青牛村东头的晒药场上，刘镇南盯着竹筛中突然变色的草药怔怔出神。本该翠绿的清心草竟泛起诡异的紫斑，在晨曦下闪着不祥的光泽。林素衣提着药篮踉跄跑来，篮中清晨采的露珠已凝结成冰，冰晶中封着细如发丝的蛊虫。
镇南哥，药田里的泥土在动！少女声音带着惊惶。刘镇南俯身察看，只见泥土下无数蛊虫正在蠕动，这些蛊虫遇药即噬，转眼间就毁了三畦龙胆草。他急取雄黄粉撒入土中，蛊虫遇粉即燃，青烟中浮现万蛊门特有的噬心咒。
当夜子时，更可怕的事情发生了。村民开始出现诡异症状——老药师的指甲变成墨黑色，学徒的瞳孔缩成针尖大小。刘镇南点燃驱蛊香探查，香雾中竟显出千百只蛊虫虚影。他当机立断，取出祖传的药王鼎，将晒药场的药渣尽数投入鼎中。
新任蛊毒使者踏着毒雾现身时，整个晒药场已被蛊虫覆盖。区区药童，也敢坏我蛊阵？使者冷笑挥手，无数毒蛊如黑云压境。刘镇南急中生智，将药王鼎中的药渣泼向蛊群，药渣遇蛊即爆，炸开漫天毒雾。
危急时刻，林素衣想起药神谷秘传的以毒攻毒之法。她咬破指尖，将血滴入药王鼎，鼎中药液顿时沸腾，化作青烟笼罩全村。更神奇的是，晒药场角落那株被蛊虫蛀空的枯木，竟在青烟中抽出新芽。
这株枯木是三年前雷击所致，此刻新生枝条上却结出琥珀色的果实。果实落地即裂，爬出通体晶莹的玉蚕。玉蚕所过之处，蛊虫纷纷退避。刘镇南福至心灵，将玉蚕引入药田，竟在田间结成一张巨大的蚕网。
七日后的月圆之夜，蛊毒长老亲临。他祭出本命蛊鼎，鼎中爬出三只蛊王：金翅蜈蚣、玉骨蝎、血吻蛛。三蛊成鼎足之势，眼看就要炼化全村。刘镇南不闪不避，将玉蚕结成蚕网撒向蛊鼎。
就在双方僵持时，晒药场地下突然传来轰鸣。原来万蛊门早在三年前就在此布下蛊阵，今日正是阵法发动之时。无数蛊虫破土而出，瞬间吞噬了半片药田。更可怕的是，这些蛊虫竟开始互相吞噬，进化出更可怕的新蛊。
刘镇南浑身被蛊毒侵蚀，意识模糊间，仿佛看见林素衣在蚕网中若隐若现。她指引刘镇南看向那株枯木新生枝条——枝条纹理竟组成一幅解毒阵图。依图布阵后，蚕网突然迸发七彩光芒，将蛊鼎牢牢罩住。
蛊毒长老暴怒之下，竟要引爆本命蛊鼎。千钧一发之际，林素衣残魂彻底燃烧，化作青光没入蚕网。蚕网遇光即变，化作巨大的药茧将蛊鼎封印。而刘镇南因耗尽心力，昏死过去。
待他醒来时，蛊毒长老已化作石像，万蛊门徒四散而逃。那株枯木已长成参天大树，树上结满解毒圣果。但林素衣的残魂，也随着蛊毒消散了......
寒露时节，村民在清理蛊虫尸体时，在晒药场地下发现一处密室。密室墙壁刻满蛊毒图谱，正中供奉着一尊药王像。刘镇南认出这正是药神谷失传的《蛊毒篇》，其中记载着以药养蛊的秘法。
更令人震惊的是，密室里还藏着一本手札。手札主人自称是药神谷叛徒，百年前携《蛊毒篇》叛出师门，创立万蛊门。他在手札最后写道：蛊毒终非正道，望有缘人得此篇后，能以药道化解蛊灾。
刘镇南依循手札指引，在密室暗格中找到三枚蛊种。这些蛊种遇药即活，竟能助长药性。他试着将蛊种投入药田，原本普通的草药顿时灵气倍增。
但危机也随之而来。万蛊门余孽发现密室被破，连夜围攻青牛村。这次他们带来更可怕的噬心蛊，此蛊能操控人心，不少村民已被蛊虫控制。
月圆之夜，被控制的村民目光呆滞地走向药田，开始疯狂破坏草药。刘镇南既要保护药田，又要避免伤及村民，顿时陷入两难。危急关头，他想起手札中记载的清心蛊，这种蛊虫专克噬心蛊。
但培育清心蛊需要七日时间，而村民撑不过三天。就在刘镇南焦头烂额时，那株枯木所化的参天大树突然开花，花香所到之处，被控制的村民纷纷清醒。原来此树经蛊毒淬炼，已成解毒圣物。
万蛊门主终于现身，他竟是手札主人的嫡传弟子。为夺回《蛊毒篇》，他不惜以身饲蛊，化作半人半蛊的怪物。最终决战在月圆之夜爆发，刘镇南借用药田灵气，与万蛊门主展开惊天动地的蛊毒大战。
当黎明来临，万蛊门主在阳光下化作飞灰。而刘镇南也因透支过度，一头青丝尽成白发。但他守护的青牛村，终于重归安宁。那些经过蛊毒淬炼的草药，反而成了稀世灵药。
霞光中，刘镇南轻抚白发，望向远方。他知道，这场蛊毒之劫虽然过去，但药道之路，才刚刚开始......