容易了。”于是秘密让几个人上奏密信，说：“秦王的部下听说要前往洛阳，无不欢欣雀跃，看他们的志向，恐怕不会再回来了。”又派遣亲近宠信的大臣用利害关系劝说高祖。高祖的心意就此改变，这件事又中途停止了。
李建成、李元吉与后宫妃嫔日夜在高祖面前诋毁李世民，高祖相信了他们的话，准备治李世民的罪。陈叔达劝谏说：“秦王对天下有大功，不能废黜他。而且他性情刚烈，如果加以压制，恐怕会承受不住忧愁愤怒，或许会引发难以预料的疾病，陛下到时后悔就来不及了！”高祖才作罢。李元吉秘密请求杀死秦王，高祖说：“他有平定天下的功劳，罪状还不明显，用什么作为借口呢！”李元吉说：“秦王当初平定东都后，观望不前，不愿返回京城，散发金银布帛来树立个人恩德，又违背敕命，这不是谋反是什么！只需尽快杀了他，还担心没有借口吗！”高祖没有回应。
秦府的僚属都担忧恐惧，不知道该怎么办。行台考功郎中房玄龄对於比部郎中长孙无忌说：“如今嫌隙已经形成，一旦祸患突然发生，不仅秦府会覆灭，实在也是国家的忧患；不如劝说秦王效仿周公诛杀管叔、蔡叔的做法，来安定国家。存亡的关键，刻不容缓，就在今天！”长孙无忌说：“我早就有这样的想法，只是不敢说出口；如今你所说的话，正合我意，我会立刻禀报秦王。”于是入宫向李世民进言。李世民召见房玄龄商议，房玄龄说：“大王的功劳盖过天地，应当继承大业；如今面临的忧患危险，正是上天的帮助，希望大王不要犹豫！”于是与府属杜如晦一起劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因为秦府有很多勇猛的将领，想要引诱他们为自己所用，秘密将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟敬德，并且写信招抚他说：“希望能得到长者的眷顾，以加深我们平民般的交情。”尉迟敬德推辞说：“我尉迟敬德是出身贫寒之人，遭遇隋末战乱，长期沦落在叛逆之地，罪该万死。秦王赐予我再生之恩，如今我又在秦府任职，只能以死报答秦王的恩德；我对殿下没有功劳，不敢冒昧接受如此厚重的赏赐。如果私下与殿下结交，就是怀有二心，贪图利益而忘记忠诚，殿下又怎么会重用这样的人呢！”李建成大怒，于是与他断绝来往。尉迟敬德把这件事告诉了李世民，李世民说：“你的忠心像山岳一样坚定，即使送来的金子堆积到北斗星那么高，我也知道你不会动摇。他送来的东西你就收下，有什么可顾虑的！而且还能借此了解他的阴谋，难道不是好计策吗！否则，祸患将会降临到你身上。”不久后，李元吉派壮士在夜里刺杀尉迟敬德，尉迟敬德得知后，敞开所有房门，安然入睡，刺客多次来到他的庭院，最终不敢进屋。李元吉于是在高祖面前诋毁尉迟敬德，朝廷将尉迟敬德关进诏狱审讯，准备杀死他。李世民坚决请求赦免，尉迟敬德才得以幸免。李元吉又诋毁左一马军总管程知节，将他外放为康州刺史。程知节对李世民说：“大王的得力助手和亲信都快被铲除殆尽了，您自身又能支撑多久呢！我程知节宁死也不离开，希望大王尽早决断。”李元吉又用金银布帛引诱右二护军段志玄，段志玄拒不从命。李建成对李元吉说：“秦府有谋略的士人，值得忌惮的只有房玄龄、杜如晦罢了。”于是两人都在高祖面前诋毁他们，将他们驱逐出秦府。
李世民的心腹只有长孙无忌还留在府中，他与舅舅雍州治中高士廉、左候车骑将军三水人侯君集及尉迟敬德等人，日夜劝说李世民诛杀李建成、李元吉。李世民犹豫不决，向灵州大都督李靖询问对策，李靖推辞不答；又问行军总管李世积，李世积也推辞不答；李世民因此更加敬重二人。
恰逢突厥郁射设率领数万骑兵屯驻黄河以南，侵入边塞，包围乌城，李建成推荐李元吉代替李世民统领各路军队北征；高祖批准了，命令李元吉统领右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。李元吉请求让尉迟敬德、程知节、段志玄及秦府右三统军秦叔宝等人随行，挑选秦王帐下的精锐士兵来补充自己的军队。率更丞王晊秘密告知李世民：“太子对齐王说：‘如今你得到秦王的骁将精兵，拥有数万之众，我与秦王在昆明池为你饯行，让壮士在帐幕下将他拉杀，上奏说他突然死亡，皇上应该不会不信。我会让人进言劝说，让皇上把国家大事交给我。尉迟敬德等人既然到了你的手中，就应该全部活埋，谁敢不服！’”李世民把王晊的话告诉长孙无忌等人，无忌等人劝说李世民先动手除掉他们。李世民叹息说：“骨肉相残，是古今最大的恶行。我确实知道祸患就在眼前，但想等他们先发动，然后再以正义之名讨伐他们，不也可以吗！”尉迟敬德说：“人之常情，谁不爱惜生命！如今众人以死侍奉大王，这是上天授予的机会。祸患即将发生，而大王还安然不以为忧，大王纵然轻视自己，又怎么对得起宗庙社稷呢！大王如果不听我的话，我将逃到荒野之中，不能留在大王身边，白白送死！”长孙无忌说：“不听尉迟敬德的话，事情现在就会失败。尉迟敬德等人必定不会再为大王所有，我也会跟随他们离开，不能再侍奉大王了！”李世民说：“我所说的也并非全不可取，你们再想想别的办法。”尉迟敬德说：“大王如今处事犹豫不决，这是不智；面临危难不能决断，这是不勇。况且大王平时蓄养的勇士八百多人，现在在外的已经进入宫中，身披铠甲、手持兵器，形势已经形成，大王还能罢休吗！”
李世民询问府中僚属，众人都说：“齐王凶狠暴戾，终究不会侍奉他的兄长。近来听说护军薛实曾对齐王说：‘大王的名字，合起来是“唐”字，大王终究会主持大唐的祭祀。’齐王高兴地说：‘只要除掉秦王，夺取东宫就易如反掌。’他与太子图谋作乱还未成功，就已经有了夺取太子之位的心思。作乱的野心没有满足的时候，什么事做不出来！如果让他们二人得志，恐怕天下就不再是大唐的了。以大王的贤能，除掉他们就像拾取地上的草芥一样容易，为什么要固守平民的节操，而忘记国家的大计呢！”李世民仍未决断，众人说：“大王认为舜是怎样的人？”李世民说：“是圣人。”众人说：“如果舜挖井时不出来，就会成为井中的泥土；粉刷粮仓时不下来，就会成为粮仓上的灰烬，怎么能恩泽天下、被后世效仿呢！所以，父亲用小杖打就接受，用大杖打就逃走，大概是因为要保全更大的利益。”李世民下令占卜，幕僚张公谨从外面进来，拿起龟甲扔在地上，说：“占卜是为了决断疑惑；如今事情已经没有疑惑，还占卜什么呢！如果占卜结果不吉利，难道就能罢休吗！”于是定下计策。
李世民让长孙无忌秘密召见房玄龄等人，房玄龄等人说：“皇上下诏不准我们再侍奉大王；如今如果私下拜见，必定会被处死，不敢遵奉命令。”李世民大怒，对尉迟敬德说：“房玄龄、杜如晦难道背叛我了吗！”取下自己佩戴的刀交给尉迟敬德说：“你去看看，如果他们没有来的意思，就砍下他们的首级来见我。”尉迟敬德前往，与长孙无忌一起告知他们：“大王已经下定决心，你们应该尽快入宫共同谋划。我们四人，不能一起走在路上。”于是让房玄龄、杜如晦穿上道士服，与长孙无忌一同入宫，尉迟敬德从另一条路也赶到了。
己未日，太白星再次白天出现。傅奕秘密上奏：“太白星出现在秦地的分野，秦王应当拥有天下。”高祖把奏表交给李世民。于是李世民秘密上奏李建成、李元吉淫乱后宫，并且说：“我对兄弟没有丝毫亏欠，如今他们想要杀我，似乎是在为王世充、窦建德报仇。我现在含冤而死，永远离开君主和亲人，魂魄归于地下，实在耻于见到那些贼寇！”高祖看了奏表，十分惊愕，回复说：“明天我会审问此事，你应该早点入朝。”
庚申日，李世民率领长孙无忌等人入宫，在玄武门埋伏士兵。张婕妤暗中得知李世民的奏表内容，派人火速告知李建成。李建成召见李元吉商议，李元吉说：“应当率领东宫和齐府的军队，称病不上朝，以观察形势。”李建成说：“军队防备已经严密，我应当与弟弟入朝，亲自打听消息。”于是二人一同入宫，直奔玄武门。高祖当时已经召见了裴寂、萧瑀、陈叔达等人，准备审问此事。
李建成、李元吉到达临湖殿，察觉有变，立刻调转马头向东返回东宫和齐府。李世民跟在后面呼喊他们，李元吉拉开弓箭射李世民，多次都没有拉满弓，李世民射死了李建成。尉迟敬德率领七十名骑兵随后赶到，身边的人射死李元吉，李元吉坠马。李世民的马受惊跑到树林里，被树枝挂住，坠马后无法起身。李元吉迅速赶到，夺过弓箭想要扼死李世民，尉迟敬德跃马呵斥他。李元吉步行想要逃往武德殿，尉迟敬德追上去射死了他。翊卫车骑将军冯翊人冯立听说李建成死了，叹息说：“怎么能活着接受他的恩德，死了却逃避他的危难呢！”于是与副护军薛万彻、屈咥直府左车骑万年人谢叔方率领东宫、齐府的精锐士兵两千人，疾驰前往玄武门。张公谨力气很大，独自关闭宫门抵御他们，使他们无法进入。云麾将军敬君弘掌管后宫宿卫，驻扎在玄武门，挺身而出参战，他的亲信阻止他说：“事情还不可知，暂且慢慢观察变化，等军队集结完毕，列阵作战也不晚。”敬君弘不听，与中郎将吕世衡大声呼喊着冲上去，都战死了。敬君弘是敬显俊的曾孙。守门的士兵与薛万彻等人奋力交战了很久，薛万彻鼓噪着想要攻打秦府，秦府将士大为恐惧；尉迟敬德手持李建成、李元吉的首级展示给他们看，东宫和齐府的士兵于是溃散，薛万彻与数十名骑兵逃入终南山。冯立杀死敬君弘后，对他的部下说：“这也足以稍微报答太子了！”于是解散军队，逃到荒野中。
高祖正在海池泛舟，李世民派尉迟敬德入宫宿卫，尉迟敬德身披铠甲、手持长矛，径直来到高祖面前。高祖大惊，问道：“今天作乱的是谁？你到这里来做什么？”尉迟敬德回答说：“秦王因为太子、齐王作乱，起兵诛杀了他们，担心惊动陛下，派我前来宿卫。”高祖对裴寂等人说：“没想到今天会发生这样的事，该怎么办呢？”萧瑀、陈叔达说：“李建成、李元吉本来就没有参与反隋的谋划，又对天下没有功劳，嫉妒秦王功高望重，共同策划奸邪之事。如今秦王已经讨伐并诛杀了他们，秦王的功劳盖过宇宙，天下人都归顺他，陛下如果立他为太子，把国家大事托付给他，就不会再发生变故了。”高祖说：“好！这也是我一直以来的心愿。”当时宿卫军队及秦府士兵与东宫、齐府的残余势力还在交战，尉迟敬德请求高祖下达亲笔敕令，命令各路军队都接受秦王的调度，高祖同意了。天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣读敕令，众人这才安定下来。高祖又派黄门侍郎裴矩前往东宫晓谕各位将士，将士们都解散了。高祖于是召见李世民，抚摸着他的背说：“近来我几乎因为听信谗言而产生了像曾参母亲那样的疑虑。”李世民跪下吮吸高祖的乳头，放声痛哭了很久。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，都被处死，并且被削除宗族户籍。
起初，李建成答应李元吉在自己即位后，立他为皇太弟，所以李元吉为他效死力。各位将领想要把李建成、李元吉的左右亲信一百多人全部诛杀，抄没他们的家产，尉迟敬德坚决反对说：“罪责只在李建成、李元吉二人，他们已经伏法；如果牵连他们的党羽，不是求得安定的办法。”于是作罢。当天，朝廷下诏大赦天下。作乱的罪责，只追究李建成、李元吉，其余党羽，一概不问。僧尼、道士、女冠都恢复原样。国家的各项事务，都由秦王处理。
辛酉日，冯立、谢叔方都主动出来投案；薛万彻逃亡隐匿，李世民多次派人晓谕他，他才出来。李世民说：“这些人都是忠于自己所侍奉的人，是义士。”于是赦免了他们。
癸亥日，立李世民为皇太子。又下诏：“从今往后，军队和国家的各项事务，无论大小，都交给太子决断，然后再上奏给我。”
臣司马光说：立嫡长子为太子，是礼的正道。然而高祖之所以能拥有天下，都是太宗的功劳；隐太子李建成因为平庸低劣而位居太宗之上，地位相近、势力相逼，必然互不相容。如果高祖有周文王的英明，隐太子有泰伯的贤德，太宗有子臧的节操，那么祸乱怎么会发生呢！既然不能这样，太宗起初想要等李建成先发动，然后再回应，这样的话，事情出于不得已，还算是较好的做法。后来被群臣逼迫，最终导致在宫门喋血，兄弟相残，被千古讥讽，实在可惜！开创基业、传授后代的君主，是子孙后代效仿的榜样，后世中宗、玄宗、肃宗、代宗的皇位传承，难道不是以太宗的做法为借口吗！
戊辰日，任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。把齐王府的财物、器物全部赏赐给尉迟敬德。
起初，洗马魏征经常劝说太子李建成早点除掉秦王，李建成失败后，李世民召见魏征说：“你为什么要离间我们兄弟！”众人都为魏征感到担忧恐惧，魏征却举止自若，回答说：“先太子如果早点听从我的话，必定不会有今天的灾祸。”李世民一向器重他的才能，改变脸色礼遇他，任命他为詹事主簿。又从巂州召回王珪、韦挺，都任命为谏议大夫。
李世民下令释放宫苑中的鹰犬，停止四方的进贡，让百官各自陈述治理国家的方法，政令简洁严明，朝廷内外都十分高兴。
任命屈突通为陕东大行台左仆射，镇守洛阳。
益州行台仆射窦轨与行台尚书韦云起、郭行方不和。韦云起的弟弟韦庆俭及宗族大多侍奉太子李建成，李建成死后，窦轨诬告韦云起与李建成同谋反叛，将他逮捕斩首。郭行方恐惧，逃奔京城，窦轨追击他，没有追上。
吐谷浑侵犯岷州。
突厥侵犯陇州；辛未日，侵犯渭州。派遣右卫大将军柴绍迎击。
废除益州大行台，设置大都督府。
壬申日，高祖用亲笔诏书赐给裴寂等人说：“我应当加尊号为太上皇。”
辛巳日，幽州大都督庐江王李瑗反叛，右领军将军王君廓杀死他，将首级传送到京城。
起初，高祖认为李瑗懦弱胆怯，没有将帅之才，让王君廓辅佐他。王君廓原本是盗贼，勇猛强悍、阴险狡诈，李瑗对他推心置腹、倚为心腹，答应与他联姻。太子李建成图谋杀害秦王，秘密与李瑗勾结。李建成死后，朝廷下诏派遣通事舍人崔敦礼乘坐驿车召见李瑗。李瑗心中不安，与王君廓商议。王君廓想要捉拿李瑗立功，于是劝说：“大王如果入朝，必定没有保全的道理。如今你拥有数万军队，为什么要接受一个使者的召见，自投罗网呢！”于是二人相对而泣。李瑗说：“我现在把性命托付给你，起兵之事就决定了。”于是劫持崔敦礼，询问京城的机密事务；崔敦礼不屈服，李瑗将他囚禁，派遣驿使征调军队，并且召见燕州刺史王诜赶赴蓟州，与他商议事情。兵曹参军王利涉劝说李瑗：“王君廓反复无常，不能把机密大权托付给他，应当早点除掉他，用王诜代替他。”李瑗不能决断。王君廓得知后，前去拜见王诜，王诜正在洗头，握着头发出来见他，王君廓亲手杀死他，拿着他的首级告诉众人：“李瑗与王诜一同反叛，囚禁敕使，擅自征调军队。如今王诜已经被诛杀，只剩下李瑗，他成不了什么大事。你们是愿意跟随李瑗被灭族，还是愿意跟随我获取富贵呢？”众人都说：“愿意跟随您讨伐叛贼。”王君廓于是率领麾下一千多人，翻越西城进入城中，李瑗没有察觉；王君廓进入监狱救出崔敦礼，李瑗才知道事情败露，迅速率领左右数百人身披铠甲而出，在门外遇到王君廓。王君廓对李瑗的部下说：“李瑗谋反，你们为什么要跟随他陷入绝境呢！”众人都丢弃兵器溃散。只剩下李瑗一人，骂王君廓说：“小人出卖我，你也会遭到报应的！”于是捉拿李瑗，将他缢杀。壬午日，任命王君廓为左领军大将军兼幽州都督，把李瑗的家眷赏赐给他。崔敦礼是崔仲方的孙子。乙酉日，废除天策府。
秋季七月己丑日，柴绍在秦州击败突厥，斩杀特勒一人，士兵首级一千多颗。
任命秦府护军秦叔宝为左卫大将军，又任命程知节为右武卫大将军，尉迟敬德为右武候大将军。
壬辰日，任命高士廉为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀为左仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。癸巳日，任命宇文士及为中书令，封德彝为右仆射；又任命前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。长孙安业是长孙无忌的兄长；李客师是李靖的弟弟。
太子李建成、齐王李元吉的党羽逃亡藏匿在民间，虽然经过大赦，但仍然心中不安，贪图赏赐的人争相告发捕捉他们。谏议大夫王珪把这件事告知太子李世民。丙子日，太子下令：“六月四日以前与东宫、齐王有关联的事情，七月十七日以前与李瑗有关联的事情，都不准告发，违反者以诬告罪论处。”
丁酉日，派遣谏议大夫魏征安抚山东地区，允许他根据情况自行处理事务。魏征到达磁州，遇到州县关押着前太子千牛李志安、齐王护军李师行，准备押送到京城，魏征说：“我接受任命的时候，前太子、齐府的左右亲信都已被赦免，不再追究；如今又押送李师行等人，那么谁不会心生疑虑呢！即使派遣使者，人们又谁会相信呢！我不能因为顾虑自身嫌疑，而不为国家考虑。况且既然蒙受国家以国士相待，怎么敢不以国士的方式报答呢！”于是将他们全部释放。太子听说后，十分高兴。
右卫率府铠曹参军唐临出任万泉县丞，县里关押着十几名囚犯，恰逢春雨降临，唐临释放他们，让他们回家耕种，囚犯们都如期返回。唐临是唐令则弟弟的儿子。
八月丙辰日，突厥派遣使者请求讲和。
壬戌日，吐谷浑派遣使者请求讲和。
癸亥日，高祖下诏将皇位传给太子李世民。太子坚决推辞，高祖不允许。甲子日，太宗李世民在东宫显德殿即位，大赦天下；关内地区及蒲州、芮州、虞州、泰州、陕州、鼎州免除租调两年，其余各州免除徭役一年。
癸未日，太宗下诏：“宫中宫女众多，幽禁在深宫之中实在令人怜悯，应当挑选释放一部分，让她们各自回归亲戚身边，听任她们嫁人。”
起初，稽胡酋长刘仚成率领部众投降梁师都，梁师都听信谗言杀死了他，因此他的部下心生猜忌恐惧，大多前来投降唐朝。梁师都势力逐渐衰弱，于是前往突厥朝拜，为突厥出谋划策，劝说突厥入侵唐朝。于是颉利、突利两位可汗联合率领十多万骑兵侵犯泾州，推进到武功，京城实行戒严。
丙子日，太宗立妃子长孙氏为皇后。长孙皇后年少时喜爱读书，言行举止必定遵循礼法。太宗做秦王时，与太子李建成、齐王李元吉产生矛盾，长孙皇后侍奉高祖，顺从各位妃嫔，弥补秦王与他们之间的嫌隙，在内部给予太宗很大帮助。等到正位中宫后，她致力于崇尚节俭，服饰车马只满足所需而已。太宗非常敬重她，曾经与她商议赏罚之事，皇后推辞说：“‘母鸡在早晨打鸣，这个家庭就会衰败’，我是妇人，怎么敢干预朝政呢！”太宗再三询问，她始终不回答。
己卯日，突厥进军侵犯高陵。辛巳日，泾州道行军总管尉迟敬德与突厥在泾阳交战，大败突厥，擒获突厥俟斤阿史德乌没啜，斩首一千多级。
癸未日，颉利可汗进军到渭水便桥以北，派遣他的心腹执失思力入朝拜见太宗，以窥探唐朝的虚实。执失思力大肆吹嘘：“颉利、突利两位可汗率领百万大军，如今已经到达！”太宗斥责他说：“我与你们可汗当面订立和亲盟约，前后赠送的金银布帛不计其数。你们可汗背弃盟约，率领军队深入我国领土，对我大唐毫无愧疚之心吗？你们虽然是戎狄之人，也有人心，怎么能完全忘记大恩，自夸强盛呢？我现在就先斩了你！”执失思力恐惧，请求饶命。萧瑀、封德彝请求以礼遣送他回去。太宗说：“我现在把他遣送回去，突厥会认为我畏惧他们，就会更加肆意侵犯。”于是将执失思力囚禁在门下省。
太宗亲自出玄武门，与高士廉、房玄龄等人骑马径直前往渭水边，与颉利可汗隔河对话，斥责他背弃盟约。突厥人十分惊慌，都下马列队跪拜。不久后，各路军队陆续赶到，旌旗铠甲遮蔽原野，颉利可汗见执失思力没有返回，而且太宗挺身而出、轻率出阵，军队阵容十分强盛，面露惧色。太宗指挥各路军队后退排列成阵，独自留下与颉利可汗对话。萧瑀认为太宗轻敌，拉住太宗的马缰绳坚决劝谏，太宗说：“我已经谋划得很周密了，不是你所能明白的。突厥之所以敢倾全国之力前来，径直抵达京城郊外，是因为我国内部有祸乱，我刚刚即位，认为我不能抵抗他们的缘故。如果我表现出软弱，关闭城门坚守，突厥必定会放纵士兵大肆劫掠，再也无法控制。所以我轻装骑马独自出阵，显示出轻视他们的样子；又炫耀军队的阵容，让他们知道我军必定会出战；出其不意，让他们失去图谋。突厥军队深入我国领土，必定会有畏惧之心，所以与他们交战就能取胜，与他们讲和就能稳固。制服突厥，就在这一举动，你只管看着吧！”当天，颉利可汗前来请求讲和，太宗下诏批准。太宗当天返回宫中。乙酉日，太宗又前往城西，杀白马，与颉利可汗在便桥之上订立盟约。突厥率领军队撤退。
萧瑀向太宗请教说：“突厥没有讲和的时候，各位将领争相请求出战，陛下不允许，我等也感到疑惑，不久后突厥自行撤退，陛下的计策是什么呢？”太宗说：“我观察突厥的军队虽然众多但军容不整，君臣的心思只在贪图财物上，当他们请求讲和的时候，可汗独自在渭水西岸，达官贵人都前来拜见我，如果我把他们灌醉后捆绑起来，趁机袭击他们的军队，必定势如破竹。又命令长孙无忌、李靖在豳州埋伏军队等待他们，突厥如果逃奔回去，埋伏的军队在前方拦截，大军在后方追击，消灭他们易如反掌。我之所以不交战，是因为我即位时间尚短，国家尚未安定，百姓尚未富足，暂且应当以安抚为主。一旦与突厥交战，损失会非常大；突厥与我们结怨加深，因畏惧而修整军备，那么我就难以实现消灭他们的志向了。所以我收起铠甲、隐藏兵器，用金银布帛引诱他们，他们得到想要的东西，自然会撤退，心志骄傲懈怠，不再修整防备，然后我们养精蓄锐、等待时机，就能一举将他们消灭。想要夺取它，必须先暂时给予它，说的就是这个道理。你明白了吗？”萧瑀再次跪拜说：“这不是我所能比得上的。”