刑部官员则从律法角度提出疑问：“若此术可行，他日输血致人死亡，该当何罪？是依《大明律》‘庸医杀人’条，还是另立新法？若血液可输，是否意味着人身之物亦可视为‘货品’？其所有权、使用权如何界定？”
都察院的御史则更关注程序正义与社会影响，质询格物院的研究是否经过必要的伦理审查，事故发生后对受害者家属的抚恤是否到位，以及如何防止此类高风险技术被滥用。
争论持续了数日。委员会内部也意见分歧，难以达成一致。
关键时刻，林川并未直接介入辩论，而是通过支持他的议员，提出了一项折衷方案，并最终获得了委员会多数通过：
第一，承认输血疗法目前仍属高风险、未成熟之技术，即刻起，严禁任何形式的非危急情况下的临床应用及一切有偿输血行为。
第二，不全面禁止研究，但格物院的相关研究需置于议会下设的“医事伦理核查小组”监督之下，所有人体实验（即便在危急情况下）必须提前报备并经核查小组质询，且需当事人或家属签署具有律法效力的“知情同意书”。——这在大明历史上，首次确立了“知情同意”的雏形。
第三，责成刑部、礼部与格物院，会同议会议员，共同起草《高风险医事研究管理暂行条例》，对类似输血疗法的新技术，从研究、伦理、责任到潜在的社会伦理影响，进行全面的规范与约束。
第四，对李仲景及其助手，依《大明律》相关条文及事故责任进行惩处；对格物院，予以申饬并罚银，用于建立医疗事故救助基金。
这份条陈呈送御前，天启帝阅览良久。最终，他朱笔批红：“依议。”
两个字，轻描淡写，却重若千钧。它意味着，皇帝默认了议会主导的这次“共议”及其结果，认可了在涉及伦理与科技的模糊地带，需要依靠初步的程序、多方的协商和专门的条例来管理，而非简单地依靠圣心独断或道德批判。
“血脉疑云”至此暂告一段落。格物院付出了代价，研究受到严格限制，但火种并未熄灭，反而在规则的框架内，获得了某种意义上的“合法性”。太医院等保守势力虽未达成彻底禁止的目标，但也成功地将这头“危险的野兽”关进了制度的笼子，并确立了传统伦理在公共辩论中的话语权。
更重要的是，这一次，面对前所未有的伦理困境，大明没有退回到“祖宗成法”或“道德空谈”的老路，而是尝试着，用一场略显粗糙但程序明确的“共议”，用一份旨在建立规则的“条例”，作为保护社会、也保护探索者的盾牌。
这面盾牌，名为“律法”。它的出现，本身就是在旧势力的反扑中，新制度于阵痛里焕发出的顽强生命力。