黄巾起义爆发后，东汉朝廷慌了神，赶紧派大军镇压。灵帝任命皇甫嵩为左中郎将，朱儁为右中郎将，卢植为北中郎将，分别率领大军去镇压各地的黄巾军。这三个人都是东汉末年的名将，尤其是皇甫嵩，打仗特别厉害，朝廷本来以为靠他们能很快平定起义，可没想到，黄巾军的战斗力比他们想象的强多了。
首先是张角兄弟率领的巨鹿黄巾军。卢植带着大军来到巨鹿，想一举消灭张角的主力，可黄巾军虽然大多是农民，没经过正规训练，但胜在人多，而且个个都抱着推翻朝廷、过上好日子的信念，打仗特别拼命。卢植率军攻了好几次，都被黄巾军打得大败，只能退守营垒，不敢再进攻。灵帝听说卢植打了败仗，气得把他革职查办，派董卓去接替他，结果董卓也被黄巾军打得落花流水。
然后是颍川（今河南禹州）的黄巾军。颍川黄巾军的渠帅叫波才，他率领十几万黄巾军，先打败了朱儁的大军，然后包围了皇甫嵩率领的军队。皇甫嵩被困在长社（今河南长葛），手下只有几千人，粮草也快用完了，眼看就要被黄巾军消灭。可皇甫嵩是个老狐狸，他看到黄巾军的营寨都建在草丛里，又赶上刮大风，就想出了一个的主意。
当天晚上，皇甫嵩派士兵偷偷摸到黄巾军的营寨附近，放了一把火。大风一吹，火势蔓延得很快，黄巾军的营寨瞬间变成了火海。黄巾军士兵吓得乱作一团，皇甫嵩趁机率军冲锋，朱儁也率领援军赶到，两军夹击，把黄巾军打得大败，杀了几万黄巾军士兵，波才只能带着残余的士兵逃跑。
虽然颍川黄巾军失败了，但其他地方的黄巾军依然打得很猛。比如，南阳（今河南南阳）的黄巾军在渠帅张曼成的带领下，攻占了南阳城，杀了南阳太守褚贡；汝南（今河南汝南）的黄巾军在渠帅彭脱的带领下，打败了东汉的郡兵，攻占了汝南的很多县城。东汉朝廷的军队被黄巾军打得晕头转向，只能到处救火，根本顾不过来。
黄巾军之所以能取得这么好的战绩，除了人多、士气高，还有一个重要原因：他们得到了老百姓的支持。黄巾军每攻占一个地方，就会把贪官污吏杀了，把豪强的土地和粮食分给老百姓，老百姓都很欢迎黄巾军，有的甚至主动加入黄巾军，帮他们运送粮草、传递消息。可以说，黄巾军不仅是一支起义军，更像是一支农民子弟兵。
就在黄巾军节节胜利的时候，一个坏消息传来：张角生病了，而且病得很严重。原来，张角自从起义爆发后，就一直忙着指挥各地的黄巾军作战，吃不好、睡不好，再加上年纪大了（当时张角已经五十多岁了），身体很快就垮了。
张角知道自己快不行了，他把张宝、张梁叫到身边，嘱咐他们：一定要带领兄弟们坚持下去，推翻东汉朝廷，让老百姓过上好日子！说完，就咽了气。张角的死，对黄巾军来说是个巨大的打击——失去了的领导，黄巾军的士气一下子低落了很多，各地的黄巾军也开始各自为战，没有了统一的指挥。
张角死后，张梁接替他，率领巨鹿的黄巾军继续抵抗东汉军队。皇甫嵩在打败颍川黄巾军后，也率军来到巨鹿，攻打张梁的军队。张梁虽然很勇猛，但比起皇甫嵩还是差了点火候。一开始，张梁率领黄巾军多次打败皇甫嵩，可皇甫嵩很有耐心，他知道黄巾军士气正盛，就采取坚守不出的策略，跟黄巾军打持久战。
黄巾军打了几天，见皇甫嵩一直不出战，士气渐渐低落下来。皇甫嵩看准时机，在一个深夜，率领大军突然向黄巾军的营寨发起进攻。黄巾军士兵毫无防备，被打得大败，张梁在乱军中被杀死，三万多黄巾军士兵战死，五万多黄巾军士兵被逼得跳进河里淹死，巨鹿黄巾军的主力几乎被全歼。
皇甫嵩为了震慑黄巾军，还派人挖开了张角的坟墓，把他的尸体拖出来，砍下头颅，送到洛阳去邀功。灵帝看到张角的头颅，高兴得不行，下令封皇甫嵩为都乡侯，赏给他很多钱财和土地。
张梁死后，张宝率领残余的黄巾军在下曲阳（今河北晋州）继续抵抗东汉军队。皇甫嵩和钜鹿太守郭典率军攻打张宝，张宝虽然顽强抵抗，但寡不敌众，最后也被杀死，十万多黄巾军士兵战死。至此，张角兄弟率领的黄巾军主力全部被消灭，黄巾起义的核心团队彻底瓦解。
张角兄弟虽然死了，但黄巾起义的余波并没有平息。很多地方的太平教信徒依然在坚持起义，比如，益州（今四川、云南一带）的黄巾军在马相的带领下，攻占了成都，杀了益州刺史郗俭；青州（今山东一带）的黄巾军发展到了几十万人，多次打败东汉的军队；徐州（今江苏一带）的黄巾军也攻占了很多县城，成为当地的一大势力。
东汉朝廷虽然最后镇压了这些黄巾军余部，但也付出了惨重的代价：军队损失惨重，国库空虚，地方官员为了镇压黄巾军，纷纷招募私兵，拥兵自重，形成了军阀割据的局面。比如，董卓、袁绍、曹操、刘备、孙坚等人，都是在镇压黄巾军的过程中发展起来的，他们后来成为了东汉末年的军阀大佬，互相攻打，把天下搞得大乱。
张角虽然没能实现天下大吉的目标，但他也不是毫无收获。他创立的太平教，虽然在起义失败后受到了镇压，但并没有完全消失，后来演变成了道教的一个分支，对中国的宗教文化产生了一定的影响。而且，他领导的黄巾起义，是中国历史上第一次大规模的农民起义，为后来的农民起义树立了榜样，比如唐朝的黄巢起义、明朝的李自成起义，都借鉴了黄巾起义的一些做法。
对于张角，历史上的评价一直存在争议。有人说他是邪教教主，靠迷信欺骗老百姓，发动起义造成了大量的人员伤亡和社会动荡；也有人说他是农民英雄，敢于反抗腐败的东汉朝廷，为老百姓争取利益，是个了不起的人物。
客观来说，张角既不是纯粹的邪教教主，也不是完美的农民英雄。他创立太平教，用符水治病的方法吸引信徒，确实带有一些迷信色彩，而且他发动起义，虽然是为了推翻腐败的朝廷，但也造成了大量的人员伤亡——《后汉书》里记载，黄巾起义期间，全国的人口减少了一半，很多人要么死于战乱，要么死于瘟疫和饥荒。
但我们也不能否认张角的贡献。在东汉末年那个黑暗的时代，朝廷腐败，老百姓生活在水深火热之中，是张角第一个站出来，带领老百姓反抗不公，他提出的苍天已死，黄天当立的口号，不仅激励了当时的老百姓，也成为了中国历史上反抗压迫的象征。而且，他创立的太平教，虽然有迷信成分，但也包含了平均主义的思想，比如主张人无贵贱，皆天所生，这在当时是很先进的，反映了老百姓对平等、幸福生活的向往。
《后汉书》的作者范晔评价张角：角等知势不可为，遂作乱。自张角之后，群盗蜂起，天下大乱。这段话虽然没有直接评价张角的好坏，但也承认了张角对东汉末年历史的影响——是张角点燃了反抗的火焰，让天下人看到了推翻腐败朝廷的可能。
参考《后汉书》