夫妻劫后重逢，抱头痛哭。王御史见陈允才华不俗，留在身边做个幕僚。转眼过了年余，正值大比之年，陈允在王御史资助下进京赶考。放榜之日，果然高中进士，授了杭州府推官。赴任前，陈允携玉娘至苏府。此时苏家已败落，只剩个老管家看门。玉娘见旧宅萧条，叹道：“姨父姨母虽负我，终究有养育之恩。”陈允道：“娘子放心，我已打点过，让他们在流放之地少受些苦楚。”
二人行至秦淮河畔谢过张嬷嬷，启程赴任。这日船到苏州，忽遇狂风，只得泊岸暂避。陈允登岸闲逛，见码头围着一群人。近前看时，却是个老翁卖身葬女。那老翁须发皆白，怀中抱着个少女，面色青紫似是溺亡。陈允心生怜悯，正要施舍，忽听那少女咳嗽一声，竟悠悠转醒。围观者惊呼：“活了！活了！”
老翁喜极而泣，向陈允叩头道：“多谢官人！小老儿愿做牛做马...”陈允忙扶起，问起缘由。老翁道：“老汉姓周，本是绍兴师爷，带小女投亲不遇，盘缠用尽，小女一时想不开投了河...”陈允见他们可怜，邀至船上。玉娘取出干净衣物让周姑娘更换，又备热汤饭食。周姑娘梳洗后出来，竟是个清丽佳人，与玉娘相见，彼此都觉面善。
闲谈间，周师爷问知陈允是新科进士，赴任杭州，拍须笑道：“巧得很！老汉在杭州府衙当过十年刑名师爷，大人若不嫌弃，愿效犬马之劳。”陈允大喜，当即聘为幕僚。船抵杭州后，陈允交割官印，周师爷果然熟稔刑名，将政务处理得井井有条。
这日陈允升堂审案，有桩争产官司：城中富商钱某暴病身亡，留下万贯家财。钱某无子，只有原配所生一女，妾室所生一子。那妾室柳氏声称老爷临终前立下遗嘱，家产尽归其子。大小姐却道父亲死得蹊跷，遗嘱系伪造。双方各执一词，已闹了月余。
陈允细看遗嘱，见笔迹与钱某平日书法确有差异，便传钱家账房、管家问话。账房道：“老爷病重时，都是柳姨娘在旁伺候，遗嘱是小人亲眼所见...”管家却眼神闪烁：“那日小的在门外，仿佛听见...”话未说完，柳氏厉声道：“你这奴才，莫非受了什么人好处？”陈允察觉有异，暂将众人押下，退堂与周师爷商议。
周师爷道：“此事不难。大人可假称钱老爷托梦，已找到真遗嘱...”附耳低语一番。陈允依计，次日升堂道：“昨夜钱老爷托梦，说真遗嘱藏在书房《论语》夹页中。”差役去取，果然取回一封遗嘱，写明家产七成归女，三成归子。柳氏当即喊冤：“这遗嘱是假！”陈允拍案道：“你怎知是假？莫非见过真遗嘱？”柳氏语塞。陈允又传钱家郎中，那郎中原被柳氏收买，见事败露，只得招供：钱老爷实被柳氏下毒，遗嘱系柳氏逼迫所写。
案情既明，柳氏下狱。钱小姐叩谢青天，又呈上礼单。陈允婉拒道：“分内之事，何必言谢。”钱小姐道：“大人有所不知，先父与按察使李大人是故交。李大人前日来信，还提及大人。”陈允惊喜交集——这李大人正是玉娘生父旧友。当下回后堂告知玉娘，夫妻皆称奇缘。
转眼三年任满，陈允政绩卓着，升任扬州知府。这日携家眷赴任，船经镇江，忽遇水匪。十数只小舟围住官船，匪首跃上船头，钢刀直取陈允。危急时，周师爷挺身而出，竟使出一套拳法击退匪首。原来周师爷年轻时走过镖，后改行当师爷。众水匪见头领吃亏，纷纷跳水逃窜。
陈允惊魂甫定，向周师爷深施一礼：“不想先生还有这般武艺。”周师爷笑道：“江湖旧艺，让大人见笑。”玉娘却望着水匪逃遁方向蹙眉：“这些水匪进退有度，不似寻常贼寇。”正说着，舱中周姑娘捧出个包袱：“适才水匪中有人遗落此物。”打开看时，却是官驿文书并几封密信。陈允展信读罢，面色骤变：“难怪近年漕运屡屡失窃，原来有官匪勾结！”
到任扬州后，陈允不动声色，暗中查访。发现扬州卫所有个千总与漕帮勾结，专劫官粮。这日正欲详查，忽接密报：那千总已知事情败露，欲今夜举事。陈允忙召周师爷商议。周师爷道：“卫所兵变非同小可，须请巡抚调兵。”当即修书，命家丁连夜送出。
当夜三更，果然喊杀声起。乱兵包围府衙，箭如雨下。陈允率衙役死守，眼看大门将破，忽听城外号炮连天，巡抚亲率大军赶到。乱兵顷刻溃散，那千总被生擒。审讯之下，竟牵出布政使司某高官。此案震动朝野，陈允因功擢升按察副使。
时值中秋，陈允在庭院设宴。玉娘抚琴，周姑娘起舞，月色如水。周师爷多饮了几杯，击节歌曰：“十年江湖雨，一朝青天云。莫道风波恶，终见月华明。”歌罢忽老泪纵横。玉娘体贴，婉转问起缘故。周师爷叹道：“实不相瞒，老汉本名周彦，曾官至兵部主事。因得罪权贵罢官流落，怕连累小女，故隐姓埋名...”陈允夫妇唏嘘不已。
又过两年，陈允升任浙江按察使。赴杭州前，玉娘忽染重病，群医束手。陈允衣不解带侍奉汤药，这夜朦胧间见一老僧入梦：“夫人之病，非药石能医。城北栖霞庵有株百年梅树，取经霜梅蕊七钱，晨露煎服可愈。”陈允惊醒，连夜赶往栖霞庵。住持老尼听明来意，叹道：“此梅乃先师手植，向来不许人攀折。但为救人性命，破例一回。”取梅蕊时，老尼见陈允面容，忽问：“大人可识李按察？”陈允称是。老尼道：“三十年前，李大人曾在此庵避雨，与一女子有段姻缘。那女子后来产女而亡，女婴被苏家收养...”陈允大惊，回府问玉娘，玉娘道：“确听姨母说过，生母姓柳，生产时血崩而逝。”夫妇方知老尼所言不虚。玉娘服下梅蕊汤，果然病愈。
在杭州任上，陈允偶然翻看旧案卷，见有桩谋杀亲夫案疑点重重：死者孙某，屠户出身，其妻赵氏柔弱，却招认因口角杀夫。陈允亲审赵氏，那妇人目光呆滞，只求速死。查验凶器——一把屠刀，柄上确有赵氏指痕。但周师爷发现刀柄血迹有疑：若是赵氏行凶，握刀处不应有喷溅血点。陈允微服至孙家街坊查访，得知孙某平日嗜赌，欠下巨债。又访得孙某死前曾与赌场管事争执。再审赵氏，温言开导，赵氏方哭诉实情：那夜孙某欲卖女还债，争执间赌场派人索债，失手打死孙某，胁迫赵氏顶罪。
案情大白，真凶伏法。赵氏携女叩谢时，女孩颈间玉佩引起玉娘注意——竟与周姑娘所佩一模一样。细问之下，才知赵氏原是周师爷失散多年的妹妹。兄妹重逢，抱头痛哭。周师爷对陈允道：“大人于我周家恩同再造，小老儿愿来世结草衔环...”陈允忙扶住：“先生助我良多，何出此言。”
光阴荏苒，陈允官至刑部侍郎。这年携妻返京，船经扬州旧地，但见运河上千帆竞发，两岸商铺林立。忽有少年拦轿献诗，陈允见其文采斐然，问起来历，原是当年钱小姐之子，今科新中举人。陈允大喜，作书荐与国子监。玉娘在轿中望见，轻声笑道：“相公如今，也成慧眼识才的伯乐了。”陈允执其手道：“若非娘子当年秦淮河畔舍身相救，我早成冤狱之鬼，焉有今日？”夫妇相视而笑。
是夜泊船瓜洲，月色澄明。陈允与玉娘立于船头，见江涛浩渺，渔火点点。玉娘倚栏轻吟：“一叶浮萍归大海，人生何处不相逢。”陈允接道：“但使同心金石固，风波历尽月明中。”江风拂过，带来远处寺院的钟声，悠悠荡荡，仿佛在应和这人间佳话。