达拉邦幼兽因宇宙航行中与母亲失散，坠入地球相模湾，误将江之电的警笛声当作母亲呼唤而在镰仓游荡。
已“摊牌”的苏小蕊直接在指挥室说了：“这小家伙没恶意，就是想妈妈了，大古，你送它回家。”
迪迦奥特曼随后现身，利用GUtS模拟的增强版警笛声作为引导信标，温柔地将幼兽护送回近地轨道，使其与等候已久的母兽团聚。
休假中的掘井正与女友千鹤享受难得的晚餐时光，却被tpc的紧急命令打断。千鹤的脸上难掩失落。
走出餐厅，看到大古驾驶德拉姆车已载着宗方副队长在等候，掘井立刻意识到事态严重，只能匆匆告别千鹤。
回到总部，众人面对的情报起初显得荒谬——电力系统异常竟是一只“猴子”在啃食电缆。然而，宇宙开发中心随后传来的消息让所有人脊背发凉：这并非普通猴子，而是移植了艾勃隆细胞、满怀对人类的仇恨的实验体——梅塔莫尔加。
苏小蕊顾问的目光瞬间锁定了实验室里的真田良介。在无形的压力下，良介内心煎熬，最终交出了所有关于艾勃隆细胞的原始研究资料。
苏小蕊带着资料前往指挥室，同时桐野牧夫开始运用其能力寻找梅塔莫尔加的弱点。首次交锋，梅塔莫尔加凭借变异后的力量逃脱，GUtS被迫返回基地。
讨论中，更令人震惊的事实被揭露：梅塔莫尔加不仅拥有了力量，更在艾勃隆细胞的影响下产生了复杂的情感，尤其是仇恨。
这让崛井勃然大怒，他对着宇宙开发中心的通讯屏幕怒吼：“你们最大的错误，就是擅自闯入生命的神秘领域，还傲慢地企图改造它！”
他不由得想起了差点走上歧途的真田良介。
居间惠队长拦住了激动的掘井。这时，苏小蕊默默将真田良介带到了指挥室。良介面对崛井，真诚地忏悔了自己的过错。
崛井怒火未消，被队长派往宇宙开发中心进行调查。
在宇宙开发中心门口，崛井遇到了等候他的千鹤，但公务在身的他只能硬着心肠说“我是来工作的”，让千鹤再次失望。
调查中，崛井偶遇了大学同学沙耶香，两人一起用餐聊起良介的近况，不料却被千鹤撞见，产生了误会。
与此同时，梅塔莫尔加再次出现，直扑宇宙开发中心复仇。千鹤与沙耶香在资料室寻找艾勃隆资料时被困。
危难中，千鹤展现出惊人的坚强，她鼓励绝望的沙耶香：“不要放弃，因为有胜利队在！” 她的语气像极了崛井平时的坚定。
GUtS紧急出动。崛井与良介联手赶制出能扰乱艾勃隆细胞的催化剂。
大古和崛井地面救援，丽娜和新城负责攻击。崛井冲进资料室，救出千鹤和沙耶香。
千鹤为保护崛井被倒塌的架子压住腿，崛井拼命救援，两人在生死关头相互鼓励，情感在危机中升华。
外面，迪迦奥特曼与阿基雷斯奥特曼联手对抗梅塔莫尔加。尽管催化剂初期效果不佳，但两位光之巨人最终合力将其消灭。
内部，崛井背起受伤的千鹤，与沙耶香在坍塌的建筑中艰难逃生。面对绝境，千鹤和崛井的永不放弃的精神感染了沙耶香。
最后时刻，怪兽爆炸的碎片把宇宙中心的一角砸了下来，崛井为保护千鹤被砸晕，但手仍紧紧握着她的手。
数月后，千鹤康复。崛井和千鹤举行了婚礼，千鹤终于完全理解了崛井的责任与信念。婚礼上，两人脸上洋溢着幸福。