江崎博士看着女儿结婚泪流满面。
随着艾勃隆相关研究的全面终止和d机关的解散，这场因人类妄图掌控生命而引发的灾难告一段落。
正如崛井在婚礼上所言：“人类心中有黑暗，但更有光明。只要我们坚持不放弃，珍惜最珍贵的东西——比如生命、爱与责任，就一定能创造出更美好的未来。”
不久后，tpc月球表面基地“卡罗基地”在哥白尼环形山附近发现了一处于假死状态的巨大外星卵体。
在回收研究过程中，该卵体悄然孵化，其本体——双子怪兽梅珠朗——展现出惊人的拟态能力。它首先与卡罗基地的副队长岸永调包，并暗中破坏了基地的生命维持系统，制造混乱。
更可怕的是，梅珠朗将察觉异常的卡罗基地队长疾风封闭在一个特殊的茧中，并将其抛射向地球。
与此同时，梅珠朗的另一个个体潜入地球tpc总部，相继将泽井总监、兰原参谋、吉冈局长乃至居间惠队长替换！tpc高层几乎被完全渗透，危机一触即发。
幸运的是，大家凭借对居间惠队长的熟悉，察觉到了“假队长”的细微异常。
他们果断行动，大古和丽娜秘密前往宇宙，成功在疾风队长的逃生舱坠毁前将其救回，并安全返回基地。
真正的疾风队长归来后，立刻识破了梅珠朗的阴谋。假扮成岸永副队的梅珠朗个体见事情败露，企图抢夺先进的胜利飞燕Ex-J号逃离月球基地。
“别想逃。”大古和正木敬吾几乎同时行动。光芒闪耀中，迪迦奥特曼与阿基雷斯奥特曼现身，联手对试图起飞的Ex-J号发动精准攻击，迫使其坠毁在月球表面。
轰隆！Ex-J号的残骸中，梅珠朗的本体巨大化出现。它最初呈现双头连体的恐怖形态，从身体正中的结合部发射出密集的光弹，并试图用巨大的身躯夹击敌人，释放强力电击。
“攻击它的结合部！”疾风队长驾驶着赶来的胜利飞燕二号，敏锐地发现了弱点。一道德克萨斯光束精准命中梅珠朗的身体中央！
“嘶啦——！”伴随着刺耳的撕裂声，梅珠朗被硬生生分离成两个独立的个体：一个银色，一个金色！
分离后的梅珠朗个体实力减弱，但依旧凶悍。银色个体扑向迪迦，金色个体则找上了阿基雷斯，疾风队长驾驶飞燕二号从旁策应。
“哼，正好拿你们检验特训成果！”迪迦面对银色梅珠朗的猛攻，灵活运用苏小蕊教导的格斗技巧，以巧破力，抓住破绽，一记强有力的手刀将其劈翻在地。
另一边，阿基雷斯将速度优势发挥到极致，金色梅珠朗的攻击全部落空。“太慢了！”正木敬吾冷喝一声，阿基雷斯化作蓝色闪电，一连串迅捷无比的攻击打得金色梅珠朗毫无还手之力。
疾风队长看准时机，飞燕二号的炮火完美配合两位巨人的攻击，彻底封锁了梅珠朗的退路。
“结束了！”迪迦与阿基雷斯同时积蓄能量。迪迦的哉佩利敖光线与阿基雷斯的阿基雷斯冲击光束交汇，形成一道无比壮观的合体光流，瞬间吞噬了两个梅珠朗个体！
剧烈的爆炸中，这对从月球来的寄生双子怪兽被彻底消灭。
危机解除，所有被替换的tpc高层均获救。此次事件给tpc敲响了警钟，对外星生命的接触和安保又又又进行了彻底升级。
但苏小蕊心中想着，没用哒，你们该被伪装还是会被伪装的。
疾风队长也正式归队，增强了tpc的宇宙防卫力量。