刘镇南连夜查阅药神谷典籍，发现这是噬灵妖植的征兆。必须找到妖植的母体才能彻底解决危机。他带着那株通灵龙胆草深入后山，在悬崖边发现一株巨大的妖植母体。
这株妖植母体竟是由无数毒草纠缠而成，中心开着朵血红的花朵。花朵中不断喷出黑色种子，随风飘向村庄。刘镇南福至心灵，将通灵龙胆草种在妖植旁，龙胆草立刻散发出净化金光。
在金光照射下，妖植母体逐渐枯萎，最终化为一滩清水。但刘镇南注意到，清水渗入地底后，土壤中浮现出诡异的符文——这分明是有人故意种下的妖植！
返回村庄后，刘镇南加强了对药田的防护。他在四角种下通灵龙胆草的分株，这些分株能自动识别并清除妖植。林素衣则带人日夜巡逻，防止有人再次破坏。
七日后的月圆之夜，药田突然再次异动。所有灵植同时开花，花香凝聚成雾，在月光下显现出一幅古老地图。地图指向村外一处荒废的药园，那里据说曾是药神谷的遗址。
刘镇南带领村民前往探查，在废墟中发现了一本残破的药典。药典记载着一种名为万物生的古老秘术，能令草木通灵，但若被心术不正之人使用，也会让灵植妖化。
就在众人研究药典时，暗处突然射来数支毒箭。一个黑影快速掠过，抢走了半部药典。刘镇南急忙追赶，却发现对方对地形极为熟悉，转眼就消失在山林中。
返回村庄后，刘镇南决定更加用心培育这些通灵灵植。他发现通过不同灵植的组合，能产生各种神奇效果。一株紫云草与龙胆草相伴，竟能结出治愈内伤的灵果；夜交藤与晨露花共生，则可产生安神静气的香气。
然而危机并未解除。每月月圆之夜，总会有新的妖植出现。刘镇南渐渐明白，这是有人在暗中试探，想要窃取通灵灵植的秘密。他悄悄布下陷阱，终于在一个雨夜抓住了幕后黑手。
令人震惊的是，这人竟是村中失踪多年的老药师！原来他一直在暗中研究灵植异变，想要借此掌控整个青牛村的灵脉。老药师狂笑着说出一个更惊人的秘密：刘镇南培育的那株龙胆草，正是药神谷失传已久的灵犀草。
这种灵草能感应人心，与培育者心意相通。若是善用可造福苍生，若是恶用则后患无穷。老药师就是想要得到这株灵草，才不断制造妖植危机。
刘镇南最终将老药师交给村中长老会处置，自己则继续研究灵植之道。他发现在灵犀草的帮助下，自己能更清晰地感知草木需求，甚至能与它们进行简单交流。
渐渐地，青牛村的药田成了远近闻名的灵植圣地。而刘镇南不知道的是，这场灵植异变，正是他踏上真正药修之路的开始......