面对如此下三滥却又切实有效的抵抗，主持此事的民政委员会官员感到一筹莫展。他们可以制定宏大的规划，却难以应对这些来自街头巷尾的阴损手段。
林川闻讯后，召来了徐承烈和沈万三。
“此事，非议会一纸公文可解。”林川目光锐利，“彼等以乱制改，我等便要以治止乱。”
他做出了几项部署：
第一，由徐承烈调派可靠的新军士兵，换上便服，配合应天府衙中支持改革的差役，组成临时巡逻队，日夜在主要街道和关键设施（如沟渠入口）巡视，发现故意倾倒垃圾、堵塞沟渠者，立即逮捕，从严惩处，迅速遏制破坏行为。
第二，由沈万三出面，联合南京城内主要的正经商号、酒楼、会馆，发表联合声明，支持成立市管司，呼吁整治城市环境，并表示愿意遵守未来市管司的合理规章。以此稳定守法商户的情绪，分化抵抗联盟。
第三，指示《大明公报》立即刊发文章，一方面揭露当前城市管理的混乱现状与背后利益链条，另一方面详细解释市管司的职能、规章设想以及其对改善民生、促进商业的积极作用，并公开辟谣，澄清所谓“高额牌照费”等纯属捏造。
新军巡逻队的雷厉风行，迅速抓了几个顶风作案的胥吏和青皮，当众惩处，起到了强大的震慑作用。破坏行为顿时锐减。
沈万三等人的联合声明，则代表了城中守法、有产者的声音，他们渴望一个整洁、有序、安全的商业环境，这股力量不容小觑。
《大明公报》的舆论引导，则让许多市民明白了混乱的真相以及改革的好处。
在三管齐下之下，城内的混乱局面很快得到控制，反对改革的声浪虽然仍在暗中涌动，但已难以掀起大的风浪。
借此机会，议会迅速通过了《设立南京市管理务司疏》。皇帝朱由校见局势已稳，也便顺水推舟，予以批准。
南京市管司正式挂牌成立。首任市管司郎中，由一位以干练着称的年轻官员担任。他上任后，立刻着手招募人手，制定详细的《南京市容卫生管理条例》、《市场摊贩管理办法》等规章，并开始对南京城进行大刀阔斧的整治。
尽管未来的路上，必然还会与旧势力有无数摩擦（例如核定摊贩位置、收取合理清洁费时遇到的软抵抗），但一个专业化、制度化的城市管理机构，终于在这座古老的帝都迈出了第一步。新制度的触角，由此延伸至了与普通百姓日常生活最近的角落，其所带来的改变，虽细微，却真切。这无疑是旧势力把持的又一个堡垒，被悄然攻破。