夏季，四月戊子日，刘秀将左翊王刘焉改封为中山王。
五月，发生了大水灾。
秋季，七月丁酉日，刘秀前往鲁国； 冬季，十一月丁酉日，回到皇宫。
胶东刚侯贾复去世。贾复跟随刘秀征战，从未遭遇失败，多次与将领们突破重围、解救危急，身上负伤十二处。刘秀因为贾复敢于深入敌境，很少让他远征，但又赞赏他的勇敢气节，常常亲自带他出征，所以贾复没有独当一面、镇守一方的功勋。每当将领们议论战功时，贾复从不自夸，刘秀总是说：“贾君的功劳，我心里清楚。”
建武三十一年（公元55年）
夏季，五月，发生了大水灾。
癸酉日（月末），发生了日食。
这一时期，蝗虫肆虐。京兆掾第五伦负责管理长安集市，他处事公正，为官清廉耿介，使得集市上没有欺诈、违法之事。每次读到皇帝诏书，他常常感叹：“这是位圣明的君主啊，要是能见上一面，我就能为他效力，实现抱负了。”周围的同事笑话他：“你劝说地方将领都没成功，还想打动皇帝？”第五伦说：“那是因为没遇到知己，大家理念不同罢了。”后来，他被推举为孝廉，补任淮阳王的医工长。
中元元年（公元56年）
正月，淮阳王进京朝见，第五伦跟着王府官员一同得到了刘秀召见。刘秀询问政务，第五伦对答如流，刘秀十分高兴。第二天，又单独召见他，两人一直谈到天黑。刘秀问第五伦：“听说你当官吏时，曾殴打岳父，还不肯给堂兄饭吃，真有这事吗？”第五伦回答：“我娶过三任妻子，她们都没有父亲。我年轻时遭遇饥荒战乱，实在不敢随便请人吃饭。大家觉得我迂腐不懂人情，所以才编出这样的话。”刘秀听后大笑，任命他为扶夷县长。第五伦还没到任，又被改任为会稽太守。他施政清廉，造福百姓，深受爱戴 。
刘秀读《河图会昌符》，其中“赤刘之九，会命岱宗”这句话触动了他。他命梁松等人查找《河图》《洛书》中的谶文，发现有三十六处提到汉朝第九代皇帝应当封禅泰山。张纯等人再次上奏请求封禅，刘秀便答应了。他让有关部门参考汉武帝元封年间封禅的旧例，得知需要用方形石头垒叠，再用玉检、金泥加封。刘秀觉得制作这种石头工程浩大，想直接用汉武帝封禅时的旧封石，在里面放置刻有文字的玉牒。梁松坚决反对，刘秀只好让石匠选取完整的青石，不要求必须是五色石。丁卯日，刘秀东行巡视。二月己卯日，抵达鲁国，后前往泰山。辛卯日清晨，在泰山下南方燃起大火祭祀上天，众神一同受祭，所用礼乐和在京城南郊祭天一样。仪式结束后，到了吃早饭的时候，刘秀乘坐御辇登山，中午过后到达山顶，更换衣服。傍晚时分，登上祭坛，面朝北方，尚书令奉上玉牒和玉检，刘秀用一寸二分的御玺亲自封印。之后，太常命令两千多骑兵掀开祭坛上方的石头，尚书令将玉牒藏好，再把石头盖回去，接着用五寸的印章封住石检。一切完毕，刘秀拜了两拜，群臣高呼万岁，随后从原路下山。半夜过后，刘秀才回到山下，百官到第二天早上才全部下山。甲午日，在梁父山的北面祭祀大地，以高后吕雉配享，山川众神一同受祭，仪式和元始年间在北郊祭地一样 。
三月戊辰日，司空张纯去世。四月癸酉日，刘秀回到皇宫；己卯日，大赦天下，更改年号。刘秀前往长安，五月乙丑日返回。六月辛卯日，任命太仆冯鲂为司空。乙未日，司徒冯勤去世。此时，京城有甘甜的泉水涌出，水边还长出红色的草，各郡国也频繁上报出现甘露。群臣上奏：“祥瑞不断降临，应该让太史记录下来，流传后世。”刘秀没有采纳。他常常谦虚地说自己没有什么德行，每次郡国上报祥瑞，他都认为言过其实，所以史官很少有相关记载。秋天，有三个郡国发生蝗灾。十月辛未日，任命司隶校尉、东莱人李为司徒。甲申日，派司空到高祖庙祭告，尊薄太后为高皇后，配享地神，把吕太后的神主迁到陵园，四季进行祭祀。十一月甲子日（月末），发生日食 。
这一年，朝廷修建明堂、灵台、辟雍，并向天下公布图谶。当初，刘秀凭借《赤伏符》称帝，从此相信谶文，很多疑难事情都依据谶文来决断。给事中桓谭上书劝谏：“一般人往往不重视身边常见的事，却看重奇闻异事。先王的着述，都以仁义正道为根本，没有怪诞虚妄的内容。天道和性命这些深奥的道理，连圣人都很少谈论，子贡之后的人都没机会听到，何况后世学识浅薄的儒生，怎么可能真正理解呢？如今那些耍小聪明、搞旁门左道的人，随意增删图书内容，假称是谶记，用来欺骗贪婪邪恶之人，误导君主，怎能不加以抵制和远离呢！我听说陛下曾深入驳斥方士们炼金术之类的邪说，这非常明智，可为什么又要相信谶记呢？谶文的说法有时看似巧合，就像占卜偶尔蒙对一样。陛下应该明辨是非，依据圣贤的本意，摒弃小人的邪说，弘扬《五经》的真正教义。”奏章呈上后，刘秀很不高兴。后来商议灵台的选址，刘秀问桓谭：“我用谶文来决定怎么样？”桓谭沉默许久，说：“我不读谶文。”刘秀追问原因，桓谭又极力陈述谶文不符合经典。刘秀大怒：“桓谭诋毁圣人，无视国法，拉下去斩了！”桓谭拼命磕头，血流满面，过了很久，刘秀才消气。之后，桓谭被贬为六安郡丞，在赴任途中因病去世。范晔评论道：桓谭因反对谶文流亡，郑兴因言辞恭顺才勉强免罪，贾逵善于附会谶文，所以最为显贵，君主以这种方式来评判学术，实在可悲！贾逵是扶风人 。
南单于比去世，他的弟弟左贤王莫继位，称为丘浮尤鞮单于。刘秀派使者带着玺书授予他单于玺绶，还赏赐了衣帽和彩色丝帛，此后这成了惯例 。
中元二年（公元57年）
正月辛未日，首次在北郊设立祭坛，祭祀后土神。二月戊戌日，刘秀在南宫前殿去世，享年六十二岁。刘秀每天清晨上朝处理政务，直到太阳偏西才结束，还经常召集公卿、郎将讨论儒家经典，到半夜才休息。皇太子见他如此操劳，找机会劝道：“陛下有夏禹、商汤那样的英明，却没享受黄帝、老子那样修身养性的福气，希望您保养精神，悠闲自在些。”刘秀说：“我做这些事很快乐，不觉得疲惫！”刘秀靠征战建立帝业，天下平定后，他让功臣退隐，重用文官，审慎处理政务，总揽大权，审时度势，行事很少有失误，因此能复兴汉朝，实现天下太平 。太尉赵熹负责办理丧事。当时经历王莽之乱，旧有的礼仪制度失传，皇太子和诸王随意坐在一起，藩国的官员在皇宫内自由出入，和朝廷百官没有区别。赵熹神情严肃，在殿阶上横剑而立，把诸王扶下殿，以此明确尊卑秩序；他还上奏请求派谒者带领护卫，将藩国官员安置到其他县，让诸王都住在各自的宅第，只允许他们早晚入宫哭吊。经过整顿，礼仪恢复，宫门守卫森严，宫内宫外秩序井然 。太子即位，尊皇后为皇太后 。
山阳王刘荆在刘秀的丧礼上毫无哀伤之情，还写匿名信，让奴仆冒充大鸿胪郭况，给东海王刘强写信，说他无罪却被废黜，郭后也遭受屈辱，劝他回东方起兵夺取天下，信中还说：“高祖从亭长起家，陛下在白水兴起，何况大王您是陛下的长子、原来的太子！应该像秋霜一样果断，别像圈养的羊一样懦弱。皇帝驾崩，平民百姓都会去当盗贼以谋出路，何况大王您呢！”刘强收到信后十分惶恐，立刻抓住送信的奴仆，将信密封后上交朝廷。汉明帝因刘荆是同母弟弟，没有公开此事，只是让刘荆搬到河南宫居住 。
三月丁卯日，刘秀被安葬在原陵。四月丙辰日，汉明帝下诏：“如今上无天子（刚驾崩），下无地方长官（比喻失去主心骨），就像要渡深渊却没有船只。皇位责任重大，而年轻人思虑不周，实在需要有德之人辅佐我。高密侯邓禹，是开国首功之臣；东平王刘苍，宽厚博学，富有谋略。任命邓禹为太傅，刘苍为骠骑将军。”刘苍极力推辞，汉明帝没有答应。又下诏规定，骠骑将军可设置长史、掾史等属官四十人，地位在三公之上。刘苍曾举荐西曹掾、齐国人吴良，汉明帝说：“举荐贤才，辅助国家，这是宰相的职责。当年萧何举荐韩信，设坛拜将，不再考核。如今任命吴良为议郎。”
当初，烧当羌的首领滇良打败先零羌，夺取了他们的土地。滇良死后，儿子滇吾继位，部落势力越发强大。秋天，滇吾和弟弟滇岸率领部众侵犯陇西，在允街击败太守刘盱，驻守边塞的各羌人部落纷纷反叛。明帝下诏，派谒者张鸿率领各郡军队前去平叛，在允吾交战，张鸿的军队全军覆没。冬天，十一月，又派中郎将窦固监督捕虏将军马武等两位将军，率领四万人前去征讨 。
这一年，南单于莫去世，他的弟弟汗继位，称为伊伐于虑鞮单于。
永平元年（公元58年）
春天正月，汉明帝率领公卿及以下官员到原陵朝拜刘秀，仪式和正月初一的朝会一样。明帝叩拜刘秀神位后，退坐在东厢房；侍卫官站在神位后面，太官进献食物，太常演奏礼乐；各郡国负责上报情况的上计吏依次上前，在神座前禀报本郡的粮价和百姓疾苦。此后，这成为固定仪式 。
夏天五月，高密元侯邓禹离世。
东海恭王刘强患病，明帝派使者和太医乘坐驿车前去诊治，车马往来不断。又下诏让沛王刘辅、济南王刘康、淮阳王刘延前往鲁地探望。戊寅日，刘强去世，临终前，他上书谢恩，写道：“我寿命将尽，留下孤弱家人，还要让皇太后和陛下为我担忧，实在又悲痛又惭愧！我的儿子刘政，才能平庸，却要继承我的爵位，这一定不利于他。希望能归还东海郡。如今天下刚经历先帝去世的大事，希望陛下多侍奉皇太后，让她按时用餐。我身体虚弱，说不出来太多话，希望向各位王爷道别，没想到再也见不到了！”明帝看了奏章悲痛万分，和太后到津门亭哀悼，派大司空持符节办理丧事，用特殊礼仪进行安葬，并下诏让楚王刘英、赵王刘栩、北海王刘兴以及京城的亲戚都来参加葬礼。明帝想到刘强一直谦逊节俭，不想厚葬违背他的意愿，特别下诏：“送葬物品务必简约，衣服能包裹身体就行，用茅草车、瓦制器具，陪葬物品比规制减少，彰显刘强与众不同的志向。”还让将作大匠留下修建陵庙 。
秋天七月，马武等人攻打烧当羌，大败敌军，其余羌人纷纷投降或逃散。
山阳王刘荆私下请来会观星占卜的人，一起谋划，盼着天下大乱好趁机起事。明帝得知后，将刘荆改封为广陵王，打发他前往封国。
辽东太守祭肜派偏何讨伐赤山乌桓，大获全胜，斩杀乌桓首领。消息传出，塞外震动，西边从武威，东边到玄菟，各部落纷纷归附汉朝，边境不再有战事，明帝于是将边境屯兵全部撤回。
东平王刘苍认为汉朝复兴三十多年，四方太平，应该修订礼乐制度。他和公卿一起商议确定了南北郊祭祀时的冠冕、车服制度，以及光武帝庙祭祀时的登歌、八佾舞的规模等，上奏给明帝 。
好畤愍侯耿弇离世。
永平二年（公元59年）
春天正月辛未日，明帝在明堂祭祀光武帝刘秀，明帝和公卿列侯首次戴着冠冕、佩戴玉佩举行祭祀仪式。祭祀结束后，登上灵台，观察天象。随后大赦天下 。
三月，明帝到辟雍，首次举行大射礼。
冬天十月壬子日，明帝到辟雍，首次举行养老礼，任命李躬为三老，桓荣为五更。三老穿着都纻大袍，戴着进贤冠，拄着玉杖；五更服饰和三老一样，只是不拄杖。明帝来到辟雍礼殿，坐在东厢房，派使者用安车到太学讲堂迎接三老、五更，自己在门屏处迎接，行交拜之礼；然后请三老从东阶上殿，自己从西阶上殿；到台阶处，按礼仪作揖。三老上殿后，面朝东，三公摆放好凭几，九卿为三老整理鞋子，明帝亲自袒露上衣，切割祭祀用的牲畜，端着肉酱进献，拿着酒爵进酒，有专门人员在前面祝祷不要哽噎，在后面祝祷不要噎住。五更面朝南方，由三公进献食物，礼仪和三老相同。礼毕后，明帝请桓荣和他的弟子上堂，亲自讲解经书，众儒生拿着经书在前面提问，穿着正式服装来围观听讲的人，数以万计。仪式结束后，明帝下诏赐桓荣关内侯爵位；三老、五更都享受二千石的俸禄，终身供养。还赏赐天下年满八十的老人，每人一石酒、四十斤肉 。明帝做太子时，就跟着桓荣学习《尚书》，即位后，仍以师礼尊敬桓荣。曾到太常府，让桓荣面朝东而坐，摆放好凭几和手杖，召集百官和桓荣的数百名学生，自己亲自听讲；学生们有时站起来提问，明帝就谦虚地说：“太师在这里呢。”结束后，把太官准备的食物都赏赐给桓荣家。桓荣每次生病，明帝就派使者慰问，太官送食物、太医看病的人在路上络绎不绝。桓荣病重时，上书谢恩，要归还爵位。明帝亲自到他家探望，进入街巷就下车，拿着经书走到桓荣床前，拉着他的手流泪，赏赐床褥、帷帐、刀剑、衣被，过了很久才离开。从此，诸侯、将军、大夫来探病，都不敢乘车到门口，而是在床下拜见。桓荣去世，明帝亲自换丧服吊唁送葬，赐给他在首山之南的墓地。桓荣的儿子桓郁本应继承爵位，想让给兄长的儿子桓泛，明帝不答应，桓郁才接受封爵，但把所有租税收入都给了桓泛。明帝任命桓郁为侍中 。
中山王刘焉是郭太后的小儿子，太后特别疼爱他，所以一直留在京城，到这时才和其他王爷一起前往封国。明帝赐给他虎贲武士和骑兵，对他格外恩宠，只有他能自由往来京城。明帝对待阴氏、郭氏家族，事事都力求公平，他们多次得到赏赐，都备受恩宠 。
甲子日，明帝前往长安。十一月甲申日，派使者用猪、羊二牲祭祀萧何、霍光，明帝路过他们的墓地时，下车致敬。之后前往河东，癸卯日返回皇宫 。
十二月，护羌校尉窦林因欺君和贪污罪，被关进监狱处死。窦林是窦融堂兄的儿子。当时窦氏家族有一人为公爵、两人为侯爵、三人是公主、四人担任二千石官职，同时显贵，从祖辈到孙辈，官府和宅第在京城鳞次栉比，在皇亲国戚和功臣中无人能比。窦林被处死后，明帝多次下诏严厉斥责窦融，窦融十分惶恐，请求退休，明帝下诏让他回家养病 。
这一年，首次在五郊举行迎气仪式。新阳侯阴就的儿子阴丰娶郦邑公主为妻。公主骄横善妒，阴丰一气之下杀了她，自己也被处死，阴丰的父母自杀谢罪。南单于汗去世，单于比的儿子适继位，称为僮尸逐侯鞮单于 。
永平三年（公元60年）
春天二月甲寅日，太尉赵熹被免职。丙辰日，任命左冯翊郭丹为司徒。己未日，任命南阳太守虞延为太尉 。
甲子日，立贵人马氏为皇后，皇子刘炟为太子。马皇后是马援的女儿，光武帝时入选太子宫，她能侍奉好阴皇后，和其他妃嫔友好相处，礼仪周全，宫里上上下下都很满意，因此备受宠爱；明帝即位后，她成为贵人。当时马皇后异母姐姐的女儿贾氏也被选入宫中，生下皇子刘炟。明帝因马皇后没有儿子，就让她抚养刘炟，说：“人不一定要自己生孩子，就怕用心不够！”马皇后于是尽心抚养，比照顾亲生儿子还要辛苦。太子刘炟也生性孝顺，母子感情深厚，始终没有一点矛盾。马皇后常觉得皇子数量太少，积极向明帝推荐身边女子。后宫有被明帝召见的妃嫔，她都会好言安慰；对受宠爱的妃嫔，更是多加照顾。等到有关部门奏请立皇后，明帝没表态，皇太后说：“马贵人品德在后宫无人能及，就是她了。”马皇后成为皇后后，更加谦逊恭谨，喜欢读书。她常穿粗布衣服，裙子也不加边饰；每月初一、十五，妃嫔和公主来朝见，远远看见她的衣服粗糙，以为是精细的绸缎，走近一看才发笑。马皇后说：“这种布料容易染色，所以我用它。”群臣奏报有难以决断的事，明帝多次让马皇后来分析，她总能理清头绪，抓住关键，却从不因私事干涉朝政。明帝因此对她既宠爱又敬重，感情始终不变 。
汉明帝怀念那些助力汉朝中兴的功臣，便在南宫云台绘制了二十八位功臣的画像。画像以邓禹居首，后面依次是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳肜、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆。后来又增补了王常、李通、窦融、卓茂，总计三十二人。不过，马援因为是皇后的亲属，唯独没有被列入其中。
夏季，四月辛酉日，明帝将皇子刘建封为千乘王，皇子刘羡封为广平王。
六月丁卯日，天船星座的北面出现了彗星。
此时，明帝大规模修建北宫。恰逢天旱，尚书仆射、会稽人钟离意来到皇宫，摘下官帽，上书进谏道：“从前商汤遭遇大旱，曾从六个方面责备自己：‘施政不节制吗？让百姓受苦了吗？宫室过于华丽了吗？受宠女子干预朝政太多了吗？行贿受贿之风盛行吗？奸佞小人得势了吗？’如今我见北宫大规模兴建，耽误了农时。自古以来，国家的忧患从来不是宫室狭小，而是百姓不得安宁。希望陛下暂且停止修建，以顺应天意。”明帝下策书回复说：“商汤反省六事，将过错归于自身。你可以戴上帽子、穿好鞋子，不必谢罪！”同时下令将作大匠停止其他宫殿的修建，削减不急需的工程。还下诏向公卿百官谢罪，不久之后，及时雨便降落下来。钟离意趁机举荐全椒县长刘平，明帝下诏征召刘平，任命他为议郎。刘平在全椒任职时，施政宽仁有恩德，有的百姓主动多报财产以多缴纳赋税，有的百姓少报年龄以便服劳役。刺史、太守巡视辖区时，发现监狱里没有囚犯，百姓安居乐业，都不知该查问些什么，只能颁布诏书后离开。
明帝生性狭隘苛察，喜欢通过暗中探听来显示自己的明察秋毫。公卿大臣多次遭到他的斥责，就连身边的尚书等近臣，有时也会被他揪扯。有一次，明帝因某事对郎官药崧发火，竟然拿起手杖打他。药崧吓得躲到床下，明帝愤怒不已，大声喊道：“你给我出来！”药崧在床下回应道：“天子仪表堂堂，诸侯庄重威严，可没听说过君王亲自动手打郎官的。”明帝听后，才赦免了他。当时朝廷上下人人自危，争相以严厉苛刻的施政方式来避免被责罚，只有钟离意敢于直言进谏，还多次将明帝的诏书封还。遇到臣下有过失，他总是设法为其开脱。恰逢接连出现灾异现象，钟离意上书说：“陛下敬畏鬼神，体恤百姓，然而天气却未能调和，寒暑失常，究其原因，在于群臣不能宣扬德政、履行职责，反而将苛刻严酷当作惯例。百官之间缺乏亲和之心，官民之间也没有融洽之情，以至于违背了和谐之气，招致天灾。百姓可以用恩德来感化，难以用武力来征服。《鹿鸣》这首诗中强调宴乐，就是因为只有让人心和神意都融洽了，天气才能调和。希望陛下广施圣德，放宽刑罚，顺应时令节气来调和阴阳。”明帝虽然没有采纳他的建议，但深知他一片赤诚，始终对他厚爱有加。
秋季，八月戊辰日，明帝下诏，根据谶文将太乐官改名为太予乐官。
八月壬申日（月末），发生了日食。明帝下诏说：“从前楚庄王在位时没有灾异，却因此更加警戒；鲁哀公时灾祸深重，上天却没有降下谴责。如今出现灾变，或许还可以补救。有关官员要尽心履行职责，来匡正我德行的不足。”
冬季，十月甲子日，明帝陪同皇太后前往章陵。荆州刺史郭贺政绩卓着，明帝赏赐给他三公的礼服，包括绣有华美花纹的服饰和戴着旒的礼帽，还下令他巡视辖区时不必使用车帘，让百姓都能看到他的仪容服饰，以此彰显他的德行。 十月戊辰日，明帝等人从章陵返回。
这一年，京城和七个郡国遭遇严重水灾。
莎车王贤凭借武力，威逼夺取了于阗、大宛、妫塞等国，还派自己的将领驻守。于阗人杀死了莎车派驻的将领君德，拥立首领休莫霸为王。莎车王贤率领各国数万军队前来攻打，却被休莫霸打得大败，只能孤身逃走。休莫霸乘胜追击，进围莎车，却不幸中流箭身亡。于阗人又拥立休莫霸哥哥的儿子广德为王。广德派弟弟于仁攻打莎车王贤。此前，广德的父亲被莎车王贤扣留，此时贤为了求和，不仅放回了广德的父亲，还把女儿嫁给广德，与于阗和亲。