武德五年，刘黑闼在河北起兵反唐，秦琼跟着李世民前往平叛。在洺水城之战中，唐军被刘黑闼围困，粮草断绝。秦琼自告奋勇，带领二十名精锐骑兵突围去搬救兵，他把自己的披风系在枪尖上，在月光下像一团火冲开敌阵。途中他的战马被射死，就换了匹受伤的驽马继续跑，脚心被马蹄铁磨出了血，在地上留下一串血印。当他带着救兵赶回时，洺水城的城墙已经被攻破了一角，秦琼大喊着 “我回来了”，第一个杀进敌群，身上的伤口又裂开了七处。
贞观元年，李世民登基为帝，秦琼因功被封为左武卫大将军，食邑七百户。他却常常称病不上朝，把府邸的后园改成了铁匠铺，每天打些农具送给附近的百姓。有次李世民来看他，见他正给一个老农打锄头，额头上的汗珠子掉进火炉里，发出细微的爆响。“叔宝啊，你为大唐立下汗马功劳，该享享清福了。” 李世民递给他一块手帕，秦琼擦了擦汗：“陛下，我这双手闲不住，打打农具心里踏实。”
贞观十二年，秦琼病重，李世民派太医来看了好几次，都摇头叹息。他把秦琼接到宫中调养，亲自给他喂药。秦琼拉着李世民的手，说起当年在齐州当捕快的日子：“陛下还记得八里坡那个尤俊达吗？他后来也归顺了大唐，现在在陇右当马夫，倒是安稳。” 李世民点点头：“朕都安排好了，你放心。” 弥留之际，秦琼让家人把那本《说唐》残卷拿来，他摩挲着泛黄的纸页，想起老镖师的话，突然笑了，笑得咳出了血。
秦琼去世后，李世民罢朝三日，追赠他为徐州都督，陪葬昭陵。下葬那天，长安城里的百姓自发地沿街相送，有个白发苍苍的老太太，正是当年那个卖唱的盲女，她虽然看不见，却捧着琵琶弹起了当年秦琼救她时的曲子，琴声里全是泪。
秦琼的侠义故事很快在民间流传开来，说书先生把他的事迹编成《秦琼卖马》《三鞭换两锏》等段子，在茶馆酒肆里演唱。有个叫段成式的文人，在《酉阳杂俎》里记载了这样一件事：元和年间，长安有户人家闹鬼，夜里总听见有人在窗外哭，请来的道士也束手无策。后来这家主人梦见秦琼和尉迟恭披甲持械站在门口，鬼魂就再也没出现过。这事一传十，十传百，老百姓就开始在过年时把秦琼和尉迟恭的画像贴在门上，用来驱邪避鬼，这就是门神的由来。
起初的门神画像很简单，秦琼手持双锏，尉迟恭握着铁鞭，两人都穿着唐代的明光铠，表情严肃地盯着门外。到了宋代，画匠们又给他们加了细节 —— 秦琼的战马 “忽雷驳” 在他脚边刨蹄，尉迟恭的黑炭脸上多了道刀疤。有个叫张择端的画家，在《清明上河图》里画了家画铺，门口挂着的正是秦琼和尉迟恭的门神画像，几个孩子正踮着脚往画前凑。
元朝的杂剧把秦琼的故事演绎得更加精彩，《程咬金斧劈老君堂》里，秦琼为了救李世民，甘愿在老君堂前受一百棍刑；《尉迟恭单鞭夺槊》中，他与尉迟恭从对手变成兄弟，在战场上并肩作战。戏台上的秦琼总是穿着绿袍，脸上画着 “十字门” 脸谱，额角的月牙疤痕用朱砂点得格外醒目。每当他的唱腔响起，台下的观众就会跟着哼唱，有次在大都演出，一个卖糖葫芦的老汉看得入迷，糖葫芦全被孩子偷光了都没察觉。
明朝的《三国演义》风靡一时，但《隋唐演义》的热度也不遑多让。书里把秦琼写成了 “隋唐第十三条好汉”，说他的双锏重一百三十斤，能打遍天下无敌手。更神奇的是，书里说他的战马 “忽雷驳” 能日走千里，还会喝酒，秦琼去世后，这匹马不吃不喝，最后撞死在秦琼的墓前。这些故事虽然夸张，却让秦琼的形象更加深入人心，家家户户过年贴门神时，都要特意挑选画着秦琼的那张，说他能保佑全家平安。
清朝的年画把秦琼和尉迟恭的门神形象固定了下来：秦琼白脸长髯，手持双锏，表情威严却不失温和；尉迟恭黑脸虬髯，握着铁鞭，气势汹汹如同怒目金刚。天津杨柳青的画匠们还在画里加了很多吉祥图案，秦琼的锏柄上缠着红绸，尉迟恭的鞭梢系着铜钱，寓意着 “锏打邪恶，鞭招财宝”。有个山东的商人，每年都要请最好的画匠画一套门神，说是秦琼保佑他生意兴隆，三年就赚了万贯家财。
民国时期，虽然西方文化传入中国，但门神的习俗依然保留着。上海的印书馆还把秦琼的故事印成小人书，封面上的秦琼骑着马，双锏在空中划出两道金光，销量比很多西方小说都好。有次在北平的庙会上，一个美国人看见老百姓在贴门神，好奇地问是什么神，旁边的老人告诉他：“这是秦琼，我们中国的大英雄，能打跑所有坏蛋。” 那个美国人听得入迷，非要买一张带回美国，说要贴在自己的门上。
新中国成立后，秦琼的故事被改编成电影、电视剧，他的侠义精神成了爱国主义教育的素材。1950 年拍摄的《秦琼卖马》，把秦琼落魄时依然不失骨气的形象刻画得淋漓尽致，上映时电影院里座无虚席，有个老兵看完电影，对着银幕上的秦琼敬了个军礼，说：“这才是咱们中国人的脊梁。”
改革开放后，随着旅游业的发展，秦琼的故乡齐州历城（现在的山东济南）修复了秦琼祠，祠堂里的秦琼塑像手持双锏，目光炯炯，每天都有很多人来祭拜。有个海外华人特意带着孙子来认祖，指着秦琼的塑像说：“这是咱们的老祖宗，是个大英雄。” 孙子似懂非懂地点点头，在塑像前深深鞠了一躬。
如今，虽然城市里的高楼大厦越来越多，但在农村，过年贴门神的习俗依然存在。秦琼的形象也出现在各种文化产品中，从动画片里的卡通形象，到游戏里的英雄角色，他的侠义精神和门神的寓意，始终是中国人文化记忆的一部分。每年除夕，当人们把秦琼的画像贴在门上时，总会想起那个在隋末唐初的乱世里，用双锏守护百姓的英雄，想起他身上的伤疤，想起他手里的刀，想起他那句 “习武之人，拳头要硬，心要更软”。
在济南的秦琼祠里，有块石碑上刻着这样一段话：“秦琼者，隋末唐初之名将也。其侠义之名，传于街巷；其门神之位，护乎家宅。千载之下，英风犹在，是为中华民族之精神标杆。” 阳光透过祠堂的窗户照在石碑上，那些刻字仿佛活了过来，变成了秦琼在战场上冲锋的身影，变成了他在铁匠铺里打铁的汗珠，变成了家家户户门上那张永远守护着平安的门神画像。