到了壬戌日这天，因为接连出现祥瑞的现象，皇帝就下诏改年号为章和。当时，京城和各地经常出现祥瑞现象，前前后后有几百上千次，大家都觉得这是好事。但太尉掾平陵人何敞却不这么想，他跟宋由、袁安说：“祥瑞是因为皇帝德行好才出现的，灾异是因为朝廷办事不对头才发生的。现在怪鸟在宫殿飞翔，怪草在院子生长，这事儿可得小心啊！”宋由和袁安听了，吓得都不敢接话。
八月癸酉日这天，皇帝就到南方去视察。戊子日这天，皇帝又到了梁地，到了乙未日，又到了沛地，这期间还发生了日食。
九月庚子日这天，皇帝就到了彭城。辛亥日，又到了寿春，还恢复了阜陵侯刘延的阜陵王爵位。己未日这天，又到了汝阴。冬天十月丙子日的时候，皇帝才回到宫里。
这时候，北匈奴已经乱成了一团，屈兰储等五十八个部落，一共二十八万人，都跑到云中、五原、朔方、北地向汉朝投降。
此时的曹褒参考旧的典章，又结合《五经》和《谶记》的内容，写了从皇帝到老百姓的冠礼、婚礼、吉礼、凶礼等各种制度，一共一百五十篇，随后就把它们上奏给皇帝。皇帝觉得大家意见很难统一，就先把这些建议收下了，没让相关部门讨论审议。
这一年，班超调集了于阗等国总共两万五千人去攻打莎车，龟兹王也召集温宿、姑墨、尉头的五万人马去救援莎车。面对这种情况，班超就把将校和于阗王找来商量说：“咱们现在人少，打不过敌人，不如先假装撤退。于阗的军队往东撤，我往西撤，听到夜里的鼓声就出发。”班超还故意放走了俘虏，让他们把消息传出去。龟兹王听说后很高兴，就亲自带着一万骑兵在西边等着截击班超，温宿王则是带着八千骑兵在东边截击于阗军队。等两路敌军出发后，班超就悄悄集合部队，等天亮之后就突然攻打莎车军营。莎车军队被打的慌了神，只能四处逃跑，班超就带人前去追杀，总共击杀了五千多人，莎车知道败局以定，只好选择投降，龟兹等国的援军也都撤回去了。从这以后，班超就名震西域了。
公元88年春天正月，济南王刘康、阜陵王刘延、中山王刘焉来京城朝见皇帝。这位皇帝性格特别宽厚仁慈，非常看重自家亲情，所以对当叔父的济南王、中山王格外恩宠，经常召他们进京，还把他们的兄弟都留在京城，不让回各自的封国。皇帝赏赐大臣们东西，也远远超过了规定的标准，结果把国库都快掏空了。
面对这种局面，何敞就给宋由写信说：“这几年水灾旱灾接连不断，老百姓收成不好，日子过得很苦。凉州边境的百姓还饱受战乱的折磨；中原各郡县不管是官府还是百姓，手头都紧巴巴的。现在正是该勤俭节约的时候，可朝廷赏赐也太没节制了。就说腊月赏赐这一项吧，从郎官到公卿、王侯，发出去的财物都快把国库耗光了，这严重影响了国家的财力。国家的钱都是从老百姓赋税里来的。圣明的君主赏赐得有个限度，忠诚的大臣接受赏赐也不能没边儿。以前夏禹治水有功，也就得了块玄圭；周公被尊崇，也不过是收到束帛作为礼物。您现在位高权重，肩上的责任重大，对上得匡正朝廷纲纪，对下得安抚百姓，哪能随大流混日子呢？您应该先从自己做起，把不该拿的赏赐退还，并向皇帝说说当前的情况，然后奏请让王侯们回到各自的封国，随后在开放皇家苑囿，节省不必要的开支，救济贫困孤寡的人。这样一来，朝廷的恩泽才能广泛传播，老百姓也能高兴起来。”但宋由根本没听何敞的建议。
尚书南阳人宋意也给皇帝上书说：“陛下特别孝顺，对诸王的恩宠深厚，对待他们就像家人一样。诸王乘车进殿门都不用行礼，陛下还宁愿自己少吃点，也要赏赐他们，给他们的东西都特别丰厚。刘康、刘焉作为皇族的旁支，能拥有如此大的封国，可是陛下对他们的恩宠已经超出了制度规定。按照《春秋》的道理，父辈、兄弟都得服从君主，这样才能分清尊卑，让朝廷中央强大起来，让地方势力变得弱小。陛下德行高尚、功业昌盛，应该给后世做个好榜样，不能因为私人感情就破坏了君臣之间该有的秩序，丢了正道。再说西平王刘羡等六个王爷，他们都已经成家立业，手下官员也都配齐了，早就该回封国去，好给子孙后代打下基业。可他们长期留在京城，慢慢就变得骄横奢侈起来了，还做些僭越的事儿，这就是享受的恩宠和俸禄太多所导致的。陛下应该放下私人感情，按道理办事，打发刘康、刘焉回封国，也让刘羡他们赶紧离开京城，这样才能堵住大家的议论。”不过皇帝还没来得及安排诸王返回封国。
到壬辰日，皇帝就在章德前殿去世了，年仅三十一岁。他留下遗诏说：“不用专门修建寝庙，一切都按照先帝的老规矩办。”
范晔说：魏文帝说魏明帝看人看事特别透彻，而汉章帝则是个宽厚的人。章帝向来善于发现和任用人才，他不喜欢明帝时期的那种严苛施政风格，所以做事也是采用宽厚的风格。他侍奉明德太后，也特别孝顺。他还减轻老百姓的徭役赋税，让百姓得到实惠。他为人处世以忠诚宽容为根本，用礼乐来教化百姓。说他是宽厚的长者，这不挺合适的嘛！
汉章帝去世之后，太子就即位了，此时的他年仅十岁，随后就尊皇后为皇太后。
到了三月，有关部门就根据章帝的遗诏，将西平王刘羡迁为陈王，六安王刘恭迁为彭城王。
癸卯日这天，朝廷就把孝章皇帝安葬在了敬陵。
此时的南单于宣去世了，单于长的弟弟屯屠何继位，被称为休兰尸逐侯鞮单于。
由于新皇帝年龄还小，皇太后就开始代理朝政、处理国事。而窦宪则是凭借侍中的身份，就负责处理朝廷机密大事，传达太后的诏令；他的弟弟窦笃当上了虎贲中郎将，窦景、窦寰做了中常侍，这时的窦家兄弟全都手握重要职权。看到他身居高位，窦宪的门客崔骃就写信劝他说：“古书上说：‘生来就有钱有势的人容易骄傲，生来就地位尊贵的人容易自大。’从来没有哪个生来富贵还能不骄不傲的人。现在您刚刚得到太后的宠信，朝廷上下都盯着您的一举一动，怎么能做事不小心谨慎，好保住长久的好名声呢？以前冯野王作为皇亲国戚，官做得大还被人夸是贤臣；最近的阴卫尉严格要求自己，遵守礼法，最后得了不少福气。有些外戚常常被人指责，甚至给家族招来大祸，就是因为他们太自满，不知道谦虚，地位高了，却没什么品德。从汉朝建立到哀帝、平帝那会儿，已经有二十多个外戚家族，最后能平安无事的却只有四家。《尚书》里说要把商朝的兴衰当作借鉴，这事儿能不谨慎对待吗！”
庚戌日这天，皇太后就下诏书：“任命前任太尉邓彪为太傅，并赐给他关内侯的爵位，让他负责处理尚书事务，朝廷各部门官员都要做好本职工作，听从他的指挥。”窦宪看重邓彪有谦让的好品德，又深受先帝的敬重，而且为人温和厚道，所以也特别尊崇他。窦宪想做什么事，表面上都让邓彪上奏给太后，实际上都是窦宪在背后安排，最后太后都会同意。邓彪在位的时候，只顾着自己修身养性，也没能纠正朝廷里的一些问题。窦宪这人脾气暴躁，别人哪怕只是瞪他一眼，他都要报复。永平年间，谒者韩纡曾经审理过窦宪父亲窦勋的案子，窦宪就派人杀了韩纡的儿子，还拿他儿子的头去祭奠自己的父亲。
癸亥日这天，陈王刘羡、彭城王刘恭、乐成王刘党、下邳王刘衍、梁王刘畅这几位王爷，终于开始返回各自的封国。
到了夏天四月，朝廷就按照先帝留下的遗嘱，废除了各郡和封国对盐铁的垄断经营，还允许老百姓自己煮盐、自己炼铁铸器。
五月的时候，京城一带发生了旱灾。
就在这时，北匈奴又闹起了饥荒，内部也乱成一团，每年都有好几千人跑到南匈奴那边去投降。
到了秋天七月，南单于给朝廷递了份奏章，说：“现在北匈奴自己内部打得不可开交，正是咱们出兵的好时候！要是能把北匈奴打垮，让他们归顺我们南匈奴，把南北匈奴合成一个，以后汉朝北边就再也没麻烦了。我们这些人在汉朝的地盘上生活，吃的用的全靠朝廷供给，每年拿到的赏赐，动不动就是上亿。我们的日子过得这么舒坦，可心里总觉得愧疚，因为没给朝廷出啥力。所以我们打算带着国内的军队，还有刚投降过来的胡人精锐，分好几路去打北匈奴，约好十二月在北匈奴地盘上会合。不过我们这点兵力，又要打仗又要守家就有点吃力了，希望朝廷能派执金吾耿秉、度辽将军邓鸿，再加上西河、云中、五原、朔方、上郡这些地方的太守，大家一起出兵往北打。靠着朝廷的威风，肯定能一下子把北匈奴给收拾了。今年可是决定我们南匈奴成败的关键一年，我已经让手下的部队都准备好了，就等朝廷的命令了！”
太后收到奏章后，把这事交给耿秉去研究。耿秉也给太后上书说：“以前汉武帝花了全国的力气，就想让匈奴服软，可那时候时机不对，最后没成功。现在运气好，北匈奴自己乱了套，这正是用匈奴人对付匈奴人的好机会，对国家是大有好处的，所以我觉得应该答应南单于的请求。”耿秉还说自己受了朝廷大恩，愿意为了这事尽自己的绵薄之力。太后琢磨着，有点想按耿秉说的办。
就在这时，尚书宋意站出来提出了反对意见，他跟朝廷说：“那些少数民族不懂礼仪规矩，没有什么上下尊卑的概念，谁拳头硬谁就是老大。从汉朝建立以来，咱们跟匈奴打了那么多次仗，每次就算打赢了，得到的好处还抵不上付出的代价。光武帝明白打仗是件劳民伤财的事，所以就对匈奴采取了柔和的政策，不仅接受他们投降还好好安抚他们，这才让边境的老百姓过了四十多年安稳日子。现在鲜卑人主动投靠朝廷，打匈奴时杀了好几万人，咱们啥都没干就得了好处，老百姓也不用去当兵受苦了，这正是汉朝最兴旺的时候。为啥能这样呢？就是因为少数民族自己打来打去，咱们不用出兵。我看鲜卑人打匈奴，说白了就是想抢东西；他们把功劳算在朝廷头上，其实就是想多要点赏赐。我们现在要是帮南匈奴打回北边老家，那就得限制鲜卑人的行动。鲜卑人要是抢不到东西，又拿不到朝廷的赏赐，肯定会在边境闹事。现在北匈奴往西跑了，还主动说要跟咱们和亲，咱们正好借这个机会收下他们，让他们充当咱们的外围屏障，这才是最稳妥的办法。要是花那么多人力财力帮南匈奴打仗，那可就放弃了最好的策略，让国家从安稳进入了危险，所以我觉得不能答应南单于的请求。”
就在大家讨论要不要出兵的时候，齐殇王的儿子都乡侯刘畅来京城给去世的皇帝吊丧，太后觉得他很不错，就单独召见了好几次。窦宪一看就慌了神，担心刘畅分走自己的权力，就偷偷派杀手在皇宫守卫的地方把刘畅给杀了，还把杀人的罪名嫁祸给刘畅的弟弟利侯刘刚头上。太后知道后，就派侍御史和青州刺史一起去审问刘刚等人。看到这种情况，尚书韩棱就说：“凶手肯定就在京城，别舍近求远去外地乱查，不然会被那些奸臣笑话的。”太后听了很生气，就狠狠地批评了韩棱一顿，但韩棱就是坚持自己的看法。这时，何敞找到宋由说：“刘畅是皇族的人，还是封地里的藩王，好心来吊丧却被人杀了。负责京城治安的官员到现在都没抓到凶手，真相一直没查出来。我作为朝廷大臣，有责任把这事弄清楚，请让我去调查这个案子吧。”宋由同意了。何敞一查，很快就把真相查得明明白白，太后知道是窦宪干的后，就气得不行，直接下令把窦宪软禁在宫里。窦宪这人很怕死，就赶紧跑到太后跟前说，愿意带兵去打北匈奴将功赎罪。到了冬天十月，朝廷就任命窦宪为车骑将军，让他带兵去攻打北匈奴，还让执金吾耿秉当他的副将，然后朝廷就从京城的北军五校、黎阳、雍营，还有边境十二个郡调集骑兵，再加上羌人、胡人等军队，一起出兵塞外。
这时候，朝廷的大臣们就推荐之前当过张掖太守的邓训接替张纡当护羌校尉。此时的迷唐带着一万骑兵来到边境，他没敢直接进攻邓训，而是先吓唬附近的小月氏胡人。邓训则是反过来保护起小月氏胡人，不让他们被迷唐欺负。有人觉得羌人和胡人自己打起来对朝廷有好处，可以不用管。可是邓训说：“之前张纡对待羌人时不讲信用，才惹得羌人反叛，凉州的老百姓都跟着遭殃。少数民族之所以不好管理，就是因为咱们以前没给够他们信任和恩惠。现在趁着他们有困难，我们就用恩德去安抚，说不定能把他们收服。”说完就下令打开城门，把胡人妇女和孩子都接到城里保护起来。羌人觉得这次一点好处都没捞着，又不敢硬抢，所以就退兵了。从这以后，湟中的胡人都说：“以前汉朝总想着让我们自己人斗来斗去；现在邓大人对我们讲信用、给恩惠，还保护我们的家人，简直就像父母一样！”大家感动得不行，都表示愿意听邓训的话。邓训就一边安抚一边教导这些少数民族，不管老人还是小孩都对他心服口服。他还给羌人各个部落送东西，以此吸引他们来投降。迷唐的叔父号吾就带着八百户羌人来归降了。邓训就趁机带着湟中的汉族、胡人、羌人等四千士兵出兵塞外，在写谷这个地方打了迷唐一个措手不及，结果把他打得大败而逃。迷唐被打败后，就一路逃到大、小榆谷这些地方，最后躲到了颇岩谷，手下的人也都散了。