公元89年春天，迷唐想要回到原来的地盘。此时的邓训已经召集了湟中的六千士兵，并让长史任尚带队，然后用皮革做成船过河，突然攻打迷唐。这一仗把迷唐打的大败，汉军杀了1800多人，抓了2000人，还抢了3万多头马牛羊，迷唐的部队几乎全军覆没。战败后的迷唐只好带着残兵败将往西逃去，结果逃了一千多里以后，那些以前跟着他的小部落也都背叛了他，因为跟着他已经没前途了，不走更待何时。烧当部落的首领东号第一个跑来磕头投降，其他部落的首领见状也是纷纷归顺了汉朝。邓训看到他们这么识时务，就命人好好安抚这些投降的人，由此邓训在西域的威望就更高了。在这之后，他就撤走了大部分驻军，只留下了2000多个服刑的人在当地种地、修理堡垒。
这时候，窦宪打算去攻打匈奴，朝中的三公、九卿这些大官都上书劝皇帝别这么干。他们说：“匈奴又没侵犯我们的边境，咱们平白无故的就出兵远征，这样既费钱又费力的，就算在万里之外打了胜仗，这对国家来说也不是长久的好事。”他们多次上奏，但是皇帝根本不理会。宋由看到皇帝这样子，心里就害怕了，于是也不敢再在奏章上签名了，其他大臣也是有样学样的开始了退缩。只有袁安和任隗依然坚持反对，甚至在朝堂上直接跟皇帝争论，前前后后总共上了十几次奏章。其他大臣都替他们捏了把汗，可他俩还是不慌不忙的该干嘛就干嘛。侍御史鲁恭也上书说：“皇上您还在守孝期间，国家刚经历大事，老百姓的日子过得也是苦巴巴的。现在正是春暖花开的时候，如果就出兵去打那些少数民族，全国人民都跟着折腾，这可不是让国内百姓受益、改元之后该做的事啊。老天爷爱护百姓就像父母爱护孩子一样，要是有一样东西没安排好，天地间的秩序都会乱，更何况是人呢？爱护百姓的人肯定会得到上天的回报。而那些少数民族和我们不一样，要是让他们住到中原来，只会破坏现有的秩序，影响社会的安定和谐。以前圣明的君主对待他们都只是维持表面关系，并不会深入交往。现在匈奴被鲜卑打败，逃到几千里外的史侯河西，咱们要是趁人家虚弱的时候去打，这不合道义。现在刚刚征集军队，国家的钱就不够用了，上面就一直催您为啥非要听一个人的主意，不顾这么多人的死活呢？您看看天意，再听听民心，就知道这件事该不该做了。我担心再这么搞下去，咱们自己国家就要乱套了，那时可不只是匈奴一家的问题了！”尚书令韩棱、骑都尉朱晖、议郎乐恢也都上书劝皇帝别出兵，可太后就是不听。
不光这样，朝廷还下令给窦宪的弟弟窦笃、窦景修建豪华的宅子，这把老百姓给弄的苦不堪言。看到这种局面，侍御史何敞就上书说：“我听说匈奴以前确实和咱们有过节，像当年高祖被围在平城，吕后收到侮辱性的书信，这些都是臣子们觉得该拼命报仇的事，可高祖和吕后都忍住了。现在匈奴没有犯啥错，咱们也没受到啥耻辱的事，却要在春天让百姓干苦活，因此大家心里都有怨气。再说了，给窦笃、窦景修宅子花了好多钱，他俩是皇帝身边的大官，本应该给百官做榜样。现在军队在外面打仗，朝廷忙得不可开交，老百姓都是愁眉苦脸的，官府还大搞建筑，追求奢侈享受生活，这可不是给后人树立好榜样的做法。现在应该先停了修宅子的事，专心处理北方边境的问题，多体谅体谅老百姓的难处。”但他的奏章交上去后，也没人理会。
窦宪曾经派他的门生带着书信去见尚书仆射郅寿，请求他帮忙办一些私事。郅寿却将窦宪的门生送进了诏狱，并多次给皇帝上书，陈述窦宪的骄横放纵，并引用王莽的事例来警示国家。他还利用朝会的机会，直言不讳地批评窦宪等人征伐匈奴、修建豪宅的事情，他的言辞相当激烈，态度也十分严肃。窦宪被气的直跳脚，就诬陷郅寿购买公田、诽谤朝廷，并将他下狱，最终判处了死刑。何敞上书为郅寿辩护说：“郅寿是朝廷的机密近臣，他的职责就是匡正和挽救国家的过失。如果他保持沉默，那才是真正的罪过。如今郅寿敢于违背众人的意见，坚持正义，以安定宗庙，这难道是为了私利吗？我现在冒着生命危险进言，并不是为了郅寿，而是为了国家。忠臣应当尽忠职守，视死如归。我虽然不了解郅寿，但我相信他甘愿为正义而死。我不希望朝廷因为诽谤罪而诛杀忠臣，这样做不仅会损害朝廷的仁政风气，还会堵塞忠臣的进谏之路，同时又给后世留下讥讽的机会。我何敞身为朝廷官员，亲自参与了机密事务，说了不该说的话，罪名已经很明确了，应当被关进监狱，死在郅寿之前，我实在死有余辜。”奏章呈上后，皇帝觉得他说的有道理，就免去了郅寿的死罪，改为流放合浦。但他还未出发，就自杀了。郅寿是郅恽的儿子。郅寿明明已经被赦免了死罪，可他为什么要选择自杀呢？
夏季六月，窦宪、耿秉就从朔方鸡鹿塞出兵，南单于从满夷谷出兵，度辽将军邓鸿从固阳塞出兵，三路大军最终在涿邪山会合。大军会合后，窦宪就命令副校尉阎盘、司马耿夔、耿谭率领南匈奴的一万多精兵，与北单于在稽洛山交战，最终打败了北单于的部队，北单于落荒而逃。汉军就乘胜追击北匈奴各部，一直抵达私渠北鞮海，斩杀北匈奴一万三千多人，俘虏了大量人口和一百多万头牲畜。各部落的小王率众投降的，前后共有八十一部二十多万人。窦宪、耿秉出塞三千多里，最后登上燕然山，并命令中护军班固刻石记功，记载的是汉朝的威德，然后班师回朝。窦宪还派军司马吴汜、梁讽带着金银布帛去见北单于。当时的北匈奴内部已经陷入了混乱状态，吴汜、梁讽最终在西海见到了北单于，向他宣示了汉朝的威信，并以皇帝的名义赏赐他。北单于叩首接受了赏赐。梁讽就趁机劝说北单于效仿呼韩邪单于的故事，让他归顺汉朝。北单于对此那是相当高兴，立即就率领部众与梁讽一起返回。到了私渠海后，北单于听说汉军已经入塞了，就派他的弟弟右温禺鞮王带着贡品入朝侍奉皇帝，并让他随梁讽一起到京城去。窦宪因为北单于没有亲自来京城朝见，便上奏皇帝，将单于的弟弟遣返回去了。
秋季七月，会稽山发生了山崩。
九月，皇帝就任命窦宪为大将军，中郎将刘尚为车骑将军，又封窦宪为武阳侯，食邑二万户。面对皇帝的赏赐，窦宪就把封爵的这点给推辞了，皇帝也下诏允许他辞让。按照旧制来说，大将军的地位是在三公之下的，但这次皇帝下诏，规定窦宪的地位在太傅之下、三公之上；他的长史、司马的俸禄为中二千石，耿秉被封为美阳侯。此后，窦氏兄弟行事就更加骄横放纵了，尤其是执金吾窦景，他的奴仆和缇骑都敢强夺百姓财物，私自释放罪犯，霸占妇女。这把商人们都吓得不敢出门了，躲避他们就如同躲避强盗一样。窦景还擅自征调边境各郡的精锐骑兵，有关部门觉得他位高权重的都不敢举报。看到他们行事目无法度，袁安就上奏弹劾窦景“擅自征调边兵，惊扰百姓；二千石官员不等待朝廷的符信就听从窦景的命令，他们的这些行为应当受到严惩。”他还上奏说“司隶校尉和河南尹阿附权贵，不举报窦景的罪行，请求免去他们的官职，追究他们的罪责。”但这些奏章都被搁置了，没有回复。驸马都尉窦瑰则是喜欢读书，生活节俭，很是注重自我修养。
此时的尚书何敞就给朝廷上了封密封奏章，奏章里说：“从前郑武姜宠爱叔段，卫庄公宠爱州吁，对他们宠爱却不加以管教，最终导致他们犯下大罪。由此可见，像这样宠爱儿子的行为，就像是给饥饿的人喂毒药一样，恰恰是害了他们。我看到大将军窦宪，在皇帝刚去世的时候，公卿们就纷纷上奏，希望他出面主持国事。那时的窦宪行为谦逊退让，坚决推辞这样的高位，他的言辞十分恳切，天下人听说后，无不感到欣慰。然而还不到一年，先帝的丧礼尚未结束，窦宪却突然改变了自己的行事态度，开始上演兄弟专权的桥段，窦宪掌握三军大权，窦笃、窦景控制宫廷卫队，他们开始虐待百姓，生活更是奢侈无度，又喜欢诛杀无辜之人，说话做事更是肆意妄为。如今朝野上下议论纷纷，都说叔段、州吁又出现在汉朝了。我看现在的公卿们心怀两端，都不肯直言进谏，这是因为他们认为如果窦宪等人能够保持对国家的忠诚，那么他们就会像吉甫赞美申伯那样受到褒奖；如果窦宪等人犯罪，那他们就会像陈平、周勃顺从吕后那样，掌握大权，最终不会因为窦宪等人的命运而担忧。我何敞真心希望朝廷能够采取两全其美的方法，断绝祸患的根源，堵塞祸乱发生的源头。臣上不希望皇太后失去文母的美名，陛下也不愿有誓泉的讥讽；下希望窦宪等人能够长久保持富贵之身。驸马都尉窦瑰，曾经多次请求退隐，愿意抑制家族的权势，可以让他参与朝政，听一听他的意见，这才是国家的长远之计，也是窦氏的福气呀！”当时的济南王刘康地位尊贵，行事骄横无比，窦宪便建议皇帝任命何敞为济南太傅，去管一管他。刘康要是有违法行为，何敞就直言进谏，刘康虽然不能完全听从这些谏言，但他一向敬重何敞的为人，所以也没有与他发生冲突。
冬季十月，阜陵质王刘延去世了。
这一年，全国有九个郡发生了大水灾。
公元90年正月，朝廷宣布大赦天下。
二月，天象发生了日食。
五月，皇帝封皇弟刘寿为济北王，刘开为河间王，刘淑为城阳王；封已故淮南顷王刘建的儿子刘侧为常山王。
就在这时，窦宪派副校尉阎盘率领两千多骑兵突袭驻守伊吾的北匈奴军队，并重新占领了伊吾。车师国对此感到十分震惊，前后王就各自派儿子入朝侍奉皇帝。