伤愈后鹤龄散尽家财，只身往扬州寻人。辗转得知买走玉娥的盐商姓郑，早将她转赠给淮安知府作妾。鹤龄追至淮安，却逢知府丁忧归乡，携家眷回浙江原籍。盘缠用尽，只得在运河码头摆摊行医。
这日诊治个中暑的老艄公，老人感其恩，透露桩秘密：“郑盐商常借送美妾行贿官员，其实暗设‘美人局’敲诈。听闻新近有个苏州姑娘不肯就范，被关在城西别院...”鹤龄连夜探访，果见高墙内有人唱苏州谣曲：“月儿弯弯照九州，几家欢乐几家愁...”正是玉娥声口！
鹤龄假扮郎中混进别院，见玉娥被锁在柴房，手腕俱是勒痕。二人抱头痛哭，玉娥道：“彼逼妾毒杀知府原配，妾宁死不从...”正欲相救，忽闻门外喧哗。郑盐商带家丁围屋，狞笑：“早知你这郎中可疑！”混乱中鹤龄护着玉娥翻墙而逃，背后中箭重伤。
幸得老艄公相助，藏身漕船离淮。玉娥沿途采药救治，鹤龄高热中反复呓语：“针要斜刺三分...铜人图左腋下...”玉娥心如刀绞，取出贴身收藏的铜人图——她始终未曾变卖。依着图中秘法施针，竟真退去鹤龄高热。
船至苏州，玉娥忽跪下泣告：“妾戴罪之身，累君至此。今当自首，换君清白。”鹤龄强撑病体：“吾誓与卿同生共死。”二人相拥而泣时，官差破门而入。原来郑盐商勾结应天府，全国海捕文书早已下达。
公堂上，按察使惊堂木拍响：“秦鹤龄，你可知劫夺官妓该当何罪？”鹤龄昂首：“大人明鉴，杜玉娥实乃杜家养女，按律不在没官之列。”取出杜夫人血书呈上。正当争执，忽闻鼓声大作。苏州织造局提督太监亲临，笑曰：“此案可结了！”
原来鹤龄途中曾治好了微服私访的提督宿疾。更巧的是，新帝登基重查旧案，苏州织造局冤案已然平反。堂下郑盐商忽暴起扑向玉娥：“贱人毁我大事！”鹤龄银针疾射，正中其昏穴。差役从其袖中搜出与淮安知府往来密信，竟涉漕粮贪污大案！
至此云开月明，玉娥得复良籍。鹤龄却婉拒提督举荐，携玉娥返金陵重开医馆。成婚那日，新人共捧铜人图祭告先祖。玉娥忽指图中暗格：“此处似有机关？”鹤龄依祖传口诀叩击，图中忽弹出一卷帛书！
展帛观之，竟是当年阮倩娘绝笔。详述杜老爷如何用针灸手法制造假中风症状，盗取贡品栽赃同僚。末附一首血诗：“银针本可济世人，奈何郎心似铁沉。愿得金针度情痴，莫使医道蒙尘灰。”
鹤龄叹道：“原来祖父购此图时，早知杜家冤情。”遂将帛书呈交官府，彻底洗刷杜氏冤屈。次年开设“金针堂”，专收贫苦子弟习医。玉娥主持女科，尤擅针灸治心疾。夫妇共撰《银针启秘》三卷，序言道：“医者仁心，金针度人。今公开祖传秘法，惟愿天下无不可医之疾，无不可救之心。”
后人有诗赞曰：一枚银针定死生，半卷帛书雪冤情。莫道风月只误人，金针度处鬼神惊。
尾声
余访金陵金针堂，见壁上悬联“欲下金针须洗手，要看玉臂莫藏奸”。秦公夫妇俱已古稀，犹坐堂问诊。玉娥婆婆笑指铜人图：“此物辗转七代，终成公器。”乃知世传“银针误”实为“银针悟”也。今录此篇，惟愿世人莫被私心误了慧眼耳。