天启二十七年的冬雪，未能冷却南京城因“血脉疑云”与“天命之争”而激起的暗流。格物院输血疗法的失败，如同一滴落入滚油的水，在朝堂上下炸开了锅。
太医院院使联合十余位翰林、科道官，联名上奏，弹劾格物院“妄践人伦，荼毒生灵”，更将此事与之前的《华夷新辨论》相联系，指斥其背后是“以巧技乱纲常，以夷风坏华统”的危险思潮。奏疏中明确提出：“请陛下明旨，禁绝此等骇人听闻之术，并申明纲常伦理为我大明立国之本，凡有悖逆，皆当严惩。”
这已非单纯学术之争，而是上升到了意识形态与统治合法性的高度。
然而，这一次，皇帝的反应却与以往不同。他没有立即召见林川训斥，也没有对弹劾奏章做出批复，而是将其留中不发。同时，他下了一道意味深长的旨意，命“议会、刑部、都察院、格物院及太医院，共议输血疗法之利弊，并拟定条陈奏报”。
这道旨意，看似是将皮球踢了出去，实则暗藏玄机。它首次在涉及伦理纲常的重大争议上，没有由皇帝或内阁直接裁决，而是要求一个由多方势力组成的临时机构进行“共议”。这本身，就是对《大明约法（草案）》中“议会参与重大决策”精神的一种微妙认可，也是对各方势力的一次公开考验。
议会的议事厅内，气氛空前紧张。关于如何“共议”，便先引发了一场程序之争。
保守派官员坚持认为，此事关乎“名教纲常”，理应由德高望重的礼部主导，太医院辅佐，进行“道德评议”，议会只需旁听记录即可。
“荒谬！”顾炎成拍案而起，他如今已是议会中革新派的骨干力量，“陛下明旨，命‘共议’，且议会位列首位！此乃政事，非单纯医理或道德空谈！当依《议会章程》，设立特别审查委员会，传唤证人，调阅格物院研究记录、事故报告，太医院亦需提供其反对之医学依据，公开辩论，最终由委员会投票形成条陈！”
他的主张得到了大多数议员的支持。经过激烈辩论，议会最终顶住压力，依据《大明约法（草案）》赋予的议事权，成立了“输血疗法特别审查委员会”，由议会、刑部、都察院派员组成，并邀请格物院和太医院作为技术顾问方出席，但无表决权。审查过程需公开记录，允许《大明公报》择要报道。
这一举动，打破了以往由清流议论或皇帝乾纲独断的传统决策模式，首次尝试将一场重大的伦理与社会争议，纳入一个初步的、程序化的协商框架中来解决。
审查会上，辩论异常激烈。
太医院院使引经据典，从《孝经》“身体发肤，受之父母”讲到血脉传承关乎宗法秩序，痛陈输血之术“混淆亲疏，玷污血脉”，其害甚于猛虎。
王贞仪则代表格物院，冷静地出示了大量动物实验数据，分析了输血失败案例的具体原因（如血液凝结），坦诚了目前认知的局限性，但也坚定地指出了输血在战场急救和某些危重病症上的巨大潜力。“格物之精神，在于求真知以救人性命，”她目光清澈，环视会场，“若因恐惧未知而扼杀探索，非但不能保全伦理，反而会因见死不救而背离仁心。关键不在禁止，而在如何建立安全之规条。”
李仲景裹着伤，亲自到场，详细解释了“直系血亲”输血规范的制定初衷，以及助手违规操作的教训，沉痛表示：“此非术之罪，乃人之过，亦是我格物院监管不严之失。我等愿受律法制裁，但恳请给此术一个继续研究、完善规范之机会。”