不过，李太后也不是完美的。她虽然提倡节俭，但在对待自己家人的问题上，却有些“护短”。她的父亲李伟，原本只是个普通平民，因为女儿成了太后，就被封为武清伯，后来还升为武清侯。李伟仗着女儿的势力，开始变得贪婪起来，经常利用职权谋取私利。
有一次，李伟负责给宫廷供应布料，他为了赚钱，竟然在布料里掺假，用劣质布料冒充优质布料。这件事被张居正知道了，他立刻上奏万历皇帝，要求严惩李伟。李太后知道后，心里很为难——一边是自己的父亲，一边是国家的法度。最后，她还是选择了维护法度，不过也只是让李伟把贪污的钱退回来，没有对他进行重罚。
张居正知道李太后护短，也没有再追究。可这件事还是给万历皇帝留下了不好的印象，他觉得母亲在对待家人的问题上，太不讲原则了。这也为后来万历皇帝跟李太后产生矛盾埋下了伏笔。
万历十年（1582年），张居正因为长期劳累，病逝了。张居正的去世，对明朝来说是个巨大的损失，对李太后来说，更是失去了一个重要的盟友。
张居正死后，万历皇帝已经二十岁了，开始亲政。他早就对张居正的严格管教感到不满，也对张居正掌握大权感到嫉妒。亲政后，他做的第一件事，就是清算张居正——不仅下令抄了张居正的家，还把张居正的家人流放，甚至差点把张居正从坟墓里挖出来鞭尸。
李太后知道后，心里很不舒服。她知道张居正为明朝付出了很多，没有张居正，就没有“万历新政”的成效。可她也知道，万历皇帝已经长大了，有了自己的想法，自己再像以前那样管教他，已经不合适了。于是，她没有出面阻止万历皇帝，只是在私下里劝万历皇帝，不要做得太过分。
万历皇帝虽然没有完全听李太后的话，但也收敛了一些，没有把张居正的家人赶尽杀绝。不过，从那以后，万历皇帝跟李太后的关系就渐渐疏远了。他不再像以前那样凡事都跟李太后商量，甚至有时候还会故意跟李太后作对。
李太后看在眼里，却没有多说什么。她知道，自己辅政的使命已经完成了，现在该退居幕后，让万历皇帝自己处理朝政了。于是，她开始减少参与朝政的次数，把更多的精力放在了后宫和宗教活动上。
李太后信佛，张居正死后，她就经常在宫里念经拜佛，还拿出自己的私房钱，在全国各地修建寺庙。比如北京的慈寿寺，就是李太后下令修建的。这座寺庙规模宏大，耗费了大量的钱财。有些大臣觉得李太后这样做太浪费了，上奏劝她停止修建寺庙。可李太后却不听，说：“我修建寺庙，是为了祈求天下太平，为了万历皇帝祈福，哪是浪费？这是为大明积功德。”
其实李太后心里门儿清——自己手里的权力随着张居正去世、万历亲政已经越来越弱，与其在朝堂上跟已经翅膀硬了的儿子掰手腕，不如借着信佛的由头，给自己找个“安全区”。一来能避免跟万历产生直接冲突，二来修建寺庙也能留下个“仁慈太后”的名声，毕竟在老百姓眼里，信佛的皇室成员总不会是坏人。
不过，李太后也没完全不管事。她知道万历皇帝亲政后，身边多了些阿谀奉承的小人，担心儿子走歪路，所以时不时还会过问一下朝政。有一次，万历皇帝想把自己宠爱的郑贵妃封为皇后，可当时王皇后还在世，而且郑贵妃出身不高，大臣们都强烈反对。万历皇帝跟大臣们僵持不下，就想找李太后帮忙，让她出面压服大臣。
李太后没有立刻答应，而是问万历皇帝：“你觉得郑贵妃哪点比王皇后强？王皇后端庄贤淑，打理后宫井井有条，从没出过差错；郑贵妃呢？除了会哄你开心，还做过什么对国家、对百姓有利的事？”万历皇帝被问得哑口无言，只好暂时放弃了封郑贵妃为皇后的想法。
还有一次，万历皇帝因为国库充盈，就想效仿嘉靖皇帝，给自己修建一座豪华的宫殿。他知道李太后肯定会反对，就故意绕开李太后，直接让工部开始筹备。李太后听说后，没有直接去找万历皇帝，而是让人把工部尚书叫到宫里，给她算了一笔账：修建一座宫殿需要多少银子，这些银子能给边境士兵发多少军饷，能救济多少受灾的百姓。工部尚书被说得面红耳赤，回去后就找万历皇帝辞职，说自己实在没办法承担这个差事。万历皇帝没办法，只好放弃了修建宫殿的计划。
李太后就是这样，用一种“软刀子”的方式，默默影响着万历皇帝，既维护了自己的尊严，又没有跟儿子闹僵。不过，随着万历皇帝的权力越来越稳固，李太后能管的事情也越来越少了。尤其是万历十五年（1587年）以后，万历皇帝开始不上朝，把朝政扔给大臣们，自己躲在后宫里跟郑贵妃享乐。李太后多次派人去劝万历皇帝，让他上朝处理政务，可万历皇帝要么找借口推脱，要么干脆不见。
有一次，李太后实在忍无可忍，亲自去后宫找万历皇帝。当时万历皇帝正在跟郑贵妃下棋，看到李太后进来，赶紧起身迎接。李太后没好气地说：“你还记得自己是皇帝吗？天下百姓都在等着你处理朝政，你却在这里跟妃子下棋取乐。你对得起穆宗皇帝的嘱托吗？对得起张居正首辅的心血吗？”
万历皇帝低着头，不敢说话。郑贵妃想替万历皇帝辩解，刚开口就被李太后打断了：“这里没你的事，你退下。”郑贵妃吓得赶紧走了。李太后又接着说：“我知道你长大了，有自己的想法，可你别忘了，你是大明的皇帝，你的一举一动都关系到国家的安危。要是你再这样下去，大明的江山迟早会毁在你手里。”
万历皇帝被李太后说得心里很不是滋味，当场答应第二天就上朝。可等李太后走了，他转头就把这件事忘了，依旧不上朝。李太后知道后，也只能叹气——她知道，自己已经管不住这个儿子了。从那以后，她就彻底退居幕后，除了偶尔过问一下后宫的事情，几乎不再干预朝政。
李太后虽然退居幕后，但她的家族却因为她的关系，一直处在风口浪尖上。她的父亲李伟被封为武清侯后，虽然收敛了一些，但他的几个儿子——也就是李太后的弟弟们，却仗着姐姐是太后，在外面胡作非为。
李太后的大弟弟李东阳，是个典型的“纨绔子弟”，整天游手好闲，还经常欺负百姓。有一次，李东阳在京城的街上骑马，不小心撞到了一个老百姓。老百姓只是说了他一句“骑马看着点人”，李东阳就恼羞成怒，让手下的人把老百姓打得半死，还放话说“谁敢告我，我就让谁没好下场”。
这件事很快就传到了朝堂上，大臣们纷纷上奏，要求严惩李东阳。万历皇帝知道后，很是头疼——一边是自己的舅舅，一边是满朝大臣，要是严惩李东阳，肯定会得罪李太后；要是不严惩，又没法向大臣们和老百姓交代。
万历皇帝只好去找李太后，想让她出面解决这件事。李太后听了万历皇帝的话，没有护着李东阳，而是说：“王子犯法，与庶民同罪。李东阳做错了事情，就应该受到惩罚，不能因为他是我的弟弟，就特殊对待。你该怎么处理就怎么处理，不用顾及我的面子。”
万历皇帝没想到李太后会这么说，心里松了一口气。他立刻下旨，把李东阳抓起来，打了三十大板，还罚了他一年的俸禄，让他给被打的老百姓赔礼道歉、赔偿损失。大臣们见李太后不护短，对她更加敬重，这件事也很快就平息了。
可李太后的二弟弟李西星，比李东阳更过分。他不仅欺负百姓，还把手伸到了朝堂上，跟一些贪官污吏勾结在一起，收受贿赂，卖官鬻爵。有一次，李西星收了一个富商的十万两银子，答应给富商一个知府的职位。这件事被御史弹劾，证据确凿，万历皇帝想把李西星处死。
李太后知道后，心里很着急——李西星虽然有错，但毕竟是自己的亲弟弟，她不忍心看着弟弟被处死。可她也知道，李西星罪大恶极，要是自己出面求情，肯定会引起大臣们的不满，甚至会影响到万历皇帝的威信。
于是，李太后没有直接去找万历皇帝求情，而是让人把李西星叫到宫里，狠狠地骂了他一顿，还让他把贪污的银子全部退回来。然后，她又让人给万历皇帝带了一句话：“李西星罪该万死，但看在我的面子上，能不能饶他一命，把他贬为庶民，终身监禁？这样既惩罚了他，也给了大臣们和老百姓一个交代。”
万历皇帝听了李太后的话，觉得很有道理。他知道李太后已经做出了让步，要是自己再坚持处死李西星，就显得太不近人情了。于是，他下旨，把李西星贬为庶民，终身监禁在老家，还抄了他的家，把贪污的银子全部充入国库。
这件事过后，李太后的家族收敛了很多，再也不敢在外面胡作非为了。大臣们也对李太后更加敬佩，觉得她不仅贤德，还很有智慧，能在家族亲情和国家法度之间找到平衡点。
万历二十四年（1596年），李太后已经五十二岁了。随着年龄的增长，她的身体越来越差，经常生病。万历皇帝虽然跟李太后的关系不如以前亲密，但毕竟是自己的母亲，还是经常去看望她，给她送些补品。
李太后晚年最大的心愿，就是希望万历皇帝能好好治理国家，不要再沉迷享乐。有一次，李太后病重，她拉着万历皇帝的手说：“我快要不行了，唯一放心不下的就是你和大明的江山。你一定要记住，你是大明的皇帝，要以国家为重，以百姓为重，不要被美色和钱财迷惑。要是你能做个好皇帝，我在九泉之下也能瞑目了。”
万历皇帝听了，忍不住流下了眼泪，说：“母后放心，儿臣一定会记住您的话，好好治理国家。”可李太后知道，万历皇帝能不能做到，还是个未知数。她只是轻轻叹了口气，没有再多说什么。
万历二十九年（1601年），李太后的身体稍微好了一些。这一年，万历皇帝终于册立了朱常洛为太子——朱常洛是万历皇帝的长子，按照祖制早就该被立为太子，可万历皇帝因为宠爱郑贵妃，想立郑贵妃的儿子朱常洵为太子，所以一直拖着不立太子，这件事也成了明朝中后期着名的“国本之争”。
李太后对“国本之争”一直很关注，她多次劝万历皇帝，让他早点册立朱常洛为太子，可万历皇帝总是找借口推脱。直到万历二十九年，万历皇帝实在顶不住大臣们的压力，又想起了李太后的嘱托，才终于册立了朱常洛为太子。
李太后听说后，很是高兴，她特意让人给万历皇帝送去了一些礼物，还让人给朱常洛送去了很多书籍，希望朱常洛能好好学习，将来做个好皇帝。
万历三十四年（1606年），李太后的身体彻底垮了。她躺在病床上，连说话的力气都没有了。万历皇帝每天都去看望她，亲自给她喂药。可再好的药也救不了李太后的命，同年七月，李太后在慈宁宫病逝，享年六十二岁。
李太后去世后，万历皇帝按照皇后的礼仪，把她葬在了穆宗皇帝的昭陵，上尊谥为“孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇太后”。据《明史》记载，李太后去世后，“上（万历皇帝）辍朝三十日，中外臣民皆为流涕”，可见当时的人们对李太后的评价有多高。
明末清初的思想家王夫之，在《读通鉴论》中评价李太后：“李太后虽女流，然明于大体，能识张居正之贤，委以国政，故万历初年，天下晏然，民殷国富，皆太后之力也。”这个评价，可以说是非常客观公正了。
李太后去世后，万历皇帝虽然也难过了一阵子，但很快就把李太后的嘱托抛到了脑后。他依旧不上朝，沉迷享乐，还大肆搜刮百姓的钱财，导致明朝的国力越来越弱。到了万历后期，明朝已经是内忧外患——内部有农民起义，外部有后金的威胁，最终在崇祯十七年（1644年）走向了灭亡。
如果李太后泉下有知，看到自己苦心经营的大明江山最终毁在了儿子手里，不知道会有多痛心。不过，这已经不是李太后能管的了。
参考《明史》