耿精忠的军队一开始还能跟清军打打，可没过多久，就开始节节败退。首先，耿精忠的军队缺乏统一指挥，将领们各自为战，有的将领还贪生怕死，遇到清军就逃跑；其次，耿精忠对老百姓苛捐杂税，老百姓早就恨透了他，纷纷起来反抗，给清军当向导，提供情报；最后，吴三桂和郑经不仅不帮忙，反而还拖耿精忠的后腿——吴三桂忙着在云南、贵州扩充地盘，根本不管耿精忠；郑经则在福建抢地盘，跟耿精忠打了起来。
公元1675年，清军攻克了浙江的温州、台州等地，逼近福建。耿精忠见势不妙，赶紧派人去跟吴三桂求援，可吴三桂根本不搭理他。耿精忠又派人去跟郑经谈判，想让郑经撤军，可郑经不仅不撤军，反而提出要耿精忠把漳州、泉州等地让给他，否则就继续跟他打。耿精忠没办法，只能答应郑经的条件，把漳州、泉州让给了郑经，这才暂时稳住了郑经。
可这并没有改变耿精忠的处境。公元1676年，杰书率领清军，攻克了福建的衢州、建宁等地，直逼福州。耿精忠的军队伤亡惨重，有的将领投降了清军，有的将领逃跑了，耿精忠手里已经没多少兵了。耿精忠看着城外的清军，心里慌了——他知道，再打下去，自己肯定会被清军活捉，到时候下场肯定很惨。
就在耿精忠走投无路的时候，杰书派人来劝降了。杰书给耿精忠带了一封信，信里说：“你本来是清朝的靖南王，是被吴三桂胁迫才造反的。现在只要你投降，皇上可以饶你一命，还能保留你的爵位。要是你不投降，等清军攻破福州，你和你的家人就全完了。”
耿精忠看着信，心里纠结得很。他想投降，可又怕康熙皇帝说话不算数，到时候还是会杀了他；他想继续抵抗，可手里又没兵，根本打不过清军。最后，耿精忠还是选择了投降——他觉得，只要能保住性命，以后还有机会东山再起。
公元1676年十月，耿精忠打开福州城门，向杰书投降。杰书按照康熙皇帝的旨意，没有杀耿精忠，而是把他押送到了北京，听候康熙皇帝发落。耿精忠以为自己捡回了一条命，可他没想到，这只是他噩梦的开始。
耿精忠被押送到北京后，康熙皇帝并没有立刻杀他，而是把他关了起来。康熙皇帝之所以不杀他，是因为当时吴三桂还在造反，尚可喜的儿子尚之信也还在抵抗，康熙皇帝想利用耿精忠，来招降其他的叛军将领。
可耿精忠并没有老实待着，他在监狱里还不安分，跟其他的叛军俘虏密谋，想趁机逃跑，然后再去投靠吴三桂。结果，他们的密谋被监狱的看守发现了，报告给了康熙皇帝。康熙皇帝得知后，非常生气——他觉得，耿精忠反复无常，根本不值得信任，留着他就是个隐患。
公元1680年，吴三桂的叛军被清军平定，尚之信也被处死，清朝的统治彻底稳定了下来。这时候，康熙皇帝觉得，该收拾耿精忠了。康熙皇帝下令，把耿精忠从监狱里提出来，交给刑部审讯。刑部经过审讯，认定耿精忠犯了“谋反罪”，判处他凌迟处死，他的家人也被判处死刑。
公元1682年正月，耿精忠被押到了北京的西市刑场。刑场上挤满了人，有来看热闹的老百姓，也有清朝的官员。耿精忠穿着囚服，头发散乱，脸色苍白，再也没有了当年靖南王的威风。他看着围观的老百姓，心里充满了恐惧，不停地向清朝的官员求饶，可官员们根本不理他。
行刑前，刑部的官员宣读了耿精忠的罪状：“耿精忠身为清朝的靖南王，受朝廷厚恩，却不思报效，反而勾结吴三桂、尚之信等人，起兵谋反，残害百姓，罪大恶极，应凌迟处死，其家人应处斩。”
宣读完毕后，刽子手拿着刀，开始一刀一刀地割耿精忠身上的肉。耿精忠疼得大喊大叫，不停地求饶，可没人理会他。老百姓看着耿精忠的惨状，没有一个同情他的——他们都记得，耿精忠造反的时候，对老百姓苛捐杂税，残害百姓，现在他落得这个下场，都是他罪有应得。
就这样，耿精忠在痛苦中被折磨了整整一天，才咽下了最后一口气。他的家人也被押到了刑场，全部被处死。曾经风光无限的靖南王耿家，就这样彻底覆灭了。《清史稿·耿精忠传》里记载：“康熙二十一年，精忠伏诛，籍其家，子孙悉戍边。”意思是说，康熙二十一年，耿精忠被处死，他的家产被没收，子孙都被发配到边疆当兵。
耿精忠的一生，是反复无常的一生，也是悲剧的一生。他出身将门，本来可以安安稳稳地当他的靖南王，享受荣华富贵，可他却因为贪婪和野心，跟着吴三桂造反，最后落得个凌迟处死、满门抄斩的下场。
历史学家在评价耿精忠的时候，大多认为他是一个“反复无常的叛将”。他本来是清朝的官员，受朝廷厚恩，却不思报效，反而起兵谋反，给国家和百姓带来了巨大的灾难。他在造反过程中，对老百姓苛捐杂税，残害百姓，失去了民心；他还被吴三桂和郑经坑害，导致战局逆转，最后只能投降。投降后，他还不安分，想趁机逃跑，继续谋反，最终被康熙皇帝处死，这都是他罪有应得。
参考《清史稿》