崇祯四年，八月中秋。
南京秦淮河上画舫如织，但今夜的丝竹声中却暗藏杀机。南京守备太监曹化淳在最大的画舫\"如意坊\"设宴，应邀前来的都是江南世族的当家人。
\"诸位，\"曹化淳举杯时袖中露出一角黄绢，\"西山林枫，借新政之名行王莽之事。如今北疆兵权尽归其手，若再坐视不管，恐怕......\"
丝绸巨贾沈万三的曾孙沈荣放下酒杯：\"曹公公的意思是？\"
\"江南乃朝廷根本，不能任由西山邪说蔓延。\"曹化淳压低声音，\"咱家得到消息，西山要在苏州开设格物学堂，还要建什么'标准化工坊'。\"
满座哗然。
\"这岂不是要断我等生路？\"
\"绝不能让西山染指江南！\"
曹化淳满意地看着众人的反应：\"所以，咱们得给林枫一个教训。\"
就在他们密谋之时，一艘客船正悄悄驶入苏州码头。船上下来的，是西山工学府第一批派往江南的教习团队，带队的是年仅二十二岁的天才学员徐光启之孙徐尔默。
\"记住侯爷的嘱咐，\"徐尔默对身后的教习们说，\"我们来江南不是要与人争利，而是要传播新知。\"
但他们刚到预订的校舍，就发现大门被泼了污物，墙上写着\"妖术惑众\"四个大字。
\"果然来了。\"徐尔默不怒反笑，\"正好让江南士子见识见识，什么才是真正的学问。\"
三日后，苏州府学门前摆开一排实验桌。徐尔默当众演示杠杆原理、光的折射，还用自制的望远镜让士子们观测月亮。
\"这...这真是千里眼不成？\"一个老秀才颤抖着问。
\"这不是仙术，是格物之学。\"徐尔默朗声道，\"只要明白其中道理，人人都能造出望远镜。\"
消息传开，求是书院人满为患。但反对的声音也随之而来。
九月九日重阳节，一群\"义民\"突然冲击书院，声称要\"除妖卫道\"。危急时刻，苏州总兵派兵维持秩序，这才化解危机。
\"是杨嗣昌的人。\"当晚，徐尔默在密信中写道，\"看来朝中有人要与江南势力联手了。\"
与此同时，西山本镇也面临新的危机。
九月十五，王铁柱急匆匆找到林枫：\"侯爷，炼焦炉又炸了！这已经是本月第三次事故！\"
林枫立即赶往现场。只见新建的炼焦工坊浓烟滚滚，工匠们正在抢救伤员。
\"查清楚原因了吗？\"
\"是煤炭含硫太高，\"王铁柱抹着黑脸，\"按照工学府的测算，需要改用特定煤种，但我们的煤矿......\"