晋纪三十三
公元399年
春季，正月辛酉日，（朝廷）宣布大赦天下。
戊辰日，后燕昌黎尹留忠图谋反叛，结果被诛杀；此事牵连到尚书令东阳公慕容根、尚书段成，二人都因罪被处死。（朝廷）派遣中卫将军卫双前往凡城，诛杀留忠的弟弟、幽州刺史留志。同时，任命卫将军平原公慕容元为司徒、尚书令。
庚午日，北魏君主拓跋珪向北巡视，分别命令大将军常山王拓跋遵等人率领三支军队从东路出兵长川，镇北将军高凉王拓跋乐真等人率领七支军队从西路出兵牛川，拓跋珪亲自率领大军从中路出兵駮髯水，以袭击高车部落。
壬午日，后燕右将军张真、城门校尉和翰因图谋反叛被诛杀。
癸未日，后燕宣布大赦天下，改年号为长乐。后燕君主慕容盛每十天亲自审理一次案件，不施加拷打，大多能查清案情真相。
武威王秃发乌孤将都城迁到乐都，任命他的弟弟西平公秃发利鹿孤镇守安夷，广武公秃发傉檀镇守西平，叔父秃发素渥镇守湟河，秃发若留镇守浇河，堂弟秃发替引镇守岭南，秃发洛回镇守廉川；对于夷人、汉人中的杰出人才，依据他们的才能授予官职，有的在朝廷内担任显要职位，有的在地方上主管郡县，都安排得恰当合适。
秃发乌孤对大臣们说：“陇右、河西地区，原本只是几个郡的地盘，因战乱分裂成十几个国家，其中吕氏（后凉）、乞伏氏（西秦）、段氏（北凉段业）势力最强。如今我打算攻取他们，应该先对付哪一个？”杨统说：“乞伏氏原本是我们的部落，最终一定会归服。段氏是个书生，不能构成祸患，而且他与我们结盟友好，攻打他不合道义。吕光年老体衰，继承人懦弱无能，吕纂、吕弘虽然有才能，却内部互相猜忌。如果派军队从浩亹、廉川趁虚交替出击，他们一定会疲于奔命，不出两年，他们军队疲惫、百姓困苦，那么姑臧（后凉都城）就可以谋取了。姑臧被攻取后，另外两个敌寇不用攻打就会归服。”秃发乌孤说：“好。”
二月丁亥朔日（初一），北魏军队大败高车二十多个部落，俘获七万多人，缴获三十多万匹马，一百四十多万头牛羊。卫王拓跋仪另外率领三万骑兵穿越沙漠一千多里，击败高车七个部落，俘获两万多人，缴获五万多匹马，两万多头牛羊。高车各部落大为震动。
林邑王范达攻陷日南郡、九真郡，接着侵犯交趾郡，交趾太守杜瑗击败了他。
庚戌日，北魏征虏将军庾岳在勃海击败张超，并将其斩杀。
此时，段业即位为凉王（北凉），改年号为天玺。任命沮渠蒙逊为尚书左丞，梁中庸为尚书右丞。
北魏君主拓跋珪在牛川以南大规模狩猎，让高车人组成包围圈，周长七百多里；趁机驱赶圈中的禽兽，向南抵达平城，命令高车人修筑鹿苑，鹿苑宽几十里。三月己未日，拓跋珪返回平城。
甲子日，拓跋珪拆分尚书省的三十六曹以及外设官署，总共设置三百六十个曹，命令八部大夫分别主管。吏部尚书崔宏总领三十六曹事务，如同尚书令、仆射统领政务的职权。设置五经博士，将国子太学生的人数增加到三千人。
拓跋珪问博士李先：“天下什么东西最好，可以增长人的智慧和见识？”李先回答：“没有比书籍更好的了。”拓跋珪问：“书籍总共才有多少，怎样才能收集起来？”李先回答：“自从有文字记载以来，书籍历代不断增加，直到现在，数量多得数不清。如果君主有收集书籍的意愿，还担心收集不到吗！”拓跋珪听从了他的建议，命令各郡县大规模搜求书籍，并全部送到平城。
当初，前秦王苻登的弟弟苻广率领三千部众投靠南燕王慕容德，慕容德任命他为冠军将军，让他驻守在乞活堡。恰逢火星停留在东井星宿附近，有人说前秦应当复兴，苻广于是自称秦王，进攻南燕的北地王慕容钟，并击败了他。当时，南燕的滑台孤立薄弱，管辖的土地不到十个城，部众不超过一万人，慕容钟战败后，依附慕容德的人大多离开慕容德而投靠苻广。慕容德于是留下鲁阳王慕容和镇守滑台，亲自率领部众讨伐苻广，并将其斩杀。
后燕王慕容宝抵达黎阳时，鲁阳王慕容和的长史李辨劝说慕容和接纳慕容宝，慕容和没有听从。李辨害怕被治罪，就暗中引导晋军来到管城，想趁慕容德出战时发动叛乱。不久慕容德没有出战，李辨感到更加不安。等到慕容德讨伐苻广时，李辨又劝说慕容和反叛，慕容和还是不听从，李辨于是杀死慕容和，献出滑台投降北魏。北魏行台尚书和跋当时在邺城，率领轻装骑兵从邺城奔赴滑台。到达后，李辨后悔了，关闭城门抵抗。和跋派尚书郎邓晖劝说李辨，李辨才打开城门接纳和跋，和跋将慕容德的宫女、府库财物全部没收。慕容德派兵进攻和跋，和跋迎战，击败了慕容德的军队，又击败了慕容德的将领桂阳王慕容镇，俘获一千多人，陈郡、颍川的百姓大多归附北魏。
随后，南燕右卫将军慕容云斩杀李辨，率领将士的家属两万多人从滑台出发投奔慕容德。慕容德想攻打滑台，韩范说：“过去是北魏为客，我们为主；现在是我们为客，北魏为主。人心惶恐不安，不能再交战了，不如先占据一个地方，建立自己的根基，再谋划进攻。”张华说：“彭城是古代楚国的都城，可以攻占并占据它。”北地王慕容钟等人都劝说慕容德攻打滑台。尚书潘聪说：“滑台是四通八达的地方，北边有北魏，南边有东晋，西边有后秦，占据这里没有一天能安宁。彭城土地广阔但人口稀少，地势平坦没有险要屏障，而且是东晋过去的军事重镇，不容易攻取。又靠近长江、淮河，夏秋季节多水患。乘船作战是东晋的优势，却是我们的劣势。青州有两千里肥沃的土地，十几万精锐士兵，左边有靠海的富饶资源，右边有山河作为坚固屏障，广固城是曹嶷当年修筑的，地形险要，足以作为帝王的都城。三齐地区的杰出人才，盼望得到贤明君主来建功立业已经很久了。辟闾浑过去是后燕的臣子，现在应该先派能言善辩的人前去劝说，大军随后跟进，如果他不投降，攻取他就像拾草芥一样容易。夺取青州后，再关闭边境休整军队，等待时机行动，这就是陛下的关中、河内啊。”慕容德犹豫不决。僧人竺朗一向擅长观测天象预测吉凶，慕容德派牙门苏抚去询问他，竺朗说：“我仔细分析了三种计策，潘尚书的建议，是能使国家兴盛的言论。而且今年年初，彗星出现在奎宿、娄宿之间，扫过虚宿、危宿；彗星是除旧布新的象征，奎宿、娄宿对应鲁地，虚宿、危宿对应齐地。应该先夺取兖州，安抚琅邪郡，到秋天再向北攻取齐地，这是顺应天意啊。”苏抚又暗中询问南燕的国运年限，竺朗用《周易》占卜后说：“燕国在庚戌年衰落，寿命是十二年，传承到儿子一辈。”苏抚回来报告慕容德，慕容德于是率领军队南下，兖州北部边境的各郡县都投降了他。慕容德设置地方长官安抚百姓，禁止士兵抢掠，百姓非常高兴，在路上争相用牛肉和酒犒劳军队。
丙子日，北魏君主拓跋珪派遣建义将军庾真、越骑校尉奚斤攻打库狄、宥连、侯莫陈三个部落，全部击败了他们，追击到大峨谷，设置据点后返回。
己卯日，（东晋安帝）追尊自己的生母陈夫人为德皇太后。
夏季，四月，鲜卑叠掘部落的首领河内率领五千户人家向西秦投降。西秦王乞伏乾归任命河内为叠掘都统，并把同宗的女子嫁给他。
甲午日，后燕宣布大赦天下。
此时，会稽王司马道子患病，而且没有一天不醉酒。他的世子司马元显知道司马道子的声望已经丧失，就暗示朝廷解除司马道子的司徒、扬州刺史职务。乙未日，（朝廷）任命司马元显为扬州刺史。司马道子酒醒后才知道这件事，非常愤怒，却没有办法。司马元显任命庐江太守、会稽人张法顺为主要谋士，大量提拔亲信党羽，朝廷显贵都畏惧他，不敢不服从。
后燕散骑常侍馀超、左将军高和等人因图谋反叛被诛杀。
后凉太子吕绍、太原公吕纂率领军队讨伐北凉，北凉王段业向武威王秃发乌孤求救，秃发乌孤派遣骠骑大将军秃发利鹿孤和杨轨前去救援。段业准备出战，沮渠蒙逊劝谏说：“杨轨依仗鲜卑人的强大，有伺机夺取凉州的野心；吕绍、吕纂深入我境，把军队置于必死之地，锋芒不可抵挡。现在不出战能有泰山般的安稳，出战则有累卵般的危险。”段业听从了他的建议，按兵不动。吕绍、吕纂只好率领军队返回。
六月，秃发乌孤任命秃发利鹿孤为凉州牧，镇守西平，征召车骑大将军秃发傉檀入朝总领府中事务。
会稽王世子司马元显因自己年轻，不愿立即担任重任；戊子日，朝廷任命琅邪王司马德文为司徒。
这时，北魏前河间太守、范阳人卢溥率领他的部众几千家，到渔阳谋生，随后占据了几个郡的土地。秋季，七月己未日，后燕君主慕容盛派遣使者任命卢溥为幽州刺史。
辛酉日，慕容盛下诏说：“法令条例规定，公侯犯罪，可以用金银布帛赎罪，这不足以惩戒恶行，却只能让王府获利，实在没有意义。从今以后，公侯犯罪都要立功赎罪，不得再缴纳金银布帛。”
就在此时，西秦丞相、南川宣公出连乞都去世。
随后，前秦齐公苻崇、镇东将军杨佛嵩侵犯洛阳，河南太守、陇西人辛恭靖环城坚守。雍州刺史杨佺期派遣使者向北魏常山王拓跋遵求救，北魏君主拓跋珪任命散骑侍郎、西河人张济为拓跋遵的从事中郎，让他前去回复杨佺期。杨佺期问张济：“北魏讨伐中山时，有多少士兵？”张济回答：“四十多万。”杨佺期说：“凭北魏的强大，小小的羌人（指前秦）不难消灭。况且晋与北魏原本是一家，如今已经结盟友好，理应毫无隐瞒。这里兵力薄弱、粮草短缺，救援洛阳只能依靠北魏。如果洛阳能保全，必定会有厚报；如果守不住，与其让羌人占领，不如让北魏得到它。”张济返回后将情况报告给拓跋珪。八月，拓跋珪派遣太尉穆崇率领六万骑兵前去救援洛阳。
后燕辽西太守李朗在辽西郡任职十年，威势遍布境内，他担心慕容盛会猜忌自己，因此多次被征召都不去。因家人在龙城，他不敢公开反叛，便暗中召请北魏军队，承诺献出辽西郡投降；又派遣使者疾驰前往龙城，夸大贼寇的声势。慕容盛说：“这一定是骗局。”召来使者盘问，果然没有实情。慕容盛将李朗的家族全部诛杀，丁酉日，派遣辅国将军李旱讨伐李朗。
当初，北魏奋武将军张衮凭借才能谋略得到拓跋珪的信任器重，被当作心腹。拓跋珪向张衮询问中原的贤士，张衮推荐了卢溥和崔逞，拓跋珪都任用了他们。
拓跋珪围攻中山，久攻不下，军中粮草匮乏，向大臣们询问对策。崔逞当时任御史中丞，回答说：“桑椹可以充当军粮。《诗经》中说猫头鹰吃了桑椹后改变了叫声，就是指这件事。”拓跋珪虽然采纳了他的建议，允许百姓用桑椹抵缴租税，但认为崔逞是在轻慢自己，因此心中怀恨。前秦侵犯襄阳时，雍州刺史郗恢写信给北魏常山王拓跋遵求救，信中说：“欣闻兄长威震中原。”拓跋珪认为郗恢没有君臣之礼，命令张衮和崔逞起草回信，一定要贬斥东晋君主。张衮、崔逞却称东晋皇帝为“贵主”，拓跋珪愤怒地说：“我命令你们贬斥他，你们却称他‘贵主’，这和郗恢称我‘贤兄’有什么区别！”崔逞投降北魏时，因天下正乱，担心自己的家族再遭祸难，就让妻子张氏和四个儿子留在冀州，自己只带小儿子崔赜前往平城，留下的妻子儿女后来逃奔南燕。拓跋珪一并以此指责崔逞，赐崔逞死。卢溥接受后燕的爵位任命，侵犯抢掠北魏的郡县，杀死北魏幽州刺史封沓干。拓跋珪认为张衮推荐的人都不称职，便下令将张衮贬为尚书令史。张衮于是闭门不与外界交往，只亲手校勘儒家经籍，一年多后去世。
后燕君主慕容宝战败时，中书令、民部尚书封懿投降北魏。拓跋珪任命封懿为给事黄门侍郎、都坐大官。拓跋珪向封懿询问后燕的旧事，封懿回答时态度疏懒怠慢，也被罢官回家。
武威王秃发乌孤醉酒后骑马，摔伤肋骨去世，临终前下令立年长的君主。国人拥立他的弟弟秃发利鹿孤，追谥秃发乌孤为武王，庙号列祖。秃发利鹿孤宣布大赦，将都城迁到西平。
南燕王慕容德派遣使者劝说幽州刺史辟闾浑，想让他归降，但辟闾浑不同意。慕容德便派遣北地王慕容钟率领两万步兵、骑兵进攻辟闾浑，自己进军占据琅邪，徐州、兖州地区前来归附的百姓有十多万。慕容德从琅邪领兵北上，任命南海王慕容法为兖州刺史，镇守梁父。又进军攻打莒城，莒城守将任安弃城逃走。慕容德任命潘聪为徐州刺史，镇守莒城。兰汗之乱时，后燕吏部尚书封孚向南投奔辟闾浑，辟闾浑上表推荐他为勃海太守；等到慕容德抵达，封孚出城投降，慕容德大喜说：“我得到青州并不高兴，高兴的是得到了你啊！”于是将机密要事托付给封孚。北地王慕容钟向青州各郡发布檄文，晓谕祸福，辟闾浑迁徙八千多家人口进入广固坚守，派遣司马崔诞驻守薄荀固，平原太守张豁驻守柳泉；崔诞、张豁接到檄文后都向慕容德投降。辟闾浑恐惧万分，便带着妻子儿女逃奔北魏，慕容德派遣射声校尉刘纲追击，在莒城追上他，将他斩杀。辟闾浑的儿子辟闾道秀亲自到慕容德面前，请求与父亲一同处死。慕容德说：“父亲虽然不忠，但儿子能尽孝。”因此，特别赦免了他。辟闾浑的参军张瑛为辟闾浑撰写檄文，文中多有不恭之词，慕容德将他逮捕并责备他。张瑛神色镇定，缓缓说：“辟闾浑有我这样的臣子，就像韩信有蒯通一样。蒯通遇到汉高祖得以存活，我遇到陛下却要被杀，和古人相比，我私下里觉得自己很不幸啊！”慕容德杀死张瑛，于是定都广固。
后燕李旱行军到建安，慕容盛紧急召他返回，君臣都猜不出原因。九月辛未日，又派遣李旱前往辽西。李朗听说自己的家族被诛杀，便聚集两千多户人家坚守；等到听说李旱返回，认为后燕内部有变故，便不再设防，留下儿子李养镇守令支，自己前往北平迎接北魏军队。壬子日，李旱突袭令支，攻克城池，派遣广威将军孟广平在无终追上李朗，将他斩杀。
后秦君主姚兴因灾异多次出现，降低名号称王，下诏命令群公、卿士、将领、州牧、太守各自降职一等；宣布大赦，改年号为弘始。姚兴慰问孤儿贫民，选拔贤能俊杰，简化法令条例，公正审理案件，对政绩优良的地方官员给予奖赏，对贪婪残暴的官员加以诛杀，远近秩序井然。
冬季，十月甲午日，后燕中卫将军卫双有罪，被赐死。李旱返回，听说卫双被杀，十分恐惧，弃军逃亡，到了板陉，又返回请罪。慕容盛恢复他的爵位，对侍中孙勍说：“李旱身为将领却弃军逃亡，罪该万死。但过去先帝流亡在外，亲族离心离德，公卿丧失气节，只有李旱以宦官的身份忠诚勤勉，始终如一，所以我顾念他的功劳而赦免他。”
辛恭靖坚守洛阳一百多天，北魏的救兵还没到，前秦军队攻克洛阳，俘获辛恭靖。辛恭靖见到姚兴，不肯下拜，说：“我不做羌贼的臣子！”姚兴将他囚禁，辛恭靖后来逃回东晋。从淮河、汉水以北，各城大多请求投降前秦，并送去人质。
拓跋珪任命穆崇为豫州刺史，镇守野王。
会稽王世子司马元显性情苛刻，随意决定他人生死；他征发东部各郡中由奴婢免除身份成为佃客的人，称他们为“乐属”，将他们迁移到京城，来补充兵役，东部地区百姓骚动不安，深感困苦。
孙恩趁民心骚动，从海岛率领党羽杀死上虞县令，接着进攻会稽。会稽内史王凝之是王羲之的儿子，世代信奉天师道，既不出兵，也不设防，每天在道堂中跪拜祈祷。属官请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已经向大道祈求，借来了鬼兵守卫各要道，每处都有几万人，贼寇不值得担忧。”等到孙恩的军队逐渐逼近，才允许出兵，此时孙恩已经到了会稽城下。甲寅日，孙恩攻陷会稽，王凝之逃走，孙恩将他抓住杀死，连同他的几个儿子一起杀了。王凝之的妻子谢道蕴是谢弈的女儿，听说贼寇到来，举止镇定，命令婢女用肩舆抬着自己，抽出佩刀出门，亲手杀死几人，才被擒获。吴国内史桓谦、临海太守新秦王司马崇、义兴太守魏隐都弃郡逃走。于是会稽人谢鍼、吴郡人陆瑰、吴兴人丘尪、义兴人许充之、临海人周胄、永嘉人张永等人，以及东阳、新安共八个郡的百姓，同时起兵，杀死地方长官响应孙恩，十天之内，部众达到几十万。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的党羽杀死。谢邈、谢冲都是谢安的侄子。当时三吴地区长期太平，百姓不熟悉战事，所以郡县的军队都望风溃败。孙恩占据会稽，自称征东将军，逼迫有声望的士人担任属官，称他的党羽为“长生人”，百姓中不与他们合作的，连婴儿都一起杀戮，死亡人数达到十分之七八。孙恩还将各县令剁成肉酱，强迫他们的妻子儿女食用，不肯吃的人就被肢解。他们所经过的地方，抢掠财物，烧毁房屋，焚毁粮仓，砍伐树木，填埋水井，部众聚集到会稽；妇女中有婴儿不能带走的，就将婴儿投入水中，说：“祝贺你先登上仙堂，我随后就来陪你。”孙恩上表列举会稽王司马道子和世子司马元显的罪状，请求诛杀他们。
自从晋安帝即位以来，朝廷内外离心离德，石头城以南都被荆州、江州所控制，以西都由豫州独占，京口及长江以北都被刘牢之和广陵相高雅之掌控，朝廷能管辖的区域，只有三吴地区而已。等到孙恩叛乱，八个郡都被孙恩占据，京城周围各县，盗贼到处兴起，孙恩的党羽中也有潜伏在建康的人，人心惶惶。朝廷时常担心发生叛乱，于是内外戒严。朝廷授予司马道子黄钺（象征军事统帅权），任命司马元显为领中军将军，命令徐州刺史谢琰兼任都督吴兴、义兴军事，讨伐孙恩；刘牢之也出兵讨伐孙恩，上奏表后立即行动。
此时，西秦任命金城太守辛静为右丞相。
十二月甲午日，后燕燕郡太守高湖率领三千户人家投降北魏。高湖是高泰的儿子。
丙午日，慕容盛封弟弟慕容渊为章武公，慕容虔为博陵公，儿子慕容定为辽西公。
丁未日，后燕太后段氏去世，谥号为惠德皇后。
东晋谢琰率军进击，斩杀许充之，迎接魏隐返回义兴郡，又进军攻打丘尪，将其击败，与刘牢之交替进军，所到之处都能攻克。谢琰留下驻守乌程，派遣司马高素协助刘牢之，进军逼近浙江。朝廷下诏任命刘牢之为都督吴郡诸军事。
当初，彭城人刘裕出生后母亲就去世了，父亲刘翘客居京口，家境贫寒，打算将刘裕抛弃。同郡人刘怀敬的母亲是刘裕的姨母，当时刘怀敬还不满周岁，姨母跑去救下刘裕，停止喂养刘怀敬，转而哺育刘裕。等到刘裕长大后，勇猛健壮，有远大志向，仅认识一些文字，以卖鞋为生，还喜欢赌博，被同乡人轻视。刘牢之讨伐孙恩时，征召刘裕为参军事，派他率领几十人侦察贼寇动向。遇到几千名贼寇，刘裕立即迎击，随从都战死了，刘裕自己也坠入河岸下。贼寇靠近河岸准备下去，刘裕挥舞长刀向上砍杀，杀死几人，才得以登岸，接着大声呼喊着追击贼寇，贼寇都逃走了，刘裕杀死杀伤的贼寇很多。刘敬宣（刘牢之之子）奇怪刘裕很久没有返回，就领兵去寻找他，看到刘裕独自追赶几千名贼寇，众人都惊叹不已。于是趁机进击贼寇，大败贼军，斩杀俘获一千多人。
起初，孙恩听说八个郡响应自己，就对下属说：“天下再也没有大事了，我要和各位穿着朝服进入建康。”不久听说刘牢之已抵达长江边，就说：“我割据浙江以东，至少也能做个勾践！”戊申日，刘牢之领兵渡过长江，孙恩听说后，说：“我不耻于逃跑。”于是驱赶二十多万男女百姓向东逃走，在路上丢弃了很多珍宝、女子，官军争相抢夺，孙恩因此得以逃脱，再次逃入海岛。高素在山阴击败孙恩的党羽，斩杀孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尪、馀姚县令吴兴人沈穆夫。
东部地区遭受战乱，百姓盼望官军到来，但刘牢之等人放纵士兵大肆抢掠，士人百姓大失所望，郡县城中再也没有人迹，一个多月后才逐渐有人返回。朝廷担心孙恩再次前来，便任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率领徐州的文武官员驻守海边渡口。
朝廷任命司马元显为录尚书事。当时人称司马道子为“东录”，司马元显为“西录”；司马元显的西府车马盈门，而司马道子的东府门庭冷落，以至可以张网捕鸟。司马元显没有贤良的师友，所亲信的人都是奸佞谄媚之徒，这些人有的说他是当世英杰，有的说他是风流名士。从此司马元显日益骄横奢侈，暗示礼官提议，认为自己德行崇高、声望卓着，既然总领百官，百官都应对他表示敬意。于是公卿以下官员见到司马元显都要下拜。当时战事频繁，国家财力空虚，从司徒以下官员，每天的口粮只有七升，而司马元显却不断搜刮钱财，财富超过皇室。
此时，殷仲堪担心桓玄专横跋扈，于是与杨佺期联姻，互为援助。杨佺期多次想攻打桓玄，殷仲堪每次都制止他。桓玄担心自己最终会被殷仲堪、杨佺期消灭，于是报告朝廷执政大臣，请求扩大自己的管辖区域；执政大臣也想挑起他们之间的矛盾，让他们互相背离，于是任命桓玄为都督荆州四郡军事，又让桓玄的哥哥桓伟接替杨佺期的哥哥杨广担任南蛮校尉。杨佺期既愤怒又恐惧。杨广想抗拒桓伟，殷仲堪不同意，调杨广出任宜都、建平二郡太守。杨孜敬原先担任江夏相，桓玄派兵袭击并劫持了他，任命他为咨议参军。
杨佺期整饬军队，树立将旗，声称要救援洛阳，想与殷仲堪一起袭击桓玄。殷仲堪虽然表面上与杨佺期结盟，内心却怀疑他的意图，竭力阻止；但终究没能禁止，于是派遣堂弟殷遹驻守北部边境，来遏制杨佺期。杨佺期既不能单独起兵，又不了解殷仲堪的真实想法，只好解除军事行动。
殷仲堪多疑而缺乏决断，咨议参军罗企生对他的弟弟罗遵生说：“殷侯仁慈却没有决断力，一定会遭遇祸患。我蒙受他的知遇之恩，按道义不能离开他，一定会为他而死。”
这一年，荆州发生大水，平地水深三丈，殷仲堪拿出全部粮仓储备救济饥民。桓玄想趁他空虚讨伐他，于是出兵西进，也声称要救援洛阳，还写信给殷仲堪说：“杨佺期蒙受国家恩宠却不顾祖宗陵墓（指不救援洛阳），应当共同讨伐他。现在我要进入沔水讨伐杨佺期，已经在江口驻军。如果你与我没有二心，可逮捕杨广并杀死他；如果不这样做，我就领兵进入长江。”当时巴陵有积存的粮食，桓玄先派兵袭击夺取了它。梁州刺史郭铨正要去赴任，路过夏口，桓玄谎称朝廷派遣郭铨担任自己的前锋，于是把江夏的军队交给郭铨，让他统领各路军队一同进军，又秘密告诉哥哥桓伟，让他做内应。桓伟惊慌失措，不知该怎么办，亲自带着桓玄的信去见殷仲堪。殷仲堪将桓伟扣押作为人质，命令他给桓玄写信，言辞恳切哀苦。桓玄说：“殷仲堪为人缺乏决断，常顾虑成败，又为儿子们考虑，我哥哥一定没有危险。”
殷仲堪派遣殷遹率领七千水军抵达西江口，桓玄派郭铨、苻宏迎战，殷遹等人战败逃走。桓玄驻守巴陵，食用当地储存的粮食；殷仲堪又派遣杨广和侄子殷道护等人抵抗，都被桓玄击败。江陵全城震惊恐慌，城中粮食匮乏，只能用胡麻给士兵充当口粮。
桓玄乘胜进军到零口，距离江陵仅二十里，殷仲堪紧急征召杨佺期前来救援。杨佺期说：“江陵没有粮食，拿什么抵御敌军！你可以来我这里，我们一起坚守襄阳。”殷仲堪一心想保全军队和荆州，不愿放弃州城逃走，就欺骗杨佺期说：“近来我已征集粮食，已有储备了。”杨佺期信以为真，率领八千步兵、骑兵赶来，铠甲精良，在阳光下闪闪发光。抵达江陵后，殷仲堪却只用米饭招待他的军队。杨佺期大怒，说：“这次必败无疑了！”他没有去见殷仲堪，直接和哥哥杨广一起率军攻打桓玄。桓玄畏惧他的锐气，率军退到马头。
第二天，杨佺期领兵猛攻郭铨，几乎将其俘获。恰逢桓玄的大军赶到，杨佺期大败，单人匹马逃往襄阳。殷仲堪则逃奔酂城。桓玄派遣将军冯该追击杨佺期和杨广，将二人抓获后杀死，并把他们的首级送到建康示众。杨佺期的弟弟杨思平、堂弟杨尚保、杨孜敬逃入蛮族地区。
殷仲堪听说杨佺期已死，就率领几百人准备逃往长安，行至冠军城时，被冯该追上俘获。押回柞溪后，冯该逼迫他自杀，同时杀死了殷道护。殷仲堪信奉天师道，不惜用财物祈求鬼神保佑，却吝啬于救济急难之人。他喜欢用小恩小惠取悦他人，遇到士兵生病，会亲自为其诊脉分药；虽擅长设计复杂的计谋，却缺乏洞察全局的谋略，所以最终败亡。
殷仲堪逃走时，文武官员中没有一人送行，只有罗企生跟随他。路过家门口时，弟弟罗遵生说：“如今要这样分别，怎能不握一下手呢！”罗企生调转马头，伸手去握，罗遵生力气大，趁机将他拉下马，说：“家里还有老母亲，你要去哪里？”罗企生流着泪说：“今天这事，我必定会死，你们好好奉养母亲，不违背做儿子的本分。一家之中，既有尽忠的，又有尽孝的，还有什么遗憾！”罗遵生抱得更紧，殷仲堪在路上等候，见罗企生无法脱身，只好策马离去。
等到桓玄抵达江陵，荆州的官员没有一人不去拜见他，唯独罗企生不去，反而忙着料理殷仲堪的家事。有人劝他：“这样做，灾祸一定会降临！”罗企生说：“殷侯把荆州的重要事务托付给我，我却被弟弟牵制，不能跟随他一起铲除逆贼，还有什么脸面去求桓玄活命呢！”桓玄听说后很生气，但他一向厚待罗企生，先派人对罗企生说：“如果向我认错，我就放了你。”罗企生说：“我是殷荆州的下属，荆州败亡我却不能救援，还有什么可认错的！”