此时，刘胡等人的兵力仍然强盛。明帝想安抚人心，便派遣吏部尚书褚渊前往虎槛，选拔任用将士。当时因军功被授予官职的人很多，木板官印供应不足，开始使用黄纸书写任命状。
邓琬以晋安王刘子勋的名义，征召袁顗南下寻阳，袁顗率领雍州的全部兵力日夜兼程东下。邓琬任命黄门侍郎刘道宪代理荆州事务，侍中孔道存代理雍州事务。上庸太守柳世隆乘虚袭击襄阳，但没有攻克。柳世隆是柳元景弟弟的儿子。
散骑侍郎明僧暠担任青州刺史。平原、乐安二郡太守王玄默占据琅邪，清河、广川二郡太守王玄邈占据盘阳城，高阳、勃海二郡太守刘乘民占据临济城，都起兵响应建康朝廷。王玄邈是王玄谟的堂弟；刘乘民是刘弥之的侄子。沈文秀派遣军主解彦士攻打北海，攻克城池，杀死刘弥之。刘乘民的堂弟刘伯宗，召集乡邻，重新夺回北海，随后领兵向青州治所东阳城进军。沈文秀出兵抵抗，刘伯宗战死。明僧暠、王玄默、王玄邈、刘乘民联合兵力攻打东阳城，每次交战都被沈文秀击败，溃散后又重新集结，这样反复了十多次，最终没能攻克。
此时，杜叔宝认为朝廷军队驻守历阳，不能迅速前进；等到刘勔等人率军抵达，寿阳上下震动恐慌。刘顺等人出发时，只带了一个月的粮食，与刘勔相持日久，粮食耗尽。杜叔宝出动一千五百辆车，装满大米送给刘顺，并亲自率领五千精兵护送。吕安国得知后，对刘勔说：“刘顺有八千精锐士兵，而我们的兵力还不到他的一半。双方相持已久，强弱悬殊，如果再拖延下去，我们就无法立足了。我们所依赖的，是他们的粮食即将耗尽，而我们的粮食还有剩余。如果让杜叔宝的米运到，不仅难以再图谋击败他们，我们也无法持久坚守。如今只有从小路袭击他们的运米车队，出其不意，如果能制服他们，刘顺的军队就会不战而逃。”刘勔认为他说得对，于是用疲弱的士兵留守营寨，挑选一千名精兵配给吕安国和龙骧将军黄回，让他们从小路绕到刘顺后方，在横塘截击运米车队。
吕安国出发时，带了两天的熟食；等到食物吃完了，杜叔宝还没到，将士们便想返回，吕安国说：“你们早上已经吃了一顿饭。今晚运米车队一定会到；如果不到，夜里再回去也不晚。”到了夜晚，杜叔宝果然赶到了，把运米车排列成箱形阵，自己率领士兵在阵外游动警戒。幢主杨促怀率领五百人在前面开路，吕安国、黄回等人袭击斩杀了他，把他的士兵全部消灭。等到杜叔宝赶到后，黄回想乘胜进攻，吕安国说：“他会自己逃走的，不必再攻打他了。”于是率军后退三十里，扎营过夜。夜里派遣骑兵侦察，杜叔宝果然丢弃运米车队逃走了。吕安国又连夜前去烧毁运米车，驱赶着两千多头牛返回。
五月初一，夜里，刘顺的军队溃散，刘顺逃往淮西投奔常珍奇。于是刘勔擂鼓进军，向寿阳进发。杜叔宝收拢百姓和逃散的士兵，环城固守；刘勔与各路军队在城外分别扎营。
山阳王刘休佑给殷琰写信，向他陈述利害得失，明帝又派遣御史王道隆携带诏书前往寿阳，赦免殷琰的罪责。刘勔也给殷琰写信，并把殷琰哥哥殷瑗的儿子殷邈的信一起送去。殷琰与杜叔宝等人都有投降的意愿，但众人意见不一，于是又环城固守。
弋阳西山蛮族首领田益之起兵响应建康朝廷，明帝下诏任命田益之为辅国将军，都督弋阳西山事务。五月初六，任命辅国将军沈攸之为雍州刺史。五月二十一日，任命尚书左仆射王景文为中军将军。五月二十四日，任命宁朔将军刘乘民为冀州刺史。
五月二十八日，将昭太后安葬在修宁陵。
此时，张永、萧道成等人与薛索儿交战，大败薛索儿，薛索儿退保石梁；粮食耗尽后军队溃散，逃向乐平，被申令孙的儿子申孝叔斩杀。薛安都的儿子薛道智逃到合肥，向裴季之投降。傅灵越逃到淮西，被武卫将军沛郡人王广之活捉，押送到刘勔那里。刘勔责问他反叛的罪行，傅灵越说：“九州都起来反抗，难道唯独我一个人吗！薛公不能专任有智有勇的人，反而托付给子侄，这是他失败的原因。人生终究一死，我实在没有脸面乞求活命。”傅灵越被押送到建康，明帝想赦免他，傅灵越始终不改供词，于是将他处死。
邓琬因刘胡与沈攸之等人相持不下，久战不决，于是加授袁顗都督征讨诸军事。六月十八日，袁顗率领一千艘楼船，两万士兵，进入鹊尾。袁顗本来就没有将领的谋略，性情又怯懦，在军中从不穿军装，谈话也不涉及战阵之事，只知赋诗谈论义理，不再安抚接见各位将领；刘胡每次商议军事，袁顗的回应都很简略。由此大失人心，刘胡常常咬牙切齿，心怀怨恨。刘胡因南方的粮食还没运到，士兵缺乏粮草，就向袁顗借襄阳的物资，袁顗不同意，还说：“京都的两处宅院还没建成，正需要料理。”又听信往来之人的传言，说“建康米价昂贵，一斗达到几百钱”，认为朝廷军队会不攻自溃，于是手握重兵等待时机。
田益之率领一万多蛮族士兵围攻义阳，邓琬派遣司州刺史庞孟虬率领五千精兵救援，田益之不战而溃。
安成太守刘袭、始安内史王识之、建安内史赵道生，都献出本郡投降朝廷。刘袭是刘道怜的孙子。
这时，萧道成的长子萧赜担任南康赣县令，邓琬派遣使者将他逮捕关押。萧赜的门客兰陵人桓康挑着萧赜的妻子裴氏和儿子萧长懋、萧子良逃到山中，与萧赜的族人萧欣祖等人结交宾客一百多人，攻打南康郡城，攻破监狱救出萧赜。南康相沈肃之率领将士追赶萧赜，萧赜与他交战，将他擒获。萧赜自称宁朔将军，占据郡城起兵，与刘袭等人相互呼应。邓琬任命中护军殷孚为豫章太守，都督上游五郡，以防备刘袭等人。
衡阳内史王应之起兵响应建康，在长沙袭击湘州行事何慧文。王应之与何慧文放下兵器近身搏斗，王应之砍伤何慧文八处，何慧文斩断王应之的脚，将他杀死。
始兴人刘嗣祖等人占据郡城起兵响应建康，广州刺史袁昙远派遣将领李万周等人讨伐。刘嗣祖欺骗李万周说“寻阳已经平定”，李万周返回袭击番禺，擒获袁昙远，将他斩首。皇上任命李万周代理广州事务。
起初，武都王杨元和治理白水，势力微弱无法自立，于是放弃封国投奔北魏。杨元和的堂弟杨僧嗣重新自立，驻扎在葭芦。费欣寿抵达巴东，巴东人任叔儿占据白帝城，自称辅国将军，攻打费欣寿，将他斩杀，任叔儿于是据守三峡。萧惠开又派遣治中程法度率领三千士兵出兵梁州，杨僧嗣率领氐族各部截断他的去路，并秘密派遣使者向朝廷报告。秋季七月十二日，朝廷任命杨僧嗣为北秦州刺史、武都王。
此时，各路军队与袁顗在浓湖相持，久战不决。龙骧将军张兴世建议说：“叛军占据上游，兵力强盛，地势优越。我们虽然能够坚守，却难以制服他们。如果派遣几千奇兵暗中绕到他们上游，凭借险要地势扎营，见机行事，让他们首尾难以兼顾，进退犹豫不决，中流被截断后，粮草运输自然困难，这是制服叛军的奇计。钱溪江岸最狭窄，距离大军不远，下游有洄流，船只下行必定会在此停泊，又有横浦可以隐藏船只，一千人守卫险要之地，一万人也无法通过。这是最关键的战略要地。”沈攸之、吴喜都赞同他的计策。恰逢庞孟虬领兵前来援助殷琰，刘勔派遣使者紧急求援，建安王刘休仁想派遣张兴世前去救援。沈攸之说：“庞孟虬的军队不过是乌合之众，必定成不了大事，派遣别的将领率领几千步兵骑兵，就足以制服他。张兴世这次行动，是关系安危的关键，绝不能停止。”于是派遣段佛荣领兵救援刘勔，同时挑选七千名战士、二百艘轻便战船配给张兴世。
张兴世率领军队逆流而上，不久又退回来，这样反复了好几天。刘胡得知后，笑着说：“我尚且不敢越过他们南下夺取扬州，张兴世是什么人，竟敢轻率地想占据我的上游！”于是没有防备。一天夜里四更时分，恰逢顺风，张兴世下令扬帆直进，渡过湖口、白口，经过鹊尾。刘胡察觉后，才派遣将领胡灵秀领兵在东岸侧翼跟随前进。七月十三日傍晚，张兴世驻扎在景洪浦，胡灵秀也在此停留。张兴世暗中派遣将领黄道标率领七十艘战船径直奔赴钱溪，修筑营寨；七月十四日，张兴世领兵进占钱溪，胡灵秀无法阻止。七月十五日，刘胡亲自率领二十六支水军和步兵前来攻打钱溪。将士们想迎击固守，张兴世阻止说：“叛军还很远，士气旺盛，箭矢密集；密集的箭矢容易耗尽，旺盛的士气也容易衰落，不如等待他们。”下令将士们像往常一样修筑城池。不久刘胡的军队逼近，船只进入洄流；张兴世命令寿寂之、任农夫率领几百名壮士发起攻击，各路军队相继跟进，刘胡的军队大败而逃，被斩首几百人，刘胡收拢军队退下。当时张兴世的营寨还没加固，建安王刘休仁担心袁顗会合力再次攻打钱溪，想分散他们的兵力。七月十六日，下令沈攸之、吴喜等人用蒙皮战船进攻浓湖，斩杀和俘虏一千多人。当天，刘胡率领两万步兵、一千铁甲骑兵，想再次攻打张兴世。还没到钱溪几十里，袁顗因浓湖危急，急忙派人追回刘胡，钱溪的营寨因此得以建成。刘胡派人散布谣言“钱溪已经平定”，朝廷军队都很害怕，沈攸之说：“不对。如果钱溪真的战败，一万人中应该有一个人逃回来报告；这必定是他们作战失利，故意散布谣言来迷惑我们。”于是下令军中不得妄动；不久钱溪的捷报就传到了。沈攸之把钱溪送来的刘胡军队的耳鼻展示给浓湖的叛军看，袁顗看到后十分惊骇恐惧。沈攸之傍晚时分领兵返回。
龙骧将军刘道符攻打山阳，程天祚请求投降。
庞孟虬进军到弋阳，刘勔派遣吕安国等人在蓼潭迎击，大败庞孟虬，庞孟虬逃往义阳。王玄谟的儿子王昙善起兵占据义阳响应建康，庞孟虬逃到蛮族地区死去。
刘胡派遣辅国将军薛道标袭击合肥，杀死汝阴太守裴季之，刘勔派遣辅国将军垣闳反击。垣闳是垣阆的弟弟；薛道标是薛安都的儿子。
淮西人郑叔举兵攻打常珍奇，以响应郑黑；七月二十四日，朝廷任命郑叔举为北豫州刺史。崔道固遭到当地百姓攻打，关闭城门固守。明帝派遣使者安抚慰问，崔道固请求投降。七月二十七日，朝廷重新任命崔道固为徐州刺史。这时，皇甫道烈等人得知庞孟虬兵败身亡，便一同打开城门出城投降。
张兴世占据钱溪后，浓湖的叛军缺乏粮食。邓琬大规模运送物资粮草，因畏惧张兴世，所以不敢前进。刘胡率领四百艘轻便战船，从鹊头内侧航道想要攻打钱溪，不久对长史王念叔说：“我从小习惯步兵作战，不熟悉水战。步兵作战时，我常常在数万人之中；水战却在一艘战船之上，每艘船各自前进，不再相互配合，我身边只有三十人，这不是万全之策，我不做这样的事。”于是借口身患疟疾，停留在鹊头不再前进，派遣龙骧将军陈庆率领三百艘战船前往钱溪，告诫陈庆：“不必交战。张兴世是我熟悉的人，他自然会逃走。”陈庆抵达钱溪，驻扎在梅根。
刘胡派遣别将王起率领一百艘战船攻打张兴世，张兴世迎击王起，大败叛军。刘胡率领剩余的战船疾驰返回，对袁顗说：“张兴世的营寨已经建成，不能仓促攻打；昨天的小规模交战，不足以造成损失。陈庆已经与南陵、大雷各路军队一同阻断了他的上游，大军驻扎在这里，鹊头的各位将领又截断了他的下游；他已经陷入包围之中，不必再担忧。”袁顗恼怒刘胡不作战，对他说：“粮草运输被阻断，该怎么办？”刘胡说：“他尚且能逆流越过我军向上游进军，我们的粮草为什么不能顺流越过他向下游运送呢！”于是派遣安北府司马沈仲玉率领一千人徒步前往南陵迎接粮草。
沈仲玉抵达南陵，装载了三十万斛大米，几十船钱财布匹，竖起木栅作为营垒，打算强行通过钱溪。行进到贵口，不敢继续前进，派遣密使报告刘胡，让他派遣重兵前来接应。张兴世派遣寿寂之、任农夫等人率领三千人赶到贵口袭击沈仲玉，沈仲玉逃回袁顗的营寨，物资全部被缴获；刘胡的军队极为惊骇恐惧，将领张喜前来投降。
镇东中兵参军刘亮进军逼近刘胡的营寨，刘胡无法控制局势。袁顗恐惧地说：“叛军已经攻入心腹之地，我们怎么能活下去！”刘胡暗中谋划逃走，八月二十四日，欺骗袁顗说：“我想再率领两万步兵骑兵，北上攻取钱溪，同时接运大雷剩余的粮草。”让袁顗挑选全部马匹配给他。当天，刘胡丢下袁顗离去，径直前往梅根。先命令薛常宝准备船只，调动南陵的各路军队，烧毁大雷的各座城池后逃走。到了夜里，袁顗才得知此事，大怒，骂道：“今年被这小子耽误了！”叫来自己平时乘坐的好马“飞燕”，对部下说：“我要亲自去追击他！”于是也逃走了。
八月二十五日，建安王刘休仁领兵进入袁顗的营寨，接纳十万投降士兵，派遣沈攸之等人追击袁顗。袁顗逃到鹊头，与戍主薛伯珍以及所率领的几千人一同离去，打算前往寻阳。夜里，停留在山间，杀马犒劳将士，回头对薛伯珍说：“我不是不能死；只是想亲自到寻阳，向主上谢罪，然后再自刎。”于是激昂地呵斥身边的人索要符节，再也没有人回应。到了黎明，薛伯珍请求屏退旁人议事，随即斩杀袁顗的首级，前往钱溪投奔马军主襄阳人俞湛之。俞湛之于是斩杀薛伯珍，将两人的首级一同送去，作为自己的功劳。
刘胡率领两万人前往寻阳，欺骗晋安王刘子勋说：“袁顗已经投降，军队都溃散了，只有我率领部下独自返回；应当迅速部署，准备一战的物资。我会驻守湓城，誓死不背叛。”于是在长江外侧连夜赶往沔口。
邓琬得知刘胡逃走，忧愁惶恐无计可施，急忙召集中书舍人褚灵嗣等人商议，众人都不知该怎么办。张悦谎称生病，召集邓琬商议事务，命令手下在帐后埋伏武士，告诫他们：“如果听到我喊拿酒，就出来动手。”邓琬到达后，张悦说：“你最先发起这个谋反计划，如今事情危急，有什么计策？”邓琬说：“只能斩杀晋安王，封存府库，以此向朝廷谢罪。”张悦说：“难道可以出卖殿下以求活命吗！”随即喊拿酒。张悦的儿子张洵持刀冲出，斩杀邓琬。中书舍人潘欣之得知邓琬死去，赶忙领兵赶来。张悦派人对他说：“邓琬谋反，如今已经被斩首。”潘欣之才撤兵返回。接着，张悦逮捕邓琬的儿子，一并杀死。随后张悦独自乘船带着邓琬的首级疾驰东下，前往建安王刘休仁处投降。
这时，寻阳陷入混乱。蔡那的儿子蔡道渊在寻阳被关押在作坊里，挣脱枷锁进入城中，抓获刘子勋，将他囚禁起来。沈攸之等各路军队抵达寻阳，斩杀晋安王刘子勋，将首级传送到建康，刘子勋当时十一岁。
起初，邓琬派遣临川内史张淹从鄱阳山路进入三吴地区，驻扎在上饶，得知刘胡战败，军副鄱阳太守费晔斩杀张淹投降。张淹是张畅的儿子。
废帝在位时，士大夫们畏惧灾祸，都想远离京城。到这时，那些流亡在外遭遇战乱的人，一百个中没有一个存活，众人这才佩服蔡兴宗的先见之明。
九月初八，朝廷任命山阳王刘休佑为荆州刺史。
九月初九，朝廷解除戒严，实行大赦。
九月十六日，司徒刘休仁抵达寻阳，派遣吴喜、张兴世前往荆州，沈怀明前往郢州，刘亮及宁朔将军南阳人张敬儿前往雍州，孙超之前往湘州，沈思仁、任农夫前往豫章，平定剩余的叛军。
刘胡逃到石城，被抓获后斩首。郢州行事张沈乔装成僧人，暗中逃走，被追兵抓获杀死。荆州行事刘道宪得知浓湖平定，便遣散士兵，派遣使者向朝廷请罪。荆州治中宗景等人领兵入城，杀死刘道宪，抓获临海王刘子顼投降。孔道存得知寻阳已经平定，便派遣使者请求投降；不久听说柳世隆、刘亮即将到来，部众全部逃散，孔道存和三个儿子都自杀身亡。皇上认为何慧文兼具文武才能，派吴喜宣布圣旨赦免他。何慧文说：“我既已背叛朝廷，亲手杀害忠义之人，还有什么脸面见天下士人！”于是自杀。安陆王刘子绥、临海王刘子顼、邵陵王刘子元都被赐死，刘顺及留在荆州的残余党羽全部被处死。朝廷下诏追赠各位为守节而死的大臣，对有功之人分别给予不同的封赏。
九月二十五日，北魏开始设立郡学，设置博士、助教和生员，这是采纳了中书令高允、相州刺史李欣的建议。李欣是李崇的儿子。
明帝诛杀晋安王刘子勋等人后，对待世祖的其他儿子仍像往常一样。司徒刘休仁从寻阳返回，对明帝说：“松滋侯刘子房兄弟还在，将来会成为国家的隐患，应当尽早处置他们。”冬季十月初一，松滋侯刘子房、永嘉王刘子仁、始安王刘子真、淮南王刘子孟、南平王刘子产、庐陵王刘子舆、刘子趋、刘子期、东平王刘子嗣、刘子悦都被赐死，镇北咨议参军路休之、司徒从事中郎路茂之、兖州刺史刘祗、中书舍人严龙都因牵连被杀。世祖的二十八个儿子至此全部死去。刘祗是刘义欣的儿子。
这时，刘勔围攻寿阳，从初春到冬末，对内攻城、对外防御，每战必胜，凭借宽厚赢得将士的人心。寻阳平定后，皇上让中书省起草诏书晓谕殷琰，蔡兴宗说：“天下已经平定，这是殷琰反思过错的时候。陛下应当亲手写下几行诏书来安慰引导他。如今直接让中书省起草诏书，他必定怀疑不是真的，这不是迅速平定一方战乱的办法。”明帝没有听从。殷琰收到诏书，认为是刘勔伪造的，所以不敢投降。杜叔宝封锁寻阳战败的消息，有传播消息的人立即被杀，防守更加坚固。凡是有投降的人，明帝就把他们送到寿阳城下，让他们与城中人交谈，因此城中人心离散沮丧。
殷琰想向北魏投降，主簿谯郡人夏侯详劝说殷琰：“今天的举动，本来是为了效忠气节。如果国家有了正统君主，就应当归附朝廷，怎么能向北称臣、穿异族服装呢！况且如今魏军近在淮河岸边，官军还不确定我们的去向，如果派遣使者归顺朝廷，朝廷必定会隆重安抚接纳，岂止是免除罪责而已。”殷琰于是派夏侯详出城拜见刘勔，夏侯详劝说刘勔：“如今城中士民明知处境困窘却仍固守，是害怕将军诛杀，都想归附北魏。希望将军放宽刑罚、予以赦免，他们就会争相前来投降了。”刘勔答应了，让夏侯详到城下，呼喊城中人，传达刘勔的意思。十月初二，殷琰率领将领僚属反绑双手出城投降，刘勔对他们全部加以安抚，没有杀戮一人。进入城中后，刘勔约束将士，对士民的财物秋毫无犯，寿阳人大为喜悦。此时，魏军抵达师水，准备救援寿阳；得知殷琰已经投降，于是劫掠义阳几千人后离去。很久以后，殷琰又入朝为官，官至少府后去世。
这时，萧惠开在益州，大量施行刑罚诛杀，蜀人猜疑怨恨。得知费欣寿战败阵亡，程法度无法前进，于是晋原一郡反叛，其他各郡纷纷响应，合兵围攻成都。城中的北方士兵不过两千人，萧惠开将所有蜀人全部派出城，独自与北方士兵坚守。蜀人得知寻阳已经平定，争相想要屠城，部众达到十几万人。萧惠开每次派兵出战，没有不胜的。
这时，明帝派遣萧惠开的弟弟萧惠基从陆路出使成都，赦免萧惠开的罪责。萧惠基抵达涪城，蜀人阻拦扣留萧惠基，不让他前进。萧惠基率领部下攻击他们，斩杀首领，然后才得以继续前进。萧惠开奉圣旨投降，成都的包围得以解除。
明帝又派遣萧惠开的同宗萧宝首从水路前往益州慰劳。萧宝首想把平定蜀地作为自己的功劳，进一步鼓动蜀人，让他们攻打萧惠开。于是蜀地各处纷纷起兵，凡是离散的人一时间全部集结，与萧宝首一起进逼成都，部众号称二十万。萧惠开想攻击他们，将领僚属都说：“如今慰劳的使者到来却抵抗他，怎么向朝廷表明清白？”萧惠开说：“如今奏表书信的通道被阻断，不作战怎么能打通与京城的联系？”于是派遣宋宁太守萧惠训等人率领一万士兵迎战，大败叛军，生擒萧宝首，将他囚禁在成都，并派遣使者向朝廷说明情况。明帝派人将萧宝首押送到建康，召萧惠开返回建康。抵达后，明帝询问他起兵的情况。萧惠开说：“我只知道叛逆与顺从，不知道天命；况且不是我引发的战乱，也不是我平定的战乱。”明帝听后赦免了他。
这一年，朝廷侨置兖州，治所设在淮阴；徐州治所设在钟离；青、冀二州共设一名刺史，治所设在郁洲。郁洲在海中，周长几百里，用石头垒成城墙，高八九尺，虚设郡县，流亡的百姓没有多少。
张永、沈攸之进军逼近彭城，驻扎在下磕，分别派遣羽林监王穆之率领五千士兵在武原守卫粮草辎重。
北魏的尉元抵达彭城，薛安都出城迎接。尉元派遣李璨与薛安都先进入城中，接管城门钥匙；另外派遣孔伯恭率领两千精锐士兵安抚内外，然后才入城。当天夜里，张永攻打南门，没能攻克而撤退。
尉元对薛安都不加礼遇，薛安都后悔投降，又谋划反叛北魏；尉元察觉后，薛安都未能付诸实施。薛安都用重金贿赂尉元等人，把罪责推到女婿裴祖隆身上并杀死他。尉元让李璨与薛安都守卫彭城，自己领兵攻击张永，切断他的粮道，又在武原击败王穆之。王穆之率领剩余部众前往投奔张永，尉元进军攻打张永的军队。