这时，湘州蛮族发动叛乱，刺史吕安国有病无法率军讨伐；丁亥日，齐武帝任命尚书左仆射柳世隆为湘州刺史，平定了叛乱。
冬季，十一月，北魏议定地方官员按照管辖户口数量发放俸禄。
十二月，柔然侵犯北魏边境。
这一年，北魏将中书学改为国子学。重新划分州郡，共设三十八州，其中二十五州在黄河以南，十三州在黄河以北。
到了公元487年春季，正月丁亥朔日，北魏君主下诏制定宫廷乐章，凡不符合雅正规范的乐曲一律废除。
戊子日，南齐任命豫章王萧嶷为大司马，章陵王萧子良为司徒，临川王萧映、卫将军王俭、中军将军王敬则一同加授开府仪同三司。萧子良上奏请求任命记室参军范云为郡守，齐武帝说：“听说他常常自我卖弄，朕不再追究他的罪责，应当宽恕他并把他派到远方任职。”萧子良说：“不是这样的。范云动辄就对我规劝教诲，劝谏的书信都还保存着。”于是取出书信呈给齐武帝，一共一百多页，言辞都恳切直率。齐武帝叹息着对萧子良说：“没想到范云能这样；正要让他辅佐你，怎么适合外放郡守呢！”文惠太子曾前往东田观看收获庄稼，回头对众宾客说：“收割这些庄稼也很值得一看。”众人都纷纷附和，只有范云说：“春、夏、秋三季的农事，实在是长期的辛劳。希望殿下能知晓耕种收获的艰难，不要追求一时的安逸享乐。”
流民桓天生自称是桓玄的宗族后裔，与雍州、司州的蛮族相互煽动，占据南阳旧城，向北魏请求援兵，准备入侵南齐。丁酉日，齐武帝下诏授予丹阳尹萧景先符节，命他统领步兵和骑兵，径直赶赴义阳，司州各路军队都受他调度；又授予护军将军陈显达符节，率领征虏将军戴僧静等人的水军前往宛城、叶县，雍州、司州的各路军队都受陈显达调度，共同讨伐桓天生。北魏光禄大夫、咸阳文公高允，先后侍奉五位君主，在尚书省、中书省、门下省任职五十多年，从未受到斥责；冯太后和北魏君主都非常敬重他，常常命令中黄门苏兴寿搀扶侍奉他。高允仁爱宽厚、简约沉静，虽然身居高位，性情却如同贫寒士人；手持书籍吟诵阅览，昼夜不离手，以善道教化他人，诚恳不倦；重视亲戚故旧，没有遗弃任何人。北魏显祖平定青州、徐州时，将当地名门望族全部迁徙到代郡，这些人大多是高允的姻亲，流离失所、饥寒交迫；高允倾尽家产救济他们，使他们都能安居乐业，又根据他们的才能品行，向朝廷举荐。有人因这些人是新近归附的而加以非议，高允说：“任用贤能，何必区分新旧！如果他们确实有用，怎能因此压制他们呢！”高允一向没有疾病，到这时稍有不适，但仍然起居如常，几天后去世，享年九十八岁。朝廷追赠他为侍中、司空，赏赐的丧葬财物十分丰厚；自北魏建立以来，无论是活着还是去世后受到的赏赐，都没有能比得上高允的。
这时，桓天生引领北魏军队一万多人抵达沘阳，陈显达派遣戴僧静等人在深桥与北魏军交战，大败敌军，斩杀俘获数以万计。桓天生退守沘阳，戴僧静率军包围了他，但未能攻克，于是撤军返回。流民胡丘生在悬瓠起兵响应南齐，北魏军队击败了他，胡丘生逃奔南齐。桓天生又引领北魏军队侵犯舞阴，舞阴戍主殷公愍率军抵抗，击败北魏军，杀死北魏军副将张麒麟，桓天生受伤逃走。三月丁未日，南齐任命陈显达为雍州刺史。陈显达进军占据舞阳城。
夏季，五月甲午日，北魏君主返回平城。下诏规定，皇室七庙的子孙以及外戚中服缌麻丧服以上的亲属，都免除赋税徭役。
北魏南部尚书公孙邃、上谷公张儵率领部众与桓天生再次侵犯舞阴，殷公愍击败了他们；桓天生逃回流民之中。公孙邃是公孙表的孙子。
此时，北魏春夏两季遭遇大旱，代郡地区尤为严重；再加上牛瘟，百姓因饥饿而死的很多。六月癸未日，北魏君主下诏命令朝廷内外大臣畅所欲言，不必隐瞒。齐州刺史韩麒麟上奏说：“古代圣明的君主，都储备九年的粮食；到了中古时期，也重视农业生产，缴纳粮食的人可以获得与杀敌相同的爵位，努力耕田的人可以得到与孝顺父母、友爱兄弟相同的奖赏。如今京城的百姓，不耕种田地的人很多，游手好闲、靠他人供养的人口，占了三分之二。自从天下太平已久，多年丰收，人们竞相夸耀奢华，于是形成了奢侈的风俗。富贵人家，奴婢穿着华丽的衣服；工商之族，仆役吃着珍贵的食物，而农夫却缺少酒糟米糠，养蚕的妇女没有粗布短衣。因此耕种的人日益减少，田地有很多都荒芜了；府库里的粮食布帛耗尽，而集市上的珍宝货物充盈；百姓家中衣食匮乏，道路上却满是华丽的服饰。饥寒的根源，实在就在这里。我认为凡是珍贵奇异的物品，都应当禁止买卖，婚丧嫁娶的礼仪，都应制定统一标准；鼓励督促农业桑蚕生产，严格实行赏罚制度。几年之内，必定会有充足的储备。往年核查户籍，租赋较轻。我所管辖的齐州，缴纳的租粟仅够支付官员俸禄，几乎没有存入粮仓，虽然对百姓有利，但不可长久如此。如果遇到战事，或者遭受天灾，恐怕就没有办法供给所需了。可以减少绢布的征收，增加粮食的租税；年成丰收时多储备，年成歉收时拿出赈济。这就是所谓把百姓的粮食，寄存在官府，官府有了储备，百姓就不会有荒年之虞了。”秋季，七月己丑日，北魏君主下诏命令有关部门打开粮仓赈济百姓，并允许百姓出关寻找食物。另外派遣使者编造户籍，分别安排留下和迁徙的人口，沿途供给粮食，所到之处由三长负责赡养。
柔然伏名敦可汗性情残暴，他的大臣侯医垔石洛候多次劝谏阻止他，并且劝说他与北魏和亲。伏名敦可汗大怒，将侯医垔石洛候灭族，从此部众离心离德。八月，柔然侵犯北魏边境，北魏任命尚书陆睿为都督，率军攻击柔然，大败敌军。陆睿是陆丽的儿子。起初，高车部落的阿伏至罗拥有十多万部众，隶属于柔然。伏名敦可汗侵犯北魏时，阿伏至罗进行劝谏，伏名敦不听。阿伏至罗大怒，与堂弟穷奇率领部众向西逃走，抵达车师前部西北，自立为王。部众称他为“候娄匐勒”，汉语意为天子；称穷奇为“候倍”，汉语意为太子。二人关系十分和睦，分别统领部众，阿伏至罗居住在北方，穷奇居住在南方。伏名敦可汗率军追击他们，多次被阿伏至罗击败，于是率领部众向东迁徙。
九月辛未日，北魏君主下诏停止工部所进行的无益工程，放出宫中不从事纺织的宫女。冬季，十月丁未日，又下诏停止尚方署中制作锦绣、绫罗的工匠；士、农、工、商百姓如果想要制作，听任其自行制作，不加禁止。当时，北魏长期没有战事，府库财物充盈。下诏将皇宫府库中十分之八的衣服珍宝、太官署的各种器具、太仆寺的车马用具、内库的弓箭刀枪，以及外府中不供给国家使用的衣物、缯布、丝绵，大部分赏赐给文武百官，下至工匠、商人、差役，以及六镇的边防士兵，京城附近的鳏夫、寡妇、孤儿、无依无靠者、贫穷人家、体弱多病者，都得到了不同数量的赏赐。
北魏秘书令高佑、秘书丞李彪上奏请求将《国书》从编年体改为纪、传、表、志的体例，北魏君主采纳了他们的建议。高佑是高允的堂弟。十二月，下诏命令李彪与着作朗崔光修改编撰《国书》。崔光是崔道固的曾孙。
北魏君主问高佑说：“怎样才能制止盗贼？”高佑回答说：“从前宋均推行德政，猛虎渡过黄河离去；卓茂实行教化，蝗虫不进入他的辖区。何况盗贼是人，如果地方官员任用得当，治理教化有方，制止盗贼是很容易的。”高佑又上奏说：“如今的选拔官吏，不考察治理才能的优劣，只看重任职年限和功劳多少，这不能说是人尽其才。应当停止这种注重浅薄技能、看重陈年功劳的做法，唯才是举，这样官吏队伍才能清明。另外，对于功勋旧臣，虽然他们的年限和功劳值得记录，但如果没有安抚百姓的才能，可以给予他们爵位和赏赐，不宜任命他们担任地方长官，这就是所谓君主可以把财物赏赐给亲信，却不能把官职授予亲信。”北魏君主认为他的话很有道理。
高佑出任西兖州刺史，镇守滑台。他认为郡国虽然设有学校，县和党也应当设立，于是下令各县设立讲学之所，各党设立小学。
公元488年春季，正月乙未日，北魏君主下诏：“犯死刑的人，如果父母、祖父母年老，再没有成年子孙，身边也没有服丧一年以上的亲属，要详细写明情况上报朝廷。”
起初，皇子右卫将军萧子响过继给豫章王萧嶷；萧嶷后来有了亲生儿子，便上表请求留下萧子响作为世子。萧子响每次入朝，因为车马服饰与其他皇子不同，常常捶打车厢墙壁表示不满。齐武帝听说后，下诏让他的车马服饰与其他皇子一致。于是有关部门上奏，认为萧子响应归还本宗。三月己亥日，齐武帝立萧子响为巴东王。
这时，角城戍将张蒲趁着大雾，乘船进入清水流域砍柴，暗中接纳北魏军队。戍主皇甫仲贤发觉后，率领部众在城门内抵抗，勉强击退了北魏军。但此时北魏的三千多名步兵骑兵已经抵达护城河外，淮阴军主王僧庆等人率军救援，北魏军队才撤退。
夏季，四月，桓天生再次引领北魏军队占据隔城，齐武帝下诏命令游击将军下邳人曹虎统领各路军队讨伐他。辅国将军朱公恩率军设伏，遭遇桓天生的流动部队，发起交战并击败敌军，随后进军包围隔城。桓天生率领一万多名北魏步兵骑兵前来迎战，曹虎奋勇出击，大败敌军，俘获斩杀两千多人。次日，攻克隔城，斩杀北魏襄城太守帛乌祝，又俘获斩杀两千多人。桓天生放弃平氏城逃走。陈显达率军入侵北魏；甲寅日，北魏派遣豫州刺史拓跋斤率军抵抗。
此时，北魏在醴阳筑城，陈显达率军攻克该城，进而进攻沘阳。城中将士都想出城迎战，镇将韦珍说：“敌军刚到，士气正盛，不可与之交锋，暂且一起坚守城池，等他们全力进攻疲惫不堪后，再发起反击。”于是凭借城池抵抗，十二天后，韦珍趁夜打开城门突袭，陈显达撤军返回。
九月癸卯日，北魏淮南靖王拓跋佗去世。当时北魏君主正在祭祀宗庙，刚刚开始进献祭品，得知消息后，便停止祭祀，亲自前往吊唁，内心悲痛不已。
十二月，柔然伊吾戍主高羔子率领三千部众献城归附北魏。
齐武帝因朝廷内外粮食布帛价格极低，采纳尚书右丞江夏人李珪之的建议，拿出皇宫府库的五千万钱以及各州的府库钱财，全部用来收购粮食布帛。
西陵戍主杜元懿上书建议：“吴兴郡今年没有秋收，会稽郡丰收，商贩往来数量是往年的两倍。西陵牛埭的税收，官府规定每日三千五百钱；依我所见，每日可以增加一倍。连同浦阳南北津、柳浦的四座埭，请求让我负责管理一年，除常规税收外，还能多收入约四百万钱。西陵戍之前的税收稽查，不会妨碍戍守事务；其余三座埭我自行举荐亲信负责。”齐武帝将此事下达给会稽郡，会稽行事吴郡人顾宪之商议后认为：“当初设立牛埭的本意，并非要逼迫百姓收取赋税，而是因为江中风浪迅猛危险，为了应急救济、便利百姓出行。后来的监管者不明白本意，各自追求自身功绩，有的禁止其他通行道路，有的对江上航行凭空征税。吴兴郡连年歉收，今年尤其严重，百姓离开灾荒之地前往丰收之地，实在是因为饥饿困苦。埭司按照规定征收赋税，不肯降低标准，旧标准的减免尚且没有商议确定，却要在标准之外加倍征收，用什么办法实现呢！皇上慈爱体恤百姓疾苦，开仓赈济、免除赋税；而杜元懿却趁灾谋利，加重百姓困苦，做人没有仁爱之心，古今之人都非常痛恨！如果实际情况与他所说不符，担心受到谴责，他必定会千方百计侵害百姓，为朝廷招致怨恨。杜元懿本性苛刻，以往的行事已经显露无遗；让他管理地方事务，就如同让狼带领羊，他想要举荐的亲信，也不过是披着人衣的老虎罢了。《尚书》说：‘与其有聚敛钱财的臣子，不如有盗窃府库的臣子。’这是说盗窃国家财物造成的损失还比较小，搜刮百姓造成的危害却极大。我又认为，所谓‘有利的建议’，应当是对朝廷有利、对百姓适宜的。我发现近来所说的‘有利建议’，并非能在百姓劳力之外，利用天时地利创造财富；大多是当下对百姓不适宜，将来对朝廷也不利，名实相反，违背治国之道。凡是这类情况，实在应当深入考察。”齐武帝采纳了他的意见，停止了杜元懿的提议。
北魏君主向群臣询问安抚百姓的办法。秘书丞李彪呈上密封奏章，认为：“豪强贵族之家，奢侈逾制过度，他们的宅邸、车马、服饰，应当制定等级制度加以规范。”又说：“国家的兴亡，在于太子的善恶；太子的善恶，在于教育的得失。高宗文成皇帝曾对群臣说：‘我开始学习的时候，年纪还小，心思不能专注；后来执掌朝政，没有时间温习。如今想来，这不仅是我的过错，也是师傅教导不勤勉的缘故。’尚书李斤摘下官帽请罪。这是近期可以借鉴的事例。我认为应当依照古代制度设立师傅官职，来教导太子。
“此外，汉朝设置常平仓来救济粮食匮乏的年份。去年京城歉收，迁移百姓前往丰收之地，这样既荒废了他们的生计，又让他们困苦之后才得以到达，而且对国家体面，也确实有所损害。不如预先储备粮仓粮食，安稳地供给百姓，难道不比驱赶督促老弱百姓到千里之外谋生更好吗！应当拿出各州郡常规赋税的九分之二，以及京城年度开支剩余的钱财，分别设立专门机构，年成丰收时收购粮食储存在粮仓，歉收时加价二成卖给百姓。这样一来，百姓必定会努力耕田来获取官府的绢帛，积累财物来购买官府的粮食。年成丰收时就持续储备，年成歉收时就直接供给。几年之内，粮食储备充足而百姓富足，即使遭遇灾害也不会陷入困境。
“另外，应当在黄河以南七州的百姓中，选拔门第有才之士，征召他们前往京城，依照中原地区官员的标准，根据才能依次任用。这样一来，一是可以彰显圣朝公平对待新旧归附之人的道义，二是可以安抚长江、汉水流域归顺有道明君的人心。
“还有，父子兄弟，身体不同但血脉相连；罪责不牵连他人，是君主的深厚恩德。至于忧惧相互关联，本来就是自然的常理。没有情义的人，父兄被关押在监狱，子弟却没有悲痛的神色；子弟逃避刑罚，父兄却没有愧疚的表情；依然安享荣华富贵，交往游乐如故，车马服饰，依旧华丽；骨肉之间的恩情，难道应该这样吗！我认为如果父兄犯罪，应当让子弟穿着素服、袒露上身，前往朝廷请罪。如果子弟犯罪，应当让父兄呈上没有封签的奏章承担罪责，请求解除自己的官职；如果职位至关重要，不宜允许辞职，就安慰勉励留住他们。这样做，足以督促浅薄之人，让他们懂得羞耻。
“此外，朝廷大臣遭遇父母丧事，守丧期满后奔赴任职。穿着华丽的官服、乘坐高大的车马，参与郊外祭祀和宗庙祭祀；佩戴着玉器、垂着绶带，参加庆贺赏赐的宴会。这伤害了为人子女的孝道，违背了天地间的常道。我认为凡是遭遇祖父母、父母丧事的大臣，都应当允许他们服满三年丧期；如果没有合适的人接替，导致职位空缺，就用恩旨安慰劝勉，征召他们任职，但只负责掌管文书收发、上奏等事务，国家的吉庆典礼，一概不让他们参与。如果遇到军事紧急情况，允许他们穿着黑色丧服从军，虽然违背礼仪，但事情应当这样做。”北魏君主全部采纳了他的建议。从此，官府和百姓都富足起来，即使有时遭遇水旱灾害，百姓也不会陷入贫困。
到了公元489年春季，正月辛亥日，齐武帝前往南郊祭祀天神，大赦天下。
紧接着，北魏君主前往南郊祭祀天神，首次配备了皇帝的大驾仪仗。
壬戌日，南齐临川献王萧映去世。
起初，齐武帝担任镇西长史时，主簿王晏凭借谄媚逢迎得到齐武帝的亲近，从此常常在齐武帝的府中任职。齐武帝成为太子后，王晏担任中庶子。齐武帝曾得罪齐太祖，王晏声称生病自行疏远。等到齐武帝即位后，就任命王晏为丹阳尹，对他的信任和任用一如既往，王晏早晚都能入宫晋见，参与商议朝廷事务；连豫章王萧嶷和王俭都降低身份与他交往。二月壬寅日，王晏出任江州刺史；王晏不愿外出任职，齐武帝又留他担任吏部尚书。三月甲寅日，齐武帝立皇子萧子岳为临贺王，萧子峻为广汉王，萧子琳为宣城王，萧子珉为义安王。
夏季，四月丁丑日，北魏君主下诏说：“登上城楼散发财物赏赐百姓，导致人马拥挤踩踏，很多人受伤致残；从今以后停止这种做法，把原本要花费的财物，赏赐给年老体弱、贫穷无依的人。”
齐武帝对南昌文宪公王俭礼遇优厚，下诏允许他每三天入朝一次，尚书令史可以出宫到他府中咨询事务。齐武帝还觉得往来频繁麻烦，又下诏让王俭回到尚书省官署居住，每月允许他出宫十天。王俭坚决请求辞去选拔官吏的职务。齐武帝下诏改任他为中书监，仍然参与掌管选拔官吏事务。
五月乙巳日，王俭去世。此时的王晏已经掌管选拔官吏事务，权势遍布尚书省，与王俭向来不和。礼官想要依照王导的先例，给王俭拟定谥号“文献”。王晏向齐武帝启奏说：“王导才能得到这个谥号；但自从宋朝以来，没有给异姓功臣授予这个谥号的先例。”出宫后，王晏对亲信说：“‘平头宪’的谥号已经确定了。”（“文献”的“文”字与“平头”相关，暗指去掉“文”字，只给“宪”字谥号）
徐湛之被杀时，他的孙子徐孝嗣因母亲怀孕得以幸免。八岁时，继承枝江县公的爵位，娶了宋朝的康乐公主。等到齐武帝即位，徐孝嗣担任御史中丞，风度端庄简约。王俭曾对人说：“徐孝嗣将来必定会成为宰相。”齐武帝曾问王俭：“谁可以接替你的职位？”王俭说：“我去世之后，大概就是徐孝嗣了！”王俭去世后，徐孝嗣当时担任吴兴太守，被征召为五兵尚书。
齐武帝想要任用领军将军王奂为尚书令，询问王晏的意见。王晏与王奂不和，回答说：“柳世隆有功劳和声望，恐怕不应该排在王奂之后。”甲子日，齐武帝任命尚书左仆射柳世隆为尚书令，王奂为左仆射。
六月，北魏怀朔镇将汝阴灵王拓跋天赐，长安镇都大将、雍州刺史南安惠王拓跋桢，都因贪污应当被处死。冯太后和北魏君主亲临皇信堂，召见王公大臣，冯太后下令说：“你们认为应当顾念亲情而破坏法令，还是应当大义灭亲来严明法令？”群臣都说：“两位亲王是景穆皇帝的儿子，应当得到怜悯宽恕。”冯太后对此没有回应。北魏君主于是下诏说：“两位亲王所犯的罪行难以宽恕，但太皇太后追念高宗皇帝兄弟之间的深厚情谊；而且南安王侍奉母亲孝顺恭敬，闻名朝廷内外，因此特别赦免他们的死罪，削夺官职爵位，终身监禁。”起初，北魏朝廷听说拓跋桢贪婪残暴，就派遣中散闾文祖前往长安调查，闾文祖接受了拓跋桢的贿赂，为他隐瞒实情；事情败露后，闾文祖也受到了惩处。冯太后对群臣说：“闾文祖之前自称廉洁，如今竟然触犯法律。由此可见，人的内心实在难以知晓！”北魏君主说：“古代有等待被放逐的臣子。你们自己审视，如果不能克制贪心，允许你们辞去官职回家。”宰官、中散慕容契进言说：“小人的心思变化无常，而帝王的法令却是固定不变的；用变化无常的心思奉行固定不变的法令，是难以胜任的，请求辞官退职。”北魏君主说：“慕容契知道人心不可持久，就知道贪婪是可恶的，何必请求退职呢！”于是升任他为宰官令。慕容契是慕容白曜弟弟的儿子。
秋季七月，北魏君主让群臣商议：“长期与南齐断绝往来，如今想要派遣使者通好，怎么样？”尚书游明根说：“朝廷没有派遣使者，又修筑醴阳城深入对方境内，过错都在萧赜。不再派遣使者，不也可以吗！”北魏君主采纳了他的意见。八月乙亥日，北魏派遣兼员外散骑常侍邢产等人前来南齐通好访问。
冬季，十一月己未日，北魏安丰匡王拓跋猛去世。
十二月丙子日，北魏河东王苟颓去世。
南齐豫章王萧嶷自认为地位尊贵显赫，内心深深向往退隐恬淡的生活，这一年，他上书请求回到自己的府第；齐武帝下令让他的世子萧子廉代替他镇守东府。
此时，太子詹事张绪兼任扬州中正，长沙王萧晃嘱托他任用吴兴人闻人邕为州议曹，张绪没有同意。萧晃让书佐再三请求，张绪神色严肃地说：“这是我家乡的州府事务，殿下怎么能逼迫我！”
侍中江斅担任都官尚书。中书舍人纪僧真得到齐武帝的宠幸，容貌仪表有士大夫的风度，向齐武帝请求说：“我出身于本县的武官，恰逢圣明的时代，得以登上这样的荣华地位；为儿子娶了荀昭光的女儿，现在没有其他需求了，只请求陛下让我成为士大夫。”齐武帝说：“这取决于江斅、谢瀹，我不能干预，你可以自己去拜见他们。”纪僧真秉承旨意前往拜见江斅，登上坐榻坐定后，江斅回头命令手下人说：“把我的坐床挪远一点，远离这位客人！”纪僧真垂头丧气地退了出来，告诉齐武帝说：“士大夫果然不是天子能够任命的！”江斅是江湛之的孙子；谢瀹是谢朏的弟弟。
这六年是南齐武帝“永明之治”的核心期，表面承平而隐患深植。武帝虽效法前朝治国，却未能化解制度性危机，盛世表象下暗流汹涌。