张法顺对元显说：“桓谦兄弟经常给上游的桓玄当耳目，应该杀了他们，杜绝奸谋。而且事情成不成，全看前锋，可刘牢之反复无常，万一变卦，灾祸马上就来。可以让刘牢之杀了桓谦兄弟，表明他没有二心；要是他不听命，就先收拾他。”元显说：“现在除了刘牢之，没人能对付桓玄；而且刚开始就杀大将，人心会不安。”反复不同意。又因为桓氏世代被荆州人依附，桓冲尤其有遗恩，而桓谦是桓冲的儿子，就把桓谦从骠骑司马提拔为都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，想靠这拉拢西部人心。
丁丑日，后燕的慕容拔进攻北魏的令支据点，攻了下来，北魏守将宿沓干逃走，后燕军队活捉了北魏的辽西太守那颉。后燕任命慕容拔为幽州刺史，镇守令支，又任命中坚将军、辽西人阳豪担任辽西郡太守。丁亥日，后燕任命章武公慕容渊为尚书令，博陵公慕容虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
戊子日，北魏的材官将军和突攻打黜弗、素古延等部落，把他们打败了。当初，北魏国主拓跋珪派北部大人贺狄干献上一千匹马，请求和后秦联姻，后秦王姚兴听说拓跋珪已经立了慕容氏为皇后，就扣留了贺狄干，拒绝了联姻；没弈干、黜弗、素古延都是后秦的属国，而北魏去攻打他们，因此后秦和北魏有了矛盾。庚寅日，拓跋珪大规模检阅军队和战马，命令并州各郡在平阳的乾壁囤积粮食，防备后秦。
柔然的社仑正和后秦交好，派将领去救援黜弗、素古延；辛卯日，和突迎击，把柔然军队打得大败，社仑率领他的部落远远逃到漠北，夺取了高车的地盘定居下来。斛律部落的首领倍侯利进攻社仑，被打得大败，倍侯利投奔了北魏。社仑于是向西北进攻匈奴的残余部落日拔也鸡，把他们打得大败，接着吞并了各个部落，兵力强盛，在北方称雄。他的地盘西边到焉耆，东边连接朝鲜，南边靠近大漠，周围的小国都被他控制。社仑自称为豆代可汗。他开始制定规矩，以一千人组成一军，每军有将军；一百人组成一幢，每幢有帅。作战时冲锋在前的人，会赏赐战利品；胆小懦弱的人，就用石头砸头处死。
秃发傉檀攻下了显美，抓住了孟祎，责备他不早点投降。孟祎说：“我受吕氏的厚恩，拿着符节镇守一方；如果您的大军刚到，我就看着军旗投降，恐怕会被您治罪啊。”秃发傉檀放了他，还以礼相待，迁徙了两千多户人家回去，任命孟祎为左司马。孟祎推辞说：“吕氏快要灭亡了，您的圣朝必定会夺取河右，不管聪明还是愚笨的人都知道这一点。但我守城没能守住，又要担任这么高的职位，心里实在不安。如果能蒙受您的恩惠，让我到姑臧受死，就算死了也不朽。”秃发傉檀认为他有义气，放他回去了。
东晋东部地区遭受孙恩之乱，接着又闹饥荒，漕运跟不上。桓玄封锁了长江水路，商人旅客都断绝了，官府和百姓都物资匮乏，只能用粗粮、橡果给士兵当粮食。桓玄认为朝廷正有很多烦心事，肯定没空讨伐自己，可以积蓄力量，等待机会。等到朝廷大军快要出发时，他的堂兄、太傅长史桓石生秘密写信告诉了他。桓玄大吃一惊，想集结兵力守住江陵。长史卞范之说：“您的威望震动远近，司马元显还是个毛孩子，刘牢之很不得人心，如果您出兵逼近京城附近，向他们说明利害，他们土崩瓦解的局面很快就会到来，哪有把敌人放进境内，让自己陷入困境的道理呢！”桓玄听从了他的建议，留下桓伟镇守江陵，然后上奏章、发檄文，列举司马元显的罪状，出兵东下。檄文传到京城，司马元显非常害怕。二月丙午日，皇帝在西池为司马元显饯行，司马元显上了船却迟迟不出发。
癸丑日，北魏的常山王拓跋遵等人到达高平，没弈干抛弃了他的部众，率领几千骑兵和刘勃勃逃到秦州。北魏军队追到瓦亭，没追上就返回了，缴获了没弈干仓库里的全部物资，四万多匹马，九万多头各种牲畜，把他的百姓迁到代都，剩下的人分散逃跑了。平阳太守贰尘又侵犯后秦的河东地区，长安大为震动，关中各城白天都关着门，后秦人挑选士兵、训练军队，谋划讨伐北魏。
后秦王姚兴立儿子姚泓为太子，实行大赦。姚泓孝顺友爱、宽厚平和，喜欢文学，擅长谈论吟咏，但是性格懦弱，多病。姚兴想立他为继承人，却又犹豫不决，过了很久才立他。
姑臧发生大饥荒，一斗米值五千钱，出现了人吃人的现象，饿死的有十多万人。城门白天都关着，打柴的路也断了，百姓请求出城当胡人的奴婢，每天有几百人，吕隆讨厌他们动摇人心，把他们全都活埋了，路上堆满了尸体。沮渠蒙逊带兵攻打姑臧，吕隆派使者向河西王利鹿孤求救，利鹿孤派广武公秃发傉檀率领一万骑兵去救援，还没到，吕隆就打败了沮渠蒙逊的军队，沮渠蒙逊请求和吕隆结盟，留下一万多斛粮食送给吕隆，然后回去了。秃发傉檀到了昌松，听说沮渠蒙逊已经撤退，就迁徙了泽段冢的五百多户人家回去了。
中散骑常侍张融对利鹿孤说：“焦朗兄弟占据魏安，暗中勾结姚氏，多次反复无常，现在不消灭他们，以后必定会成为朝廷的祸患。”利鹿孤派秃发傉檀去讨伐，焦朗反绑着自己出城投降，秃发傉檀把他送到西平，把他的百姓迁到乐都。
桓玄从江陵出发，担心事情不成功，常常做着向西退回的打算。等过了寻阳，没见到朝廷的军队，心里很高兴，将士们的士气也振作起来。庾楷的谋划泄露，桓玄把他关了起来。丁巳日，朝廷下诏派齐王司马柔之拿着驺虞幡去宣告荆、江二州，让桓玄罢兵；桓玄的前锋杀了司马柔之。司马柔之是司马宗的儿子。
丁卯日，桓玄到了姑孰，派部将冯该等人攻打历阳，襄城太守司马休之坚守城池。桓玄的军队截断了洞浦，烧毁了豫州的战船。豫州刺史谯王司马尚之率领九千步兵在浦上列阵，派武都太守杨秋驻守横江，杨秋向桓玄的军队投降了。司马尚之的部众溃散，他逃到涂中，被桓玄抓住了。司马休之出战失败，弃城逃走。
刘牢之向来讨厌骠骑大将军司马元显，担心桓玄被消灭后，司马元显会更加骄横，又怕自己功劳名声太大，不被司马元显容忍，而且他自恃有才能武力，拥有强大的军队，想借着桓玄的力量除掉执政者，再找机会除掉桓玄，自己掌权，所以不肯讨伐桓玄。司马元显整天喝酒昏睡，任命刘牢之为前锋。刘牢之多次去登门拜访，都见不到他，直到皇帝出来为司马元显饯行时，才在公开场合见了一面。
刘牢之的军队驻扎在溧洲，参军刘裕请求攻打桓玄，刘牢之不同意。桓玄派刘牢之的族舅何穆劝刘牢之说：“自古以来，拥有震慑君主的威望、立下无法赏赐的功劳，却能保全自己的人，有谁呢？越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都为贤明的君主效力，尽力做事，功成之后，还免不了被诛杀，何况是被凶狠愚蠢的人利用呢！您现在如果打胜仗，会让家族倾覆；打败仗，也会让家族灭亡，想靠这样求得安稳，可能吗！不如改变主意，这样就能长久保住富贵了。古人中，管仲射中齐桓公的带钩、寺人披砍断晋文公的衣袖，后来还能成为辅佐大臣，何况我和您没有过去的怨恨呢！”当时谯王司马尚之已经战败，人心更加恐慌，刘牢之很赞同何穆的话，和桓玄暗中勾结。东海中尉、东海人何无忌是刘牢之的外甥，和刘裕极力劝谏，刘牢之不听。他的儿子、骠骑从事中郎刘敬宣劝谏说：“现在国家衰弱危急，天下的重任在您和桓玄身上。桓玄凭借父亲、叔父的资本，占据了整个楚地，割据了晋国三分之二的地盘，一旦放纵他侵犯朝廷，等他威望建立起来，恐怕就难对付了，董卓那样的祸乱，就要在现在发生了。”刘牢之生气地说：“我难道不知道吗！现在收拾桓玄易如反掌；但平定桓玄之后，让我怎么对付骠骑大将军（司马元显）呢！”三月乙巳朔日，刘牢之派刘敬宣去见桓玄，请求投降。桓玄暗中想杀刘牢之，却和刘敬宣一起宴饮，拿出名书画一起观赏，来安抚他；刘敬宣没察觉，桓玄的部下没有不互相看着偷笑的。桓玄暂任刘敬宣为咨议参军。
司马元显将要出发，听说桓玄已经到了新亭，就弃船退到国子学驻扎。辛未日，他在宣阳门外列阵。军中互相惊扰，说桓玄已经到了南桁，司马元显带兵想回皇宫。桓玄派人拔刀跟在后面大喊：“放下武器！”士兵们全都溃散，司马元显骑马逃进东府，只有张法顺一个人骑马跟着他。司马元显向司马道子问计，司马道子只是对着他哭。桓玄派太傅从事中郎毛泰抓住司马元显，送到新亭，把他绑在船前数落他。司马元显说：“我是被王诞、张法顺耽误了啊。”
壬申日，恢复隆安年号，皇帝派侍中到安乐渚慰劳桓玄。桓玄进入京城，假传诏书解除戒严，任命自己总管各种政务、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼任徐、荆、江三州刺史，赐给黄钺。桓玄任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。
当初，桓玄起兵时，侍中王谧奉朝廷诏令去见桓玄，桓玄对他以礼相待。等桓玄辅佐朝政后，就任命王谧为中书令。王谧是王导的孙子。新安太守殷仲文是殷觊的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子。殷仲文听说桓玄攻下京城，就放弃郡城投奔桓玄，桓玄任命他为咨议参军。刘迈去见桓玄，桓玄说：“你不怕死，还敢来见我？”刘迈说：“管仲射中齐桓公的带钩、寺人披砍断晋文公的衣袖，再加上我，就是第三个（不计前嫌的例子）。”桓玄很高兴，任命他为参军。
癸酉日，有关部门上奏说会稽王司马道子酗酒放纵、不孝顺，应当处死刑，朝廷下诏把他流放到安成郡；在建康的街市上斩杀了司马元显及东海王司马彦璋、谯王司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等人。桓修为王诞极力求情，王诞得以被流放到岭南。
桓玄任命刘牢之为会稽内史。刘牢之说：“才刚开始，就夺走我的兵权，灾祸要来了！”刘敬宣请求回去劝说刘牢之，让他接受任命，桓玄派他去了。刘敬宣劝刘牢之袭击桓玄，刘牢之犹豫不决，把军队转移到班渎驻扎，私下对刘裕说：“现在我要向北到广陵去投靠高雅之，起兵匡扶朝廷，你能跟我一起去吗？”刘裕说：“将军您率领几万精兵，望风投降，桓玄刚得势，威震天下，朝廷内外的人心都已归附他，广陵哪能去得了呢！我还是回京口当老百姓去吧。”何无忌对刘裕说：“我该去哪里呢？”刘裕说：“我看镇北将军（刘牢之）肯定免不了灾祸，你可以跟我回京口。桓玄如果能恪守臣子的本分，我就和你侍奉他；不然，我就和你一起对付他。”
于是刘牢之召集手下僚属，商议占据江北讨伐桓玄。参军刘袭说：“最不能做的事就是反叛。将军往年反叛王兖州（王恭），近日反叛司马郎君（司马元显），现在又要反叛桓公（桓玄）；一个人三次反叛，怎么能立足呢！”说完，起身就走，手下官吏也大多散去。刘牢之害怕了，派刘敬宣去京口接家人；刘敬宣超过约定时间还没回来，刘牢之以为事情已经泄露，自己被桓玄杀了，就率领部下向北逃，到了新洲，上吊自杀了。刘敬宣赶到后，来不及哭，就渡过长江逃到广陵。将领官吏一起收殓了刘牢之的尸体，把灵柩送回丹徒。桓玄下令劈开棺材，砍下他的头，把尸体暴露在街市上。
朝廷大赦天下，改年号为大亨。
桓玄辞去丞相及荆、江、徐三州刺史的职务，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、兼豫州刺史，总管各种政务；任命琅邪王司马德文为太宰。
司马休之、刘敬宣、高雅之都逃到洛阳，各自把子弟送到后秦当人质，请求救援。后秦王姚兴给了他们符节信物，让他们在关东招募士兵，招到几千人，又回来驻扎在彭城一带。
孙恩侵犯临海，临海太守辛景打败了他，孙恩所掳掠的三吴地区男女，几乎死光了。孙恩怕被官军活捉，就投海自杀，他的党羽和妻妾跟着自杀的有上百人，号称“水仙”。剩下的几千人又推举孙恩的妹夫卢循为首领。卢循是卢谌的曾孙，神态清秀，素有才艺。年轻时，僧人惠远曾对他说：“你虽然外表清雅，但内心却藏着不轨的志向，这可怎么办？”太尉桓玄想安抚东部地区，就任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，却仍然不停地进行劫掠。甲戌日，后燕大赦天下。
河西王秃发利鹿孤病重，下令把国家大事交给弟弟秃发傉檀。当初，秃发思复鞬喜爱看重秃发傉檀，对儿子们说：“傉檀的才能见识，不是你们能比得上的。”所以哥哥们都不把王位传给儿子，而是传给弟弟。利鹿孤在位时，只是清静无为，军国大事都交给傉檀处理。利鹿孤去世后，傉檀继位，改称凉王，改年号为弘昌，迁都到乐都，给利鹿孤上谥号为康王。
夏季四月，太尉桓玄出兵驻扎在姑孰，辞去录尚书事的职务，朝廷下诏同意，但国家大政都要去姑孰向他咨询，小事则由尚书令桓谦及卞范之决定。
自从隆安年间以来，朝廷内外的人都厌烦了祸乱。桓玄刚到京城时，罢免奸佞小人，提拔贤能之士，京城的人都很高兴，希望能稍微安定一点。可不久后，桓玄就变得奢侈放纵，政令反复无常，朋党纷纷兴起，欺辱朝廷，削减皇帝的车马供奉，皇帝几乎要受饥寒，从此大家都感到失望。三吴地区发生大饥荒，户口减少了一半，会稽郡减少了三四成，临海、永嘉郡几乎死光了，富户人家虽然穿着绫罗绸缎，怀揣金玉财宝，却关着门互相看着饿死。
乞伏炽磐从西平逃回苑川，南凉王秃发傉檀把他的妻子儿女还给他。乞伏乾归派炽磐到后秦去朝见，后秦王姚兴任命炽磐为兴晋太守。
五月，卢循从临海进入东阳，太尉桓玄派抚军中兵参军刘裕率领军队攻打他，卢循战败，逃到永嘉。
高句丽攻打宿军，后燕平州刺史慕容归放弃城池逃跑。
后秦王姚兴大规模发动各路军队，派义阳公姚平、尚书右仆射狄伯支等人率领四万步兵骑兵讨伐北魏，姚兴亲自率领大军随后出发，任命尚书令姚晃辅佐太子姚泓镇守长安，没弈干临时镇守上邽，广陵公姚钦临时镇守洛阳。姚平攻打北魏的乾壁，打了六十多天，攻了下来。秋季七月，北魏国主拓跋珪派毗陵王拓跋顺及豫州刺史长孙肥率领六万骑兵作为前锋，自己率领大军随后出发，迎击后秦军队。
八月，太尉桓玄暗示朝廷，以他平定司马元显的功劳封他为豫章公，以平定殷仲堪、杨佺期的功劳封他为桂阳公，连同原来的南郡公封号一起保留。桓玄把豫章公的封号封给儿子桓昻，把桂阳公的封号封给侄子桓俊。
北魏国主拓跋珪到了永安，后秦义阳公姚平派骁将率领二百精锐骑兵侦察北魏军队，长孙肥迎击，把他们全部活捉。姚平撤退，拓跋珪追击，乙巳日，在柴壁追上了他。姚平据城固守，北魏军队包围了他。后秦王姚兴率领四万七千士兵救援，准备占据天渡，运送粮食给姚平。北魏博士李先说：“兵法上说：地势高了会被敌人围困，地势深了会被敌人囚禁。现在后秦军队这两样都占了，应该趁姚兴还没到，派奇兵先占据天渡，柴壁就可以不战而得。”拓跋珪下令增筑包围圈，对内防止姚平突围，对外抵抗姚兴进入。广武将军安同说：“汾水东边有蒙坑，东西三百多里，小路不通。姚兴来了，必定从汾水西边直逼柴壁；这样一来，敌军声势相连，包围圈虽然坚固，也不能制服他们了。不如造浮桥，渡过汾水西边，筑起包围圈来抵抗他们。敌军来了，也没法施展他们的智谋武力了。”拓跋珪听从了他的建议。姚兴到了蒲阪，害怕北魏强大，过了很久才进军。甲子日，拓跋珪率领三万步兵骑兵在蒙坑以南迎击姚兴，斩杀一千多人，姚兴后退四十多里，姚平也不敢出城。拓跋珪于是分兵四路占据险要之地，让后秦军队不能靠近柴壁。姚兴驻扎在汾水西边，凭借山谷筑起营垒，把柏树捆成束从汾水上游放下去，想用来毁坏浮桥，北魏士兵都把柏树钩起来当柴烧。
冬季十月，姚平的粮食和弓箭都用完了，夜里，率领全部士兵从西南包围圈突围；姚兴在汾水西边摆开军队，举烽火、擂战鼓呼应。姚兴想让姚平奋力作战突围，姚平却指望姚兴进攻包围圈接应，只是互相呼叫应和，没人敢逼近包围圈。姚平突围不出，无计可施，就率领部下投水自杀，很多将领都跟着姚平投水；拓跋珪派善于游泳的人去钩捕，没有一个能逃脱的。活捉了狄伯支及越骑校尉唐小方等四十多人，剩下的两万多士兵都束手就擒。姚兴眼睁睁看着他们陷入绝境，却无力救援。全军痛哭，哭声震动山谷。姚兴多次派使者向北魏求和，拓跋珪不同意，乘胜进攻蒲阪，后秦晋公姚绪坚守不出战。正好赶上柔然谋划讨伐北魏，拓跋珪听说后，戊申日，率领军队返回。
有人告发太史令晁崇和他弟弟黄门侍郎晁懿暗中召来后秦军队，拓跋珪到了恶阳，下令赐死晁崇、晁懿。
后秦把河西地区的豪门大族一万多户迁到长安。
太尉桓玄杀了吴兴太守高素、将军竺谦之及竺谦之的堂兄竺朗之、刘袭和刘袭的弟弟刘季武，这些人都是刘牢之北府军的旧将领。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨邀请司马休之、刘敬宣、高雅之等人一起占据山阳，想起兵攻打桓玄，没能成功就逃走了，将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人都去投奔了他。他们准备逃到北魏，到了陈留以南，分成两批：刘轨、司马休之、刘敬宣逃到南燕；袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭逃到后秦。
北魏国主拓跋珪起初听说司马休之等人要来投奔，特别高兴。后来奇怪他们没到，就命令兖州去寻访，抓到了他们的随从，问其中的缘故，随从们都说：“魏朝的威名远扬，所以司马休之等人都想归附；可后来听说崔逞被杀了，就改投奔南燕和后秦了。”拓跋珪特别后悔。从这以后，士人中即使有过错，他也多会宽容对待。
南凉王秃发傉檀到姑臧攻打吕隆。
后燕王慕容熙娶了前中山尹苻谟的两个女儿，大女儿叫苻娀娥，封为贵人，小女儿叫苻训英，封为贵嫔，其中贵嫔尤其受宠爱。丁太后心生怨恨，和侄子尚书丁信谋划废黜慕容熙，改立章武公慕容渊。事情败露，慕容熙逼迫丁太后自杀，用皇后的礼仪安葬了她，谥号为献幽皇后。十一月戊辰日，杀了慕容渊和丁信。
辛未日，慕容熙在北原打猎，石城县令高和与尚方署的士兵在后方作乱，杀了司隶校尉张显，冲进皇宫抢掠，夺取仓库里的兵器，胁迫军营官署的人，关起城门据城坚守。慕容熙骑马赶回，城上的人都扔下武器打开城门；把反叛的人全部处死，只有高和逃走了。甲戌日，大赦天下。
北魏任命庾岳为司空。
十二月辛亥日，北魏国主拓跋珪回到云中。
柔然可汗社仑听说拓跋珪讨伐后秦，从参合陂入侵北魏，一直打到豺山和善无北泽，北魏常山王拓跋遵率领一万骑兵追击，没追上就返回了。
太尉桓玄派御史杜林护送会稽文孝王司马道子到安成郡，杜林秉承桓玄的旨意，用毒酒毒死了司马道子。
沮渠蒙逊任命的西郡太守梁中庸叛变，投奔了西凉。沮渠蒙逊听说后，笑着说：“我对待梁中庸，恩情就像骨肉兄弟，可他却不信任我，这只是他自己辜负了我，我难道还能指望这一个人吗！”于是把梁中庸的妻子儿女全都送了回去。西凉公李暠问梁中庸：“我和索嗣比起来怎么样？”梁中庸说：“不好估量。”李暠说：“索嗣的才能气度如果和我相当，我怎么能在千里之外用长绳勒死他呢？”梁中庸说：“智慧有长有短，命运有成功有失败。殿下和索嗣相比，得失的道理，我实在没法说清楚。如果把身死看作失败，把计谋成功看作胜利，那公孙瓒难道比刘虞贤能吗？”李暠沉默不语。
袁虔之等人到了长安，后秦王姚兴问：“桓玄的才能谋略和他父亲比起来怎么样？他最终能成功吗？”袁虔之说：“桓玄趁着晋朝衰败混乱，窃取了宰相之位，生性猜忌又残忍，赏罚不公。在我看来，他比他父亲差远了。桓玄现在已经掌握了大权，看这势头必然会篡位叛逆，不过他也只是为别人扫清障碍罢了。”姚兴觉得他说得对，任命袁虔之为广州刺史。
这一年，后秦王姚兴立昭仪张氏为皇后，封儿子姚懿、姚弼、姚洸、姚宣、姚谌、姚愔、姚璞、姚质、姚逵、姚裕、姚国儿都为公，派使者任命秃发傉檀为车骑将军、广武公，沮渠蒙逊为镇西将军、沙州刺史、西海侯，李暠为安西将军、高昌侯。
后秦镇远将军赵曜率领两万人向西驻守金城，建节将军王松匆率领骑兵帮助吕隆防守姑臧。王松匆到了魏安，秃发傉檀的弟弟秃发文真袭击并俘虏了他。秃发傉檀大怒，把王松匆送回长安，还深刻地自我检讨谢罪。