而月氏国就请求与汉朝和亲，想迎娶汉朝的公主，但是班超拒绝了他们的请求，并遣返了月氏的使者。月氏因此就对班超怀恨在心，然后就派副王谢率领七万大军进攻班超。班超的兵力很少，他的部下都非常恐惧。面对数倍于己的敌人，班超就鼓励士兵们说：“月氏兵虽然多，但他们从数千里之外越过葱岭而来，军队又没有后勤补给，这有什么好担心的！我们只要坚守城池，等他们粮草耗尽了，自然就会投降，不过几十天就能见分晓！”谢率军开始进攻班超，但是攻不下来，又四处抢掠，结果一无所获。班超估计他们的粮草快耗尽时，就一定会向龟兹求援，于是就派了几百名士兵在东界埋伏。谢果然派骑兵带着金银珠宝去贿赂龟兹，班超派出的伏兵就对他们进行截击，最后将他们全部杀死了，然后就拿着使者的首级给谢看。谢看到使者的首级之后大吃一惊，就立即派使者向班超请罪，请求班超放他们一条生路。班超就放他们回去了，从此之后，月氏直接被吓得不敢再有反叛之心了，于是就每年向汉朝进贡。
想当初，北海哀王刘基没有子嗣，汉章帝因为齐武王刘演是开创东汉大业的人，但他的后嗣却断绝了，心中常常感到怜悯，于是便留下遗诏，命令恢复齐、北海两个封国。丁卯日，皇帝就封芜湖侯刘无忌为齐王，北海敬王的庶子刘威为北海王。
本年六月，中山简王刘焉去世。刘焉是东海恭王刘强的同母弟弟，而窦太后是东海恭王的外甥女，因此皇帝就赐给了刘焉一亿钱的丧葬费，并为他大规模的修建陵墓，平毁了上千座官吏和百姓的坟墓，又征发了一万多人参与修建，这次陵墓的修建工程波及了六州十八郡，真是规模浩大。
之后，皇帝就下诏封窦宪为冠军侯，窦笃为郾侯，窦瑰为夏阳侯；窦宪还是坚决推辞，不接受封爵。
秋季十月，窦宪就率军驻扎在凉州，并任命侍中邓叠为征西将军，让他代理征西将军事务，作为自己的副手。
此时的北单于因为汉朝遣返了他的弟弟，心里就很慌。到了九月，他就再次派使者到汉朝边塞请求归顺，表示愿意入朝觐见。冬季十月，窦宪就派班固、梁讽去迎接北单于。恰逢南单于再次上书请求消灭北匈奴，于是朝廷就派左谷蠡王师子等人率领左右两部八千骑兵出鸡鹿塞，中郎将耿谭派从事率领护卫部队，袭击北单于。当天夜晚，汉军就包围了北单于的营地，北单于受伤逃跑，汉军俘虏了北单于的阏氏和男女五人，并斩首八千，俘虏了数千人。班固到达私渠海后就返回了。此时，南匈奴的部众日益强盛，总共拥有三万四千户，五万士兵。
公元91年正月，皇帝就采用曹褒制定的新礼仪，举行了加冠礼；并提拔曹褒为监羽林左骑。
此时的窦宪认为北匈奴已经衰弱了，就打算彻底消灭他们。到了二月，他就派左校尉耿夔、司马任尚出居延塞，在金微山包围了北单于，并大败北匈奴军队，还俘虏了单于的母亲阏氏、名王以下五千多人，北单于也不知道逃到哪里去了，一点踪影都没有。汉军出塞五千多里后就返回了，这是汉朝出兵以来从未到达过的地方。回去后，耿夔就被封为了粟邑侯。
而窦宪在立下大功后，威名就更加显赫了。随后，他就以耿夔、任尚等人作为自己的爪牙，邓叠、郭璜作为自己的心腹，又让班固、傅毅等人负责文书工作。此后的刺史、太守、县令等地方官员，大多出自窦宪的门下，他们竞相搜刮百姓，贿赂窦宪。面对腐败的现象，司徒袁安、司空任隗就弹劾了一批二千石官员及其牵连者，最后被贬职或免官的有四十多人。窦氏对此那是非常痛恨，但是袁安、任隗一向品行高尚，窦氏也无法加害他们。尚书仆射乐恢，监察举报无所回避，窦宪等人对他也是非常痛恨。乐恢知道自己被他们记恨后，就给皇帝上疏说：“陛下年纪小的时候就继承了祖宗的基业，您那几个舅舅实在不该插手朝廷的大事，免得让人觉得他们有私心。现在最好的办法是，上面的人按大义主动放权，爵位和封地了，太后也能在祖宗面前不丢脸了，这是最好的解决办法。可奏疏交上去后，皇帝根本没当回事。乐恢没办法，就说自己生病了想辞官回老家长陵。结果窦宪就暗中指使地方官逼乐恢喝毒药自杀了。这下大臣们都被窦宪的权势给吓住了，全都顺着他的意思来，他说的话也没人敢反对。袁安看着皇帝年纪小，外戚又把持着朝政，所以每次上朝或者跟其他大臣讨论国事的时候，都忍不住掉眼泪，皇帝和大臣们反倒都挺依赖他的。
到了冬天十月，皇帝就到长安去视察民情，还下命令要找到萧何、曹参的后代近亲，打算让他们继承先辈的封邑。
皇帝又下令让窦宪到长安跟自己会合。窦宪到了之后，尚书棱态度很严肃的说：“你们跟上级相处不能太谄媚，跟下级相处也不能太傲慢，从来就没有臣子喊君主‘万岁’的规矩！”被他这么一说，那些人都觉得挺不好意思的，所以就没这么干。后来尚书左丞王龙还偷偷地给窦宪写信，还送去牛肉和酒讨好他。韩棱知道后，马上就上书弹劾王龙，最后王龙被判了城旦刑，就是罚去服苦役。
再后来，龟兹、姑墨、温宿这些国家都向汉朝投降了。十二月份的时候，朝廷又重新设立了西域都护、骑都尉、戊己校尉这些官职。让班超当西域都护，徐干当长史。还封了龟兹留在汉朝做人质的王子白霸当龟兹王，然后派司马姚光护送他回国。班超则是和姚光一起逼着龟兹，让他们把原来的龟兹王尤利多给废了，让白霸当他们的新国王，然后就让姚光把尤利多带回京城。班超把军队驻扎在龟兹的它乾城，徐干驻扎在疏勒。只有焉耆、危须、尉犁这三个国家，因为之前杀过西域都护，心里还不太踏实，就不太愿意真心归附，但是其他国家都已经被平定了。
庚辰日，皇帝从长安返回京城。
想当初，北匈奴单于被击败后，他的弟弟右谷蠡王于除鞬就自立为单于，并率领数千部众驻扎在蒲类海，然后就派遣使者向汉朝请求归附。朝廷收到他的请求后，就让大臣们谈论，窦宪就建议派遣使者将于除鞬立为单于，并设置中郎将领护，就如同对待南单于一样。经过谈论，宋由等人认为可以同意他们归附；而袁安、任隗则是表示反对，他们认为：“光武帝招抚南匈奴，并不是认为可以让他们永远住在内地，而是一种权宜之计，目的就是为了抵御北匈奴的侵扰。如今北方大漠已经平定，应当命令南单于返回他的北方王庭，统领归降的部众，我们没有理由再另立一个于除鞬来增加国家的财政负担。”奏章呈上后，事情没有立即决定下来。袁安担心窦宪的计划会被实施，于是就单独上呈了一封密奏，密奏里面说道：“南单于屯的先父率领部众归顺汉朝，他们自蒙受汉朝恩典以来，已经有四十多年了，在这期间历经三位皇帝，世代积累的恩德才传到陛下这儿，陛下应当继承先帝的遗志，完成他们的事业。况且是屯首先提出平定北匈奴的大计，经过交战，几乎彻底消灭了北匈奴，现在却放弃屯而不顾，反而另立新归降的于除鞬；这是用一时的计策，去违背三代人的规划，这就是失信于我们长期供养的南单于，而去扶植一个无功的新降者。《论语》里说：‘言语忠信，行为笃敬，即使是在蛮貊之地也能行得通。’如今若是失信于一个屯，那么其他蛮族将不敢再相信我们的誓言了。此外，乌桓、鲜卑刚刚杀死了北单于，按照人之常情，他们都会畏惧仇敌，现在如果立北单于的弟弟为单于，那么乌桓、鲜卑将会心怀怨恨。况且，按照汉朝的先例，我们供给南单于的费用每年高达一亿九十余万，供给西域的费用每年有七千四百八十万；如今北单于的领地距离我们更加遥远，那费用将会翻倍，这将耗尽天下的财力，这可不是治国安邦的长久之计啊。”皇帝就下诏将袁安的建议交给大臣们讨论，袁安又与窦宪展开了激烈的辩论。窦宪性格险恶急躁，言辞傲慢，甚至出言诋毁袁安，他还引用光武帝诛杀韩歆、戴涉的旧事来威胁袁安，但袁安始终不为所动；然而，皇帝最终还是采纳了窦宪的建议。