话说大明成化年间，应天府上元县有一书生姓陈名廉，表字清之，祖上三代为官，至其父时家道中落，唯余城西老宅一处并薄田百亩。这陈生年方十九，生得眉目疏朗，举止温雅，更兼胸藏锦绣，笔走龙蛇，早岁便中了秀才，只是时运不济，连试不第，终日以读书作文为事。
这一日正值暮春，陈生独坐书斋，见窗外海棠零落，不免叹道：“花开花落自有时，总赖东君主。”话音未落，忽闻叩门声急。开门视之，见一老仆衣衫褴褛，气喘吁吁道：“陈相公速去！今尊故交王御史遭劾下狱，其家眷避祸途中遇劫，小姐现在门外车中！”陈生大惊，急趋而出。
只见一辆青篷马车歪斜道旁，帘幔撕裂，车夫卧于血泊之中。掀帘窥看，内有一女子鬓发散乱，衣衫染血，怀中紧抱一锦匣，见人至惊惶欲避。陈生揖道：“小生陈廉，家父讳明远，曾与王世伯同榜。”女子闻言泪如雨下：“原是世兄！奴家王琬，家父王谨……”语未竟竟昏厥过去。
原来这王御史乃南京都察院右副都御史，因劾奏权阉汪直不法事，反被构陷下诏狱。家眷闻讯夜遁，不料行至栖霞山遇强人，仆从尽散，唯余小姐与乳母周媪得脱。周媪亦身受重创，强撑至陈家门前，述罢缘由便气绝而亡。
陈生虽家计艰难，仍腾出东厢房安置王小姐，又典当祖传玉带，厚葬周媪与车夫。王琬醒后见灵堂素幔，悲恸欲绝。陈生温言劝慰：“世妹且宽心住下，汪阉虽势大，终不能只手遮天。”琬儿含泪道：“累及世兄，于心何安？”遂取出怀中锦匣：“此中乃家父历年收集汪直罪证，拼死亦须护送至北京左都御史赵大人处。”
当夜月明如昼，陈生于书房展读罪证，忽闻窗棂轻响。推窗见一白狐蹲踞院中，目如琥珀，衔一玉蟾蜍而去。生甚异之，未及深究，忽闻东厢惊呼，急持剑往视。但见黑影窜梁而走，琬儿颤指帐幔：“有贼人窥探！”陈生追之不及，唯拾得银牌一枚，上刻“西厂”二字。
自此陈生知事机已泄，乃与老仆陈福密议，假称送妹归宁，实则暗度陈仓。次晨鸡鸣即起，改作商贾打扮，油壁车藏娇女，晓星残月里离了金陵城。才行至句容地界，忽见前途烟尘大作，数骑飞驰而来，当先一人紫面虬髯，喝道：“西厂拿人！车中可是钦犯王家女眷？”
陈生正待答话，忽闻林间哨响，十数蒙面人杀出，与番子战作一团。其中一青衣客剑光如电，刺倒紫面番子，抛来一物道：“速往茅山三清观！”陈生接住看时，竟是昨夜所见玉蟾蜍。不及多问，急扬鞭策马，趁乱冲出重围。
至茅山深处，果见古观幽深。一老道鹤发童颜，迎门笑道：“贫道玄真，候居士久矣。”引入密室，指玉蟾道：“此乃前朝张天师所炼通灵玉蟾，能辨忠奸，识妖邪。汪直遣妖道作法，此物正是克星。”又取黄符三道：“危难时焚之，自有救应。”
二人遂改走水道，雇舟北上。月夜泊船镇江，忽见官船灯火辉煌，笙歌聒耳。琬儿悄道：“此是汪直义子、漕运总管汪保之船。”忽闻扑通声响，似有重物落水。陈生窥见番子抛尸江中，正惊骇间，舱帘掀起，一女子披发跣足跃出，高呼：“冤枉！”竟被箭射落水。
陈生不及多想，纵身入江救起女子。返舟救醒，女子泣诉：“奴家苏婉，本扬州绣户女，被汪保强掳为妾，因窥其私贩军器账簿，欲杀我灭口。”袖中取出油布包裹：“此乃账簿副本，愿助公子扳好贼。”陈生展开看时，见记录倭刀万柄、佛郎机炮百尊私售倭寇，惊怒交加。
三人遂同行。至淮安府，投宿悦来客栈。夜半忽闻走水，烈焰封门。正惶急间，窗外飞入钩索，先前所遇青衣客现身：“速系腰间！”救出三人后指城外长亭：“有车马相候。”亭中早有一美妇人，自称金陵薛姑子，受玄真道长所托接应。赠明珠一斛为盘缠，又予路引文书，言：“运河沿线俱是汪党，可走陆路经凤阳入豫。”
行至宿州地界，忽遇流民蔽野。打听方知黄河决堤，百姓流离。一老妪哭诉：“治河款早被汪保贪墨，以沙包充石料……”陈生愤然作《河决行》诗，苏婉道：“妾善摹印，可仿汪保笔迹造假函，混入其别院取证。”遂至亳州，乔装药材商人，依计行事。