同治十三年，左宗棠带着大军出发了。他制定了先北后南，缓进急战的战略：先打北疆的薄弱之敌，站稳脚跟后再打南疆；进军的时候慢慢来，做好充分准备，一旦开战就速战速决，不给敌人喘息的机会。
清军一路西进，将士们都很勇猛，加上左宗棠指挥得当，很快就收复了北疆的乌鲁木齐、玛纳斯等地。然后又向南疆进军，阿古柏的军队根本不是对手，一路溃败，阿古柏最后服毒自杀。到光绪三年，清军收复了南疆的所有失地，新疆除了伊犁，基本都回到了大清的手里。
接下来就是要回伊犁了。俄国本来答应归还伊犁，但看到清军收复了新疆，又反悔了，想赖着不走。左宗棠这时候已经进驻哈密，他一边让曾纪泽（曾国藩的儿子）去俄国谈判，一边下令清军做好战斗准备，还真的抬着棺材到了前线，意思是要么俄国还伊犁，要么就开打。
俄国一看左宗棠态度这么强硬，清军也做好了准备，怕真的打起来吃亏，最终同意跟曾纪泽签订《中俄伊犁条约》，把伊犁还给了大清。
光绪七年，左宗棠向慈禧上奏，建议在新疆设省，加强管理。慈禧同意了，任命刘锦棠为新疆第一任巡抚。从此，新疆正式成为大清的一个省，跟内地一样实行郡县制，这对维护国家统一起到了重要作用。
《清史稿·左宗棠传》里评价他：宗棠为人多智略，内行甚笃，刚峻自天性。功成后，自奉俭约，岁食禄万余金，悉以赈施亲旧之贫者。左宗棠收复新疆，不仅保住了大清的国土，也让慈禧的统治更加稳固——经此一役，朝堂上没人再敢质疑慈禧的决策，她的权威又提高了不少。
光绪二十年，甲午战争爆发，大清的北洋水师被日本打得全军覆没。这一下，全国都炸了锅——大家都没想到，搞了三十年洋务，花了那么多钱建起来的海军，居然连日本都打不过。
光绪皇帝这时候已经亲政几年了，年轻气盛，心里急啊，觉得再这么下去，大清真的要了。这时候，康有为、梁启超这些读书人站了出来，说洋务运动只学技术不行，还得学西方的制度，搞变法，比如开议会、改法律、废科举、办新式学堂、发展工商业等等。这就是戊戌变法。
光绪皇帝觉得康有为他们说得有道理，立刻就支持变法，从光绪二十四年四月开始，接连下了几十道圣旨，要搞改革。比如下令废除八股文，改考策论；设立京师大学堂（后来的北京大学）；鼓励民间办工厂、开矿山；裁撤多余的衙门和官员等等。
可这变法，一下子就触动了不少人的利益。
首先是守旧派大臣，比如荣禄、刚毅这些人。他们一辈子靠旧制度吃饭，要是变法了，他们的权力、地位就没了。荣禄就跟慈禧说：康有为他们这是要乱祖宗规矩，要是听他们的，大清就完了！刚毅更夸张，说宁可亡国，也不能变法。
然后是地方上的督抚，除了张之洞、陈宝箴少数几人真心支持，大多督抚都觉得这变法“太冒进”。比如要裁撤旧衙门，那些靠衙门吃饭的小吏怎么办？要废八股，全国几十万靠科举谋生的读书人又该去哪？所以这些督抚要么拖着不办，要么阳奉阴违——你皇帝下你的圣旨，我地方办我的老事，反正天高皇帝远。
慈禧一开始对变法的态度其实挺“佛系”。她觉得光绪年轻，想干点实事是好事，而且要是变法真能让大清强起来，自己这个“老祖宗”脸上也有光。所以她一开始没明确反对，只是私下跟光绪说：“变法可以，但别瞎折腾，祖宗的规矩不能动，我的权力也别碰。”
可康有为、梁启超这群人太急了，恨不得把几十年的改革压缩到几个月里。他们不仅要改制度，还想动“人事”——比如要罢免一大批守旧派大臣，甚至想让光绪把权力从慈禧手里彻底拿过来，搞“君主立宪”。更要命的是，他们还想拉拢袁世凯，让袁世凯带兵包围颐和园，把慈禧软禁起来——这事儿没藏住，很快就传到了慈禧耳朵里。
慈禧这辈子最看重的就是权力，你改制度、裁官员，她能忍；但你想动她的权力，甚至要软禁她，这就触碰了她的底线。本来她还在颐和园“养老”，听说这事儿后，当天就赶回紫禁城，直接把光绪皇帝软禁在了中南海的瀛台——名义上是“皇帝生病，需要静养”，实际上是把光绪的权力彻底收了回来。
紧接着，慈禧以光绪的名义下了圣旨，说康有为、梁启超“结党营私，莠言乱政”，下令全国捉拿。康有为、梁启超跑得快，借着洋人的帮助逃到了国外；可谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、康广仁六个人没来得及跑，被慈禧下令抓了起来，没过几天就押到菜市场砍了头——这就是历史上有名的“戊戌六君子”。
《清史稿·德宗纪》里把这段事写得很清楚：“（光绪二十四年）八月丁亥，太后复垂帘于便殿训政。诏以康有为结党营私，莠言乱政，褫其职，与其弟广仁皆逮下狱。戊子，诏捕康有为、梁启超，毁所着书。庚寅，户部侍郎张荫桓、翰林院侍读学士徐致靖、御史杨深秀、内阁学士杨锐、林旭、刑部主事刘光第并逮下狱。辛卯，上称疾，命太后训政。癸巳，杀杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、谭嗣同、康广仁。”
这场轰轰烈烈的变法，前后只搞了一百零三天就凉了，所以也叫“百日维新”。说起来，这变法失败也不能全怪慈禧——康有为他们确实太急功近利，没考虑到大清的实际情况，也没团结足够多的力量；但慈禧对权力的执念，还有守旧派的强大势力，也是压垮变法的重要原因。
经此一役，慈禧对光绪彻底失望了，也对那些想“改祖宗规矩”的人充满了警惕。从这以后，她把朝政大权攥得更紧了，宫里宫外的大小事，都得经过她点头才能办——哪怕是光绪皇帝想给某个太监升个职，都得先问过她的意思。
戊戌变法失败后，慈禧本来想废掉光绪，另立端郡王载漪的儿子溥儁为“大阿哥”（也就是皇位继承人），可洋人们不答应——他们觉得光绪是“开明皇帝”，更符合他们的利益，所以纷纷出面反对。这让慈禧心里很不痛快：我大清的家事，凭什么你们洋人指手画脚？
就在这时候，民间出现了一个叫“义和团”的组织，一开始是山东、河北一带的农民，后来越闹越大，他们打着“扶清灭洋”的旗号，到处杀洋人、烧教堂、拆铁路——反正跟“洋”沾边的东西，他们都要毁。
端郡王载漪这些守旧派大臣，一看义和团能“收拾洋人”，就觉得这是个好机会，天天在慈禧面前吹嘘：“义和团的弟兄们个个刀枪不入，能呼风唤雨，只要太后支持他们，肯定能把洋人全赶出中国！”慈禧一开始还挺怀疑——刀枪不入？这也太玄乎了吧？可架不住载漪他们天天说，再加上她自己也想报复洋人，就抱着“试试也无妨”的心态，答应了。
她不仅不镇压义和团，还派官员去安抚他们，甚至让义和团进京“护驾”。结果义和团一进北京，就彻底失控了——他们不光杀洋人，还杀了不少信教的中国人，甚至连穿洋布衣服、戴眼镜的人都要抓起来打。北京城里火光冲天，到处都是哭喊和打砸声，乱成了一锅粥。
洋人们一看情况不对，立马组成了“八国联军”，从天津大沽口登陆，一路往北京打。慈禧一开始还挺硬气，下了“宣战诏书”，让清军和义和团一起对抗八国联军。可清军早就没了战斗力，义和团的“刀枪不入”也只是骗人的——面对洋人的洋枪洋炮，清军和义和团根本不堪一击，没几天天津就丢了，八国联军很快就打到了北京城下。
这时候慈禧才慌了，再也不提“扶清灭洋”了，赶紧带着光绪皇帝、隆裕皇后，还有几个亲信大臣，乔装成老百姓，从紫禁城的德胜门逃了出去。为了不被洋人发现，他们连像样的行李都没带，一路上吃了不少苦——有时候连口热饭都吃不上，只能啃干粮；晚上住的地方连床都没有，只能睡在土炕上。这一路颠沛流离，跟当年咸丰逃到热河比，还要惨上几分。
他们一路往西逃，最后逃到了西安，才算暂时稳住了脚。到了西安，慈禧才敢让人去跟洋人议和。她第一个想到的，就是已经七十多岁的李鸿章——这时候李鸿章正在广东当总督，接到圣旨后，只能硬着头皮北上，去跟洋人谈判。
李鸿章到了北京后，才发现这谈判根本就是“任人宰割”。洋人们狮子大开口，要大清赔偿四亿五千万两白银（相当于每个中国人赔一两），还要清政府答应一系列条件：拆毁北京至大沽口的炮台、允许洋人在北京使馆区驻军、永远禁止中国人成立反对洋人的组织等等。
李鸿章跟洋人们谈了好几个月，磨破了嘴皮子，也没能改变多少条件，最后只能在《辛丑条约》上签了字。签完字后，李鸿章又气又累，一病不起，没过几个月就去世了。《清史稿·李鸿章传》里记载他临死前的遗疏：“中国之弱，在于习气太深，文法太密。庸俗之吏多，豪杰之士少。文法者，庸人借为藏身之固，而胥吏倚为牟利之符。公事以文故废，人才以文故抑，此天下之大病也。”这段话，算是他对大清几十年的感慨，也道尽了他的无奈。
庚子国难这事儿，把大清最后一点家底都赔光了，也让慈禧彻底明白了：大清已经弱到了极点，再不变革，真的要亡国了。所以从西安回北京的路上，她就下了一道圣旨，说要“变法自强”——这一次，她要主动搞改革了。
从西安回北京后，慈禧真的开始搞“新政”了——而且这新政的不少内容，比当年戊戌变法还要激进。比如废除科举制度，创办新式学堂；改革官制，设立外交部、商部、学部这些新部门；编练新式陆军（也就是后来的“新军”）；鼓励民间办工厂、发展工商业等等。
她还让张之洞和袁世凯这些大臣，负责制定新政的具体措施。张之洞本来就是洋务派，对改革很有经验，他跟袁世凯一起，搞了不少实实在在的事——比如创办京师大学堂的后续建设，编练北洋新军，制定商法、民法等等。
不过这时候的大清，已经是“病入膏肓”了——经过甲午战争和庚子国难，国库早就空了，老百姓也对朝廷失去了信心；而且新政搞起来需要钱，朝廷只能加重赋税，结果老百姓的日子更苦了，各地的起义和暴动越来越多。
更要命的是，编练的新军里，不少士兵和军官都受了革命思想的影响，开始反对清朝——比如后来领导辛亥革命的武昌起义，就是新军发动的。慈禧虽然知道这些问题，但她已经老了，精力大不如前，很多事情只能交给袁世凯这些大臣去办，自己也管不了那么多了。
光绪三十四年十月，慈禧的身体越来越差，她知道自己撑不了多久了。这时候，光绪皇帝也病得很重——有人说光绪是被慈禧毒死的，也有人说他是长期抑郁加上生病，最后不行了，反正到了十月二十一日，光绪皇帝先去世了，年仅三十八岁。
光绪没有儿子，慈禧早就选好了继承人——光绪的侄子，三岁的溥仪，让溥仪继承皇位，同时让溥仪的父亲载沣担任摄政王，辅佐溥仪。做完这件事，第二天（十月二十二日），慈禧也去世了，享年七十四岁。
《清史稿·后妃传》里对慈禧的一生做了个总结：“及文宗末造，孝贞、孝钦两太后垂帘听政。孝贞仁厚，孝钦锐敏，遇事专任，而威柄自操。同治以来，内戡大难，外御强邻，皆孝钦主之。然持权太久，稍稍营私，委任外戚，侈靡无节，亦其失也。”这段话算是比较客观的——慈禧确实有能力，在她掌权的近半个世纪里，平定了太平天国、收复了新疆、搞了洋务运动和新政，让大清苟延残喘了这么多年；但她也有缺点，太看重权力，晚年奢侈浪费，重用亲信，这些也加速了大清的灭亡。
慈禧去世后，按照她的遗愿，被葬在了河北遵化的普陀峪定东陵。她的葬礼办得非常隆重，耗费了大量的钱财，可这时候的大清，已经走到了尽头——三年后（宣统三年，1911年），武昌起义爆发，辛亥革命成功，溥仪退位，大清灭亡。
回望慈禧的一生，她从一个十七岁的兰贵人，一步步走到执掌大清半世纪的“掌舵人”，经历了太多风风雨雨。她不是什么“圣人”，也不是完全的“坏人”，只是一个生在乱世，想保住权力，也想保住大清的女人。可惜的是，她再怎么努力，也没能挡住历史的潮流——大清的灭亡，是时代的必然，不是她一个人能挽回的。
参考《清史稿》