正大元年（1226）的燕京，自春徂夏未降滴雨。永定河底龟裂如棋盘，郊外禾苗焦黄似燎原火。六月十五，蒙古行尚书省粘合重山亲赴长春宫，见丘处机正在枯死的海棠树下静坐。
真人，尚书省臣褪去官帽，若再无雨，流民就要易子而食了。老道长凝视枝头最后一片蜷曲的绿叶，轻声道：三日后设坛。
祈雨坛设在长春宫三清殿前。七月十八正午，七十九岁的丘处机披鹤氅登坛。他不带符水，不执桃木，只在香案供上五谷与《道德经》。万千百姓跪伏在灼热的青砖地上，见他焚表告天时，突然撕裂左袖露出当年西行时的箭疮：
若弟子道行可动天心，愿降甘霖！若罪在处机...他突然将祭刀刺向旧伤，血珠溅入乾裂的香炉，愿独受天罚，勿伤百姓！
话音未落，坛前枯井突然涌出清泉。在粘合重山后来给汗廷的奏报中这样描述：忽见真人创口血雾化虹，直冲霄汉。霎时黑龙自西山来，雷声如磬。正当百姓争接雨水时，老道长却仰天喝道：三日为限，勿成涝灾！云中竟传回清越钟鸣。
这场雨果真下了整整三日，雨停时海棠重绽新蕊。金哀宗在汴京闻报，特遣使赐天人师玉册。使臣见丘处机正为染疫的蒙古兵煎药，惊问：真人何故救治胡虏？老道长以药勺搅动陶罐：天地不仁处，正是道人用功时。
冬月整理西行笔记时，他突然对弟子宋道安说：昨夜见丹阳师兄乘鹤而来，言八十之约将满。众人皆惊——马钰逝世已二十载，当年长春子当享八十的预言，原是师兄弟间的戏言。
转年正大二年（1227）上巳节，丘处机在重建的太极殿讲《南华经》。说到大块载我以形时，殿梁突然落下三寸灰尘。他微笑拂去经卷上的积尘：此乃造化提醒，该洒扫心田了。
五月端午，他召集尹志平、李志常等十八弟子至药圃。指着新栽的西域红花道：此物三年方开，吾恐不及见矣。当下指定尹志平嗣教，将虎头金牌与《长春祖师语录》并传。尹志平跪接时，他忽从袖中取出个锦囊：待大汗...话未说完，西北天际流星如雨。
七月初四晨，他沐浴后换上初入道门时的旧衲衣。午时升座，见众弟子悲戚，竟拊掌而笑：汝等终日谈玄，今见造化真机反倒痴愚？随即讲起壶中天地的典故，声音渐如松涛渐远。最后捧起茶盏：此杯若碎，莫问归处。
七月九日拂晓，他校完《摄生消息论》最后一行。午后忽命奏道乐，在《空山磬》声中提笔留偈。当写到玄量开时纳海山山字，笔锋突然化作飞白，仿佛远峰隐入云霭。
未时三刻，白云观古钟自鸣八十响。尹志平入室时，见师父跌坐如生，掌中握着西行时带回的胡杨种子。正当众人诵经时，那些种子突然在蒲团上发芽，瞬间长成八尺树苗——后来被称为长春树，至元末犹存。
殡葬那日，燕京百姓自发罢市。灵车过处，蒙古兵将皆解甲行礼，穆斯林商人诵经祈福，更有当年从撒马尔罕迁来的工匠们，抬着按伊斯兰风格雕花的石棺相送。粘合重山在给窝阔台的奏疏中感叹：一老道殁，万民哭如丧考妣。
三月后，成吉思汗在六盘山遗命：丘神仙徒众，勿扰。这道诏书与丘处机生前整理的《玄风庆会录》一起，成为蒙古治下汉地百姓的护身符。而他那件祈雨时撕裂的鹤氅，被弟子们悬在长春宫梁间，每逢干旱，百姓望之即泪如雨下。
正如他在最后偈语中所示，这位穿越万里的老人，终究化作胡杨种子般的坚韧精神，在乱世中长出慈悲的绿荫。至今终南山祖师殿的楹联仍刻着他西行前的诗句：不若身从玄门老，刹那心与白云飞。